genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.78.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25871477--25871645	93	1.8	93	90	0	275	30	28	18	21	1.97
25874033--25874081	15	3.3	15	85	2	64	59	12	18	10	1.60
25884992--25885041	25	2.0	25	84	7	66	40	0	20	40	1.52
25885816--25885847	17	1.9	16	93	6	55	18	18	37	25	1.94
25885877--25885902	13	2.0	13	100	0	52	30	7	15	46	1.74
25891035--25891084	25	2.0	25	88	7	75	40	0	22	38	1.54
25892794--25892915	46	2.7	46	89	0	172	31	27	20	20	1.98
25892792--25892934	46	3.1	45	80	9	121	30	27	20	20	1.98
25893338--25893397	30	2.0	30	86	0	84	30	25	5	40	1.77
25900073--25900110	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
25900340--25900510	93	1.8	93	89	2	272	29	28	20	21	1.98
25900335--25900505	46	3.7	47	79	10	190	30	28	19	21	1.98
25904537--25904815	140	2.0	140	92	2	472	29	13	25	31	1.93
25926386--25926479	42	2.2	42	100	0	188	22	36	23	18	1.95
25927434--25927606	46	3.7	46	83	6	197	24	30	17	27	1.98
25930727--25930910	67	2.8	64	76	8	185	28	16	30	23	1.96
25937208--25937236	14	2.1	14	100	0	58	58	20	6	13	1.58
25942838--25942937	47	2.1	47	94	0	173	34	14	24	28	1.93
25942916--25943112	54	3.6	54	81	4	227	36	16	24	22	1.94
25942924--25943147	108	2.1	109	85	4	301	37	16	24	21	1.94
25948706--25948911	47	4.4	47	89	1	279	31	9	32	27	1.88
25949030--25949109	37	2.2	37	84	4	99	25	16	31	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25954392--25954478	44	2.0	44	86	4	122	35	13	26	24	1.93
25954615--25954736	47	2.6	47	96	0	217	36	13	23	25	1.92
25954718--25954911	55	3.6	54	84	4	248	35	18	24	21	1.95
25965667--25966008	47	7.3	47	92	0	558	34	8	29	28	1.86
25965739--25965816	25	3.2	25	64	10	72	34	5	28	32	1.79
25967340--25967472	51	2.6	51	83	3	153	26	17	26	30	1.97
25967388--25967534	51	2.9	51	80	2	143	26	15	27	30	1.96
25972307--25972377	26	2.8	26	85	12	103	23	21	22	32	1.98
25976277--25976462	93	2.0	92	97	1	354	25	12	29	32	1.93
25982227--25982293	20	3.3	20	87	8	109	34	10	20	34	1.87
25982341--25982408	26	2.7	26	91	8	106	23	26	22	27	1.99
25982341--25982424	26	3.4	24	85	9	82	27	22	21	28	1.99
25982632--25982695	31	2.1	31	87	0	92	37	14	23	25	1.92
25984662--25984689	14	2.0	14	100	0	56	50	7	14	28	1.69
25985542--25985678	50	2.7	51	86	1	177	25	19	26	28	1.99
25985542--25985733	51	3.8	50	83	0	186	25	17	27	30	1.97
25985609--25985778	51	3.3	51	80	3	164	26	18	27	27	1.98
25996187--25996540	176	2.0	176	99	0	699	28	19	9	42	1.83
25997169--25997417	54	4.6	54	82	5	288	22	22	17	37	1.94
25997396--25997517	47	2.6	47	89	0	190	27	22	11	38	1.89
25997911--25998918	338	3.0	338	99	0	1998	36	19	6	38	1.77
26000567--26000763	55	3.6	53	83	6	252	21	25	18	35	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26001336--26001540	53	3.8	54	82	4	243	23	24	17	34	1.96
26001347--26001538	55	3.6	53	81	6	217	23	24	17	34	1.96
26000155--26001714	780	2.0	780	97	0	2915	27	23	14	35	1.93
26007678--26007812	50	2.7	50	80	7	159	24	31	20	23	1.98
26007678--26007981	46	6.4	48	74	10	177	25	30	18	26	1.98
26013306--26013523	50	4.5	51	76	15	180	26	18	30	25	1.98
26013310--26013523	92	2.3	91	83	10	243	26	18	29	25	1.98
26013885--26013924	19	2.1	19	100	0	80	22	17	25	35	1.95
26025266--26025396	20	6.6	20	85	0	154	15	16	25	42	1.87
26025263--26025396	40	3.3	40	87	0	178	15	17	24	42	1.88
26025266--26025415	60	2.5	60	83	2	185	15	18	24	42	1.89
26025266--26025420	20	7.8	20	83	2	141	14	20	23	41	1.89
26029211--26029307	20	4.9	20	74	2	72	14	23	21	40	1.90
26029296--26029360	26	2.4	27	82	10	80	15	23	23	38	1.92
26029310--26029391	26	3.2	26	85	0	101	19	20	23	36	1.95
26032759--26032798	21	2.0	20	85	5	53	10	35	22	32	1.87
26034148--26034219	34	2.2	33	82	7	83	33	19	22	25	1.97
26036234--26036273	20	2.0	20	95	0	71	45	22	10	22	1.82
26037423--26037468	3	15.3	3	95	0	83	2	30	0	67	1.03
26039158--26039196	14	2.7	14	85	14	53	41	0	2	56	1.13
26040095--26040138	22	2.0	22	81	0	52	31	25	6	36	1.82
26044750--26044853	33	3.1	33	86	4	120	26	24	22	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26044750--26044888	33	4.3	33	77	11	119	28	23	22	25	1.99
26045007--26045116	27	4.1	27	74	8	82	39	18	20	22	1.93
26045013--26045116	53	2.0	53	84	3	138	38	19	20	22	1.94
26045258--26045374	27	4.3	27	81	0	126	28	17	15	39	1.90
26045260--26045374	54	2.1	54	83	0	140	28	16	15	39	1.89
26049298--26049375	27	3.0	26	78	10	79	34	19	21	24	1.96
26049511--26049654	27	5.4	26	86	4	171	25	18	18	38	1.93
26056193--26056259	33	2.0	34	85	5	91	25	28	22	23	1.99
26064347--26064396	26	1.9	26	83	0	64	38	22	22	18	1.94
26066188--26066299	56	2.0	56	100	0	224	26	35	7	30	1.83
26070680--26070733	20	2.7	20	91	0	90	14	31	33	20	1.93
26084715--26085031	48	6.6	48	82	2	253	24	26	18	30	1.98
26084715--26085031	96	3.3	96	80	3	291	24	26	18	30	1.98
26095946--26096064	27	4.4	27	79	4	132	25	19	20	35	1.96
26095945--26096064	54	2.2	54	85	2	161	25	19	20	35	1.95
26105114--26105231	27	4.4	27	90	0	164	24	22	19	33	1.97
26110891--26110929	16	2.4	17	95	4	71	48	38	5	7	1.54
26112292--26112406	29	4.0	29	83	6	137	27	15	28	27	1.96
26112305--26112415	57	1.9	58	87	1	161	27	16	29	27	1.97
26115650--26115803	28	5.5	28	96	0	256	25	12	29	33	1.92
26115625--26115803	56	3.2	56	90	1	261	25	12	29	33	1.92
26118937--26119122	53	3.5	53	82	7	225	26	26	14	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26119202--26119235	17	2.1	16	88	5	50	23	11	2	61	1.43
26122262--26122439	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
26122263--26122418	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
26122259--26122439	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
26127902--26128042	70	2.0	70	98	0	273	29	20	19	29	1.97
26133725--26133909	39	4.7	39	91	0	298	30	25	21	23	1.99
26137673--26137706	17	2.0	17	94	0	59	61	8	0	29	1.26
26139738--26139780	20	2.3	18	81	14	52	41	0	20	37	1.53
26140438--26140753	49	6.7	49	70	10	181	28	20	27	23	1.99
26140580--26140799	49	4.6	47	76	6	176	26	20	28	24	1.99
26146785--26146956	93	1.8	93	93	2	301	29	29	20	20	1.98
26146778--26146953	46	3.8	46	77	14	200	30	28	20	20	1.98
26154350--26154521	93	1.8	93	92	2	292	28	28	20	22	1.99
26154343--26154518	46	3.8	46	78	11	198	29	28	20	21	1.98
26163838--26163878	9	4.6	9	85	8	57	56	19	0	24	1.42
26163935--26164027	19	5.1	19	71	15	79	48	15	8	27	1.74
26163925--26164053	54	2.4	54	92	2	206	44	15	8	31	1.77
26174823--26174970	43	3.5	42	75	10	122	28	25	18	27	1.98
26179513--26179538	13	2.0	13	100	0	52	53	15	0	30	1.42
26184407--26184431	13	1.9	13	100	0	50	8	40	36	16	1.77
26187925--26187950	13	2.0	13	100	0	52	53	15	0	30	1.42
26191117--26191258	70	2.0	70	98	0	275	39	9	22	28	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26192003--26192190	50	3.8	50	81	8	195	25	17	27	29	1.98
26192004--26192190	101	1.9	99	84	6	252	25	17	27	28	1.98
26194054--26194186	50	2.7	50	79	12	157	25	17	27	29	1.97
26195182--26195351	87	2.0	87	96	0	313	40	10	21	27	1.86
26195823--26195942	60	2.0	60	96	0	222	25	6	25	42	1.79
26197402--26197563	81	2.0	81	98	0	315	35	7	20	36	1.81
26198052--26198189	50	2.7	50	84	1	177	26	17	28	28	1.98
26198103--26198180	26	3.1	26	63	20	65	25	12	29	32	1.93
26200744--26200921	49	3.7	48	79	10	195	22	29	20	27	1.98
26201166--26201199	6	5.7	6	100	0	68	85	0	0	14	0.60

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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