genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.175.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60078643--60078846	40	5.1	40	79	11	206	25	22	27	25	2.00
60078696--60078860	79	2.1	79	82	8	194	26	20	27	26	1.99
60082771--60082907	27	5.1	27	77	7	118	34	19	13	32	1.91
60082747--60082880	27	5.0	26	76	8	119	36	23	14	26	1.92
60082747--60082880	53	2.5	53	79	6	146	36	23	14	26	1.92
60082871--60082993	27	4.5	26	81	8	120	21	16	17	43	1.87
60082871--60082996	55	2.3	55	84	1	164	21	15	19	42	1.88
60083350--60083483	40	3.3	40	74	10	130	29	27	15	27	1.96
60083309--60083484	81	2.2	82	81	7	198	30	25	15	28	1.96
60087616--60087847	56	4.1	56	98	0	446	22	21	9	45	1.81
60090049--60090114	32	2.1	32	91	0	105	39	24	12	24	1.89
60092498--60092530	9	3.7	9	100	0	66	75	0	12	12	1.04
60098214--60098701	245	2.0	243	94	1	861	32	12	24	30	1.92
60099001--60101053	662	3.0	662	89	6	2855	37	16	15	31	1.90
60099878--60101333	728	2.0	728	100	0	2912	38	13	17	30	1.88
60109746--60109803	25	2.3	25	82	11	66	65	1	10	22	1.32
60111507--60111539	13	2.5	13	90	0	57	15	18	54	12	1.71
60113300--60113387	46	1.9	46	88	0	122	27	30	22	19	1.98
60116995--60117179	68	2.8	66	79	10	191	30	16	27	24	1.97
60121125--60121274	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
60121149--60121332	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
60125294--60125525	40	5.8	40	88	2	295	28	27	20	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60125294--60125525	120	1.9	120	86	1	331	28	27	20	23	1.99
60130792--60130949	68	2.3	68	77	13	153	20	27	15	35	1.94
60134648--60134745	27	3.5	28	87	2	126	27	13	27	31	1.94
60134676--60134759	27	3.0	27	84	5	78	30	11	23	33	1.91
60150608--60150727	6	19.3	6	69	19	77	50	15	15	19	1.79
60150592--60150727	31	4.4	31	82	3	150	51	14	14	19	1.76
60151163--60151238	27	2.8	28	86	9	113	26	22	18	32	1.97
60151135--60151247	26	4.3	27	79	5	115	25	23	19	31	1.98
60151232--60151263	16	2.0	16	100	0	64	18	12	31	37	1.88
60151205--60151290	43	2.0	43	95	0	154	22	19	24	33	1.97
60151248--60151479	27	8.6	27	92	0	347	24	21	20	33	1.97
60151248--60152348	54	20.8	54	85	4	1472	22	22	21	33	1.97
60151247--60152349	81	13.9	81	92	4	1800	22	22	21	33	1.97
60151464--60151495	16	2.0	16	100	0	64	18	12	31	37	1.88
60151437--60151522	43	2.0	43	97	0	163	20	19	25	33	1.97
60151480--60152197	27	26.6	27	88	0	1076	22	23	21	33	1.98
60152182--60152213	16	2.0	16	100	0	64	18	12	31	37	1.88
60152155--60152240	43	2.0	43	97	0	163	20	19	25	33	1.97
60152198--60152348	27	5.6	27	87	0	212	23	21	21	34	1.97
60152198--60152371	54	3.2	53	80	8	190	23	20	21	33	1.97
60152198--60152371	81	2.1	81	88	2	251	23	20	21	33	1.97
60152198--60152402	81	2.5	81	84	3	216	24	19	21	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60152223--60152833	27	22.7	27	72	10	247	30	11	20	37	1.88
60152330--60152833	54	9.4	54	75	5	281	31	9	20	38	1.84
60152520--60152833	81	3.9	82	78	8	308	32	9	19	38	1.83
60155596--60155687	24	3.8	24	76	12	73	31	17	25	26	1.97
60159110--60159180	35	2.0	35	91	0	115	14	23	9	52	1.71
60165341--60165538	99	2.0	99	84	2	261	28	26	19	25	1.98
60167464--60167493	12	2.5	12	94	0	51	43	26	0	30	1.55
60170066--60170119	22	2.5	22	81	6	56	22	48	5	24	1.72
60184726--60184764	20	2.0	20	85	10	53	35	20	0	43	1.52
60190846--60190908	32	2.0	32	96	0	117	26	34	7	30	1.85
60196448--60196663	46	4.6	46	78	9	197	29	19	29	21	1.98
60199707--60199759	25	2.2	25	83	12	67	41	26	0	32	1.56
60202261--60203368	40	27.7	40	98	0	2108	30	20	26	22	1.98
60210838--60210999	80	2.0	80	97	0	306	29	12	19	38	1.89
60211810--60212002	40	4.8	40	90	0	296	29	20	27	22	1.98
60216738--60216815	34	2.3	33	80	8	86	60	1	10	28	1.37
60216758--60216869	7	16.1	7	79	7	86	50	1	15	32	1.54
60216768--60216863	28	3.5	27	81	7	95	52	2	12	33	1.51
60216848--60216886	14	2.8	13	85	11	51	38	0	33	28	1.57
60218695--60218737	18	2.5	17	81	7	50	32	6	0	60	1.23
60221163--60221263	43	2.3	43	86	3	141	26	28	23	20	1.99
60221425--60221455	16	1.9	16	93	0	53	70	9	3	16	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60221929--60221961	12	2.8	12	100	0	66	36	9	6	48	1.60
60222051--60222096	13	3.8	13	72	21	55	36	15	13	34	1.86
60222051--60222092	22	1.9	22	100	0	84	38	14	11	35	1.83
60222154--60222645	89	5.5	89	99	0	975	35	14	12	37	1.83
60228272--60228318	15	3.1	15	73	11	51	40	2	21	36	1.65
60228309--60228443	66	2.0	67	98	1	263	45	5	2	45	1.39
60228657--60228792	72	1.9	70	83	8	177	41	29	1	27	1.65
60228724--60228817	46	2.0	46	97	0	179	42	26	2	28	1.67
60228681--60228793	25	4.6	25	71	16	94	41	27	1	29	1.66
60228735--60228825	7	12.4	7	71	9	56	46	26	1	26	1.60
60228983--60229201	41	5.4	41	90	2	316	17	24	23	34	1.96
60228983--60229232	81	3.1	82	86	2	335	19	23	22	34	1.96
60229495--60229524	15	2.0	15	100	0	60	33	20	6	40	1.78
60234906--60235053	43	3.4	43	77	4	129	31	23	15	29	1.95
60238622--60238787	50	3.4	48	86	5	219	30	22	18	27	1.98
60238617--60238787	25	7.1	23	83	8	198	30	22	18	28	1.97
60238846--60238902	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
60238834--60238904	20	3.5	20	94	0	124	32	21	11	35	1.89
60238839--60238893	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
60240148--60240204	27	2.1	27	83	6	71	21	22	22	33	1.97
60240262--60240574	27	11.6	27	76	6	177	32	10	19	37	1.85
60240353--60240547	81	2.4	81	88	2	277	30	9	21	38	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60240244--60240533	54	5.4	54	76	10	200	30	10	19	39	1.85
60240353--60240574	81	2.8	81	84	3	198	31	9	21	37	1.85
60240525--60240658	27	5.0	27	85	0	160	39	8	21	29	1.84
60240597--60240720	65	1.9	65	84	0	167	34	6	29	29	1.82
60240653--60240720	27	2.5	27	87	0	100	36	2	30	29	1.72
60240570--60240747	92	1.9	92	80	0	203	35	7	26	30	1.84
60240717--60240792	27	2.8	27	84	4	91	31	11	18	38	1.87
60240726--60240815	27	3.3	27	80	9	87	33	12	15	38	1.85
60248359--60248398	15	2.6	16	84	7	57	80	0	2	17	0.83
60250034--60250116	25	3.3	24	79	12	80	71	1	3	24	1.09
60250034--60250085	22	2.3	23	78	12	56	69	1	5	23	1.20
60250033--60250095	13	5.0	13	78	5	67	68	1	4	25	1.18
60255705--60255819	43	2.7	43	83	1	142	29	24	15	30	1.96
60255702--60255848	43	3.4	43	80	4	120	33	25	14	26	1.94
60257798--60258123	50	6.5	50	76	4	323	29	24	18	27	1.98
60257896--60258075	51	3.5	51	78	4	220	30	22	20	27	1.98
60257846--60258128	101	2.8	101	86	2	390	30	24	18	27	1.98
60257785--60258123	151	2.2	152	82	3	407	29	24	18	27	1.98
60261391--60261524	69	1.9	69	92	0	223	38	20	11	29	1.88
60263935--60264022	27	3.2	26	85	7	104	35	25	25	14	1.94
60265452--60265511	24	2.5	24	94	0	102	30	35	1	33	1.68
60266990--60267114	62	2.0	62	85	0	169	41	12	28	18	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60269547--60269589	16	2.7	16	85	0	59	55	18	16	9	1.67
60269813--60269946	28	4.7	28	77	12	139	26	14	32	26	1.95
60269801--60269947	57	2.6	58	85	11	182	27	13	31	27	1.94
60275952--60275980	13	2.2	13	100	0	58	55	13	0	31	1.39
60290038--60290298	78	3.3	78	100	0	522	25	4	21	47	1.71
60290120--60290248	44	3.2	44	62	24	118	25	5	21	47	1.72
60291827--60291959	44	3.0	44	76	16	146	23	19	29	27	1.98
60293459--60293767	109	2.8	109	94	2	516	23	24	17	34	1.95
60293428--60293774	55	6.5	54	74	13	301	22	24	17	36	1.95
60299455--60299513	25	2.3	25	85	5	82	38	20	22	18	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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