Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   

This is table  107  of  290  ( 34714 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
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(0-2)
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1.95
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Period
Size
Copy
Number
Consensus
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Percent
Indels
Score
A
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Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
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Indels
Score
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1
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1.12
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
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Entropy
(0-2)
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0
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1.12
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18
2.8
17
81
9
62
32
2
0
65
1.04
36773316--36773484
60
2.8
60
82
0
178
32
21
17
28
1.96
36773827--36773855
5
5.8
5
100
0
58
20
0
0
79
0.74
36775360--36775393
17
1.9
17
88
5
50
35
0
0
64
0.94
36776585--36776618
17
1.9
17
88
5
50
35
0
0
64
0.94
36776878--36776930
17
3.2
17
78
2
63
32
7
1
58
1.37
36779051--36779077
14
1.9
14
100
0
54
81
0
11
7
0.87
36783838--36783880
23
1.9
23
85
4
61
53
2
16
27
1.55
36783944--36783986
21
2.0
21
86
0
59
48
0
32
18
1.48
36786909--36786950
18
2.3
19
84
12
52
59
2
4
33
1.31
36790522--36790566
21
2.1
22
84
12
58
17
4
6
71
1.25
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
36793507--36793536
15
2.0
15
93
0
51
30
16
13
40
1.87
36796961--36797055
46
2.1
46
93
0
163
30
7
20
42
1.79
36796980--36797048
22
3.0
22
65
8
57
33
5
20
40
1.76
36799671--36799695
6
4.2
6
100
0
50
32
0
16
52
1.44
36802112--36802212
3
33.3
3
74
15
66
30
2
2
63
1.24
36802290--36802329
21
1.9
21
89
0
62
32
2
0
65
1.06
36806729--36807398
333
2.0
333
99
0
1333
33
17
15
32
1.92
36808045--36808085
19
2.2
19
86
8
57
68
4
2
24
1.22
36808168--36808213
23
2.0
23
83
12
58
45
0
4
50
1.21
36812826--36812854
14
2.0
15
93
6
51
72
6
0
20
1.07
36818469--36818511
17
2.5
17
80
3
59
37
9
16
37
1.81
36818697--36818742
23
2.0
23
95
0
83
43
19
4
32
1.71
36824241--36824290
3
16.7
3
100
0
100
66
0
0
34
0.92
36826655--36826743
24
3.7
24
75
3
88
28
29
15
26
1.96
36834041--36834102
30
2.1
30
90
6
99
58
12
3
25
1.50
36834635--36834667
17
1.9
17
88
11
50
39
6
3
51
1.42
36849267--36849310
19
2.4
19
81
14
56
63
2
4
29
1.26
36855813--36855841
15
1.9
15
100
0
58
65
13
13
6
1.45
36856006--36856059
25
2.1
26
86
10
76
68
0
29
1
1.00
36855999--36856054
28
2.0
28
83
13
71
69
0
28
1
0.98
36856003--36856055
20
2.7
21
77
11
58
69
0
28
1
0.99
36856082--36856144
26
2.3
26
75
5
63
65
0
28
6
1.17
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
36856193--36856574
13
32.8
12
63
17
72
22
2
13
61
1.45
36856275--36856326
22
2.4
22
83
6
70
17
0
13
69
1.19
36856188--36856607
104
4.0
104
100
0
840
22
2
13
60
1.46
36856379--36856430
22
2.4
22
83
6
70
17
0
13
69
1.19
36856483--36856534
22
2.4
22
83
6
70
17
0
13
69
1.19
36856562--36856725
39
4.3
37
79
15
169
34
4
10
50
1.56
36856559--36856719
37
4.4
35
79
14
164
34
4
10
50
1.57
36856584--36856643
13
4.6
13
69
8
50
31
3
8
56
1.45
36856620--36856652
16
2.1
16
100
0
66
24
0
12
63
1.28
36856551--36856725
76
2.3
76
89
5
257
33
4
10
51
1.56

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290