genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.225.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77726523--77726591	33	2.1	33	97	0	129	27	17	17	37	1.92
77726811--77726875	27	2.4	27	79	2	78	38	20	18	23	1.93
77726976--77727029	27	2.0	28	85	7	76	31	18	20	29	1.96
77735102--77735203	43	2.4	43	80	8	111	29	19	20	30	1.97
77736535--77736685	42	3.5	43	73	14	123	25	19	27	27	1.99
77736751--77736780	15	1.9	16	93	6	53	46	0	16	36	1.47
77739588--77739672	44	1.9	44	90	4	136	36	24	18	20	1.95
77740555--77740602	8	6.4	8	77	18	50	41	2	0	56	1.11
77740556--77740602	21	2.2	21	88	0	67	42	2	0	55	1.12
77742323--77742480	40	4.0	40	93	1	255	23	20	26	29	1.99
77742324--77742510	80	2.3	79	86	5	234	22	21	25	29	1.99
77747578--77747707	46	2.8	46	80	4	154	29	30	20	20	1.98
77747583--77747726	46	3.1	45	72	15	123	29	29	20	20	1.98
77753205--77753362	40	4.0	40	93	1	255	23	20	26	29	1.99
77753206--77753392	80	2.3	79	86	5	234	22	21	25	29	1.99
77758460--77758589	46	2.8	46	80	4	154	29	30	20	20	1.98
77758465--77758608	46	3.1	45	72	15	123	29	29	20	20	1.98
77763909--77764027	40	3.0	40	91	0	193	22	20	26	30	1.98
77763910--77764057	80	1.9	80	84	5	201	23	20	25	29	1.99
77768116--77768268	40	3.8	40	88	2	211	24	20	28	26	1.99
77774097--77774162	33	2.0	32	91	2	105	22	18	30	27	1.97
77776270--77776737	54	8.7	54	98	0	866	19	25	20	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77776298--77776737	27	16.3	27	80	13	379	19	25	20	33	1.97
77784308--77784718	27	15.2	27	82	13	508	18	25	22	33	1.97
77784305--77784718	54	7.7	54	98	0	776	18	25	22	33	1.97
77787509--77788043	268	2.0	268	99	0	1052	34	21	8	34	1.85
77793220--77793380	44	3.7	43	77	11	152	29	25	18	27	1.98
77793220--77793380	42	3.7	43	77	9	159	29	25	18	27	1.98
77802850--77803034	41	4.6	41	84	4	234	27	27	21	23	1.99
77802849--77803048	81	2.5	81	83	6	262	27	28	21	23	1.99
77806095--77806133	20	2.0	20	84	0	51	41	2	12	43	1.56
77811913--77811974	23	2.8	22	75	18	65	43	0	0	56	0.99
77816067--77816100	6	5.7	6	96	0	50	0	8	32	58	1.29
77818915--77818948	16	2.1	16	100	0	68	14	26	17	41	1.88
77830805--77831061	129	2.0	129	99	0	505	34	3	24	36	1.74
77832275--77832348	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
77833010--77833137	64	2.0	64	96	0	238	45	10	23	20	1.82
77833586--77833716	65	2.0	66	95	1	237	44	19	16	20	1.87
77858585--77858747	43	3.8	44	76	8	149	29	15	25	29	1.96
77868111--77868277	84	2.0	84	96	0	307	40	10	7	41	1.68
77872468--77872651	40	4.7	40	81	11	186	25	22	26	25	2.00
77872520--77872684	79	2.1	79	82	8	194	26	21	27	24	1.99
77880954--77881104	27	5.6	27	81	4	169	27	15	28	29	1.96
77880955--77881104	82	1.8	81	88	4	230	26	15	28	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77880954--77881104	55	2.8	53	81	4	167	27	15	28	29	1.96
77884554--77884586	11	3.0	11	86	13	50	45	0	3	51	1.16
77887338--77887403	19	3.1	22	65	32	54	27	30	25	16	1.97
77900568--77900698	27	4.9	27	90	1	176	28	19	9	42	1.82
77900557--77900739	54	3.4	54	80	3	145	32	20	9	37	1.85
77900622--77901006	27	14.2	27	76	9	167	38	20	9	32	1.84
77900676--77900952	81	3.4	80	77	12	262	40	21	8	29	1.83
77900690--77900922	54	4.3	53	81	5	245	41	21	8	29	1.81
77900676--77901035	27	13.3	27	76	5	181	39	20	9	30	1.84
77901065--77901151	27	3.3	27	88	3	122	35	19	26	18	1.95
77901957--77902067	26	4.3	26	89	4	165	29	20	22	27	1.99
77902200--77902291	42	2.2	42	88	0	130	29	14	20	35	1.92
77902315--77902393	31	2.5	31	95	0	140	30	18	25	25	1.98
77904825--77905002	27	6.6	27	84	5	180	29	27	15	27	1.96
77904846--77905001	82	1.9	81	86	3	224	29	27	15	27	1.96
77912394--77912571	27	6.6	27	85	3	214	30	28	14	26	1.95
77912415--77912570	82	1.9	81	89	3	242	30	28	14	26	1.95
77914202--77914402	101	2.0	101	99	0	395	23	19	19	36	1.95
77917305--77917372	29	2.3	29	82	0	73	27	20	17	33	1.95
77929375--77929453	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
77929572--77929951	47	8.1	47	91	0	589	28	29	9	32	1.88
77932549--77932636	3	29.7	3	78	6	54	52	1	3	43	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77932536--77932620	44	1.9	44	97	0	161	49	2	4	43	1.36
77946287--77946458	40	4.3	40	86	2	195	25	29	20	24	1.99
77946287--77946511	80	2.8	80	77	8	199	25	28	20	24	1.99
77946443--77946520	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
77959505--77959727	48	4.7	47	73	7	166	24	19	26	29	1.98
77963625--77964687	47	22.6	47	98	0	1991	31	10	29	27	1.90
77964806--77964884	37	2.1	37	86	4	106	25	17	30	26	1.97
77970033--77970157	27	4.6	27	89	0	187	36	17	22	23	1.94
77970030--77970174	54	2.7	52	76	11	139	37	17	20	24	1.93
77972047--77972098	19	2.8	19	82	8	63	65	0	3	30	1.10
77976790--77976838	25	2.0	25	88	8	73	24	8	30	36	1.85
77983629--77983780	46	3.5	46	75	17	189	22	20	25	31	1.98
77983617--77983780	82	2.0	82	100	0	328	23	20	25	30	1.99
77986558--77986613	15	3.7	15	83	7	78	14	16	8	60	1.57
77998760--77998825	34	1.9	34	96	0	123	46	9	18	25	1.78
78001273--78001402	64	2.0	64	98	0	251	30	16	10	42	1.82
78002049--78002185	40	3.5	40	91	3	215	29	26	19	24	1.99
78003898--78004005	55	2.0	55	96	0	198	42	16	7	33	1.76
78004297--78004540	50	4.9	50	74	4	231	25	19	24	30	1.98
78004297--78004540	101	2.4	99	81	6	260	25	19	24	30	1.98
78010738--78010871	67	2.0	67	98	0	259	28	26	16	29	1.97
78018253--78018327	38	2.0	38	94	0	132	34	17	13	34	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78030602--78030705	41	2.5	41	75	6	102	33	18	29	18	1.95
78032616--78032720	47	2.2	47	93	0	174	28	31	6	33	1.83
78037165--78037196	14	2.3	14	100	0	64	28	21	15	34	1.94
78037338--78037376	19	2.0	20	90	5	62	30	7	20	41	1.80
78041235--78041259	13	1.9	13	100	0	50	24	24	24	28	2.00
78043535--78043613	37	2.1	37	85	0	104	25	31	17	25	1.97
78043732--78043875	47	3.1	47	86	2	200	26	32	9	31	1.89
78047585--78047859	48	5.7	48	86	2	169	26	18	30	25	1.98
78047636--78047858	96	2.3	96	91	0	356	25	17	31	26	1.97
78051910--78051947	18	2.1	18	85	9	51	63	5	0	31	1.17
78070926--78070997	2	36.0	2	94	0	126	47	51	0	1	1.09
78074820--78074844	12	2.1	12	100	0	50	16	24	20	40	1.91
78074932--78074962	6	5.2	6	92	0	53	19	16	12	51	1.76
78083610--78083673	5	13.0	5	93	3	112	39	1	0	59	1.07
78086973--78087003	6	5.2	6	92	0	53	16	19	16	48	1.81
78088060--78088224	47	3.5	46	77	14	167	24	29	19	27	1.98
78088051--78088227	94	1.9	94	91	2	293	23	29	20	26	1.99
78105808--78105895	27	3.2	27	69	12	79	38	26	15	19	1.92
78105812--78105928	56	2.1	56	95	0	207	36	26	14	22	1.92
78105843--78105928	27	3.0	30	65	13	81	36	27	15	20	1.93
78105818--78105906	27	3.2	27	69	12	81	39	25	15	19	1.91
78109407--78109440	10	3.3	10	88	8	50	5	20	14	58	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78112243--78112311	34	2.1	34	91	2	113	27	21	21	28	1.99
78113058--78113142	32	2.7	31	83	10	102	47	25	9	17	1.78
78113084--78113148	32	2.0	32	96	0	121	47	23	12	16	1.80
78113091--78113145	16	3.4	16	69	18	51	47	23	12	16	1.81
78116887--78116929	21	2.0	21	86	8	61	37	4	2	55	1.33
78120181--78120239	27	2.2	27	90	0	100	37	27	10	25	1.88
78120619--78120657	20	2.1	19	85	9	53	53	17	25	2	1.56
78137406--78137510	43	2.4	43	81	6	106	23	15	26	34	1.94
78146815--78146859	20	2.2	20	88	0	63	35	13	0	51	1.41
78147904--78147933	15	1.9	16	93	6	53	36	20	0	43	1.52

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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