genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.227.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78503248--78503410	54	3.0	54	87	3	222	36	20	17	25	1.94
78504098--78504199	27	3.8	27	87	5	134	18	23	21	36	1.95
78504347--78504404	19	3.4	19	65	30	58	18	17	17	46	1.84
78504336--78504416	6	13.0	6	73	17	67	18	16	16	49	1.80
78504336--78504417	31	2.6	31	96	1	146	18	15	15	50	1.79
78515126--78515387	39	6.7	40	88	7	337	24	27	22	25	2.00
78517006--78517070	27	2.5	26	84	2	76	21	26	18	33	1.96
78517210--78517315	31	3.4	31	86	0	140	21	17	13	47	1.82
78517210--78517324	6	18.7	6	70	18	67	21	17	13	46	1.83
78518256--78518289	17	1.9	17	88	5	50	20	44	26	8	1.81
78525561--78525616	27	2.1	27	83	3	69	37	23	23	16	1.93
78529525--78529558	18	1.9	18	88	5	52	11	26	44	17	1.83
78530760--78530881	47	2.6	47	94	0	208	36	13	24	25	1.93
78530860--78531054	54	3.6	54	83	6	234	35	14	25	24	1.93
78530860--78531054	55	3.6	53	82	7	223	35	14	25	24	1.93
78530868--78531078	108	2.0	109	82	5	259	37	14	24	23	1.92
78543895--78544092	99	2.0	99	96	0	369	19	12	32	35	1.90
78560392--78560445	19	2.8	19	97	0	99	44	11	12	31	1.78
78561662--78561696	15	2.3	15	100	0	70	25	5	22	45	1.74
78564198--78564333	41	3.3	40	86	2	164	39	20	17	22	1.92
78564199--78564355	41	3.9	40	80	5	156	35	19	20	24	1.95
78564891--78564939	14	3.4	14	72	5	53	36	38	4	20	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78564888--78564943	29	1.9	29	100	0	112	35	37	7	19	1.79
78564889--78564956	29	2.5	28	88	7	86	38	35	4	22	1.74
78566230--78566274	19	2.3	19	84	3	54	24	37	0	37	1.56
78567571--78567620	24	2.1	24	100	0	100	48	10	16	26	1.77
78568935--78569005	24	3.0	24	91	0	115	28	18	8	45	1.78
78569179--78569252	29	2.6	29	95	0	130	45	0	0	54	1.00
78569179--78569264	15	5.9	15	74	15	90	44	0	0	55	0.99
78569369--78569725	9	40.4	9	82	5	388	47	12	2	37	1.57
78569369--78569725	44	7.9	44	89	6	500	47	12	2	37	1.57
78576637--78576710	29	2.6	29	95	0	130	45	1	0	52	1.09
78576637--78576722	15	5.9	15	74	15	90	44	1	0	54	1.07
78576827--78577460	9	71.4	9	81	5	709	46	12	2	38	1.54
78576827--78577469	53	12.2	53	83	10	666	46	12	2	38	1.53
78576828--78577469	44	14.5	45	84	4	671	46	12	2	38	1.54
78580858--78580962	27	3.9	27	84	9	126	35	21	23	19	1.96
78582570--78582677	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
78591281--78591382	40	2.6	41	84	6	129	22	29	25	22	1.99
78596026--78596103	29	2.7	28	84	11	104	25	15	30	28	1.96
78596056--78596383	174	1.9	174	96	0	611	29	14	24	31	1.94
78604214--78604389	39	4.5	39	90	5	252	26	23	28	22	1.99
78606625--78606687	33	1.9	33	96	0	117	44	9	15	30	1.79
78607540--78607710	93	1.8	93	93	2	299	28	28	21	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78607534--78607707	46	3.7	47	80	13	216	29	27	20	21	1.98
78608877--78609196	160	2.0	160	97	0	604	35	20	9	35	1.84
78611969--78612058	40	2.2	40	84	3	110	24	28	25	21	1.99
78615370--78615430	27	2.3	26	82	2	68	37	19	19	22	1.94
78616148--78616292	27	5.4	27	86	0	182	24	20	18	35	1.95
78625230--78625388	44	3.7	43	71	18	125	24	20	25	29	1.99
78626155--78626197	22	2.0	22	86	9	61	23	2	25	48	1.62
78631194--78631423	40	5.5	40	79	14	180	24	23	28	23	2.00
78631201--78631303	52	2.0	52	98	0	197	25	24	28	22	1.99
78631257--78631423	80	2.1	79	84	5	212	25	23	27	23	2.00
78639186--78639363	40	4.5	40	87	3	236	25	23	26	24	2.00
78640715--78640824	43	2.6	43	84	4	134	24	17	27	30	1.97
78643681--78644058	40	9.5	40	97	0	688	23	23	28	25	2.00
78645882--78646142	40	6.6	40	91	0	407	23	22	29	24	1.99
78646318--78646368	25	2.0	25	81	7	59	33	13	31	21	1.92
78651334--78651410	39	1.9	39	89	2	118	25	22	27	24	2.00
78651294--78651457	40	4.1	40	79	12	160	25	22	27	25	2.00
78651294--78651444	79	1.9	80	82	6	191	25	22	27	24	2.00
78659108--78659204	27	3.6	27	90	2	140	27	13	28	29	1.94
78668169--78668319	40	3.8	41	78	12	154	23	28	24	23	2.00
78673010--78673155	40	3.7	40	89	3	206	23	26	23	26	2.00
78678570--78678752	42	4.3	42	87	6	210	21	18	27	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78678554--78678752	85	2.3	87	79	12	225	23	18	26	31	1.97
78683511--78683708	50	4.0	49	79	5	227	41	17	10	30	1.83
78683505--78683708	100	2.0	100	85	1	275	41	17	10	30	1.82
78683867--78683944	41	1.9	41	82	10	97	30	29	19	20	1.97
78693033--78693059	12	2.2	12	100	0	54	62	0	22	14	1.31
78697942--78698009	36	1.9	35	81	3	82	42	4	19	33	1.71
78700180--78700301	28	4.3	28	80	2	118	47	24	12	15	1.80
78700405--78700516	55	2.1	53	85	9	147	21	25	13	40	1.89
78700938--78700989	19	2.7	19	100	0	104	34	19	15	30	1.93
78703120--78703190	35	2.0	35	97	0	133	35	21	11	32	1.89
78705144--78705214	35	2.0	35	97	0	133	35	21	11	32	1.89
78708170--78708240	35	2.0	35	97	0	133	35	21	11	32	1.89
78713913--78714134	46	4.7	46	83	10	252	22	27	19	30	1.98
78717337--78717370	6	5.7	6	89	0	50	14	44	2	38	1.61
78724104--78724216	24	4.8	24	91	2	174	19	15	31	32	1.93
78728994--78729106	24	4.8	24	90	2	165	19	15	30	33	1.93
78728994--78729170	71	2.5	71	81	5	187	22	15	29	32	1.94
78732364--78732534	42	4.1	42	89	0	252	32	21	19	26	1.97
78738700--78738868	42	4.1	42	88	3	252	31	20	20	26	1.98
78738700--78738868	82	2.1	82	90	2	268	31	20	20	26	1.98
78746509--78746889	64	5.9	64	84	5	437	31	15	28	24	1.95
78750198--78750240	21	2.0	21	100	0	86	18	4	39	37	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78750755--78750810	27	2.1	27	89	0	85	32	16	17	33	1.92
78757243--78757300	27	2.1	27	87	0	80	37	18	13	29	1.90
78757416--78757449	17	1.9	18	94	5	61	20	47	20	11	1.81
78757414--78757456	18	2.4	19	80	11	63	18	44	25	11	1.84
78757972--78758061	44	2.0	44	100	0	180	44	24	8	22	1.81
78759253--78759278	11	2.4	11	100	0	52	26	42	0	30	1.56
78761703--78761840	27	5.2	26	77	10	127	41	21	7	28	1.81
78761703--78761851	26	5.6	25	77	9	118	41	22	8	27	1.82
78761703--78761871	53	3.2	51	77	9	151	43	21	7	27	1.80
78761810--78762049	81	3.0	80	84	4	196	35	20	5	38	1.77
78761847--78762095	27	9.2	27	86	2	284	32	20	5	40	1.76
78761847--78762095	81	3.1	81	89	0	363	32	20	5	40	1.76
78762338--78762389	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
78762623--78762681	6	9.8	6	89	7	93	16	15	16	50	1.78
78764668--78764781	27	4.3	26	81	7	113	37	25	9	27	1.87
78764767--78765015	81	3.1	80	83	4	187	32	20	8	38	1.82
78764804--78765052	27	9.2	27	87	2	293	31	21	6	40	1.79
78764804--78765052	81	3.1	80	86	2	345	31	21	6	40	1.79
78765294--78765345	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
78765384--78765443	27	2.3	27	85	2	77	21	23	20	35	1.96
78765589--78765671	19	4.5	19	76	18	86	15	19	15	49	1.80
78765561--78765710	6	24.3	6	69	20	87	17	19	15	48	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78765561--78765696	25	5.7	25	72	19	103	16	19	15	47	1.82
78765561--78765726	31	5.4	31	75	7	151	17	18	15	48	1.81
78765573--78765701	37	3.6	36	73	13	124	17	20	13	47	1.82
78775033--78775093	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
78782367--78782402	8	4.5	8	92	0	54	58	0	0	41	0.98
78787586--78787646	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
78792033--78792093	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
78794008--78794152	39	3.7	39	85	0	182	26	25	20	28	1.99
78800868--78801170	40	7.6	40	89	2	396	27	27	20	24	1.99
78816393--78816432	16	2.4	17	87	8	64	50	37	2	10	1.50

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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