genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.219.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75687205--75687256	15	3.2	15	75	19	59	55	1	0	42	1.10
75706510--75706687	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
75706531--75706686	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
75710115--75710172	29	2.0	29	89	0	89	48	13	1	36	1.53
75715679--75715793	29	4.0	29	83	6	128	29	15	26	27	1.96
75716405--75716513	55	2.0	55	94	0	191	18	12	22	45	1.83
75717735--75717847	43	2.6	43	83	2	120	35	23	16	23	1.95
75729385--75729488	27	3.8	26	82	9	111	19	25	20	34	1.96
75729385--75729496	54	2.1	54	83	6	138	17	25	22	34	1.96
75737192--75737276	27	3.2	26	83	8	107	15	23	22	38	1.92
75738720--75738766	22	2.1	23	88	7	71	34	8	2	55	1.42
75740854--75740988	54	2.4	54	84	10	157	26	17	24	31	1.97
75741559--75741603	23	2.0	23	82	8	56	37	11	13	37	1.80
75741603--75741632	14	2.1	14	93	0	51	16	0	36	46	1.47
75742339--75742396	28	2.1	28	86	0	80	46	17	24	12	1.81
75743510--75743589	27	3.2	27	59	20	64	42	20	5	32	1.73
75743496--75743591	48	2.0	48	100	0	192	41	20	4	33	1.72
75744866--75745040	45	4.0	44	81	9	155	34	29	15	21	1.94
75746127--75746159	15	2.2	16	89	10	52	57	18	0	24	1.40
75748783--75749195	103	4.0	103	99	0	817	34	20	11	33	1.89
75753444--75753504	30	2.0	30	87	0	86	40	4	24	29	1.76
75754244--75754427	67	2.8	64	77	8	194	28	17	30	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75757632--75757692	30	2.0	30	87	0	86	40	4	24	29	1.76
75759620--75759649	16	1.9	16	93	6	53	43	0	20	36	1.52
75786409--75786451	14	3.3	13	81	9	52	58	11	13	16	1.64
75788993--75789072	40	2.0	40	95	0	142	45	15	12	27	1.82
75792887--75793109	40	5.6	40	85	3	236	26	27	21	24	1.99
75793041--75793118	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
75800797--75801019	40	5.6	39	85	3	241	26	27	20	24	1.99
75800797--75801019	120	1.9	119	81	6	272	26	27	20	24	1.99
75803858--75803922	27	2.4	27	89	0	94	24	15	18	41	1.89
75809054--75809082	15	1.9	15	100	0	58	48	13	6	31	1.69
75810252--75810276	3	8.3	3	100	0	50	36	0	0	64	0.94
75811270--75811357	45	2.0	45	97	0	167	14	19	15	50	1.79
75812691--75812761	25	2.8	25	93	2	115	23	26	25	23	2.00
75812981--75813057	31	2.5	31	93	0	127	35	19	23	22	1.96
75814923--75815202	41	6.9	41	79	9	202	35	20	20	23	1.96
75814963--75815193	122	1.9	122	83	3	304	34	21	21	22	1.97
75814923--75815202	81	3.4	82	79	6	268	35	20	20	23	1.96
75814963--75815212	41	6.1	41	82	2	229	35	20	20	23	1.96
75815379--75815423	14	3.2	14	80	0	54	26	0	22	51	1.49
75815501--75815549	21	2.3	22	86	13	68	22	0	42	34	1.54
75818904--75818965	29	2.1	30	96	3	117	29	9	12	48	1.73
75823630--75823659	15	1.9	16	93	6	53	33	6	33	26	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75825733--75825789	28	2.0	28	96	0	105	49	8	14	28	1.72
75826497--75826533	16	2.3	16	95	0	65	27	8	13	51	1.69
75832536--75832568	17	1.9	17	88	11	50	78	0	21	0	0.75
75837651--75837714	32	2.0	32	93	3	112	34	14	17	34	1.89
75837660--75837747	27	3.1	26	82	17	88	36	19	15	28	1.93
75837701--75837792	27	3.4	27	86	1	123	39	16	18	26	1.91
75844165--75844492	27	12.2	26	81	4	278	31	10	20	38	1.86
75848673--75848726	6	8.8	6	80	11	65	50	12	18	18	1.78
75848845--75848904	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
75849236--75849576	27	12.6	27	87	1	396	42	7	19	30	1.78
75849236--75849576	81	4.2	81	86	0	450	42	7	19	30	1.78
75849236--75849619	81	4.7	81	82	4	387	40	7	20	31	1.80
75849614--75849737	27	4.7	27	77	10	112	28	8	23	40	1.83
75849585--75849716	54	2.5	54	80	6	151	29	9	21	38	1.86
75849581--75849737	27	5.9	25	73	12	84	28	8	22	40	1.84
75851537--75851581	13	3.3	14	77	22	51	60	0	4	35	1.17
75851917--75851999	41	2.0	41	95	0	148	33	3	20	42	1.70
75853436--75853473	20	2.0	20	89	5	60	23	42	28	5	1.76
75862046--75862096	26	2.0	26	92	0	84	31	7	27	33	1.85
75865444--75865575	44	2.9	44	78	12	126	25	16	31	26	1.96
75865382--75865599	47	4.7	48	77	12	145	25	18	30	24	1.98
75870983--75871020	19	2.0	19	94	0	67	31	10	34	23	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75873892--75873926	18	2.0	17	88	5	52	71	2	2	22	1.13
75875862--75875903	21	2.0	21	90	9	68	16	2	23	57	1.51
75877055--75877087	16	2.1	16	100	0	66	18	12	6	63	1.48
75880191--75880238	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
75880277--75880333	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
75880275--75880345	20	3.5	20	94	0	124	35	11	21	32	1.89
75880286--75880340	11	5.4	11	70	16	55	36	12	20	30	1.90
75880392--75880485	45	2.1	46	92	6	156	26	21	22	29	1.99
75880391--75880506	23	5.0	24	89	7	161	26	21	23	28	1.99
75888227--75888274	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
75888313--75888369	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
75888311--75888381	20	3.5	20	94	0	124	35	11	21	32	1.89
75888322--75888376	11	5.4	11	70	16	55	36	12	20	30	1.90
75888428--75888521	45	2.1	46	92	6	156	26	21	22	29	1.99
75888427--75888542	23	5.0	24	89	7	161	26	21	23	28	1.99
75888736--75888796	31	2.0	31	83	0	77	36	14	22	26	1.93
75900886--75900990	42	2.5	42	89	3	149	32	15	22	29	1.95
75901239--75901284	19	2.5	19	96	3	85	13	36	32	17	1.88
75905909--75905939	15	2.1	15	100	0	62	19	6	41	32	1.77
75905947--75906120	43	4.0	43	96	0	321	24	16	33	25	1.95
75906102--75906175	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
75906198--75906395	40	4.9	40	91	2	308	27	21	28	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75906198--75906423	40	5.7	40	88	2	292	26	20	28	24	1.99
75906199--75906443	80	3.0	80	88	2	323	26	20	28	24	1.99
75906211--75906516	40	7.7	40	82	6	151	26	21	28	23	1.99
75906198--75906483	120	2.4	120	81	5	301	26	20	28	24	1.99
75906213--75906518	120	2.5	120	79	6	300	26	21	28	23	1.99
75906250--75906528	40	7.0	40	79	8	160	25	21	29	24	1.99
75908584--75908661	39	2.0	39	94	0	138	23	10	29	37	1.88
75910277--75910633	47	7.6	47	92	1	579	32	7	29	29	1.86
75910593--75910828	126	1.9	126	100	0	472	28	16	27	27	1.97
75910880--75910955	37	2.1	37	89	0	116	22	18	32	26	1.97
75912810--75912952	43	3.3	43	99	0	277	24	14	33	27	1.94
75912937--75913039	29	3.6	29	90	2	154	27	14	31	27	1.95
75913331--75913517	40	4.7	40	79	4	157	25	20	29	24	1.99
75913453--75913529	40	1.9	40	86	0	109	22	22	29	25	1.99
75916872--75917262	95	4.1	94	91	2	611	31	9	30	28	1.88
75916872--75917262	47	8.2	47	92	2	611	31	9	30	28	1.88
75917090--75917180	49	2.0	42	89	10	119	32	8	28	29	1.87
75917381--75917459	38	2.1	37	86	6	106	25	17	30	26	1.97
75920698--75920751	22	2.3	22	76	20	56	51	3	37	7	1.48
75925192--75925266	20	3.7	20	75	10	80	33	28	12	26	1.92
75925192--75925273	42	2.0	42	90	4	130	32	26	13	26	1.93
75933159--75933184	11	2.4	11	100	0	52	61	7	11	19	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75933991--75934016	13	2.0	13	100	0	52	53	0	0	46	1.00
75936476--75936529	28	1.9	28	85	7	74	29	9	27	33	1.88
75936508--75936562	28	1.9	29	81	3	67	27	16	27	29	1.97
75939588--75939772	79	2.3	82	84	7	238	25	27	22	24	2.00
75939588--75939772	40	4.7	40	83	7	234	25	27	22	24	2.00
75951874--75951898	13	1.9	13	100	0	50	36	40	24	0	1.55
75952319--75952353	13	2.6	14	81	9	54	17	11	17	54	1.71
75955883--75955943	29	2.1	29	96	0	113	57	14	6	21	1.60
75956202--75956312	53	2.1	53	94	0	195	42	8	13	36	1.74
75963205--75963399	43	4.5	43	82	2	203	22	15	22	39	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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