genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1274--1656	40	9.6	40	90	0	550	26	27	21	24	1.99
1797--1842	23	2.0	23	91	0	74	36	23	6	32	1.81
2918--3095	47	3.7	47	87	3	257	28	29	7	33	1.85
2918--3097	96	1.9	94	89	2	279	28	30	8	33	1.86
5963--6140	43	4.2	43	77	6	184	32	23	14	29	1.94
8266--8311	21	2.2	21	84	3	58	28	15	34	21	1.94
9953--10171	49	4.5	50	77	14	176	28	18	27	25	1.98
9806--10171	48	7.7	47	71	15	195	28	18	27	24	1.98
16222--16337	40	2.9	40	85	0	133	25	30	21	23	1.99
16238--16499	40	6.6	40	78	8	207	24	28	20	26	1.99
16248--16499	80	3.2	78	77	9	233	25	28	19	26	1.99
16789--16867	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
16849--16951	43	2.4	43	100	0	206	26	35	15	22	1.94
18805--18880	37	2.1	37	89	0	116	26	32	18	22	1.97
19001--19455	47	9.6	47	90	2	685	29	30	8	31	1.86
19001--19455	96	4.8	94	93	1	694	29	30	8	31	1.86
19001--19455	143	3.2	143	90	3	693	29	30	8	31	1.86
22605--22649	22	2.0	22	95	0	81	44	15	17	22	1.86
29302--29571	48	5.7	46	76	6	254	22	26	21	30	1.98
29302--29584	95	3.0	96	86	3	340	22	26	20	30	1.99
51966--52039	29	2.6	29	86	4	96	27	16	31	25	1.96
57974--58045	37	2.0	34	81	7	81	6	36	0	56	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58046--58116	34	2.1	34	94	0	124	23	42	5	28	1.77
65464--65500	17	2.2	17	95	0	65	40	35	5	18	1.74
71285--71330	24	2.0	23	82	4	56	47	0	4	47	1.21
71559--71609	16	3.2	16	91	0	84	27	33	3	35	1.75
71937--73849	684	2.8	684	95	0	3330	39	16	13	30	1.87
76286--77116	277	3.0	277	99	0	1653	32	18	16	32	1.93
80152--80288	42	3.2	42	86	1	184	32	12	23	31	1.92
81436--81557	43	2.9	42	85	2	172	28	13	25	32	1.93
83373--83546	46	3.8	46	77	10	165	22	19	26	31	1.98
83369--83540	93	1.8	93	86	0	245	22	19	27	29	1.98
86482--86531	15	3.4	15	80	2	57	10	16	14	60	1.59
93739--93819	19	4.2	19	95	3	135	35	16	9	38	1.81
94410--94614	87	2.3	89	84	5	247	27	20	18	33	1.96
94733--95521	84	9.4	84	90	3	1159	24	22	22	30	1.99
95002--95133	40	3.2	40	62	10	104	21	25	25	28	1.99
95085--95469	41	9.2	40	64	21	148	25	22	22	29	1.99
102065--102256	61	3.1	61	96	0	348	46	16	10	27	1.79
102118--102220	29	3.4	29	65	12	82	46	14	13	25	1.81
102251--102348	19	5.2	19	90	7	155	36	15	10	37	1.81
102251--102348	36	2.6	37	88	9	144	36	15	10	37	1.81
111070--111313	55	4.6	54	80	9	236	35	17	24	22	1.95
111079--111277	108	1.8	110	89	4	314	34	16	25	23	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111516--111546	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
114111--114140	15	1.9	16	93	6	53	50	13	0	36	1.42
121438--121502	25	2.6	25	80	0	76	20	27	26	26	1.99
124072--124100	14	2.1	14	93	6	51	13	3	20	62	1.46
130196--130287	42	2.2	42	92	0	148	34	21	14	29	1.93
130421--130493	25	3.0	24	88	9	103	27	24	21	26	2.00
130434--130493	25	2.4	25	94	5	104	28	25	25	21	1.99
131313--131377	27	2.4	27	79	5	69	21	23	18	36	1.95
131335--131386	27	1.9	28	84	7	72	17	21	23	38	1.93
131431--131518	27	3.1	26	73	15	77	37	9	13	39	1.77
131495--131566	27	2.7	27	80	6	83	27	4	22	45	1.70
131624--131715	27	3.4	27	85	5	132	40	7	23	28	1.82
131614--131742	54	2.4	54	80	3	145	36	9	22	31	1.86
135451--135510	21	2.9	21	87	0	66	5	43	18	33	1.72
135477--135522	21	2.2	21	92	0	74	0	50	21	28	1.49
135935--135963	14	2.1	14	93	6	51	58	6	0	34	1.25
140118--140302	9	20.8	9	76	5	135	40	0	15	43	1.51
142609--142645	13	2.7	14	91	8	67	51	5	0	43	1.24
142783--142830	7	6.9	7	79	9	53	45	37	0	16	1.48
143543--143643	39	2.5	40	82	4	114	23	20	16	38	1.93
150553--150639	39	2.2	39	91	4	140	26	24	25	24	2.00
153382--153417	17	2.1	18	89	5	56	25	22	33	19	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
153481--153595	29	4.0	29	81	6	128	26	16	28	27	1.97
153483--153598	57	2.0	57	82	9	139	25	16	30	27	1.97
174186--174294	37	2.9	37	91	0	173	26	29	20	23	1.99
174444--174836	50	7.9	50	89	3	589	31	24	6	36	1.81
178392--178543	40	3.8	40	81	0	178	25	26	21	26	2.00
178686--178797	55	2.0	55	98	0	215	36	26	3	33	1.74
185907--186017	34	3.3	34	85	0	150	35	4	21	38	1.74
186090--186227	59	2.3	60	81	8	174	32	13	26	28	1.93
189616--189837	46	4.8	46	81	7	243	29	27	19	22	1.98
195930--196097	46	3.6	46	74	13	173	21	21	28	28	1.99
195927--196098	93	1.8	93	91	0	281	21	21	29	27	1.99
198491--198576	40	2.2	40	93	0	145	25	17	31	25	1.97
203062--203226	46	3.6	46	78	14	203	21	20	29	28	1.98
203056--203227	93	1.8	93	94	0	308	20	20	29	28	1.98
203933--204023	29	3.3	28	68	22	84	37	9	19	32	1.85
203933--204039	54	2.0	54	98	0	205	34	10	19	35	1.86
204911--204992	37	2.2	37	93	0	146	24	25	1	48	1.58
206855--207002	48	3.1	46	80	8	138	22	26	18	32	1.97
208302--208438	48	2.9	47	79	8	150	34	16	16	33	1.91
216717--216809	32	2.9	32	95	0	159	51	17	3	27	1.60
216784--216836	27	2.0	27	85	7	72	52	16	3	26	1.61
216727--216848	59	2.0	62	81	10	144	53	16	3	27	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
216717--216848	32	4.3	31	81	11	130	50	17	3	28	1.61
223859--223911	17	3.4	16	75	20	58	54	22	11	11	1.67
225327--225688	46	7.8	46	73	9	331	30	27	18	22	1.97
225381--225642	47	5.6	47	74	8	266	30	27	18	23	1.97
225335--225691	93	3.8	93	98	0	687	30	28	18	22	1.98
229987--230023	9	4.1	9	89	0	56	35	10	2	51	1.51
231620--231715	43	2.2	43	85	3	122	30	14	18	36	1.91
231649--231754	43	2.5	43	79	3	115	30	15	20	33	1.93
233696--233722	12	2.2	12	100	0	54	7	22	44	25	1.79
235820--235866	24	2.0	24	86	0	67	34	19	25	21	1.96
244195--244258	27	2.4	27	81	5	76	10	18	35	34	1.86
247657--247708	27	1.9	27	84	0	68	26	23	11	38	1.89
258763--258939	40	4.4	40	89	0	273	28	29	18	22	1.97
260822--260881	28	2.2	26	80	11	75	26	25	11	36	1.90
277873--278301	94	4.6	94	96	0	752	22	28	21	27	1.99
278641--278698	30	1.9	30	89	0	89	29	25	12	32	1.92
280488--281185	378	1.8	377	83	6	894	36	9	19	34	1.84
287245--287333	45	2.0	44	86	0	115	34	15	21	26	1.94
300153--300213	30	2.1	30	90	3	97	62	9	4	22	1.46
301713--301755	24	1.9	22	86	13	61	55	0	2	41	1.12
307335--307386	27	1.9	27	92	0	86	25	32	11	30	1.91
307336--307420	27	3.1	27	81	3	82	29	31	8	30	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
310968--311196	48	4.9	48	76	8	229	27	25	20	25	1.99
310969--311196	91	2.4	94	83	5	266	28	25	21	25	1.99
312584--312668	43	2.0	43	95	0	152	22	17	29	30	1.97
325966--326126	47	3.4	47	75	5	164	22	18	29	29	1.97
326453--326635	92	2.0	92	98	0	357	20	25	20	33	1.97
327210--327411	101	2.0	101	93	1	343	42	11	15	30	1.83
327418--327506	42	2.1	43	93	2	153	26	12	25	34	1.92
328409--328461	17	3.4	17	72	20	60	11	11	22	54	1.67
335472--335605	59	2.2	60	78	9	146	29	2	17	50	1.60
335472--335603	32	4.3	32	83	11	150	28	3	17	50	1.61

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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