genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.213.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73657408--73657516	47	2.4	45	81	7	130	33	10	28	27	1.89
73661411--73661534	20	6.2	20	68	4	81	23	19	22	34	1.96
73661411--73661494	40	2.1	40	81	0	96	21	19	22	36	1.95
73661417--73661532	60	1.9	59	87	1	169	25	20	19	34	1.96
73676823--73676890	35	1.9	35	85	5	93	45	19	13	22	1.84
73679987--73680090	29	3.6	28	72	11	86	29	16	31	22	1.95
73684212--73684254	16	2.7	16	88	0	59	51	18	20	9	1.74
73684477--73684583	29	3.8	28	75	10	110	28	15	31	24	1.96
73684469--73684580	58	1.9	57	87	1	161	29	15	30	25	1.95
73685538--73685579	21	2.0	21	95	0	75	35	14	30	19	1.91
73688982--73689127	44	3.4	42	82	7	159	24	16	26	32	1.96
73694653--73694768	58	2.0	58	98	0	223	27	23	10	38	1.87
73698633--73698702	6	11.3	6	71	17	54	48	15	18	17	1.81
73698633--73698702	31	2.3	31	89	0	104	48	15	18	17	1.81
73698657--73698704	19	2.6	19	75	12	55	50	16	16	16	1.79
73698830--73698896	27	2.5	27	90	4	100	37	19	22	20	1.95
73699083--73699575	27	18.3	27	87	0	644	25	20	19	35	1.95
73699597--73699622	12	2.2	12	100	0	52	42	7	7	42	1.62
73699623--73700045	27	15.8	26	80	4	380	30	8	20	39	1.83
73699679--73700055	107	3.5	108	90	1	562	31	7	20	40	1.81
73699679--73700045	54	6.8	54	88	3	508	31	7	20	40	1.81
73699680--73700045	27	13.6	27	82	1	439	30	7	20	40	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73701987--73702074	6	14.3	6	71	17	65	47	13	18	20	1.82
73701996--73702074	31	2.5	31	87	0	113	48	12	18	20	1.81
73702474--73702966	27	18.3	27	89	0	682	23	20	19	35	1.95
73702950--73703750	27	29.7	27	81	5	347	34	8	21	35	1.84
73704839--73704916	31	2.5	31	89	2	113	29	25	16	28	1.97
73705135--73705206	25	2.9	25	93	0	126	25	22	26	26	2.00
73705252--73705302	21	2.4	21	90	0	75	31	19	11	37	1.88
73705655--73705693	21	1.9	20	89	5	60	20	38	20	20	1.94
73710879--73711185	154	2.0	154	98	1	589	42	19	5	32	1.75
73715322--73715373	26	2.0	26	85	7	70	36	1	15	46	1.57
73728141--73728187	19	2.5	20	93	6	80	40	4	19	36	1.71
73730229--73730384	43	3.7	43	71	9	122	26	16	24	32	1.96
73731489--73731532	20	2.2	20	95	0	79	34	0	13	52	1.41
73734129--73734215	44	2.0	44	86	4	122	35	13	26	24	1.93
73734352--73734473	47	2.6	47	97	0	226	36	13	24	25	1.93
73734218--73734487	95	2.9	92	75	9	240	34	18	25	22	1.96
73734218--73734543	142	2.3	140	77	9	318	34	17	24	23	1.96
73734452--73734648	55	3.6	54	85	4	263	35	18	24	21	1.95
73746492--73747929	717	2.0	717	100	0	2876	29	21	16	32	1.96
73750390--73750414	3	8.3	3	100	0	50	68	32	0	0	0.90
73756683--73756860	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
73756684--73756839	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73756680--73756860	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
73764199--73764225	12	2.2	12	100	0	54	51	7	0	40	1.30
73764705--73764882	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
73764706--73764861	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
73764702--73764882	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
73766294--73766360	33	2.0	34	88	2	100	28	22	19	29	1.98
73767454--73767484	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
73767451--73767490	20	2.0	20	85	0	53	40	20	0	40	1.52
73767716--73767930	55	4.0	54	73	10	172	22	26	16	34	1.95
73775165--73775195	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
73775427--73775642	55	4.0	54	79	6	213	23	25	16	34	1.95
73790554--73790653	50	2.0	50	100	0	200	26	16	30	28	1.96
73796959--73797136	27	6.6	27	83	3	196	26	15	28	29	1.96
73796960--73797115	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	28	1.96
73796956--73797136	82	2.2	81	83	2	229	27	15	28	29	1.96
73800332--73800464	70	1.9	70	95	0	239	43	6	13	36	1.69
73800728--73800940	55	3.9	54	83	4	259	34	19	24	21	1.96
73801318--73801506	94	2.0	95	91	1	308	24	20	15	39	1.92
73804318--73804475	43	3.7	43	76	12	146	25	16	27	31	1.96
73804318--73804434	42	2.7	43	81	7	123	25	17	27	29	1.98
73807296--73807417	43	2.9	42	80	7	147	30	25	15	28	1.96
73807888--73808050	81	2.0	81	93	0	281	31	16	7	44	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73813335--73813472	48	2.9	48	85	0	177	26	21	22	28	1.99
73814860--73814898	20	1.9	21	89	5	62	28	20	5	46	1.72
73816026--73816173	39	3.8	39	87	1	118	26	27	20	25	1.99
73820171--73820272	48	2.3	42	74	18	105	30	29	16	23	1.96
73820190--73820301	48	2.3	48	92	0	188	28	29	17	24	1.97
73824665--73825444	258	3.0	258	92	1	1332	39	18	13	27	1.89
73828430--73828510	42	1.9	42	84	0	108	29	24	14	30	1.95
73828512--73828679	48	3.5	48	78	4	169	29	26	17	26	1.97
73837636--73837668	17	1.9	17	93	0	57	39	0	6	54	1.25
73837871--73837906	18	2.0	18	100	0	72	44	0	5	50	1.25
73837734--73838044	156	2.0	156	92	1	525	45	5	7	42	1.55
73837889--73838441	137	4.0	138	89	3	823	46	5	6	40	1.54
73839442--73839471	13	2.3	13	100	0	60	50	0	30	20	1.49
73839687--73839742	28	2.1	25	83	9	67	55	1	0	42	1.10
73850996--73851021	12	2.2	12	100	0	52	69	7	0	23	1.14
73852415--73852500	43	2.0	43	90	0	136	25	23	2	48	1.62
73853162--73853202	19	2.2	18	86	4	55	34	17	0	48	1.47
73861348--73861588	47	5.1	47	92	1	374	31	9	30	28	1.88
73861707--73861785	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
73862999--73863230	40	5.8	40	91	0	365	26	21	26	25	1.99
73864864--73865044	86	2.1	86	98	0	353	39	8	26	25	1.84
73867344--73867722	47	8.1	47	95	0	634	31	11	30	26	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73867696--73867832	46	3.0	46	91	0	220	34	8	31	25	1.86
73870748--73870813	27	2.4	27	89	0	96	42	15	19	22	1.88
73880783--73880912	45	2.9	45	89	2	183	23	20	28	26	1.99
73881718--73881779	27	2.3	26	86	5	88	41	16	19	22	1.89
73884167--73884338	40	4.3	40	88	2	222	25	27	21	25	1.99
73884167--73884381	80	2.7	79	79	5	227	26	27	20	25	1.99
73887696--73887747	21	2.3	23	93	6	90	32	5	26	34	1.80
73889846--73889923	38	2.1	37	90	2	120	43	23	16	15	1.86
73891934--73891985	25	2.1	25	100	0	104	38	0	15	46	1.46
73895981--73896167	49	3.8	49	78	12	220	27	19	24	28	1.98
73895976--73896162	99	1.9	100	93	3	324	26	20	24	28	1.99
73904880--73904924	21	2.0	20	84	16	54	31	6	17	44	1.75
73905122--73905155	17	2.1	17	88	5	52	35	2	11	50	1.54
73907293--73907440	51	2.9	51	91	2	244	29	25	13	31	1.94
73914370--73914547	27	6.6	27	81	3	178	26	15	29	28	1.96
73914371--73914520	82	1.8	81	85	4	212	26	16	30	28	1.96
73914367--73914547	82	2.2	81	80	4	204	26	15	29	28	1.96
73915191--73915590	200	2.0	200	99	0	782	35	12	26	25	1.91
73915735--73916357	211	3.0	211	94	2	1122	34	19	22	24	1.97
73915744--73916356	201	3.0	203	94	2	1086	34	19	22	24	1.96
73923033--73923209	27	6.5	27	79	6	160	25	15	29	28	1.96
73923033--73923188	82	1.9	81	84	3	206	25	16	30	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73923060--73923209	55	2.8	54	82	4	167	26	16	30	28	1.96
73923029--73923209	82	2.2	81	80	2	202	25	16	29	28	1.96
73939975--73940072	47	2.1	47	90	1	153	38	6	22	32	1.79
73942409--73942581	93	1.9	93	91	0	283	29	21	15	32	1.95
73942759--73942930	86	2.0	86	95	0	308	46	15	18	19	1.84
73944742--73944814	29	2.6	28	91	2	110	27	16	28	27	1.97
73944729--73944814	28	3.0	28	86	3	118	29	15	27	27	1.96
73948946--73948980	16	2.2	16	89	0	52	51	14	22	11	1.74
73949222--73949306	29	2.9	29	85	0	116	28	16	27	28	1.97
73950194--73950226	15	2.2	15	89	10	50	39	3	0	57	1.14

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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