genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.52.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17216236--17216312	40	1.9	40	94	0	136	12	15	33	37	1.86
17219569--17219746	27	6.6	26	82	6	169	26	15	28	28	1.96
17219570--17219725	82	1.9	81	85	3	215	26	16	28	28	1.97
17219566--17219746	82	2.2	81	81	2	211	27	16	28	28	1.97
17219651--17219757	27	3.9	27	85	1	70	26	14	28	30	1.95
17222621--17222666	24	1.9	24	90	0	74	36	13	10	39	1.79
17227965--17228015	20	2.6	20	76	14	61	45	11	7	35	1.70
17229435--17229499	32	2.0	32	90	0	103	29	13	27	29	1.95
17238839--17238872	18	1.9	17	88	5	50	26	29	29	14	1.95
17239903--17239968	33	2.0	33	100	0	132	33	24	9	33	1.87
17240443--17240481	6	6.5	6	81	0	51	56	2	25	15	1.52
17240627--17240717	25	3.7	25	76	2	94	39	8	16	35	1.80
17240627--17240690	24	2.6	24	80	2	83	39	7	17	35	1.78
17251310--17251340	12	2.6	12	100	0	62	6	19	48	25	1.72
17269577--17269687	34	3.3	34	80	7	127	19	24	13	42	1.87
17271384--17271444	26	2.3	26	85	0	77	39	9	14	36	1.80
17282200--17282238	13	3.0	13	85	10	53	43	15	20	20	1.88
17284059--17284163	53	2.0	53	98	0	201	32	22	20	24	1.98
17291935--17291959	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
17297374--17297478	6	17.7	6	85	10	112	18	1	0	79	0.89
17315055--17315086	3	10.7	3	100	0	64	34	0	0	65	0.93
17315091--17315134	15	2.9	15	90	6	63	29	18	0	52	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17323328--17323406	33	2.4	33	77	8	81	45	18	21	13	1.84
17324798--17324832	15	2.2	16	90	5	54	20	0	11	68	1.20
17325798--17325835	3	12.7	3	94	0	67	68	0	28	2	1.03
17327871--17327911	21	2.0	20	85	4	55	34	7	12	46	1.69
17330613--17330672	27	2.2	27	84	0	75	23	31	10	35	1.88
17330763--17330835	27	2.7	27	80	0	74	21	20	16	41	1.90
17332828--17333030	99	2.1	99	88	1	300	27	21	10	40	1.86
17334955--17335016	22	2.8	23	81	11	67	64	4	1	29	1.23
17335667--17335703	18	2.1	18	90	10	58	64	0	0	35	0.94
17346471--17346503	16	2.1	15	94	5	57	24	9	0	66	1.20
17349977--17350018	15	2.8	15	78	10	50	38	0	7	54	1.28
17358608--17358668	30	2.0	30	84	6	79	40	6	22	29	1.79
17360845--17360919	3	24.7	3	75	2	60	2	33	1	62	1.17
17362927--17363292	48	7.6	48	76	7	323	27	19	29	23	1.98
17362914--17363292	96	3.9	96	85	2	460	27	18	29	24	1.98
17369901--17369951	24	2.1	24	96	0	93	27	7	19	45	1.78
17370794--17371112	48	6.6	48	77	5	304	26	19	29	24	1.98
17370779--17371112	96	3.5	94	84	5	386	26	18	29	24	1.98
17370794--17371112	144	2.2	144	82	2	381	26	19	29	24	1.98
17378256--17378359	45	2.3	45	86	3	138	42	16	17	24	1.88
17385209--17385315	45	2.4	45	87	3	153	42	18	16	21	1.89
17387734--17387776	19	2.3	19	96	4	79	32	0	16	51	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17388007--17388111	32	3.5	32	69	25	111	58	0	5	36	1.22
17388036--17388079	24	1.9	22	90	4	61	63	0	4	31	1.14
17388009--17388137	56	2.3	56	98	0	249	59	0	5	34	1.20
17389172--17389243	31	2.3	30	79	13	76	51	1	4	43	1.29
17402425--17402484	26	2.3	26	82	0	75	33	35	13	18	1.89
17415046--17415073	8	3.5	8	100	0	56	35	0	0	64	0.94
17421719--17421989	36	7.3	36	69	15	140	36	15	12	35	1.85
17421799--17421989	18	10.6	18	72	12	133	37	15	12	34	1.86
17422169--17422366	45	4.4	45	92	0	297	40	20	20	19	1.92
17422766--17422812	5	9.2	5	90	4	67	38	23	0	38	1.55
17424184--17424218	9	4.0	9	88	7	54	17	11	0	71	1.14
17424184--17424230	17	2.7	18	86	6	69	17	10	0	72	1.12
17424184--17424226	13	3.3	13	83	9	52	16	11	0	72	1.13
17429055--17429128	36	2.1	36	89	0	112	40	14	20	24	1.90
17433663--17433695	16	1.9	18	88	11	52	51	18	12	18	1.76
17434259--17434466	43	4.8	43	85	3	267	28	29	18	23	1.98
17434265--17434460	86	2.3	86	88	5	299	29	28	17	24	1.98
17437320--17437391	30	2.4	30	97	0	135	22	33	25	19	1.97
17443079--17443436	47	7.6	47	92	1	554	28	29	8	33	1.86
17443079--17443436	143	2.5	141	91	0	554	28	29	8	33	1.86
17446914--17446940	14	1.9	14	100	0	54	44	0	11	44	1.39
17447490--17447533	20	2.3	19	80	7	52	47	2	13	36	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17452259--17452314	27	2.0	29	83	16	73	46	1	1	50	1.22
17463546--17463700	47	3.3	47	73	12	183	28	25	20	26	1.99
17463522--17463751	93	2.5	93	98	0	442	28	25	20	25	1.99
17463435--17463746	46	6.8	45	75	10	218	28	26	21	24	1.99
17465318--17465584	51	5.1	51	62	21	140	31	25	20	22	1.98
17465256--17465676	105	4.0	105	97	0	763	30	25	21	22	1.99
17470227--17470276	20	2.5	19	81	9	55	50	14	10	26	1.73
17473359--17473407	22	2.2	22	85	0	62	38	14	32	14	1.86
17478396--17478427	14	2.3	14	100	0	64	31	46	15	6	1.71
17483519--17483550	14	2.3	14	100	0	64	31	46	15	6	1.71
17493946--17494005	22	2.6	22	80	19	70	15	8	1	75	1.12
17498549--17498629	40	2.0	40	97	0	153	24	6	27	41	1.78
17499399--17499490	46	2.0	44	84	12	116	40	23	5	30	1.77
17499469--17499519	16	3.2	16	86	10	77	25	31	7	35	1.85
17500410--17500435	12	2.2	12	100	0	52	30	19	0	50	1.48
17502738--17502800	31	2.0	31	90	0	99	33	7	17	41	1.79
17507052--17507177	46	2.7	46	90	3	182	19	20	26	32	1.97
17508875--17509246	87	4.3	86	76	14	279	35	11	10	42	1.76
17513079--17513152	34	2.2	34	80	9	80	37	5	4	52	1.43
17516328--17516431	52	2.0	52	90	0	163	25	20	27	26	1.99
17521787--17521990	26	7.9	26	72	12	109	28	4	3	62	1.34
17521846--17521901	23	2.4	24	87	3	78	21	1	7	69	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17521945--17522038	44	2.3	42	81	9	113	29	6	1	62	1.27
17522007--17522127	50	2.4	51	73	5	113	25	4	4	65	1.31
17530206--17530388	79	2.3	81	82	9	216	25	27	21	26	1.99
17530187--17530390	40	5.1	40	78	10	204	25	26	21	26	1.99
17537554--17537714	30	5.3	30	68	14	125	36	8	9	45	1.69
17537512--17537713	61	3.3	61	97	1	377	34	7	9	48	1.65
17537852--17537903	19	3.0	17	83	8	61	71	1	0	26	0.97
17537852--17537903	9	5.9	9	76	13	54	71	1	0	26	0.97
17545300--17545522	40	5.6	40	85	4	166	24	21	28	26	1.99
17545300--17545522	80	2.8	79	82	3	232	24	21	28	26	1.99
17545365--17545522	40	4.0	40	91	0	228	24	20	28	26	1.99
17545375--17545557	79	2.3	80	82	1	226	25	20	27	25	1.99
17553496--17553558	33	1.9	33	93	0	108	52	11	11	25	1.70
17564770--17565009	91	2.7	92	84	2	290	29	20	22	27	1.98
17565147--17565184	18	2.1	18	95	0	67	31	5	21	42	1.75
17567337--17567436	50	2.0	50	90	3	157	37	9	23	31	1.85
17574040--17574215	40	4.4	40	94	2	293	26	28	21	23	1.99
17582990--17583101	56	2.0	56	96	0	206	33	13	28	25	1.93
17585499--17585618	60	2.0	60	86	3	170	25	25	25	23	2.00
17590703--17590752	24	2.1	24	85	7	66	34	22	22	22	1.97
17591100--17591743	322	2.0	322	99	0	1261	31	20	13	34	1.91
17592908--17593039	40	3.3	40	86	2	176	26	28	21	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17593024--17593101	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
17599730--17600234	253	2.0	253	97	0	947	29	21	16	33	1.95
17601091--17601207	59	2.0	59	98	0	225	26	29	17	26	1.97
17603587--17603732	40	3.7	40	82	7	172	23	21	28	26	1.99
17603587--17603765	80	2.2	80	80	6	186	25	21	27	26	1.99
17609517--17609587	18	3.9	18	68	14	56	42	4	15	38	1.67
17611916--17612287	48	7.8	48	77	6	369	26	20	29	24	1.99
17611906--17612287	96	4.0	96	88	2	534	26	19	29	24	1.99
17614669--17614712	23	2.0	22	81	4	52	36	0	11	52	1.38
17615583--17615664	32	2.7	29	83	11	94	39	8	3	48	1.51

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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