genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.193.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66195557--66195583	12	2.2	12	100	0	54	22	44	14	18	1.86
66199293--66199457	27	6.1	26	85	9	206	18	24	21	36	1.95
66199293--66199453	54	3.0	54	92	1	261	18	24	21	36	1.95
66204934--66204976	8	5.4	8	80	0	50	48	20	20	9	1.77
66204926--66204976	24	2.1	24	92	0	84	50	21	19	7	1.72
66205187--66205305	29	4.2	29	77	6	118	29	14	30	26	1.95
66205191--66205303	58	2.0	57	82	5	138	29	15	30	24	1.95
66206562--66206713	37	4.1	37	83	2	173	38	19	13	28	1.90
66206562--66206738	74	2.4	74	80	5	180	37	18	12	30	1.89
66209455--66209587	56	2.4	56	92	0	221	37	24	11	27	1.89
66212875--66213048	46	3.8	46	75	14	169	21	20	28	29	1.98
66212871--66213043	93	1.9	93	90	2	276	21	20	29	28	1.98
66216414--66216506	47	2.0	46	100	0	177	32	23	15	27	1.94
66218539--66218689	42	3.6	43	78	5	155	28	21	15	34	1.94
66223154--66223210	22	2.6	22	77	2	71	36	19	24	19	1.94
66230771--66230808	19	2.0	19	85	10	51	36	23	5	34	1.78
66232060--66232140	41	2.0	41	97	0	153	19	12	19	48	1.80
66234918--66234974	30	1.9	30	100	0	114	33	21	3	42	1.70
66235832--66235871	21	2.0	21	85	5	55	45	5	22	27	1.73
66239855--66239915	22	2.9	22	80	4	72	32	19	27	19	1.96
66242752--66242789	20	1.9	19	89	5	58	68	2	0	28	1.03
66256326--66256449	63	2.0	63	88	6	189	30	23	20	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66262520--66262619	44	2.3	43	91	3	164	25	17	29	29	1.97
66262463--66262729	43	6.2	43	77	9	206	27	15	26	30	1.96
66269203--66270134	43	21.7	43	69	15	349	28	15	25	30	1.95
66269201--66270134	172	5.4	172	98	0	1771	28	15	25	30	1.95
66276751--66276811	29	2.1	29	96	0	113	21	1	27	49	1.59
66286340--66286551	46	4.5	47	78	7	189	30	20	26	22	1.98
66286433--66286695	142	1.9	138	82	9	336	26	18	29	24	1.98
66286569--66286698	49	2.7	49	79	7	138	26	19	29	24	1.98
66304796--66304892	51	1.9	50	93	0	158	20	16	22	39	1.91
66318157--66318698	275	2.0	276	98	0	1059	36	16	16	30	1.91
66320915--66320952	14	2.9	13	81	11	51	18	13	10	57	1.63
66321920--66321960	20	2.0	20	90	0	64	31	29	14	24	1.95
66328962--66328989	12	2.3	12	100	0	56	42	17	17	21	1.89
66329178--66329215	14	2.9	13	81	11	51	18	13	10	57	1.63
66335747--66335931	79	2.3	82	84	7	238	25	27	22	24	2.00
66335728--66335931	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	25	2.00
66350702--66350806	39	2.6	39	86	5	122	24	22	27	24	2.00
66350662--66350825	40	4.1	40	80	12	169	25	23	27	24	2.00
66350662--66350812	79	1.9	80	82	6	191	25	23	27	23	2.00
66358055--66358239	79	2.3	81	83	7	227	24	22	27	24	2.00
66358056--66358239	40	4.6	40	82	9	207	25	22	27	24	2.00
66358108--66358272	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66362114--66362377	40	6.6	40	87	7	356	25	26	22	24	2.00
66369632--66369895	40	6.6	40	87	5	363	25	26	23	24	2.00
66371325--66371457	43	3.1	43	76	6	128	31	27	14	27	1.95
66371593--66371633	22	1.9	21	85	5	55	48	9	2	39	1.49
66379647--66379696	20	2.5	20	75	12	57	26	4	34	36	1.75
66388276--66388450	29	6.1	29	85	2	228	27	14	26	30	1.95
66393693--66393738	23	2.0	22	88	12	67	36	4	10	47	1.58
66395633--66395670	16	2.4	16	90	0	58	60	21	10	7	1.54
66395886--66395947	28	2.2	29	91	2	99	25	12	32	29	1.93
66398606--66398797	47	4.1	47	86	0	267	32	10	30	26	1.90
66398913--66399104	47	4.1	47	88	0	276	31	9	31	27	1.89
66398505--66399118	307	2.0	307	98	0	1183	32	11	25	30	1.91
66406986--66407129	49	2.9	48	79	4	162	26	20	25	28	1.99
66410147--66410211	15	4.4	15	78	16	73	9	10	15	64	1.49
66410142--66410219	30	2.6	30	82	15	99	8	10	17	62	1.52
66420042--66420546	257	2.0	257	89	0	785	30	15	30	23	1.95
66424911--66425246	40	8.4	40	82	7	269	22	23	28	25	1.99
66433654--66433836	40	4.6	40	89	1	251	24	22	27	26	2.00
66433656--66433836	79	2.3	80	87	0	247	24	22	27	26	2.00
66433613--66433859	40	6.2	39	83	5	241	23	22	27	26	2.00
66433656--66433859	79	2.6	80	83	3	225	24	22	26	26	2.00
66434580--66434699	29	4.2	29	86	1	170	25	14	29	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66440222--66440291	29	2.4	29	87	0	104	15	20	31	32	1.94
66448962--66449162	43	4.7	43	81	3	244	24	15	24	34	1.94
66448955--66449187	43	5.4	43	78	3	227	27	15	23	33	1.94
66448962--66449161	86	2.3	86	93	0	337	25	15	25	35	1.94
66448955--66449208	129	2.0	128	80	2	285	27	14	23	34	1.94
66450787--66450969	79	2.3	81	83	7	223	24	27	22	24	2.00
66450766--66450969	40	5.1	40	81	8	229	24	27	22	25	2.00
66453180--66453224	21	2.1	21	83	0	54	28	4	22	44	1.72
66456911--66456944	12	2.8	12	90	0	50	61	0	0	38	0.96
66462127--66462191	27	2.4	27	82	5	78	21	23	20	35	1.96
66462245--66462330	27	3.1	27	80	14	104	36	9	15	39	1.79
66462332--66462431	27	3.7	27	82	4	139	28	8	23	41	1.82
66462333--66462471	27	5.1	27	75	9	113	28	11	23	37	1.89
66462463--66462660	27	7.3	27	84	2	236	38	8	24	28	1.84
66462463--66462660	81	2.4	81	88	0	288	38	8	24	28	1.84
66462514--66462680	81	2.1	81	83	0	208	38	8	23	28	1.85
66471836--66471939	28	3.7	27	76	10	86	24	25	20	29	1.99
66471862--66472026	56	3.0	56	83	5	237	25	26	15	32	1.96
66471862--66472025	28	5.9	29	71	13	112	25	26	15	31	1.96
66476107--66476131	5	5.0	5	100	0	50	60	0	40	0	0.97
66479859--66480030	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
66479852--66480027	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66486496--66486616	46	2.6	46	100	0	242	30	28	20	20	1.98
66491629--66491682	27	2.0	27	100	0	108	40	14	11	33	1.82
66496535--66496567	14	2.2	16	89	10	52	27	6	9	57	1.53
66497549--66497591	22	2.0	22	90	0	68	37	9	25	27	1.87
66501169--66501265	43	2.3	42	87	8	135	32	14	22	29	1.94
66502488--66502526	20	2.0	20	89	0	60	20	35	23	20	1.96
66506597--66506710	28	4.2	27	80	9	115	21	22	19	36	1.95
66506596--66506703	55	2.0	55	87	3	155	22	23	17	37	1.94
66507756--66507856	49	2.1	49	100	0	202	41	18	13	25	1.88
66507944--66507999	24	2.3	24	96	0	103	39	16	8	35	1.80
66513058--66513108	6	8.5	6	86	0	75	13	1	3	80	0.94
66513043--66513110	18	3.9	18	84	5	88	13	4	4	77	1.06
66514562--66514627	35	1.9	34	81	9	80	25	19	25	28	1.99
66521322--66521368	4	11.8	4	80	8	51	17	4	2	76	1.04
66521321--66521369	19	2.5	20	83	10	64	16	6	2	75	1.09
66521339--66521394	19	3.1	17	82	7	58	16	7	0	76	0.99
66521529--66521575	19	2.6	18	83	6	60	21	2	12	63	1.39
66522952--66523004	6	8.5	6	87	8	79	15	3	0	81	0.83
66524229--66524275	22	2.1	23	96	4	87	27	12	17	42	1.85
66535209--66535305	46	2.1	46	88	3	142	29	27	21	20	1.98
66557808--66558024	46	4.7	45	72	16	140	29	19	28	23	1.98
66561195--66561247	20	2.6	21	85	8	74	41	16	15	26	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66564846--66564965	43	2.8	43	81	0	141	30	25	15	28	1.96
66574982--66575104	43	2.9	43	84	3	153	28	29	14	27	1.95
66578298--66578407	48	2.3	46	77	9	112	30	21	22	24	1.99
66579855--66579898	22	1.9	22	81	9	52	9	38	25	27	1.86
66584574--66584640	25	2.7	24	84	6	80	23	28	14	32	1.95
66584594--66584651	25	2.3	25	82	11	66	27	27	17	27	1.97
66587783--66587815	17	1.9	18	88	11	52	63	0	0	36	0.95
66587776--66587824	25	2.0	24	84	4	62	61	0	2	36	1.08
66588278--66588311	17	2.0	17	100	0	68	52	29	0	17	1.45
66591382--66591428	17	2.8	17	79	20	62	55	6	2	36	1.37

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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