genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.221.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76316389--76316447	29	2.0	29	93	0	100	33	20	11	33	1.89
76318198--76318369	46	3.7	46	75	4	184	29	27	20	23	1.99
76318249--76318392	46	3.1	46	69	14	116	30	27	19	22	1.98
76320353--76320415	17	3.7	17	85	4	74	15	22	34	26	1.94
76334687--76334811	47	2.7	47	79	1	135	37	27	13	21	1.91
76335955--76335979	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
76337555--76337604	24	2.1	24	88	0	73	52	2	2	44	1.24
76343375--76343485	27	4.1	27	87	3	145	39	23	22	14	1.91
76343543--76343608	33	2.0	33	96	0	123	40	21	4	33	1.73
76351283--76351376	27	3.5	26	81	8	116	41	22	22	13	1.89
76359832--76359863	12	2.7	12	90	0	55	0	37	28	34	1.57
76372076--76372201	43	3.0	43	80	5	157	24	14	25	35	1.93
76375567--76375619	26	2.0	26	100	0	106	47	11	11	30	1.74
76378913--76379238	181	1.8	180	86	3	476	32	20	9	37	1.85
76379781--76380270	50	9.7	50	74	5	387	30	26	17	25	1.97
76379784--76380170	151	2.6	151	92	0	623	30	26	17	25	1.97
76379787--76380275	101	4.9	101	77	4	380	31	26	17	24	1.97
76379784--76380220	151	2.9	150	86	6	523	30	25	18	25	1.98
76388543--76389340	38	21.0	38	99	0	1560	31	12	23	31	1.93
76390527--76390671	40	3.6	40	85	4	193	25	24	26	23	2.00
76397326--76398123	38	21.0	38	99	0	1569	31	13	23	31	1.93
76399312--76399456	40	3.6	40	85	4	193	25	24	26	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76409812--76410194	50	7.6	50	78	2	367	29	25	18	27	1.98
76409812--76410195	100	3.8	100	85	1	430	29	25	17	27	1.98
76409801--76410193	150	2.6	149	82	6	445	29	24	18	27	1.98
76420694--76420841	43	3.4	44	81	9	146	24	20	29	25	1.99
76420730--76420859	43	3.1	42	83	5	163	26	18	30	25	1.98
76426293--76426412	56	2.1	56	98	0	231	45	9	23	22	1.81
76427538--76427722	40	4.7	40	82	5	198	25	22	27	24	2.00
76427538--76427722	79	2.3	81	83	7	218	25	22	27	24	2.00
76427591--76427755	79	2.1	79	83	6	201	26	20	27	25	1.99
76436667--76436860	98	2.0	98	93	0	334	33	28	19	18	1.95
76436871--76436953	27	3.1	26	86	5	103	38	21	20	19	1.93
76437113--76437178	27	2.4	28	77	7	73	37	22	18	21	1.94
76437156--76437543	27	14.4	27	84	1	447	26	18	17	37	1.93
76437157--76437543	81	4.8	81	83	4	503	26	18	16	37	1.92
76437523--76437701	27	6.7	27	81	7	177	30	9	19	40	1.83
76437521--76437701	54	3.4	53	79	6	195	30	9	19	39	1.84
76437629--76437711	27	3.1	27	85	0	112	32	8	20	38	1.83
76437521--76437717	107	1.8	107	82	2	252	31	10	19	38	1.85
76438727--76438823	40	2.4	40	81	8	117	30	25	13	29	1.94
76441759--76441873	43	2.7	42	81	2	140	33	26	13	27	1.93
76446314--76446615	48	6.3	46	80	9	295	27	17	29	26	1.97
76446317--76446582	96	2.8	96	84	1	327	27	17	29	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76446315--76446582	144	1.9	144	85	4	380	26	17	29	26	1.97
76446316--76446615	144	2.1	144	81	6	358	27	17	29	26	1.97
76448879--76448946	34	2.0	34	94	0	118	33	16	22	27	1.95
76454150--76454459	48	6.5	46	81	6	302	26	17	28	28	1.98
76456020--76456178	48	3.3	48	78	3	194	22	25	18	32	1.97
76456017--76456190	96	1.8	96	88	0	267	24	26	18	31	1.98
76458071--76458121	8	6.4	8	82	14	61	52	21	19	5	1.66
76458071--76458121	24	2.1	24	88	0	75	52	21	19	5	1.66
76458331--76458445	29	4.0	28	86	2	140	26	14	29	28	1.95
76466866--76467016	39	3.9	39	91	0	248	27	21	24	27	1.99
76468678--76468807	42	3.1	42	79	6	127	31	23	13	32	1.92
76468690--76468807	43	2.8	42	82	6	130	31	22	13	33	1.92
76473639--76473686	15	2.9	15	75	21	51	20	2	4	72	1.11
76475430--76475463	13	2.6	13	100	0	68	29	26	38	5	1.80
76479467--76479519	24	2.2	25	86	3	72	35	15	20	28	1.93
76479515--76479565	23	2.3	22	89	3	75	33	19	23	23	1.97
76482203--76482752	292	1.9	292	94	0	985	29	21	15	33	1.94
76482758--76483257	252	2.0	251	93	0	865	30	22	16	31	1.95
76490688--76490872	79	2.3	81	83	7	227	24	22	27	24	2.00
76490689--76490872	40	4.6	40	82	9	207	25	22	27	24	2.00
76490689--76490905	79	2.7	79	80	7	192	26	22	27	23	1.99
76492486--76492522	19	1.9	19	100	0	74	27	5	13	54	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76494364--76494424	30	2.0	30	84	6	79	26	24	31	18	1.97
76495480--76495533	19	2.7	21	83	16	62	29	0	0	70	0.88
76496171--76496257	43	2.0	43	100	0	174	36	16	9	37	1.80
76500869--76501132	46	5.7	46	77	8	227	25	28	19	26	1.99
76507012--76507219	44	4.6	44	74	14	151	25	30	18	25	1.98
76514003--76514312	155	2.0	155	94	1	541	40	10	20	28	1.86
76518082--76518180	32	3.2	30	78	13	103	19	7	0	73	1.05
76519817--76519869	6	8.3	6	82	12	52	13	5	3	77	1.09
76519816--76519849	18	1.9	17	94	5	59	14	8	0	76	1.01
76520705--76520769	30	2.3	27	81	7	76	52	1	1	44	1.19
76521953--76521988	18	2.1	18	89	5	56	41	0	25	33	1.55
76527722--76527770	20	2.5	20	89	0	71	28	6	6	59	1.46
76528211--76528263	22	2.3	23	87	6	72	28	1	5	64	1.27
76528535--76528673	41	3.4	41	84	3	163	38	24	18	17	1.92
76530065--76530108	14	3.1	14	93	0	79	25	36	0	38	1.56
76532025--76533286	631	2.0	631	99	0	2479	29	16	16	38	1.90
76533882--76533934	22	2.4	23	84	12	76	28	3	22	45	1.70
76534850--76534997	43	3.5	42	81	1	161	23	18	29	28	1.98
76546815--76546876	24	2.4	25	78	10	72	38	1	0	59	1.07
76546826--76546876	12	4.1	13	75	10	52	37	1	0	60	1.08
76548121--76548164	22	2.0	22	100	0	88	45	4	13	36	1.64
76549167--76549248	41	2.0	41	88	4	121	32	14	10	41	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76555380--76555431	7	7.6	7	82	4	70	63	0	3	32	1.12
76561381--76561409	12	2.4	12	100	0	58	41	34	0	24	1.55
76566079--76566138	28	2.1	28	84	6	77	65	0	30	5	1.14
76567233--76567275	21	2.0	21	86	0	59	30	25	18	25	1.98
76567309--76567377	31	2.3	30	80	7	77	23	8	20	47	1.77
76569102--76569317	47	4.6	48	74	15	184	23	31	18	27	1.97
76569145--76569314	92	1.8	93	86	5	245	22	30	18	27	1.98
76568997--76569314	46	6.7	45	72	13	155	23	29	19	27	1.98
76575898--76576066	43	3.9	44	78	12	143	32	26	18	23	1.97
76578493--76578524	16	2.1	15	94	5	55	43	31	12	12	1.80
76578480--76578593	41	2.8	41	84	0	147	41	27	12	19	1.87
76581710--76581747	20	1.9	20	94	0	67	26	2	0	71	1.00
76584959--76585000	20	2.3	18	84	12	50	0	38	0	61	0.96
76588864--76588949	46	1.9	44	90	4	136	32	13	24	29	1.94
76588866--76588990	44	2.8	45	81	4	135	34	14	23	28	1.94
76597514--76597556	22	1.9	23	90	4	70	20	2	53	23	1.57
76597595--76597675	34	2.4	34	85	4	110	24	24	24	25	2.00
76599047--76599228	42	4.2	42	77	4	157	31	20	15	32	1.94
76607294--76607450	45	3.5	45	81	5	165	19	21	12	46	1.83
76607294--76607405	46	2.5	45	86	4	145	20	22	10	46	1.81
76607416--76607587	45	3.8	45	92	0	272	23	20	19	36	1.95
76607375--76607624	90	2.8	91	79	3	274	22	18	18	41	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76607555--76607681	45	2.8	46	78	2	123	21	17	15	45	1.85
76608488--76608523	16	2.2	17	90	5	56	69	0	2	27	1.02
76615899--76615985	39	2.2	40	87	6	133	24	21	25	28	1.99
76615911--76615994	39	2.2	39	86	0	114	25	20	25	29	1.99
76630076--76630104	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
76630305--76630359	23	2.4	21	72	18	56	50	0	9	40	1.34
76630631--76630661	15	2.1	15	93	0	53	19	0	25	54	1.44
76631242--76631327	45	1.9	45	80	0	100	24	18	27	29	1.98
76635568--76635643	39	1.9	40	89	2	109	23	17	26	32	1.96
76643032--76643123	40	2.3	40	84	0	112	23	17	27	31	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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