Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   

This is table  194  of  290  ( 34714 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
66591825--66591884
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2.0
29
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3
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0
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18
1.41
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25
2.9
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1.16
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2.6
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13
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69
7
0
23
1.14
66597526--66597621
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2.3
41
77
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3
3
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1.23
66607638--66607682
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2.1
21
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0
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28
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1.63
66607824--66607877
26
2.1
26
96
0
99
57
3
20
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0
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1
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2.2
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10
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2.1
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40
1.42
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185
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2
591
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25
26
22
25
2.00
66620509--66620792
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7.1
40
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24
27
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25
2.00
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21
2.0
22
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4
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24
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66645720--66645844
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2.2
56
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2
180
28
17
28
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1.98
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2.4
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88
0
103
18
1
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66654128--66654160
16
2.1
16
94
0
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9
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33
1.58
66657184--66657231
25
1.9
25
83
8
62
62
4
6
27
1.38
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
66664755--66664956
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3.3
61
80
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196
29
17
25
27
1.98
66664855--66664979
60
2.1
61
84
4
164
30
16
26
26
1.97
66675888--66675992
25
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1.94
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4.2
40
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0
287
27
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21
1.98
66692298--66692383
40
2.2
40
97
0
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29
23
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1.99
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3.4
10
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0
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1.76
66702106--66702141
18
2.0
18
100
0
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22
1.77
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208
28
29
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25
1.97
66704683--66704750
20
3.1
22
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0
2
57
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1.48
66710504--66710555
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50
30
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19
1.48
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22
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0
0
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0.99
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48
31
0
20
1.49
66713983--66714081
49
2.0
49
100
0
198
46
11
2
40
1.51
66714285--66714533
116
2.1
116
100
0
498
36
19
16
28
1.93
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38
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38
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1.97
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2.0
39
90
0
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21
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34
1.97
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2.3
12
100
0
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46
32
14
7
1.71
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49
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271
24
27
18
30
1.97
66716932--66717117
100
1.9
100
90
0
300
23
27
18
30
1.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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2.1
16
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57
18
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31
1.88
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3.5
50
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4
188
23
27
19
28
1.99
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50
2.9
50
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182
24
28
17
29
1.97
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2.1
13
100
0
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0
0
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0.95
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51
17
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22
1.73
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2.5
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93
0
172
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16
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28
1.97
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42
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30
15
24
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1.96
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1.9
174
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0
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14
24
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1.94
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18
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2.0
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128
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500
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1.97
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0
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1.99
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20
27
24
1.99
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142
27
28
15
28
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134
2.0
134
95
0
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12
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1.92
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20
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1.9
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105
41
4
10
43
1.60
66841595--66841660
27
2.4
26
80
12
69
57
4
6
31
1.43
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
66848556--66848955
198
2.0
197
98
0
773
37
11
17
34
1.86
66852918--66852944
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3.9
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100
0
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11
0
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0.50
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1.9
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65
0
3
30
1.10
66853119--66853210
27
3.3
27
74
10
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1
2
31
1.12
66853141--66853197
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3.1
17
75
12
51
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0
1
29
1.00
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19.1
9
67
20
63
31
3
3
61
1.30
66853471--66853572
46
2.1
48
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129
34
2
1
60
1.23
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10
65
30
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3
63
1.25
66853553--66853592
10
3.9
10
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53
32
2
0
65
1.06
66853591--66853772
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2.1
88
84
3
231
35
8
18
36
1.82
66853607--66853794
89
2.1
90
77
4
193
34
9
16
39
1.80
66857325--66857474
67
2.2
67
81
8
171
32
17
28
21
1.96
66857349--66857532
67
2.8
64
77
8
194
29
17
29
22
1.97
66861762--66861911
67
2.2
66
81
8
169
32
17
29
21
1.96
66861786--66861969
67
2.8
64
78
8
203
29
17
30
22
1.97
66866474--66866732
130
2.0
130
96
0
482
30
15
14
39
1.87
66868920--66868975
26
2.2
26
96
0
103
37
25
7
30
1.82
66869210--66869265
26
2.2
26
96
0
103
37
25
7
30
1.82
66868773--66869353
290
2.0
290
99
0
1144
31
20
10
37
1.87
66876037--66876198
54
2.9
54
73
10
157
26
29
14
29
1.95
66878777--66878829
26
2.0
26
82
7
63
26
15
20
37
1.92
66879640--66879739
50
2.0
50
98
0
191
35
14
9
42
1.77
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
66880366--66880837
26
18.2
26
98
0
890
34
20
7
37
1.81
66889226--66889327
37
2.6
37
75
20
93
32
4
4
57
1.41
66895439--66895470
17
1.9
16
93
6
55
81
0
18
0
0.70
66896420--66896576
73
2.1
74
89
2
235
28
18
21
31
1.97
66896495--66896879
102
3.9
101
82
8
433
26
17
17
38
1.92
66896801--66897029
77
3.0
76
85
3
316
30
18
20
30
1.97
66896597--66897361
334
2.3
336
81
9
911
28
16
19
35
1.94
66897118--66897507
73
5.3
74
82
7
499
30
16
19
34
1.94
66897118--66897485
146
2.5
146
95
0
664
30
16
19
32
1.94
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14
2.4
14
94
0
57
18
12
6
63
1.48
66897414--66898195
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91
3
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28
15
17
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1.90
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92
10.6
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86
6
393
28
15
18
37
1.91
66898439--66898478
21
1.9
21
89
0
62
30
10
30
30
1.90
66899005--66899103
30
3.3
30
88
5
164
26
50
6
17
1.69
66909824--66909998
71
2.5
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3
217
28
13
23
34
1.93
66910657--66910752
49
2.0
49
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0
174
31
16
19
32
1.94
66910706--66911439
152
4.8
152
95
1
1316
33
16
20
30
1.94
66911883--66912061
46
3.9
46
80
10
211
20
22
29
27
1.98
66911882--66912054
93
1.9
93
92
0
292
20
22
30
27
1.98
66917189--66917228
6
6.7
6
82
0
53
15
2
5
77
1.04
66917873--66917915
5
8.8
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14
63
81
2
0
16
0.79
66919382--66919429
23
2.1
23
100
0
96
52
31
8
8
1.61
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
66921249--66921279
11
2.8
11
100
0
62
19
16
6
58
1.59
66925159--66925326
46
3.7
43
84
8
192
22
30
20
26
1.98
66925159--66925326
93
1.8
92
86
8
243
22
30
20
26
1.98
66927072--66927175
52
2.0
52
94
3
183
47
14
10
27
1.77
66932713--66932807
48
2.0
48
93
0
163
41
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23
1.90
66946858--66946972
56
2.0
58
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8
155
26
21
6
44
1.78
66948382--66948416
17
2.0
18
88
5
54
11
25
48
14
1.77
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2.4
31
80
0
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19
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1.94
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48
2.1
48
84
1
130
32
9
25
34
1.87
66956395--66956421
13
2.1
13
100
0
54
85
7
0
7
0.75

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290