genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.51.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16799458--16799682	83	2.8	81	84	7	298	24	22	28	24	1.99
16803101--16803125	13	1.9	13	100	0	50	36	16	32	16	1.90
16805936--16806020	30	2.8	30	77	10	93	12	21	2	63	1.40
16807654--16807712	31	1.9	31	92	0	100	35	13	40	10	1.78
16808188--16808212	13	1.9	13	100	0	50	36	16	32	16	1.90
16812190--16812220	4	7.8	4	92	0	53	22	0	22	54	1.44
16817996--16818172	55	3.2	55	89	0	246	31	29	12	26	1.93
16817996--16818147	27	5.6	27	92	3	232	30	28	13	27	1.94
16831108--16831192	21	4.0	22	77	9	86	35	27	22	15	1.94
16831112--16831192	44	1.9	41	82	7	99	33	28	23	14	1.94
16831399--16831462	28	2.3	28	91	0	101	43	31	3	21	1.68
16831385--16831455	28	2.9	23	77	18	79	45	33	4	16	1.67
16832138--16832171	16	2.1	16	88	0	50	29	14	5	50	1.67
16843070--16843188	62	2.0	59	86	5	166	40	3	4	52	1.38
16888539--16888745	53	3.8	53	73	3	171	39	16	22	21	1.92
16891739--16891922	40	4.7	40	81	11	195	25	27	21	25	2.00
16891739--16891922	79	2.3	82	81	11	215	25	27	21	25	2.00
16892991--16893015	13	1.9	13	100	0	50	0	8	4	88	0.64
16894681--16894795	43	2.7	43	81	4	135	32	25	17	25	1.97
16899197--16899356	47	3.4	47	79	9	143	28	23	25	22	1.99
16900505--16900545	22	1.9	22	90	5	66	9	41	29	19	1.83
16926568--16926731	43	3.8	43	77	10	165	32	23	15	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16926568--16926716	42	3.5	43	77	11	162	30	24	16	28	1.97
16926920--16926954	16	2.2	16	100	0	70	31	11	5	51	1.61
16935150--16935231	42	2.0	42	82	4	103	24	35	21	18	1.96
16935425--16935474	23	2.3	22	80	12	59	46	26	6	22	1.74
16949185--16949375	42	4.7	40	90	1	274	26	21	27	24	1.99
16949185--16949379	82	2.4	81	87	3	284	26	21	27	24	1.99
16952770--16952850	39	2.0	40	92	4	137	24	18	30	25	1.98
16955793--16955823	3	10.3	3	100	0	62	67	0	0	32	0.91
16956788--16956821	10	3.6	10	88	11	54	67	0	0	32	0.91
16957734--16957778	13	3.3	13	82	11	54	17	2	35	44	1.62
16957783--16957843	28	2.1	29	93	3	106	40	0	21	37	1.53
16958014--16958055	14	3.0	14	76	13	50	54	4	9	30	1.53
16971601--16971729	23	5.3	23	77	10	100	34	18	21	24	1.96
16971586--16971729	70	2.0	75	84	9	192	33	20	21	25	1.97
16972002--16972043	20	2.1	20	86	0	57	40	11	7	40	1.69
16977163--16977200	17	2.2	17	95	0	67	63	5	26	5	1.37
16986719--16986763	23	2.0	23	82	8	56	44	2	4	48	1.35
16987727--16987851	61	2.0	63	87	3	182	30	4	8	56	1.51
16988346--16988384	3	13.0	3	100	0	78	0	33	0	66	0.92
16995281--16995319	16	2.4	16	87	8	53	66	0	7	25	1.18
16996571--16996893	44	7.3	43	69	12	163	29	21	19	29	1.98
16996598--16996935	177	1.9	176	84	3	446	27	23	19	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17001680--17001723	21	2.1	21	86	0	61	47	6	13	31	1.69
17009644--17009682	16	2.4	16	87	8	53	66	0	7	25	1.18
17017126--17017180	19	2.8	19	67	22	51	36	0	3	60	1.15
17018926--17018969	22	1.9	23	86	9	63	25	20	0	54	1.45
17020527--17020589	18	3.4	18	78	4	81	41	3	0	55	1.16
17020522--17020596	37	2.0	37	100	0	150	44	5	0	50	1.24
17021439--17021476	18	2.1	18	90	0	58	42	44	2	10	1.52
17021453--17021477	13	1.9	13	100	0	50	40	48	0	12	1.40
17021502--17021542	6	6.5	6	83	10	55	78	2	0	19	0.87
17021502--17021544	20	2.2	20	86	0	59	79	2	0	18	0.85
17021562--17021602	9	4.6	9	87	0	55	29	7	19	43	1.78
17023197--17023402	56	3.6	56	80	7	220	32	22	16	28	1.96
17033227--17033377	29	5.2	29	84	0	212	22	25	15	37	1.93
17037707--17040899	94	34.0	94	84	1	3112	28	19	17	34	1.95
17037767--17039324	44	33.2	44	64	21	175	28	19	16	34	1.94
17038989--17039513	44	11.3	44	64	23	177	28	19	16	35	1.94
17046443--17046468	11	2.4	11	100	0	52	73	0	7	19	1.07
17046639--17046667	8	3.8	8	90	9	51	86	0	0	13	0.58
17046639--17046667	15	1.9	15	100	0	58	86	0	0	13	0.58
17047534--17047585	22	2.4	21	84	9	61	7	7	11	73	1.26
17059918--17059972	26	2.1	27	96	3	103	54	10	7	27	1.61
17059961--17059987	13	2.1	13	100	0	54	70	0	14	14	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17060477--17060501	10	2.5	10	100	0	50	92	0	0	8	0.40
17062613--17062674	28	2.2	28	97	0	115	29	8	9	53	1.62
17062623--17062680	28	2.1	27	87	6	82	31	8	10	50	1.67
17068194--17068328	40	3.4	39	90	6	209	25	22	28	23	2.00
17076110--17076207	40	2.5	40	93	1	162	25	23	30	20	1.98
17083569--17084334	242	3.1	245	77	12	791	44	7	9	38	1.66
17083874--17083934	27	2.3	24	78	15	59	39	4	6	49	1.50
17083363--17084497	245	4.7	244	78	11	1003	44	7	9	37	1.66
17084835--17084888	27	2.0	27	82	7	65	25	1	25	46	1.63
17085976--17086063	44	2.0	44	100	0	176	36	18	13	31	1.90
17086732--17086787	21	2.7	21	88	0	85	26	8	35	28	1.87
17088904--17088949	20	2.3	20	82	14	60	28	28	17	26	1.98
17090450--17090812	180	2.0	180	98	0	699	33	20	20	25	1.97
17095112--17095240	32	4.0	32	92	1	222	45	9	10	34	1.71
17095961--17095994	7	4.9	7	100	0	68	41	0	14	44	1.45
17097494--17097542	24	2.1	22	88	7	71	18	2	6	73	1.14
17100570--17100702	41	3.2	39	75	8	122	24	12	21	42	1.87
17100647--17100753	43	2.5	43	87	0	151	19	14	25	41	1.89
17100737--17100834	43	2.3	43	82	7	119	21	16	20	41	1.90
17111029--17111078	18	2.7	18	81	6	55	20	26	38	16	1.92
17116455--17116505	9	5.4	9	77	15	50	64	3	0	31	1.11
17119550--17119608	13	4.4	13	81	14	66	79	0	18	1	0.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17119548--17119600	6	8.8	6	76	15	56	79	0	20	0	0.74
17119548--17119600	18	2.9	18	86	8	72	79	0	20	0	0.74
17119556--17119608	15	3.6	14	76	19	54	79	0	18	1	0.83
17125869--17125900	16	2.0	16	100	0	64	31	6	18	43	1.75
17135016--17135048	17	1.9	17	93	0	57	21	12	21	45	1.84
17146926--17146989	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
17147182--17147325	24	6.0	24	88	8	204	28	20	20	30	1.98
17147382--17147458	9	7.9	9	70	16	55	35	19	9	36	1.84
17147378--17147460	20	4.2	20	95	0	148	32	18	12	37	1.87
17147497--17147544	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
17155061--17155124	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
17155344--17156396	24	43.9	24	99	0	2074	29	20	20	29	1.98
17156449--17156511	20	3.2	20	93	0	108	31	17	14	36	1.90
17159499--17159541	22	2.0	22	85	0	59	9	30	27	32	1.88
17168578--17168696	41	2.8	42	77	11	127	26	17	24	31	1.97
17173298--17173329	14	2.4	13	90	10	55	62	12	6	18	1.50
17186009--17186221	41	5.2	41	79	5	200	35	19	18	26	1.95
17186019--17186221	81	2.5	81	82	4	237	34	19	19	27	1.95
17186153--17186232	41	1.9	40	83	16	101	30	17	21	31	1.96
17186977--17187085	7	15.7	7	71	9	62	19	0	32	47	1.56
17187028--17187084	21	2.7	21	86	5	80	15	1	35	47	1.56
17187028--17187104	21	3.7	21	84	3	75	16	1	35	46	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17190723--17190779	27	2.1	27	93	6	98	50	14	0	35	1.42
17190746--17190865	43	3.2	34	75	21	123	49	14	1	35	1.53
17190723--17190792	27	2.6	27	86	8	72	51	12	0	35	1.40
17190766--17190950	43	4.3	43	90	1	271	46	15	2	35	1.58
17190801--17190967	9	19.0	9	70	11	80	45	16	1	35	1.58
17190766--17190978	86	2.5	86	83	4	214	46	15	2	35	1.59
17196039--17196067	14	2.1	14	93	6	51	34	0	10	55	1.34
17196759--17196849	31	2.9	31	81	4	94	18	7	17	56	1.65
17196936--17197061	43	2.9	43	77	4	146	26	29	17	26	1.97
17205942--17205979	18	2.1	19	90	5	60	50	0	15	34	1.45

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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