genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.169.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57950622--57950911	12	25.3	11	65	27	58	30	5	2	61	1.30
57950646--57950708	19	3.2	19	75	24	60	31	1	1	65	1.12
57950853--57950899	15	3.0	15	81	9	58	31	2	4	61	1.27
57954315--57954511	98	2.0	98	96	0	367	24	26	12	36	1.91
57958631--57958875	49	4.9	49	79	4	285	29	25	16	27	1.97
57958632--57958874	100	2.4	98	81	2	279	30	25	16	27	1.97
57961002--57961056	28	2.0	28	96	0	101	45	10	10	32	1.74
57963555--57963587	17	1.9	17	88	11	50	78	9	0	12	0.95
57965549--57965895	177	2.0	177	88	1	525	29	19	24	25	1.98
57965530--57965915	177	2.2	177	86	1	524	30	18	24	26	1.98
57976019--57976065	18	2.6	18	76	6	51	19	8	0	72	1.10
57988664--57988947	88	3.2	88	69	9	236	28	17	25	29	1.97
57988623--57988946	177	1.8	177	85	1	461	28	18	25	28	1.98
57988972--57989084	41	2.8	41	83	0	154	29	20	23	27	1.99
57995615--57995674	30	2.0	30	93	6	104	21	18	16	43	1.88
57999077--57999103	13	2.1	13	100	0	54	29	18	22	29	1.97
58000579--58000625	18	2.6	18	76	6	51	17	10	0	72	1.12
58003011--58003040	14	2.1	14	93	0	51	20	6	10	63	1.47
58011642--58011740	52	1.9	52	81	4	119	40	16	24	19	1.91
58013101--58013184	44	1.9	44	80	9	100	27	15	28	28	1.96
58013003--58013530	177	3.0	177	89	0	786	28	19	25	25	1.99
58013494--58013577	45	1.9	44	85	9	118	28	19	23	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58013543--58013655	41	2.8	41	84	0	145	29	17	23	29	1.97
58017963--58018078	13	8.9	13	100	0	232	23	7	30	38	1.83
58026610--58026661	24	2.2	24	86	6	70	25	1	13	59	1.44
58026611--58026661	25	2.2	23	82	10	59	25	1	13	58	1.46
58028725--58028797	31	2.4	30	84	6	92	26	13	45	15	1.83
58043027--58043066	20	2.0	20	90	9	64	22	7	0	70	1.12
58043782--58043815	18	1.9	18	94	5	61	26	11	5	55	1.58
58046812--58046864	15	3.2	17	82	12	58	18	1	1	77	0.96
58048495--58048544	10	5.0	10	81	13	59	22	8	2	68	1.26
58052339--58052374	10	3.6	10	84	0	54	36	19	25	19	1.95
58052337--58052384	20	2.4	20	82	0	69	33	16	27	22	1.96
58055239--58055297	29	2.0	31	83	12	79	44	0	32	23	1.54
58055660--58055769	54	2.1	54	94	1	195	42	1	6	49	1.39
58056387--58056535	74	2.0	74	97	0	280	37	14	6	42	1.70
58060145--58060179	17	2.1	17	100	0	70	40	22	25	11	1.88
58060925--58061294	188	1.9	189	86	3	519	39	23	6	30	1.81
58062251--58062308	14	4.1	14	84	0	71	34	24	8	32	1.86
58062249--58062304	28	2.0	28	89	0	85	32	23	10	33	1.89
58062311--58062362	14	3.7	14	78	0	59	32	15	15	36	1.89
58064017--58064101	21	4.0	21	80	4	80	38	25	21	14	1.91
58064015--58064089	21	3.5	22	83	7	91	38	26	21	13	1.90
58064472--58064529	15	3.8	15	86	2	80	51	10	0	37	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58064475--58064533	30	2.0	28	93	6	100	55	10	0	33	1.33
58064685--58065470	2	393.0	2	100	0	1572	50	50	0	0	1.00
58069685--58069719	17	2.1	17	94	0	61	14	42	11	31	1.81
58099171--58099248	41	1.9	41	89	5	122	29	20	19	30	1.97
58099299--58099548	68	3.8	65	77	9	215	24	29	16	30	1.96
58107597--58107669	34	2.2	33	85	7	103	28	21	20	28	1.98
58108601--58108652	26	2.0	26	100	0	104	42	30	15	11	1.82
58109060--58109112	26	2.0	26	100	0	106	56	0	35	7	1.28
58115922--58116433	260	2.0	260	90	0	819	35	24	11	28	1.90
58137462--58137486	9	2.8	9	100	0	50	60	20	12	8	1.57
58138761--58138817	27	2.1	27	86	0	78	47	14	0	38	1.44
58143658--58143699	20	2.1	20	95	0	75	35	23	16	23	1.95
58147720--58147745	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
58148493--58148553	30	2.1	30	82	8	74	37	16	11	34	1.85
58150382--58150453	28	2.5	28	91	6	110	68	1	4	26	1.16
58150956--58150988	16	1.9	18	88	11	52	51	18	12	18	1.76
58151573--58151665	43	2.2	43	96	0	168	25	29	20	24	1.99
58159229--58159281	27	2.0	27	85	3	72	50	0	1	47	1.12
58162111--58162254	39	3.7	39	92	0	234	24	22	27	25	2.00
58162111--58162287	79	2.3	78	84	6	207	24	23	27	24	2.00
58162108--58162287	39	4.6	40	84	6	163	25	22	27	24	2.00
58168809--58168862	25	2.4	22	80	17	58	72	1	18	7	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58170097--58170240	39	3.7	39	91	0	225	24	22	27	25	2.00
58171902--58172003	42	2.4	42	80	3	116	25	21	29	23	1.99
58174349--58174453	53	2.0	53	81	3	122	38	17	22	21	1.93
58186870--58188193	662	2.0	662	87	2	1890	32	11	19	36	1.88
58188611--58188683	27	2.8	26	87	4	101	34	15	19	31	1.92
58192259--58192305	13	3.6	13	83	8	60	36	2	0	61	1.08
58192380--58192429	25	2.0	26	84	11	68	54	2	2	42	1.23
58195572--58195618	21	2.2	22	92	3	78	21	38	19	21	1.94
58201165--58201310	71	2.1	70	85	1	193	30	20	20	28	1.98
58205654--58205834	94	1.9	94	85	2	247	33	20	20	25	1.97
58206043--58206223	94	1.9	94	86	2	256	32	20	21	25	1.97
58205623--58206400	389	2.0	389	99	0	1547	33	16	22	27	1.96
58207720--58207911	94	2.1	94	87	3	271	33	21	21	23	1.97
58210013--58210108	22	4.6	20	77	12	86	35	3	2	59	1.25
58217377--58217437	6	10.5	6	85	3	63	77	6	0	16	0.98
58217389--58217437	11	4.2	12	87	7	66	77	6	0	16	0.96
58217378--58217437	11	5.3	11	80	11	59	76	6	0	16	0.99
58219394--58219500	51	2.1	50	94	5	189	44	2	45	5	1.41
58220260--58220305	24	1.9	24	90	0	74	23	23	23	28	2.00
58225981--58226014	16	2.1	17	88	5	52	70	8	0	20	1.13
58232703--58232742	20	2.0	20	95	0	71	12	30	40	17	1.86
58235597--58235661	30	2.2	30	83	5	78	47	0	3	49	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58235617--58235645	13	2.3	13	94	5	51	44	0	3	51	1.18
58240792--58240846	20	2.8	20	88	0	83	25	29	16	29	1.97
58241179--58241372	45	4.3	45	89	0	280	40	15	19	24	1.90
58254045--58254106	27	2.3	26	86	8	81	19	22	20	37	1.95
58261974--58262033	26	2.3	25	78	13	59	16	26	25	31	1.96
58262837--58262893	30	1.9	30	96	0	105	35	8	10	45	1.70
58272054--58272266	84	2.5	84	91	0	347	25	26	17	29	1.98
58272126--58272257	42	3.1	42	64	19	96	25	27	15	31	1.96
58272239--58272293	29	1.9	29	88	3	85	27	23	16	32	1.96
58272266--58272387	42	2.9	43	71	12	108	26	25	18	30	1.98
58278843--58279235	198	2.0	199	99	0	779	36	16	20	26	1.94
58280131--58280353	40	5.6	40	86	3	236	24	21	27	26	1.99
58280206--58280388	79	2.3	80	82	1	226	25	20	27	25	1.99
58288094--58288303	40	5.3	39	89	4	242	25	21	27	25	1.99
58288041--58288303	120	2.2	120	82	4	309	25	21	27	25	1.99
58288042--58288338	80	3.7	80	81	6	230	26	21	27	24	1.99
58293346--58293429	22	3.9	22	75	9	82	47	17	23	10	1.79
58293330--58293415	43	2.0	44	86	2	120	45	18	24	11	1.83
58298629--58298661	9	3.8	9	92	8	59	21	0	0	78	0.75
58304484--58304534	6	8.7	6	83	16	63	3	13	0	82	0.81
58304484--58304534	11	4.3	12	81	18	63	3	13	0	82	0.81
58311103--58311184	41	2.0	41	95	0	146	37	15	9	36	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58319135--58319257	28	4.4	28	92	2	185	26	12	27	33	1.92
58319160--58319271	28	4.1	27	91	3	145	29	11	25	33	1.91
58328355--58328658	40	7.7	40	86	2	391	23	21	26	27	1.99
58328554--58328659	39	2.7	39	82	4	106	23	24	27	24	2.00
58333107--58333150	20	2.2	20	88	4	63	40	11	22	25	1.87
58343997--58344027	15	2.1	15	100	0	62	54	0	38	6	1.26
58351052--58351187	54	2.5	54	98	0	263	44	21	26	8	1.80
58351162--58351326	85	1.9	85	97	0	312	35	18	24	21	1.95
58359726--58360119	205	1.9	204	92	2	657	30	17	22	29	1.96
58360046--58360197	78	1.9	78	92	2	252	32	15	18	33	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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