genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.23.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7510582--7510691	27	4.1	27	79	8	116	16	22	22	38	1.93
7510582--7510691	54	2.0	54	84	3	141	16	22	22	38	1.93
7512623--7512697	38	2.0	38	100	0	150	29	13	14	42	1.84
7513053--7513104	20	2.6	20	84	6	70	21	23	1	53	1.55
7513072--7513103	15	2.1	16	94	5	57	18	21	0	59	1.38
7514454--7514492	19	2.1	19	85	0	51	74	5	5	15	1.17
7514956--7515045	27	3.2	27	81	7	101	32	24	24	18	1.97
7522329--7522367	19	2.1	19	85	0	51	71	7	5	15	1.26
7522821--7522910	27	3.2	27	78	7	92	32	23	24	20	1.98
7523016--7523079	28	2.3	28	91	5	103	29	7	29	32	1.86
7529056--7529186	45	2.9	45	81	2	129	33	23	16	25	1.96
7531893--7531927	10	3.4	10	92	7	61	34	17	17	31	1.93
7531888--7531927	21	1.9	21	94	0	71	37	17	15	30	1.90
7532238--7532312	31	2.4	31	95	0	132	30	18	28	22	1.97
7535080--7535112	12	2.8	12	100	0	66	45	9	18	27	1.79
7535599--7535669	36	2.0	36	91	0	115	18	16	28	36	1.93
7539848--7540028	67	2.8	64	80	8	188	23	29	16	30	1.96
7546314--7546438	43	2.9	42	77	12	121	32	28	16	23	1.95
7547510--7547545	18	2.0	18	88	0	54	30	16	8	44	1.77
7558095--7558207	44	2.6	44	88	0	172	26	15	25	32	1.95
7560614--7560798	79	2.3	81	83	7	227	24	22	27	24	2.00
7560615--7560798	40	4.6	40	82	9	207	25	22	27	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7560667--7560831	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
7577016--7577236	47	4.7	47	80	7	268	29	16	23	30	1.96
7577016--7577246	94	2.4	94	90	3	358	30	16	22	29	1.96
7577205--7577279	38	2.0	38	91	0	123	32	16	24	28	1.96
7581835--7582041	53	3.8	53	76	5	191	37	16	24	20	1.93
7586525--7586731	53	3.8	53	76	5	191	37	16	24	20	1.93
7603855--7603918	31	2.1	31	87	0	92	23	20	15	40	1.90
7604127--7604209	25	3.4	24	85	11	107	32	21	16	28	1.96
7604127--7604234	25	4.4	24	82	12	105	29	22	19	28	1.98
7610064--7610583	259	2.0	260	97	0	979	27	31	14	27	1.94
7612163--7612269	38	2.8	38	94	0	187	23	21	15	39	1.92
7612223--7612286	31	2.1	31	90	0	101	23	21	15	39	1.92
7612495--7612600	25	4.3	24	84	10	135	28	22	21	27	1.99
7612649--7612695	20	2.3	20	92	7	78	34	19	10	36	1.86
7614598--7614633	18	2.0	18	100	0	72	33	22	22	22	1.97
7619690--7619719	13	2.3	13	100	0	60	16	30	20	33	1.94
7620518--7620556	16	2.4	16	87	8	53	48	2	0	48	1.15
7622862--7622901	21	1.9	21	89	0	62	30	10	5	55	1.54
7624151--7624211	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
7636584--7636652	21	3.3	21	71	18	63	40	0	10	49	1.37
7636593--7636661	20	3.2	23	73	21	69	44	0	10	44	1.37
7641408--7641559	43	3.6	43	76	10	152	32	27	19	20	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7652864--7653041	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
7652885--7653040	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
7653529--7653555	12	2.2	12	100	0	54	40	0	7	51	1.30
7672228--7672268	16	2.6	16	96	0	73	29	2	48	19	1.61
7677748--7677794	21	2.2	21	96	0	85	14	23	23	38	1.92
7677755--7677800	21	2.2	21	96	0	83	17	26	21	34	1.95
7679081--7679110	13	2.3	13	100	0	60	60	6	6	26	1.47
7683860--7683913	25	2.2	25	83	6	65	16	24	44	14	1.85
7687199--7687340	48	3.0	48	87	4	214	27	20	25	26	1.99
7687199--7687422	96	2.4	91	82	8	238	25	20	25	28	1.99
7692698--7692776	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
7692992--7693075	25	3.5	25	67	9	84	35	26	4	33	1.77
7692895--7693070	47	3.7	47	91	0	271	28	30	7	32	1.86
7712310--7712334	13	1.9	13	100	0	50	64	12	8	16	1.49
7731396--7731422	12	2.2	12	100	0	54	51	7	0	40	1.30
7731869--7731966	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
7731897--7731979	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
7734119--7734165	20	2.4	20	85	3	60	6	29	23	40	1.79
7736319--7736450	49	2.7	49	82	3	169	25	23	28	21	1.99
7736174--7736492	141	2.3	139	80	9	335	25	21	28	24	1.99
7736321--7736488	48	3.5	46	77	10	167	25	22	28	23	1.99
7740748--7740773	13	2.0	13	100	0	52	38	15	7	38	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7758217--7758242	9	2.9	9	100	0	52	23	23	0	53	1.46
7761509--7761555	24	2.0	24	95	0	85	31	14	0	53	1.42
7764099--7764251	40	3.9	40	83	3	186	20	28	14	37	1.91
7766077--7766104	5	5.6	5	100	0	56	82	0	0	17	0.68
7768340--7768412	36	2.0	36	100	0	146	19	36	5	38	1.75
7769558--7769603	24	1.9	24	86	8	67	30	2	17	50	1.58
7769552--7769613	24	2.5	24	75	17	65	29	1	20	48	1.59
7777699--7777746	14	3.3	14	72	11	51	20	29	0	50	1.49
7777760--7777802	22	2.0	21	82	13	52	25	62	0	11	1.29
7782859--7782961	48	2.2	48	84	6	131	34	15	25	24	1.94
7786257--7786292	15	2.5	14	86	8	54	47	0	0	52	1.00
7786399--7786798	202	2.0	202	98	0	773	32	18	13	35	1.90
7786827--7786857	16	1.9	16	93	0	53	35	0	61	3	1.12
7787923--7787947	13	1.9	13	100	0	50	64	16	4	16	1.44
7797655--7797686	12	2.7	12	90	0	55	34	34	21	9	1.86
7808887--7809057	45	3.7	45	88	3	227	24	16	30	27	1.97
7814818--7814876	30	2.0	30	82	0	73	33	8	25	32	1.86
7826946--7826992	17	2.7	17	86	3	58	23	4	10	61	1.46
7826954--7826992	17	2.3	17	90	0	60	20	5	12	61	1.50
7839062--7839235	86	2.0	90	80	6	205	27	28	20	24	1.99
7839105--7839235	45	3.0	44	88	4	192	26	29	21	22	1.99
7849659--7849836	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7849680--7849835	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
7857724--7857901	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
7857745--7857900	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
7865787--7865965	27	6.6	27	83	5	191	29	27	15	27	1.96
7865808--7865963	82	1.9	81	86	3	224	28	28	15	27	1.96
7866514--7866538	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
7873364--7873431	34	2.0	34	100	0	136	32	8	26	32	1.87
7878963--7879022	22	2.7	23	73	19	56	75	0	1	23	0.90
7878961--7879021	18	3.4	18	76	17	65	75	0	1	22	0.89
7882163--7882451	72	4.0	72	91	0	461	19	20	38	21	1.94
7883297--7883351	25	2.3	23	78	12	58	43	3	16	36	1.65
7883413--7883480	25	2.9	24	82	6	77	58	5	5	29	1.45
7883497--7883628	23	5.6	24	75	8	110	55	3	6	35	1.40
7883425--7883534	29	4.0	28	73	15	97	58	4	6	30	1.43
7883425--7883558	29	5.1	27	71	18	81	56	4	6	32	1.45
7883577--7883628	24	2.2	23	83	10	61	59	0	3	36	1.16
7883912--7883950	16	2.4	16	86	0	51	43	28	5	23	1.75
7884109--7884176	30	2.3	30	94	0	118	17	5	51	25	1.68
7884892--7885465	90	6.4	90	82	7	552	35	17	17	29	1.93
7885291--7885320	13	2.3	13	94	0	51	63	6	10	20	1.47
7885391--7886002	73	8.3	72	82	9	664	32	20	17	29	1.95
7885391--7886069	222	3.0	224	86	6	856	32	20	17	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7885391--7886069	148	4.5	148	88	5	882	32	20	17	29	1.95
7886172--7886216	13	3.4	13	87	6	72	68	6	11	13	1.37
7886000--7886381	100	3.9	101	83	8	456	38	19	18	24	1.93
7886185--7886381	90	2.2	89	85	4	263	39	18	18	23	1.92
7886295--7886504	73	2.8	74	87	3	305	31	21	17	28	1.96
7886609--7886653	13	3.4	13	87	6	72	68	6	11	13	1.37
7886434--7886741	100	3.1	101	88	2	424	40	18	17	24	1.91
7886622--7886797	90	2.0	87	86	3	244	38	20	17	23	1.93
7902562--7902607	23	2.0	22	87	4	65	41	2	15	41	1.59
7902561--7902615	25	2.3	23	78	12	58	43	1	16	38	1.58

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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