genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.86.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28767732--28767859	24	5.0	24	84	12	166	23	22	15	38	1.92
28767720--28767859	52	2.7	52	83	13	189	23	24	15	37	1.93
28767720--28767863	28	5.4	27	85	12	201	24	25	14	36	1.93
28775076--28775755	48	14.2	48	95	0	1189	31	27	6	35	1.82
28788692--28788880	48	3.9	48	93	0	315	29	27	6	36	1.82
28797687--28797778	25	3.8	24	71	7	69	27	19	32	20	1.97
28804088--28804315	48	4.9	48	75	7	207	28	24	20	26	1.99
28805803--28805850	24	2.0	24	100	0	96	29	8	8	54	1.60
28808375--28808674	150	2.0	150	95	0	537	42	10	8	39	1.69
28810738--28810771	18	1.9	17	88	5	50	50	0	17	32	1.47
28814547--28814633	34	2.5	34	76	10	86	31	24	26	18	1.98
28826799--28826853	29	1.9	28	81	3	65	40	14	25	20	1.90
28829718--28829768	21	2.3	22	80	6	59	43	1	0	54	1.11
28834280--28834360	42	1.9	42	100	0	162	30	9	16	43	1.80
28841376--28841525	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
28841400--28841583	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
28857866--28857904	20	2.0	20	89	0	60	48	2	10	38	1.51
28859944--28859994	25	2.0	25	92	0	84	41	5	31	21	1.77
28860702--28860751	25	2.0	25	96	0	91	34	24	18	24	1.96
28861477--28861521	22	2.1	22	91	4	74	13	28	33	24	1.93
28866792--28866825	17	2.1	17	88	5	52	73	17	0	8	1.08
28868847--28868876	16	1.9	15	93	6	51	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28878066--28878106	21	2.0	21	85	9	57	34	0	2	63	1.08
28878830--28878869	21	1.9	21	100	0	80	40	10	12	37	1.77
28878829--28878881	21	2.5	21	87	0	79	41	13	11	33	1.80
28892772--28892981	40	5.3	39	89	4	242	25	21	27	25	1.99
28892719--28892981	120	2.2	120	82	4	309	25	21	27	25	1.99
28892720--28893016	80	3.7	80	81	6	230	26	21	27	24	1.99
28900722--28900931	40	5.3	39	89	4	242	25	21	27	25	1.99
28900669--28900931	120	2.2	120	82	4	309	25	21	27	25	1.99
28900670--28900966	80	3.7	80	81	6	230	26	21	27	24	1.99
28912028--28912056	12	2.3	13	94	5	51	20	6	6	65	1.40
28916407--28916507	29	3.5	29	89	1	150	26	14	28	29	1.95
28920431--28920753	162	2.0	162	98	0	628	32	15	20	32	1.93
28924580--28924757	53	3.3	53	75	9	171	23	25	14	35	1.93
28924720--28924802	42	2.0	42	95	0	148	27	26	12	33	1.92
28924807--28924968	47	3.5	47	76	9	143	20	24	20	35	1.96
28924802--28924968	45	3.6	45	73	8	147	19	23	20	35	1.96
28925594--28925654	30	2.0	30	87	0	86	34	22	4	37	1.76
28932151--28932197	10	4.6	10	78	10	51	29	2	2	65	1.15
28938400--28938460	28	2.2	27	80	8	70	50	0	4	44	1.23
28943763--28943795	12	2.6	13	85	9	50	54	0	0	45	0.99
28943982--28944023	21	2.0	21	85	0	57	33	30	7	28	1.84
28944074--28944098	7	3.6	7	100	0	50	68	0	0	32	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28946556--28946729	94	1.8	95	84	6	237	28	17	30	24	1.97
28946506--28946729	47	4.8	47	76	12	194	29	17	29	24	1.97
28954162--28954372	46	4.5	46	79	8	178	27	19	29	23	1.98
28954242--28954367	47	2.7	48	86	6	179	29	18	28	23	1.98
28954625--28954690	33	2.0	33	100	0	132	27	15	9	48	1.74
28955936--28955970	18	1.9	18	88	0	52	22	17	14	45	1.84
28956114--28956140	6	4.5	6	100	0	54	48	14	18	18	1.82
28957252--28957292	22	1.9	21	85	5	55	2	19	9	68	1.29
28959127--28959203	39	2.0	39	92	0	127	22	7	16	53	1.69
28960382--28960414	8	4.1	8	92	0	57	27	36	12	24	1.91
28969845--28969880	19	1.9	19	88	5	56	25	19	25	30	1.98
28970280--28970350	24	3.0	24	93	0	115	36	1	36	25	1.65
28971771--28971882	27	4.1	27	84	7	138	15	24	23	37	1.93
28971771--28971882	54	2.1	54	88	3	163	15	24	23	37	1.93
28975544--28975651	27	4.0	27	77	8	94	16	22	22	38	1.93
28989077--28989142	11	5.9	11	76	15	64	22	19	0	57	1.41
28989077--28989134	6	10.2	6	75	15	52	20	18	0	60	1.36
28989110--28989143	17	2.0	17	88	11	52	26	17	0	55	1.42
28989077--28989142	5	11.8	5	77	16	51	22	19	0	57	1.41
28990032--28990185	72	2.1	73	87	2	220	33	12	24	29	1.93
28991822--28991946	34	3.7	34	88	2	180	18	26	22	32	1.97
28998784--28998878	34	2.8	34	87	3	120	22	25	22	30	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29008213--29008296	44	1.9	44	87	2	125	34	26	22	16	1.95
29009626--29009688	17	3.8	17	72	16	51	17	38	23	20	1.93
29025276--29025333	30	1.9	30	100	0	116	41	24	8	25	1.83
29032974--29033007	18	2.0	18	88	11	54	35	17	26	20	1.95
29044674--29044716	22	2.0	21	82	13	52	39	11	16	32	1.84
29045208--29045249	20	2.1	20	90	0	66	33	21	14	30	1.93
29049867--29050104	42	5.7	42	82	8	231	26	15	23	33	1.95
29049937--29050099	83	2.0	83	82	4	204	26	15	24	32	1.96
29057250--29057291	17	2.5	17	100	0	84	28	19	11	40	1.87
29065264--29065359	42	2.3	42	90	0	147	18	33	26	21	1.97
29065281--29065379	42	2.4	42	86	3	137	15	34	26	24	1.94
29071884--29071945	31	2.0	31	96	0	115	29	29	11	30	1.91
29073708--29073740	13	2.5	13	95	0	57	33	39	3	24	1.71
29076504--29076548	16	2.8	16	86	0	72	48	17	22	11	1.78
29077495--29077520	11	2.4	11	100	0	52	26	0	19	53	1.45
29080013--29080148	39	3.5	39	80	1	110	24	25	21	28	1.99
29080036--29080167	40	3.3	40	82	1	140	25	23	21	30	1.99
29090183--29090223	22	1.9	21	85	5	55	12	43	24	19	1.85
29102035--29102225	53	3.5	54	81	2	222	20	24	19	36	1.95
29122684--29122859	46	3.8	45	81	10	212	21	21	29	28	1.98
29122680--29122851	93	1.8	93	94	0	308	20	21	30	27	1.98
29125783--29125851	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29125774--29125861	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
29133249--29133303	25	2.2	26	78	15	62	49	1	9	40	1.45
29136891--29137062	85	2.0	85	100	0	344	47	6	11	34	1.66
29139183--29139366	79	2.3	81	81	11	213	24	27	22	25	2.00
29139183--29139366	40	4.6	41	82	12	190	24	27	22	25	2.00
29139584--29139647	32	2.0	32	100	0	128	15	34	9	40	1.80
29141097--29141560	232	2.0	232	95	0	838	26	23	19	29	1.98
29142994--29143216	40	5.6	39	82	5	207	26	26	21	25	1.99
29143148--29143225	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
29145143--29145364	48	4.6	48	96	0	408	35	6	27	31	1.83
29149206--29149336	53	2.4	54	76	2	138	38	17	23	20	1.93
29161001--29161041	14	3.0	13	89	7	55	36	12	17	34	1.87
29165285--29165343	28	2.1	28	96	0	109	28	16	13	40	1.87
29173205--29173245	21	2.0	20	85	4	55	19	36	21	21	1.95
29178326--29178382	30	1.9	30	85	0	78	28	36	26	8	1.86
29181479--29181590	43	2.6	43	87	5	147	35	25	13	25	1.92
29187953--29188042	43	2.1	43	95	2	164	14	25	5	54	1.62
29198797--29198913	41	2.9	41	77	6	107	38	28	16	17	1.91
29203195--29203308	29	4.0	28	84	3	122	28	14	28	28	1.96
29212121--29212658	37	14.4	37	85	4	666	35	34	18	11	1.88
29212121--29212658	75	7.2	75	86	2	679	35	34	18	11	1.88
29212121--29212653	112	4.7	112	91	1	780	35	33	18	11	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29212565--29212633	21	3.5	21	64	18	58	36	36	18	8	1.82
29213500--29213587	44	2.0	44	90	0	140	38	13	12	35	1.83
29215537--29215626	42	2.1	42	95	0	162	34	18	14	32	1.91
29215759--29215842	26	3.3	26	85	8	113	25	23	21	29	1.99
29215892--29215966	20	3.8	20	91	6	111	34	18	9	37	1.83
29215892--29215947	11	5.5	11	71	16	57	32	19	10	37	1.86
29215909--29215965	9	5.8	10	76	15	57	35	19	8	36	1.83
29215994--29216041	25	1.9	25	86	0	69	27	14	22	35	1.93
29216669--29216732	27	2.4	27	81	5	76	23	25	15	35	1.94
29216764--29216916	27	5.7	27	76	6	139	28	7	22	40	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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