genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.228.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74501109--74501222	43	2.7	42	77	5	122	27	21	20	30	1.98
74502730--74502959	78	2.9	78	88	1	363	29	3	24	41	1.73
74505956--74506019	32	2.0	32	96	0	119	31	20	9	39	1.84
74506143--74506502	47	7.7	46	71	14	184	22	29	19	28	1.98
74506143--74506502	94	3.8	93	75	12	306	22	29	19	28	1.98
74510650--74510682	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
74515192--74515502	47	6.6	46	73	14	199	22	29	19	28	1.98
74515192--74515494	94	3.2	94	78	10	318	22	29	20	27	1.98
74515192--74515551	94	3.8	94	75	9	254	22	28	20	28	1.99
74521850--74521886	15	2.3	17	81	13	51	64	0	0	35	0.94
74522311--74522383	27	2.7	27	84	0	101	17	19	31	31	1.95
74525173--74525309	46	3.0	46	90	0	211	24	31	8	35	1.86
74525283--74525661	47	8.1	47	93	0	589	25	28	10	35	1.89
74529770--74530246	62	7.7	62	95	0	839	36	6	7	49	1.57
74530189--74530217	14	2.1	14	100	0	58	51	6	0	41	1.28
74532556--74532594	20	1.9	21	89	5	62	69	7	2	20	1.26
74532875--74532928	27	2.0	27	89	7	83	33	22	7	37	1.82
74533409--74533447	6	6.5	6	96	0	69	0	46	0	53	1.00
74543330--74543375	22	2.1	22	84	8	58	47	8	4	39	1.54
74553924--74554027	26	4.0	26	91	0	172	36	24	6	32	1.81
74573414--74573456	20	2.2	20	87	8	61	18	4	0	76	0.95
74576967--74577022	21	2.7	21	91	0	94	25	8	37	28	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74579010--74579297	32	9.0	32	90	0	459	44	10	12	32	1.76
74579010--74579297	64	4.5	64	97	0	531	44	10	12	32	1.76
74582753--74582780	10	2.8	10	100	0	56	46	10	21	21	1.81
74583776--74583814	19	2.1	19	100	0	78	28	25	20	25	1.99
74589427--74589702	27	10.2	27	79	6	170	31	11	19	37	1.88
74589469--74589727	81	3.2	81	86	2	324	30	9	20	38	1.84
74589469--74589727	27	9.6	27	82	2	279	30	9	20	38	1.84
74590044--74590135	28	3.3	28	81	0	103	28	36	15	19	1.92
74592255--74592473	46	4.7	47	76	9	175	24	30	17	27	1.97
74596073--74596182	27	4.1	28	76	14	106	38	21	22	17	1.93
74596073--74596182	54	2.0	54	82	3	132	38	21	22	17	1.93
74597607--74597680	24	3.1	24	94	0	121	21	41	5	31	1.76
74604774--74604824	25	2.0	25	88	0	75	35	19	21	23	1.96
74606263--74606306	22	2.0	22	95	0	79	34	9	20	36	1.84
74616574--74616626	26	2.0	26	96	0	97	22	18	20	37	1.94
74617819--74618007	40	4.7	40	82	0	207	21	29	15	33	1.94
74644266--74644498	42	5.6	42	86	3	337	33	19	18	27	1.95
74654885--74654964	41	2.0	40	85	2	106	26	18	26	28	1.98
74667232--74667383	42	3.6	41	78	9	155	31	24	17	26	1.97
74673997--74674046	25	2.0	25	100	0	100	32	24	8	36	1.84
74675623--74675665	21	2.0	21	86	9	59	58	2	2	37	1.24
74682803--74682844	22	1.9	22	95	0	75	30	26	21	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74687600--74687837	50	4.7	50	83	3	298	29	26	18	25	1.98
74687611--74687843	101	2.3	100	85	3	299	30	26	18	25	1.98
74691565--74692409	69	12.2	68	83	2	600	36	21	22	20	1.95
74691600--74692137	207	2.6	205	82	4	675	35	20	22	21	1.96
74695615--74695699	42	2.0	42	93	0	143	57	4	21	16	1.57
74696029--74696062	6	5.7	6	96	0	59	85	0	11	2	0.71
74696029--74696082	18	3.0	18	80	0	63	79	0	12	7	0.92
74696024--74696080	6	9.5	6	86	0	51	78	0	12	8	0.95
74705251--74705347	47	2.1	47	98	0	185	37	18	21	22	1.95
74712125--74712180	28	2.0	28	100	0	112	28	21	7	42	1.79
74714706--74714751	23	2.0	23	100	0	92	47	26	4	21	1.69
74715101--74715144	20	2.2	20	87	0	61	36	13	2	47	1.56
74725457--74725488	15	2.1	16	94	5	57	9	18	43	28	1.81
74728833--74728866	17	1.9	18	94	5	61	64	0	5	29	1.17
74731631--74731694	21	3.0	21	68	4	58	42	9	25	23	1.84
74731616--74731726	42	2.7	41	82	12	145	44	14	23	18	1.86
74731694--74731733	21	1.9	21	84	0	53	50	17	20	12	1.78
74735182--74735253	24	2.9	24	89	4	99	33	20	23	22	1.97
74747069--74747099	12	2.6	12	89	0	53	25	45	22	6	1.76
74756115--74756148	18	1.9	17	88	5	50	85	0	2	11	0.71
74759588--74759626	20	2.0	20	85	5	53	46	5	15	33	1.68
74760962--74761153	21	9.1	21	69	6	111	16	20	17	45	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74760957--74761153	84	2.3	84	81	5	245	15	20	17	46	1.84
74760957--74761153	42	4.7	42	83	3	218	15	20	17	46	1.84
74763118--74763150	8	4.2	8	96	3	59	60	0	0	39	0.97
74764999--74765043	21	2.1	21	95	0	81	33	22	8	35	1.85
74765033--74765082	5	10.2	5	79	12	59	38	20	4	38	1.71
74765012--74765097	29	2.9	29	96	3	154	37	18	6	37	1.78
74765043--74765134	19	5.3	19	73	21	103	36	17	8	36	1.81
74768065--74768119	24	2.3	24	87	0	74	47	5	34	12	1.65
74768730--74769025	35	8.5	35	78	8	264	37	14	23	25	1.92
74768728--74769019	104	2.8	103	86	6	365	37	14	22	25	1.92
74786749--74786793	23	2.0	23	82	8	56	37	8	13	40	1.76
74790122--74790192	20	3.5	20	76	14	65	36	12	14	36	1.84
74790094--74790199	40	2.7	39	78	10	115	37	13	12	36	1.82
74790368--74790461	24	4.1	23	77	12	97	35	18	23	23	1.96
74790360--74790476	24	4.9	24	77	11	89	34	17	23	24	1.96
74793338--74793508	93	1.8	93	92	0	288	21	22	29	27	1.99
74793344--74793513	46	3.7	46	77	13	195	21	21	28	27	1.99
74805693--74805856	42	3.9	42	81	4	195	32	15	24	27	1.96
74805693--74805855	85	1.9	84	83	3	211	32	15	24	26	1.96
74810240--74810299	29	2.1	29	96	0	111	31	16	11	40	1.85
74815780--74816935	178	6.7	175	83	7	1166	42	11	12	33	1.78
74815780--74816768	89	11.3	88	86	3	1048	42	11	11	33	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74816712--74816850	73	1.9	73	89	0	215	42	10	14	33	1.79
74821221--74821267	23	2.0	23	100	0	94	25	12	8	53	1.67
74822014--74822052	18	2.2	18	86	9	53	64	0	2	33	1.08
74830157--74830182	12	2.2	12	100	0	52	26	7	7	57	1.54
74830287--74830332	25	1.9	25	86	8	69	54	0	6	39	1.26
74834322--74834364	21	2.0	21	95	0	77	23	16	41	18	1.89
74837922--74838022	50	2.0	50	94	0	175	22	19	20	36	1.95
74840158--74840182	12	2.1	12	100	0	50	16	8	16	60	1.58
74857118--74857142	12	2.1	12	100	0	50	16	8	16	60	1.58
74857852--74858121	46	5.7	48	78	9	243	27	21	30	20	1.98
74857852--74858121	99	2.8	94	79	13	277	27	21	30	20	1.98
74870916--74870985	32	2.2	32	82	9	90	35	2	1	60	1.21
74871740--74872218	239	2.0	239	97	0	895	39	12	7	40	1.72
74880175--74880218	23	1.9	23	90	0	70	18	22	22	36	1.95
74884433--74884494	31	2.0	31	96	0	115	9	29	11	50	1.70
74885466--74885500	18	1.9	18	94	0	61	25	22	20	31	1.98
74885513--74885553	18	2.2	19	86	4	57	43	9	21	24	1.83
74885532--74885637	45	2.4	45	87	3	151	43	16	16	24	1.87
74885837--74885923	40	2.2	39	83	8	104	39	19	8	33	1.81
74897283--74897344	29	2.3	26	81	15	72	48	1	1	48	1.21
74898320--74898348	15	1.9	15	100	0	58	65	0	0	34	0.93
74899299--74899351	22	2.4	22	93	0	88	41	1	16	39	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74899364--74899438	30	2.6	28	75	12	71	46	2	13	37	1.57
74899487--74899733	125	2.0	125	92	1	415	35	17	17	29	1.93
74900324--74900348	12	2.1	12	100	0	50	16	8	40	36	1.77
74903333--74903427	30	3.2	30	80	0	109	13	12	41	32	1.82
74903927--74903958	7	4.6	7	92	0	55	56	12	3	28	1.51
74903946--74904005	29	2.1	29	90	0	93	48	8	8	35	1.63
74904878--74904985	53	2.1	53	94	1	191	62	4	1	31	1.26
74904878--74904963	26	3.3	26	70	20	81	63	3	2	30	1.23
74906339--74906457	57	2.1	57	96	0	220	39	9	24	26	1.85
74916283--74916390	43	2.5	43	83	0	135	37	24	12	26	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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