genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.167.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   

This is table  167  of  290  ( 34714 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57270620--57270880	80	3.3	79	80	4	260	26	22	26	24	2.00
57274092--57274282	96	2.0	95	94	1	337	32	25	17	24	1.97
57274287--57274406	6	19.3	6	70	19	77	47	15	17	20	1.83
57274296--57274406	31	3.5	31	91	1	159	47	14	18	19	1.82
57274338--57274395	19	3.4	19	65	30	58	46	17	17	18	1.84
57274541--57274645	27	3.9	27	79	8	115	37	19	20	22	1.95
57274802--57274860	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
57275207--57275593	27	14.3	27	85	0	506	26	18	19	35	1.95
57275580--57275661	27	3.0	27	85	0	101	29	8	23	39	1.84
57275640--57275850	27	7.8	27	85	0	296	37	8	23	29	1.85
57275640--57275850	81	2.6	81	97	0	395	37	8	23	29	1.85
57276420--57276529	55	2.0	55	96	0	202	26	41	10	20	1.85
57284818--57284953	27	5.0	27	84	3	193	27	25	9	37	1.87
57284787--57284953	54	3.1	53	82	8	178	28	26	10	35	1.89
57285091--57285307	27	8.0	28	77	6	214	28	19	10	41	1.84
57285090--57285306	54	4.0	54	84	3	276	27	20	10	41	1.84
57285090--57285306	81	2.7	81	81	1	265	27	20	10	41	1.84
57284692--57285225	272	2.0	272	90	2	858	27	21	14	35	1.93
57285315--57285375	27	2.3	27	91	0	95	37	21	16	24	1.93
57285323--57285383	27	2.3	27	94	0	104	36	22	19	21	1.95
57285401--57285637	27	8.8	27	86	0	314	36	19	19	24	1.95
57285322--57285449	66	1.9	66	91	0	211	37	22	17	21	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57285388--57285655	80	3.3	81	86	2	353	35	19	19	24	1.95
57286303--57286404	27	3.8	27	83	5	107	17	23	20	38	1.93
57286540--57286616	31	2.5	31	84	0	109	19	19	14	46	1.83
57286540--57286616	6	12.5	6	71	15	59	19	19	14	46	1.83
57288310--57288675	183	2.0	183	99	0	723	21	16	31	30	1.95
57288803--57289369	27	21.0	27	84	4	673	27	22	9	40	1.84
57289378--57289715	27	12.6	27	84	1	428	36	21	18	23	1.95
57289377--57289715	80	4.2	80	87	4	371	36	20	18	23	1.95
57290365--57290465	27	3.7	27	85	5	114	19	23	20	35	1.96
57290603--57290679	31	2.5	31	84	0	109	19	19	14	46	1.83
57290603--57290679	6	12.5	6	71	15	59	19	19	14	46	1.83
57293824--57293862	16	2.4	16	95	0	69	35	25	12	25	1.92
57295025--57295049	9	2.8	9	100	0	50	68	8	12	12	1.40
57297276--57297400	41	3.0	41	91	4	207	36	18	10	34	1.85
57301397--57301552	43	3.6	43	79	10	158	30	25	18	25	1.98
57304111--57304204	42	2.3	41	83	5	111	32	25	20	21	1.97
57307446--57307495	20	2.6	19	84	9	57	42	0	22	36	1.54
57308105--57308271	48	3.5	47	75	4	167	30	20	25	22	1.99
57308101--57308271	94	1.8	94	88	5	265	30	21	26	22	1.98
57324357--57324400	23	1.9	23	85	0	61	36	6	11	45	1.67
57325784--57325867	40	2.1	40	82	6	100	22	26	28	22	1.99
57326760--57326803	23	1.9	23	85	0	61	36	6	11	45	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57330472--57330603	40	3.3	40	87	2	185	27	28	20	24	1.99
57330474--57330656	40	4.6	39	80	4	179	26	27	20	25	1.99
57330472--57330656	80	2.3	78	79	6	201	27	27	20	24	1.99
57336455--57336754	150	2.0	150	100	0	600	26	24	22	27	1.99
57341908--57342198	47	6.2	47	91	0	474	32	9	28	28	1.89
57341908--57342198	94	3.1	94	100	0	582	32	9	28	28	1.89
57342364--57342508	47	3.1	47	82	0	182	32	8	32	26	1.87
57343659--57343784	61	2.1	61	93	0	216	34	19	20	25	1.96
57344213--57344323	56	2.0	56	96	0	204	22	25	22	29	1.99
57354668--57354737	35	2.0	35	97	0	131	28	27	8	35	1.86
57357297--57357375	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
57357496--57357622	47	2.7	47	82	2	148	26	31	9	32	1.88
57364984--57365121	69	2.0	68	92	4	233	29	26	20	23	1.98
57368762--57368816	24	2.3	23	82	14	67	20	16	34	29	1.94
57384845--57384938	46	2.0	46	97	0	179	42	14	8	34	1.77
57385316--57385522	53	3.8	54	79	1	209	20	24	17	37	1.94
57394199--57394235	18	2.1	18	94	0	65	43	8	21	27	1.80
57394565--57394656	27	3.4	26	86	3	130	40	17	14	28	1.88
57396756--57396856	27	3.7	27	86	0	130	30	23	7	37	1.84
57396756--57396858	54	1.9	54	89	0	161	30	23	8	37	1.85
57396851--57397206	27	13.2	27	85	2	423	34	19	20	25	1.96
57397635--57397698	22	2.9	22	75	13	60	20	18	23	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57397857--57397958	27	3.8	26	79	10	80	18	20	22	38	1.94
57397857--57397958	54	1.9	53	81	2	123	18	20	22	38	1.94
57398095--57398204	31	3.5	31	88	5	141	18	17	14	50	1.79
57398128--57398204	6	12.5	6	74	15	68	18	19	14	48	1.82
57412860--57413045	40	4.7	40	86	5	218	26	26	21	25	2.00
57417788--57417837	24	2.2	23	89	7	75	40	14	10	36	1.79
57418179--57418221	20	2.1	21	87	12	63	23	9	18	48	1.76
57423262--57423392	65	2.0	65	96	0	244	23	14	18	43	1.87
57423281--57423379	30	3.1	30	65	27	78	22	16	18	43	1.88
57426615--57426672	21	2.7	22	84	10	77	34	12	22	31	1.91
57426723--57426780	24	2.4	25	78	16	68	31	22	22	24	1.99
57427830--57427884	21	2.6	22	77	8	60	16	30	30	21	1.95
57427957--57428007	21	2.4	21	86	0	66	13	33	31	21	1.92
57428472--57428567	37	2.6	37	80	5	95	15	10	42	31	1.81
57431965--57432081	41	2.8	43	80	10	143	29	26	17	26	1.98
57431965--57432113	41	3.5	43	77	12	137	27	26	18	27	1.98
57438105--57438204	42	2.3	43	77	1	103	30	18	19	33	1.95
57441970--57442022	23	2.2	23	83	6	61	33	16	26	22	1.96
57443887--57443960	34	2.2	34	87	4	105	37	17	18	25	1.93
57448037--57448169	51	2.6	52	82	9	166	27	15	29	28	1.96
57451589--57451669	39	2.1	39	83	2	99	37	27	18	17	1.93
57451601--57451738	39	3.5	40	84	4	183	29	26	23	20	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57469813--57469873	31	2.0	31	93	0	104	37	21	3	37	1.70
57470132--57470388	39	6.5	39	88	4	365	29	27	23	19	1.98
57477572--57477782	40	5.3	40	83	4	259	24	26	23	25	2.00
57480803--57481750	40	23.7	40	97	0	1792	25	22	27	25	2.00
57484439--57484468	13	2.2	14	94	5	53	36	16	0	46	1.47
57492795--57492907	27	4.2	27	87	3	140	20	23	21	34	1.97
57492793--57492907	55	2.1	53	84	7	151	20	23	21	34	1.96
57499635--57499681	20	2.3	20	85	0	67	21	12	36	29	1.91
57508241--57508287	20	2.3	20	81	0	58	23	12	34	29	1.92
57517455--57517585	65	2.0	65	95	0	235	23	15	19	41	1.89
57518955--57519025	34	2.1	34	82	10	83	42	11	26	19	1.85
57520189--57520218	14	2.1	14	100	0	60	26	0	40	33	1.57
57524171--57524301	65	2.0	65	93	0	226	24	16	17	41	1.89
57526065--57526160	48	2.0	48	95	0	174	19	26	25	29	1.99
57528571--57528610	11	3.5	11	83	10	53	65	0	2	32	1.06
57534167--57534223	26	2.2	26	80	3	60	28	19	19	33	1.96
57549623--57549692	27	2.6	26	95	2	95	31	28	12	27	1.93
57549623--57549720	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
57553025--57553081	26	2.2	26	80	3	60	28	19	19	33	1.96
57567292--57567354	25	2.5	25	97	0	117	17	23	41	17	1.90
57568578--57568672	29	3.3	29	82	1	120	24	16	30	28	1.97
57568659--57569114	227	2.0	227	96	0	840	25	16	26	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57577617--57577650	18	1.9	18	88	5	52	41	11	17	29	1.85
57580891--57581053	47	3.5	48	76	16	196	25	18	31	23	1.97
57580840--57581003	46	3.5	47	76	16	196	27	20	28	23	1.99
57580842--57581060	94	2.3	94	98	0	420	26	19	29	24	1.98
57580842--57581099	94	2.8	94	92	4	389	27	20	29	23	1.99
57586308--57586341	17	2.0	17	100	0	68	35	11	23	29	1.90
57587714--57587842	55	2.3	55	86	3	179	24	31	21	22	1.98
57588598--57588865	46	5.7	47	82	6	280	22	26	23	27	1.99
57588598--57588865	139	1.9	143	90	4	438	22	26	23	27	1.99
57588598--57588865	93	2.8	93	82	7	285	22	26	23	27	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290