genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.171.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   

This is table  171  of  290  ( 34714 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58709151--58709721	27	21.2	27	85	4	672	26	22	9	40	1.85
58709726--58709919	27	7.2	27	81	2	210	36	18	19	26	1.94
58709726--58709919	54	3.6	54	85	2	246	36	18	19	26	1.94
58710120--58710202	27	3.1	26	87	5	112	19	21	21	37	1.94
58710513--58710586	27	2.8	27	83	6	80	17	22	21	37	1.94
58710729--58710842	6	19.3	6	70	20	80	20	17	14	48	1.81
58710744--58710797	27	2.0	27	92	0	90	18	18	16	46	1.85
58714676--58714841	79	2.1	80	84	5	212	25	19	26	27	1.99
58714676--58714841	40	4.2	40	86	4	212	25	19	26	27	1.99
58714676--58714864	79	2.4	79	80	8	181	26	19	25	27	1.99
58723565--58723736	43	4.0	43	78	11	183	30	27	19	22	1.98
58725914--58726016	43	2.4	43	100	0	206	22	15	35	26	1.94
58725998--58726071	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
58726384--58726536	40	3.8	41	78	4	125	27	22	26	24	2.00
58727730--58727896	27	6.2	27	80	3	167	36	22	10	30	1.88
58727733--58727895	80	2.0	80	85	4	222	36	21	11	30	1.88
58727849--58727909	27	2.3	27	88	0	86	37	16	16	29	1.91
58727742--58727914	80	2.1	81	81	5	199	38	19	12	29	1.89
58728677--58728732	28	2.0	28	89	0	85	23	21	23	32	1.98
58730070--58730109	19	2.1	19	85	0	53	42	12	10	35	1.76
58741874--58742011	72	1.9	72	90	0	222	35	17	16	30	1.92
58742938--58743122	79	2.3	82	84	7	238	25	27	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58742919--58743122	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	25	2.00
58752004--58752042	19	2.1	19	95	0	69	41	12	10	35	1.77
58752742--58752837	47	2.0	47	84	4	122	21	21	17	38	1.93
58758776--58758953	40	4.5	40	88	3	236	25	26	22	25	2.00
58758904--58759070	84	2.0	84	100	0	334	31	23	16	28	1.96
58768825--58768855	10	3.1	10	95	0	53	32	9	25	32	1.88
58771185--58771317	22	6.0	22	86	3	178	30	18	25	25	1.98
58771188--58771337	67	2.2	67	83	9	207	31	19	23	26	1.98
58775779--58775838	27	2.3	27	94	2	95	31	6	18	43	1.76
58790851--58790897	19	2.5	19	96	0	85	27	17	19	36	1.93
58797983--58798181	43	4.8	40	80	4	157	24	29	19	27	1.98
58798063--58798233	43	4.0	43	81	7	188	24	28	20	26	1.99
58799820--58799864	22	2.0	22	95	0	81	51	8	15	24	1.72
58802819--58802845	10	2.7	10	100	0	54	77	7	7	7	1.12
58805700--58805735	18	2.0	18	100	0	72	27	22	27	22	1.99
58808195--58808219	12	2.1	12	100	0	50	52	16	0	32	1.44
58813536--58813578	14	3.1	14	86	0	50	51	4	32	11	1.59
58820083--58820123	13	3.6	12	81	18	52	12	4	7	75	1.16
58820082--58820113	13	2.6	12	95	5	55	9	6	6	78	1.10
58821393--58821485	47	2.0	47	100	0	186	26	27	10	34	1.90
58821877--58821973	30	3.2	30	71	8	90	27	15	28	27	1.96
58824734--58824831	30	3.3	30	70	9	83	28	26	15	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58827397--58827466	20	3.3	20	75	18	63	75	0	17	7	1.01
58827419--58827464	16	3.1	15	77	20	51	76	0	15	8	1.02
58827533--58827557	12	2.1	12	100	0	50	76	0	16	8	1.02
58827527--58827582	18	3.1	18	76	5	51	69	3	19	7	1.27
58827533--58827614	30	2.7	31	81	5	105	64	1	21	12	1.33
58834610--58834706	30	3.2	30	79	2	106	26	26	16	29	1.97
58837266--58837336	37	1.9	37	86	11	101	76	2	18	2	1.04
58837276--58837325	6	8.2	6	83	14	50	76	2	20	2	0.99
58837407--58837431	12	2.1	12	100	0	50	76	0	16	8	1.02
58837399--58837488	30	3.0	30	79	8	85	62	2	23	12	1.41
58839578--58839674	30	3.2	30	77	2	106	27	26	16	28	1.97
58840085--58840903	63	13.0	63	100	0	1638	25	12	28	33	1.92
58842112--58842240	46	3.0	44	79	7	131	27	22	25	24	2.00
58844693--58844988	145	2.0	145	92	5	492	36	5	22	35	1.76
58844958--58845028	27	2.6	28	95	2	126	26	12	28	32	1.93
58844958--58845042	27	3.1	27	88	5	100	29	11	25	32	1.91
58846731--58846791	28	2.2	28	78	0	68	47	6	11	34	1.66
58846988--58847083	49	2.0	48	91	2	156	43	16	21	17	1.87
58852870--58852948	37	2.1	37	88	0	113	26	31	17	24	1.97
58853069--58853508	49	9.1	49	92	3	675	29	31	8	30	1.88
58853067--58853508	96	4.6	96	93	3	708	29	31	8	30	1.88
58863213--58863249	20	1.9	18	89	10	56	48	8	5	37	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58863394--58863459	20	3.3	20	82	0	87	22	24	19	33	1.97
58866976--58868084	47	23.6	47	97	0	2040	29	29	8	31	1.87
58871563--58871834	39	7.0	39	91	0	418	24	28	24	22	1.99
58879369--58879449	27	3.0	27	85	0	99	33	19	18	28	1.96
58879432--58879490	26	2.2	27	96	3	111	37	16	11	33	1.86
58879512--58879644	27	4.9	27	78	1	142	40	17	9	32	1.82
58879496--58879691	54	3.6	54	83	6	204	42	18	8	30	1.80
58879459--58879649	81	2.4	81	80	2	215	41	18	9	30	1.82
58879522--58879708	27	6.9	28	77	9	131	40	16	9	33	1.81
58879432--58879721	54	5.4	54	74	8	164	40	18	9	32	1.83
58879987--58880109	41	3.0	41	92	0	201	21	23	30	25	1.99
58880256--58880446	25	7.6	25	84	0	238	17	14	27	40	1.88
58887470--58887529	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
58887574--58887633	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
58887454--58887729	104	2.7	104	97	1	518	32	20	25	21	1.97
58887678--58887729	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
58894802--58894865	33	2.0	32	84	3	83	35	18	23	21	1.95
58899189--58899234	20	2.3	20	81	3	58	23	19	28	28	1.98
58907516--58907568	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
58909054--58909135	26	3.2	26	92	0	137	36	23	7	32	1.82
58915685--58915709	12	2.1	12	100	0	50	20	40	24	16	1.91
58916357--58916506	43	3.5	42	79	3	158	33	23	14	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58921795--58921829	13	2.7	13	90	0	61	5	28	40	25	1.78
58922806--58922983	40	4.5	40	87	3	227	24	23	28	24	2.00
58925165--58925908	44	16.8	44	72	7	398	33	15	19	31	1.93
58925165--58925908	89	8.4	88	72	8	328	33	15	19	31	1.93
58925224--58925635	215	1.9	215	81	3	499	33	15	19	31	1.93
58929659--58929775	58	2.0	58	96	0	216	9	30	40	19	1.83
58934557--58934616	30	2.0	30	90	0	93	38	8	25	28	1.84
58940722--58940852	38	3.2	38	75	17	145	30	24	15	29	1.95
58940767--58941546	95	8.4	95	87	6	949	31	22	15	31	1.95
58940866--58941572	133	5.2	133	84	7	925	31	22	15	30	1.95
58940724--58941546	228	3.6	228	87	4	943	31	22	15	31	1.95
58941379--58941572	38	4.6	40	73	18	153	29	23	15	30	1.96
58942982--58943038	22	2.5	23	77	11	64	36	22	21	19	1.95
58944493--58944604	41	2.7	42	82	12	149	26	27	19	25	1.99
58948084--58948253	85	2.0	85	95	0	304	24	16	21	37	1.94
58953894--58953961	34	2.0	34	94	0	118	30	5	33	29	1.81
58957006--58957077	29	2.5	28	86	11	101	27	15	29	27	1.96
58957036--58957537	174	2.9	174	96	0	934	30	14	24	30	1.94
58965641--58965774	68	2.0	68	93	0	232	35	25	5	33	1.78
58970081--58970114	13	2.6	13	100	0	68	23	0	5	70	1.09
58972403--58972550	74	2.0	74	97	0	278	32	27	7	33	1.84
58972776--58972921	74	2.0	74	87	2	213	28	11	8	50	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58974687--58974720	13	2.6	13	100	0	68	23	0	5	70	1.09
58976136--58976354	47	4.7	47	80	9	211	22	30	19	27	1.98
58976136--58976396	139	1.9	140	83	7	343	22	30	18	27	1.98
58978433--58978672	49	4.8	49	76	10	234	26	19	25	28	1.99
58978547--58978625	26	3.0	26	98	0	149	26	21	26	25	1.99
58978433--58978672	100	2.4	103	80	7	244	26	19	25	28	1.99
58983155--58983441	49	5.8	50	77	3	292	25	17	25	31	1.97
58983149--58983441	100	2.9	100	87	3	428	25	18	24	31	1.98
58990133--58990173	22	1.9	21	85	5	55	21	24	41	12	1.87
58991248--58991510	46	5.6	47	73	14	165	24	28	17	29	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290