genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.247.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85216910--85216999	28	3.2	27	85	7	119	20	24	23	32	1.98
85216910--85217024	55	2.1	56	83	8	146	19	24	21	34	1.96
85218156--85218219	33	1.9	33	83	0	83	25	25	23	26	2.00
85226772--85226796	11	2.3	11	100	0	50	68	8	16	8	1.38
85227450--85227474	10	2.5	10	100	0	50	40	28	0	32	1.57
85230885--85230917	11	2.9	12	86	13	52	33	0	0	66	0.92
85234878--85235064	40	4.7	40	89	0	275	32	27	20	19	1.97
85235743--85235929	40	4.7	40	84	2	241	31	28	21	18	1.97
85237980--85238043	31	2.1	31	87	0	92	26	20	15	37	1.92
85238234--85238272	20	2.0	20	100	0	78	30	20	12	35	1.90
85238235--85238279	20	2.2	20	92	0	72	31	22	13	33	1.92
85238601--85238662	32	1.9	32	86	0	88	27	25	14	32	1.95
85238859--85238953	24	4.0	24	89	6	140	28	22	21	28	1.99
85238880--85238952	23	3.1	23	96	2	128	30	20	20	28	1.98
85239003--85239069	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
85239003--85239058	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
85239106--85239153	25	1.9	25	91	0	78	25	14	25	35	1.94
85252734--85252860	43	2.9	43	86	5	132	25	20	28	25	1.99
85252759--85252887	43	3.0	43	87	1	179	26	20	30	22	1.99
85254728--85254841	55	2.1	55	85	6	153	35	19	22	21	1.96
85254728--85254864	53	2.5	55	82	4	172	35	17	24	23	1.96
85255108--85255138	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85256059--85256092	17	2.0	17	88	0	50	26	14	26	32	1.95
85256365--85256510	27	5.4	27	92	0	238	27	20	9	42	1.83
85256514--85256641	27	4.8	27	79	6	82	42	22	8	25	1.82
85256542--85256743	54	3.7	55	73	9	171	41	19	8	30	1.81
85256542--85256665	27	4.6	27	85	6	153	43	22	6	27	1.77
85256567--85256728	27	5.9	27	77	9	96	41	19	8	30	1.80
85257654--85257720	25	2.7	25	92	0	107	28	26	22	22	1.99
85257654--85257730	25	3.1	25	88	1	93	32	23	19	24	1.97
85257679--85257750	25	3.0	24	78	13	67	31	22	19	26	1.97
85258005--85258061	29	2.0	28	86	6	80	22	22	24	29	1.99
85259908--85259985	27	2.9	27	82	5	86	43	20	6	29	1.76
85259996--85260047	27	1.9	27	84	7	70	40	11	11	36	1.78
85260975--85261029	25	2.2	25	83	6	67	36	20	18	25	1.94
85261262--85261345	31	2.8	31	83	3	118	28	16	26	28	1.97
85262033--85262062	9	3.4	9	90	9	53	10	0	0	90	0.47
85262027--85262061	8	4.2	8	89	7	52	11	2	0	85	0.69
85262027--85262062	17	2.1	17	94	0	63	11	2	0	86	0.68
85263007--85263067	32	1.9	32	100	0	122	27	9	26	36	1.88
85263413--85263485	27	2.7	27	82	0	83	32	13	21	31	1.93
85263499--85263789	27	10.7	27	76	3	149	40	19	9	30	1.83
85263499--85263818	54	5.9	54	74	6	186	40	19	9	29	1.84
85263785--85263883	27	3.7	28	72	5	80	36	19	20	24	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85264254--85264376	33	3.9	30	76	13	97	22	21	26	28	1.99
85264267--85264376	33	3.3	33	87	0	157	22	20	26	30	1.99
85274036--85274181	27	5.4	26	73	6	112	39	18	10	31	1.84
85274089--85274250	54	2.9	55	80	7	168	40	17	8	33	1.80
85274158--85274251	27	3.4	27	80	13	111	41	18	8	31	1.80
85275203--85275272	25	2.8	25	93	0	113	27	25	22	24	2.00
85275202--85275297	25	3.9	24	81	9	95	28	23	22	25	2.00
85275203--85275297	50	1.9	50	80	8	113	28	24	23	24	2.00
85275494--85275573	31	2.7	30	86	5	117	28	15	25	31	1.95
85277510--85277569	27	2.2	27	84	0	75	26	25	10	38	1.87
85277574--85277648	27	2.8	27	79	4	80	40	21	12	26	1.88
85277644--85277703	27	2.2	27	84	0	75	26	25	10	38	1.87
85277493--85277782	134	2.2	134	99	0	571	35	21	11	31	1.89
85277708--85277862	27	5.7	27	82	3	170	40	20	10	29	1.86
85277740--85277889	81	1.9	81	85	5	214	41	20	8	30	1.82
85277708--85277891	54	3.4	55	78	4	171	40	19	10	29	1.85
85277856--85277945	27	3.3	27	73	23	80	43	15	7	33	1.76
85277868--85277953	27	3.1	27	77	14	95	39	13	9	37	1.78
85278803--85278834	16	2.0	16	93	0	55	28	6	25	40	1.79
85278896--85278978	25	3.4	24	79	11	80	32	20	19	27	1.97
85279184--85279266	31	2.7	31	96	3	152	28	16	26	27	1.97
85282294--85282346	11	5.0	11	75	6	56	35	13	18	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85282294--85282350	21	2.7	21	81	5	71	35	12	19	33	1.89
85282402--85282473	25	3.0	23	85	8	81	30	25	22	22	1.99
85290313--85290362	25	2.0	26	88	4	75	36	24	14	26	1.93
85290399--85290450	11	5.0	11	79	11	65	36	13	21	28	1.91
85290399--85290455	20	2.8	21	89	5	80	36	12	21	29	1.90
85290506--85290563	24	2.4	25	81	16	77	31	24	22	22	1.99
85291654--85291728	29	2.7	29	85	4	100	26	28	16	29	1.96
85291946--85291984	8	4.9	8	90	0	60	10	25	23	41	1.86
85291938--85291982	16	2.8	16	89	0	63	11	24	20	44	1.83
85293164--85293194	16	1.9	16	93	0	53	16	6	25	51	1.68
85299288--85299375	29	3.1	29	85	4	110	28	27	15	28	1.96
85302256--85302307	26	2.0	26	100	0	104	26	30	11	30	1.92
85304653--85304791	60	2.3	60	98	1	269	29	43	8	18	1.80
85309597--85309633	17	2.2	17	95	0	65	37	27	5	29	1.79
85311741--85311973	22	10.2	22	73	10	125	42	32	4	20	1.71
85311742--85311967	93	2.5	92	85	7	282	42	32	4	20	1.72
85311806--85311963	48	3.4	47	76	9	178	43	32	4	18	1.70
85315246--85315326	39	2.1	39	95	0	144	28	8	18	44	1.79
85315526--85315585	29	2.0	29	83	3	75	43	3	25	28	1.70
85321374--85321446	36	2.0	36	89	0	110	23	12	20	43	1.85
85323589--85323620	15	2.0	17	88	11	50	0	18	18	62	1.33
85325002--85325066	27	2.4	28	87	7	98	35	20	20	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85328313--85328694	47	8.1	47	94	0	647	31	8	30	29	1.87
85329221--85329618	200	2.0	200	100	0	796	25	17	20	36	1.94
85330276--85331265	40	24.8	40	98	0	1856	25	22	27	24	2.00
85334680--85334771	46	2.0	46	93	0	157	34	18	21	25	1.96
85345062--85345148	21	4.0	23	80	10	92	37	25	21	14	1.92
85346603--85346632	15	1.9	16	93	6	53	0	30	0	70	0.88
85352849--85352890	22	2.0	21	86	13	59	28	0	21	50	1.49
85359731--85359781	20	2.5	20	96	0	93	9	31	39	19	1.84
85364396--85364446	20	2.5	20	96	0	93	9	31	39	19	1.84
85367958--85368046	37	2.4	38	84	5	110	39	25	17	16	1.91
85367958--85368084	38	3.4	36	79	9	112	39	24	18	18	1.92
85375349--85375416	3	23.0	3	74	14	61	64	0	35	0	0.94
85375348--85375416	16	4.5	15	74	18	61	65	0	34	0	0.93
85375349--85375401	8	6.9	8	81	14	58	62	0	37	0	0.96
85375453--85375515	14	4.4	14	75	13	58	68	0	31	0	0.90
85375458--85375515	19	3.4	17	76	17	50	65	0	34	0	0.93
85375927--85375985	30	1.9	31	89	3	93	67	3	5	23	1.26
85376143--85376210	3	23.0	3	74	14	61	64	0	35	0	0.94
85376142--85376210	16	4.5	15	74	18	61	65	0	34	0	0.93
85376143--85376195	8	6.9	8	81	14	58	62	0	37	0	0.96
85375290--85376906	824	2.0	802	95	4	2932	42	4	18	33	1.71
85376247--85376309	14	4.4	14	75	13	58	68	0	31	0	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85376252--85376309	19	3.4	17	76	17	50	65	0	34	0	0.93
85377297--85377332	12	2.8	13	87	4	56	75	0	2	22	0.94
85377271--85377918	155	4.4	145	81	9	765	55	6	7	30	1.53
85377597--85377660	15	4.4	14	70	18	51	68	1	4	25	1.17
85377691--85377732	22	2.0	22	90	4	68	59	7	0	33	1.25
85377617--85377894	147	1.9	148	84	5	375	53	6	8	31	1.55
85377271--85377918	300	2.2	293	87	7	911	55	6	7	30	1.53
85379792--85379929	72	1.9	72	87	0	204	21	26	18	34	1.96
85384345--85384397	19	2.8	18	83	11	61	0	30	0	69	0.88
85384346--85384374	15	2.0	15	93	6	51	0	24	0	75	0.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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