genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.190.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65050996--65051120	27	4.6	27	85	0	160	26	20	20	32	1.97
65050994--65051120	54	2.4	54	88	5	184	25	20	21	32	1.98
65053469--65053499	16	1.9	16	93	0	53	35	16	19	29	1.93
65055636--65055679	6	7.3	6	80	10	54	52	13	15	18	1.75
65055636--65055685	12	4.2	12	82	5	57	50	12	18	20	1.78
65058563--65058608	20	2.3	20	84	0	56	43	34	13	8	1.74
65062524--65062549	10	2.6	10	100	0	52	57	26	7	7	1.54
65072474--65072702	49	4.6	50	79	3	248	30	29	17	23	1.97
65074400--65074431	15	2.0	17	88	11	50	43	28	3	25	1.69
65077887--65077981	28	3.5	28	76	11	108	33	16	23	26	1.96
65078005--65078151	51	2.9	50	86	4	195	31	12	25	29	1.93
65082030--65082345	48	6.6	48	83	4	363	27	18	29	25	1.98
65086501--65086533	16	1.9	18	88	11	52	48	12	15	24	1.78
65087062--65087279	44	5.0	44	81	7	203	23	29	20	26	1.99
65087062--65087279	88	2.5	87	83	3	267	23	29	20	26	1.99
65088082--65088224	47	3.0	47	96	0	259	41	13	14	29	1.85
65090518--65090561	20	2.1	21	83	8	54	31	13	27	27	1.94
65101823--65101894	22	3.3	22	64	21	60	37	16	2	43	1.63
65101817--65101902	44	2.0	44	100	0	172	40	16	2	40	1.61
65101981--65102062	32	2.5	32	86	7	85	28	15	8	47	1.75
65101999--65102062	32	2.0	32	96	0	119	25	17	9	48	1.76
65109889--65110064	50	3.5	49	84	3	181	28	27	18	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65109889--65110072	101	1.8	99	84	2	251	28	27	19	25	1.98
65128364--65128576	46	4.6	45	77	9	173	23	30	18	27	1.97
65128920--65129001	30	2.7	30	96	0	146	35	25	9	29	1.88
65137035--65137153	49	2.6	46	85	9	145	25	28	19	26	1.99
65137078--65137297	46	4.8	45	75	12	180	22	29	20	27	1.99
65137037--65137302	94	2.9	91	75	12	247	23	28	19	28	1.99
65145539--65145571	6	5.5	6	92	0	57	0	45	0	54	0.99
65150985--65151270	143	2.0	143	100	0	572	27	14	17	40	1.89
65165123--65165183	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
65169570--65169630	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
65174021--65174129	43	2.6	43	76	4	114	27	21	24	26	1.99
65175285--65175325	21	2.0	21	95	0	73	0	53	19	26	1.45
65175737--65175765	14	2.1	14	93	6	51	58	6	0	34	1.25
65175932--65175970	17	2.4	17	86	4	53	48	0	10	41	1.37
65178343--65178522	68	2.8	63	78	10	166	25	28	16	29	1.97
65188904--65189331	154	2.7	153	80	8	452	23	25	20	31	1.98
65189102--65189194	41	2.3	41	84	1	116	23	22	24	29	1.99
65189462--65189486	12	2.1	12	100	0	50	32	36	24	8	1.84
65202799--65202855	25	2.2	26	78	6	62	61	3	3	31	1.30
65209150--65209263	56	2.0	56	86	0	156	25	12	23	38	1.90
65224490--65224585	42	2.3	43	81	1	113	28	15	21	34	1.94
65224444--65224600	43	3.7	42	78	4	154	26	15	23	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65231652--65231676	8	3.1	8	100	0	50	52	0	24	24	1.48
65239167--65239332	53	3.1	53	88	6	221	25	15	28	30	1.96
65246685--65246850	53	3.1	53	88	6	221	25	15	28	30	1.96
65254203--65254368	53	3.1	53	88	6	221	25	15	28	30	1.96
65256476--65256638	43	3.9	41	76	9	159	27	15	24	31	1.96
65256475--65256621	43	3.4	43	79	9	176	27	17	23	31	1.97
65256476--65256637	85	1.9	85	81	7	195	27	16	24	31	1.96
65260470--65260549	33	2.4	33	93	0	142	27	22	15	35	1.94
65268100--65268161	33	1.9	32	83	3	79	20	17	29	32	1.96
65272832--65272928	43	2.3	43	78	10	108	29	18	22	28	1.97
65278179--65278334	78	2.0	78	100	0	312	46	19	2	32	1.63
65278303--65278447	72	2.0	72	100	0	290	43	22	5	28	1.75
65279570--65279657	6	14.3	6	75	17	83	48	14	18	18	1.81
65279579--65279657	31	2.5	31	89	4	115	49	13	18	17	1.80
65279882--65279933	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
65280173--65280359	27	7.0	27	81	0	196	42	8	19	29	1.80
65280174--65280359	54	3.5	53	82	2	221	42	8	19	29	1.80
65280174--65280359	81	2.3	81	79	3	216	42	8	19	29	1.80
65280315--65281121	81	10.0	80	81	4	523	30	8	21	39	1.82
65280436--65281137	54	13.0	54	98	0	1341	29	7	22	40	1.82
65283080--65283167	6	14.3	6	75	17	83	48	14	18	18	1.81
65283089--65283167	31	2.5	31	89	4	115	49	13	18	17	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65283678--65283922	27	9.1	27	87	0	303	40	6	22	30	1.80
65283678--65283922	54	4.6	54	90	1	359	40	6	22	30	1.80
65283678--65283922	81	3.0	81	89	1	377	40	6	22	30	1.80
65283875--65284153	27	10.3	27	79	6	167	30	9	21	38	1.85
65283918--65284153	81	2.9	81	79	1	240	29	9	21	39	1.85
65283975--65284153	27	6.6	27	84	0	214	30	7	21	40	1.81
65284004--65284169	54	3.1	54	88	0	253	31	6	20	41	1.78
65286381--65286869	47	10.4	47	97	0	888	31	8	30	29	1.87
65286988--65287103	37	3.1	37	89	0	169	24	18	31	26	1.97
65292156--65292207	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
65292846--65292964	27	4.4	26	81	7	114	25	19	18	36	1.94
65292845--65292964	54	2.2	54	81	8	129	25	19	18	37	1.94
65296690--65296760	29	2.6	27	71	8	70	32	2	1	63	1.18
65296739--65296848	8	12.9	8	77	14	80	30	1	0	67	1.07
65296731--65296848	20	6.2	19	66	23	70	30	1	1	66	1.12
65296742--65296845	23	4.1	24	73	21	81	29	1	0	67	1.08
65296691--65296848	9	17.8	9	71	17	100	32	1	1	64	1.12
65296741--65296847	28	3.7	27	67	22	67	28	1	0	68	1.06
65296813--65296914	38	2.7	37	75	7	98	28	4	0	65	1.19
65297603--65297635	18	1.9	17	88	11	50	54	0	0	45	0.99
65297741--65297806	17	3.8	17	74	9	62	54	6	1	37	1.34
65297736--65297829	34	3.0	33	81	10	108	54	5	1	39	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65299269--65299415	70	2.1	70	92	1	242	31	14	5	48	1.66
65308845--65308877	13	2.5	14	90	9	52	39	3	9	48	1.50
65310449--65310515	32	2.1	33	94	2	118	34	19	16	29	1.94
65312933--65313152	46	4.7	47	76	11	166	24	30	19	25	1.98
65314626--65314686	30	2.0	30	100	0	122	39	9	16	34	1.82
65320139--65320217	41	1.9	42	84	2	106	22	17	26	32	1.96
65324522--65324626	47	2.2	47	94	0	183	34	6	30	28	1.83
65325156--65325236	41	2.0	41	97	0	153	37	1	27	34	1.65
65326608--65326712	38	2.8	38	81	5	115	30	19	23	26	1.98
65326740--65327015	40	6.9	40	92	0	453	19	23	30	26	1.98
65330806--65330910	47	2.2	47	94	0	183	33	7	31	27	1.85
65334737--65335721	196	5.0	196	99	0	1952	33	23	9	34	1.87
65336578--65336746	49	3.4	49	85	1	257	29	28	16	25	1.97
65337000--65337053	27	2.0	27	85	0	72	38	14	7	38	1.75
65340306--65340406	40	2.5	40	91	0	157	34	25	16	22	1.95
65340852--65340890	21	1.9	20	89	5	60	46	23	2	28	1.65
65349656--65350238	48	12.0	48	93	1	952	35	5	26	31	1.80
65350379--65350523	37	3.9	37	94	0	245	24	19	30	25	1.98
65364648--65364697	24	2.1	24	100	0	100	24	12	26	38	1.90
65369626--65369661	14	2.5	14	90	4	54	22	13	13	50	1.77
65369635--65369663	14	2.1	14	100	0	58	13	13	13	58	1.63
65372451--65372816	40	9.2	40	93	0	608	23	23	25	27	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65376727--65376766	17	2.4	17	84	12	55	80	2	15	2	0.93
65380232--65380535	40	7.6	39	82	7	344	24	21	27	25	1.99
65380232--65380535	120	2.5	119	85	2	387	24	21	27	25	1.99
65380284--65380535	80	3.2	80	95	1	436	24	20	28	26	1.99
65388287--65388496	40	5.3	39	89	4	242	25	21	27	25	1.99
65388234--65388496	120	2.2	120	82	4	309	25	21	27	25	1.99
65388235--65388531	80	3.7	80	81	6	230	26	21	27	24	1.99
65390767--65390858	38	2.4	40	87	7	136	38	8	9	43	1.69
65393506--65393683	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
65393527--65393682	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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