Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   

This is table  71  of  290  ( 34714 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
23482358--23482429
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2.0
36
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0
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33
1.89
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10
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27
20
22
1.98
23484717--23484888
93
1.8
93
92
0
290
29
27
20
23
1.99
23487149--23487207
26
2.2
27
82
8
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30
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15
40
1.86
23487145--23487344
27
7.4
27
77
5
145
28
15
19
37
1.92
23487158--23487344
81
2.3
80
84
6
234
28
14
18
37
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23492232--23492264
14
2.5
13
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27
0
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1.57
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2
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20
13
26
1.90
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20
1.9
20
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0
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0
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1.41
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0
55
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0
0
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1.00
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2
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2
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0.99
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10
100
0
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29
0
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1.22
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6
100
0
70
17
14
0
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14
22
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21
2.6
21
75
0
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18
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24
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35
3.6
35
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9
18
1.82
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30
3.0
29
88
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44
1
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11
2.3
11
100
0
50
28
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12
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23529268--23529326
30
2.0
28
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1
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23533034--23533068
8
4.4
8
88
0
52
11
2
2
82
0.88
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
23534519--23534629
57
2.0
57
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1
179
34
18
19
27
1.95
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25
2.2
25
96
0
103
25
16
14
44
1.84
23541333--23541565
43
5.5
43
70
14
189
24
28
18
27
1.98
23541392--23541522
41
3.1
41
69
16
124
25
26
19
27
1.99
23541404--23541531
42
3.0
42
71
13
145
28
27
17
27
1.97
23541349--23541576
84
2.7
84
94
0
402
25
28
18
28
1.98
23545932--23545963
8
4.0
8
100
0
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12
50
25
12
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60
2.2
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27
23
19
30
1.98
23553939--23553996
27
2.1
28
84
6
75
27
0
3
68
1.05
23554038--23554110
27
2.7
27
80
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85
23
28
24
23
1.99
23554389--23554521
60
2.2
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4
200
57
12
0
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22
3.7
22
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18
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15
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1.12
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16
6.0
16
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16
2
72
1.19
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3
10.3
3
100
0
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67
0
0
32
0.91
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26
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0
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40
6
6
46
1.55
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26
2.0
26
84
0
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41
1
5
50
1.37
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41
2.0
41
97
0
157
48
9
27
14
1.75
23560332--23560371
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2.0
20
85
5
53
50
2
5
42
1.37
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16
2.1
16
94
0
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48
0
0
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1.00
23567847--23567893
21
2.1
21
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2
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1.12
23568268--23568310
22
1.9
22
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39
4
0
55
1.20
23570342--23570407
28
2.4
28
77
10
64
33
3
3
60
1.27
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
23576486--23576535
22
2.3
21
80
10
55
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2
2
54
1.23
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10
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10
100
0
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26
0
0
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0.84
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9
73
11
50
34
0
2
62
1.10
23584218--23584329
55
2.0
55
98
0
215
22
8
27
41
1.81
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33
2.1
33
100
0
138
23
5
31
39
1.78
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3
8.7
3
100
0
52
34
34
30
0
1.58
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23
5.0
22
66
20
65
54
5
8
31
1.53
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2.2
24
92
0
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38
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26
1.83
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1.9
42
94
0
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21
30
18
30
1.97
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36
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4
173
41
24
13
21
1.89
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19
2.1
19
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43
2
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1.38
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2.1
30
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14
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22
1.49
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6
0
0.68
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0
0.68
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90
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0
0
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1.70
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0
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22
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1.99
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17
2.9
17
79
11
64
34
0
2
63
1.06
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
23651170--23651198
7
4.3
7
95
4
51
75
0
0
24
0.80
23654121--23654232
4
28.0
4
72
7
84
23
9
1
65
1.32
23654121--23654232
20
5.6
20
79
8
129
23
9
1
65
1.32
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12
2.2
12
100
0
52
30
7
0
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1.24
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13
1.9
13
100
0
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16
0
0
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0.63
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22
2.0
22
95
0
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36
11
18
34
1.86
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46
7.6
46
87
1
432
19
23
12
43
1.86
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137
2.5
138
87
0
502
19
23
12
43
1.86
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31
2.5
30
74
8
73
56
5
0
38
1.22
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25
1.9
25
95
0
87
39
14
22
22
1.91
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6.6
46
91
0
430
20
23
13
42
1.88
23673352--23673381
15
2.0
15
100
0
60
33
13
0
53
1.40
23673927--23673974
11
4.2
11
79
10
51
62
2
0
35
1.07
23674886--23675516
44
14.1
44
74
5
406
32
17
21
28
1.96
23674887--23675139
133
1.9
133
81
1
310
30
18
21
29
1.97
23674891--23675240
177
2.0
177
82
3
427
30
18
22
28
1.97
23677253--23677305
19
2.7
19
82
8
63
26
9
1
62
1.36
23677593--23677638
24
2.0
23
91
4
74
21
4
0
73
1.00
23683811--23683847
7
5.3
7
93
0
65
27
27
13
32
1.94
23683905--23683951
6
7.8
6
97
0
76
17
10
34
38
1.84
23684719--23684781
17
3.6
16
78
8
54
39
6
3
50
1.44
23684732--23684807
26
2.7
27
80
8
64
39
5
1
53
1.32
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
23684778--23684818
21
2.0
20
85
4
55
41
4
2
51
1.36
23684785--23684826
19
2.1
21
86
8
61
38
4
0
57
1.20
23687270--23687408
39
3.6
39
93
0
233
38
24
25
12
1.90
23689310--23689583
46
6.0
46
94
0
406
39
14
24
21
1.91
23689804--23689836
17
2.0
17
94
5
59
48
0
15
36
1.45
23694181--23694316
46
3.0
46
89
2
184
39
13
24
22
1.90
23695108--23695561
229
2.0
229
98
0
872
33
20
12
33
1.90
23699882--23699919
12
2.8
14
77
22
53
63
0
0
36
0.95
23699884--23699912
13
2.3
13
94
5
51
62
0
0
37
0.96
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30
2.0
30
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15
72
55
0
10
35
1.34
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60
2.3
59
80
8
147
25
25
20
28
1.99
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20
2.3
20
82
14
60
28
28
17
26
1.98
23705961--23706004
19
2.2
20
84
4
54
34
25
18
22
1.96
23707591--23707655
32
2.0
32
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0
112
29
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10
20
1.86
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72
4.3
71
81
5
305
35
24
16
23
1.95
23708628--23708893
70
3.8
69
83
3
291
36
24
15
22
1.93
23711843--23711873
13
2.4
13
100
0
62
41
16
0
41
1.48
23713653--23713760
53
2.0
53
91
3
173
39
4
11
44
1.61
23714725--23714832
52
2.1
52
98
0
207
17
12
21
48
1.81
23715916--23715974
25
2.3
27
81
18
74
42
0
5
52
1.23
23716668--23716702
12
2.9
12
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16
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42
17
17
22
1.88
23718913--23719112
72
2.8
72
83
0
238
34
25
17
24
1.96
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
23720779--23720834
22
2.5
23
80
13
71
21
7
1
69
1.22
23720874--23720925
17
2.9
17
75
10
50
34
5
0
59
1.21
23722373--23722422
21
2.5
19
72
27
50
50
0
2
48
1.12
23724599--23724864
46
6.0
46
82
7
280
40
14
23
21
1.89
23724620--23724695
38
2.0
38
100
0
152
36
15
23
23
1.94
23724604--23724864
138
1.9
130
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335
40
14
23
21
1.89
23729624--23729797
46
3.8
45
77
10
181
22
21
27
28
1.99
23729620--23729791
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1.8
93
91
0
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22
21
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1.99
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20
2.0
20
100
0
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41
24
0
34
1.55
23732477--23732594
43
2.8
42
79
7
148
31
27
17
23
1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
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          289   290