genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.98.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33330000--33330046	24	2.0	24	87	8	69	31	17	6	44	1.73
33331616--33331786	49	3.5	49	82	7	172	26	19	29	24	1.98
33333946--33334060	29	4.0	28	79	2	104	27	15	26	29	1.96
33338811--33338938	65	2.0	66	82	4	161	37	10	29	21	1.88
33338881--33338958	40	2.0	39	87	2	111	37	10	33	19	1.85
33338899--33338964	20	3.3	20	70	8	62	42	12	27	18	1.85
33338899--33338991	40	2.3	40	83	0	105	39	15	26	18	1.90
33338936--33339003	20	3.4	20	70	0	55	42	19	22	16	1.89
33344034--33344087	27	2.0	27	96	0	99	31	24	14	29	1.95
33344926--33344979	27	2.0	27	96	0	99	18	14	20	46	1.84
33354434--33354551	41	2.9	41	85	0	137	34	13	29	22	1.92
33356167--33356276	48	2.3	48	91	0	175	24	18	31	25	1.97
33357547--33357674	48	2.7	48	90	2	204	25	18	28	27	1.98
33359305--33359345	20	2.0	20	86	9	57	63	7	4	24	1.40
33362103--33362205	38	2.6	40	81	9	113	27	21	23	28	1.99
33362790--33362822	16	1.9	18	88	11	52	24	9	15	51	1.72
33363764--33363789	10	2.6	10	100	0	52	65	7	0	26	1.20
33363401--33364256	374	2.3	375	93	0	1471	43	10	15	31	1.79
33364140--33364165	10	2.6	10	100	0	52	65	7	0	26	1.20
33370739--33370879	47	2.9	48	82	3	176	26	19	26	26	1.99
33373261--33373363	38	2.6	40	83	9	122	26	21	24	28	1.99
33374250--33374284	10	3.6	10	88	3	54	62	5	0	31	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33374250--33374291	19	2.2	20	82	4	50	66	4	0	28	1.12
33374626--33374658	9	3.6	9	95	4	57	69	3	0	27	1.03
33374054--33374960	374	2.4	376	93	0	1539	42	9	15	31	1.80
33376216--33376606	86	4.5	86	99	0	755	25	16	29	28	1.97
33376280--33376588	43	7.2	43	71	8	279	25	16	28	29	1.96
33377113--33377138	10	2.6	10	100	0	52	65	7	0	26	1.20
33378633--33378757	48	2.6	48	81	0	169	24	16	30	28	1.97
33379910--33379944	10	3.6	10	88	3	54	62	5	0	31	1.18
33379910--33379951	19	2.2	20	82	4	50	66	4	0	28	1.12
33379545--33380621	377	2.9	375	93	0	1850	42	10	15	31	1.80
33380287--33380319	9	3.6	9	95	4	57	69	3	0	27	1.03
33381830--33381954	48	2.6	48	81	0	169	24	16	30	28	1.97
33383105--33383130	10	2.6	10	100	0	52	65	7	0	26	1.20
33382742--33383439	374	1.9	374	92	0	1189	43	10	15	30	1.80
33384648--33384771	48	2.6	48	81	0	167	25	16	29	28	1.97
33386084--33386211	48	2.7	48	82	0	175	26	19	28	25	1.99
33387822--33387892	37	1.9	37	94	0	124	22	35	19	22	1.96
33388035--33388132	48	2.0	48	94	0	169	31	27	6	34	1.81
33392553--33392651	37	2.7	37	87	0	126	28	15	26	30	1.96
33396093--33396312	48	4.6	48	87	0	296	26	20	27	25	1.99
33403247--33403346	49	2.0	49	92	0	164	24	16	22	38	1.93
33404653--33404704	27	1.9	27	92	0	86	23	25	17	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33412012--33412070	27	2.2	27	87	0	91	25	22	16	35	1.95
33419232--33419308	40	1.9	40	84	5	102	15	15	32	36	1.89
33428180--33428358	49	3.7	48	77	10	177	30	19	27	22	1.98
33443021--33443195	90	1.9	90	82	2	217	27	24	18	29	1.98
33443233--33443324	48	1.9	48	84	0	121	30	29	16	23	1.96
33448580--33448706	46	2.8	45	75	10	107	25	29	17	27	1.97
33454025--33454153	48	2.7	48	91	0	195	24	27	19	28	1.99
33457748--33457794	24	2.0	24	91	0	76	34	29	12	23	1.92
33457758--33457820	24	2.6	24	89	0	90	31	34	14	19	1.91
33459591--33459640	20	2.5	20	75	18	50	44	22	0	34	1.53
33459591--33459642	21	2.5	20	75	9	52	44	21	0	34	1.52
33462303--33462381	25	3.2	25	77	7	83	35	20	20	24	1.96
33465653--33465838	40	4.7	40	86	5	225	26	26	22	25	2.00
33473662--33473884	79	2.8	79	85	7	276	24	27	22	25	2.00
33473662--33473884	39	5.7	40	87	6	280	24	27	22	25	2.00
33475807--33475832	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
33476304--33476347	19	2.3	19	84	7	54	75	0	2	22	0.92
33478424--33478619	97	2.0	97	97	0	374	32	21	25	20	1.98
33481725--33481925	43	4.7	43	79	6	203	30	25	16	27	1.97
33482090--33482126	19	1.9	19	94	0	65	54	27	8	10	1.63
33482794--33482822	13	2.1	14	93	6	51	55	10	0	34	1.34
33487813--33487964	27	5.6	27	93	3	241	26	13	28	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33487813--33487964	55	2.8	55	94	0	259	26	13	28	30	1.94
33491397--33491541	9	16.3	9	70	12	86	36	0	15	46	1.51
33491399--33491509	43	2.5	44	88	5	170	36	0	15	48	1.45
33491408--33491560	79	1.9	77	83	8	193	36	1	15	46	1.57
33491451--33491564	36	3.1	36	92	2	183	36	2	14	45	1.59
33494929--33495053	7	17.6	7	80	8	87	22	0	30	47	1.52
33494914--33494970	22	2.5	22	86	8	71	26	0	28	45	1.54
33494929--33495053	21	5.9	21	74	10	101	22	0	30	47	1.52
33495595--33495789	41	4.8	40	79	6	162	28	22	16	32	1.96
33498175--33498216	22	1.9	22	85	9	59	59	2	9	28	1.41
33504985--33505023	20	2.0	20	94	0	69	10	23	20	46	1.81
33505003--33505117	40	2.9	40	86	0	149	18	28	18	34	1.94
33507700--33507818	25	4.8	24	75	12	89	16	28	21	32	1.96
33507725--33507820	49	2.0	49	81	8	115	16	29	21	32	1.96
33512283--33512327	20	2.2	20	92	0	72	33	15	0	51	1.44
33527523--33527619	45	2.2	45	94	1	169	36	8	23	31	1.85
33540110--33540176	4	16.8	4	100	0	134	50	0	23	25	1.49
33546669--33546774	42	2.5	42	85	0	140	16	35	23	23	1.95
33546669--33546786	42	2.8	42	84	0	110	16	34	24	23	1.95
33550343--33550367	13	1.9	13	100	0	50	56	8	8	28	1.57
33551246--33551285	21	1.9	21	85	10	55	27	0	47	25	1.52
33552358--33552437	42	1.9	42	87	5	117	26	36	20	17	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33555519--33555552	16	2.2	15	94	5	59	52	17	11	17	1.73
33558224--33558328	43	2.4	43	90	0	165	28	24	13	33	1.93
33571626--33571664	18	2.2	18	86	13	55	7	15	30	46	1.74
33574007--33574039	15	2.2	15	94	0	57	75	0	3	21	0.93
33578078--33578193	29	4.0	29	86	0	133	29	12	27	30	1.93
33579263--33579297	18	2.0	18	88	5	54	37	20	14	28	1.91
33585421--33585683	40	6.6	40	88	3	325	24	20	27	26	1.99
33585460--33585718	80	3.3	80	85	3	256	25	20	27	25	1.99
33593373--33593635	40	6.6	40	88	3	325	24	20	27	26	1.99
33593412--33593670	80	3.3	80	85	3	256	25	20	27	25	1.99
33619997--33620041	20	2.2	20	88	0	63	35	13	2	48	1.54
33622869--33623069	51	4.0	51	78	7	151	31	25	15	27	1.96
33625183--33625266	42	2.0	42	95	0	150	39	20	0	40	1.52
33626829--33626865	18	2.1	18	100	0	74	78	5	16	0	0.93
33627205--33627246	9	4.8	9	82	5	59	57	0	2	40	1.12
33627292--33627359	20	3.4	20	82	11	77	57	2	4	35	1.34
33627269--33627338	10	6.9	10	71	12	54	61	1	2	34	1.20
33629778--33629845	35	1.9	36	90	3	111	50	8	7	33	1.61
33629780--33629839	18	3.3	18	74	6	68	50	8	6	35	1.59
33629777--33629854	35	2.2	36	83	4	104	50	10	6	33	1.62
33630560--33630586	6	4.5	6	100	0	54	85	0	14	0	0.61
33631497--33631540	14	3.4	13	84	6	54	72	0	0	27	0.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33631498--33631541	17	2.5	17	89	10	63	72	0	0	27	0.85
33635896--33635936	11	3.9	11	78	12	50	53	7	2	36	1.42
33636258--33636322	25	2.5	26	85	5	87	52	4	7	35	1.51
33639353--33639393	11	3.9	11	78	12	50	53	7	2	36	1.42
33639708--33639772	25	2.5	26	85	5	87	52	4	7	35	1.51
33639744--33640205	154	3.0	154	99	0	915	54	6	7	30	1.54
33639906--33639936	14	2.2	14	94	0	53	58	0	9	32	1.31
33640244--33640286	17	2.4	17	88	11	59	51	4	4	39	1.44
33640370--33640427	14	3.9	15	71	26	52	48	1	6	43	1.40
33640450--33640536	26	3.3	26	70	12	70	51	3	9	35	1.51

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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