genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.220.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75966482--75966514	11	2.9	11	95	4	57	60	0	0	39	0.97
75973734--75973776	20	2.2	20	84	8	54	53	4	0	41	1.21
75975259--75975312	27	2.0	29	85	10	78	27	1	7	62	1.32
75975259--75975315	26	2.1	27	84	9	73	26	1	7	64	1.28
75979255--75979367	44	2.7	41	75	14	111	24	16	24	33	1.96
75986979--75987142	43	3.9	43	75	9	149	23	17	26	32	1.97
76001546--76001589	6	7.3	6	92	0	70	15	2	2	79	0.93
76012800--76012999	55	3.7	54	84	4	242	22	24	18	34	1.96
76012986--76013107	47	2.6	47	93	0	208	26	23	14	35	1.94
76028421--76028527	49	2.2	47	86	3	142	33	17	28	19	1.95
76032731--76032833	38	2.7	38	87	0	134	22	23	25	29	1.99
76032831--76033105	43	6.4	43	96	0	496	10	25	33	30	1.90
76033071--76033133	27	2.3	27	88	0	99	9	23	31	34	1.87
76033038--76033172	70	1.9	70	93	0	234	11	22	32	32	1.91
76033108--76033218	43	2.6	43	92	0	186	12	24	31	31	1.92
76033184--76033246	27	2.3	27	88	0	99	9	23	31	34	1.87
76033151--76033285	70	1.9	70	93	0	234	11	22	32	32	1.91
76033221--76033331	43	2.6	43	92	0	186	12	24	31	31	1.92
76033297--76033359	27	2.3	27	88	0	99	9	23	31	34	1.87
76033264--76033398	70	1.9	70	93	0	234	11	22	32	32	1.91
76033334--76033444	43	2.6	43	92	0	186	12	24	31	31	1.92
76033410--76033472	27	2.3	27	88	0	99	9	23	31	34	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76033377--76033511	70	1.9	70	93	0	234	11	22	32	32	1.91
76033447--76033557	43	2.6	43	92	0	186	12	24	31	31	1.92
76033523--76033585	27	2.3	27	88	0	99	9	23	31	34	1.87
76033490--76033624	70	1.9	70	93	0	234	11	22	32	32	1.91
76033560--76033670	43	2.6	43	92	0	186	12	24	31	31	1.92
76033636--76033698	27	2.3	27	88	0	99	9	23	31	34	1.87
76033603--76033737	70	1.9	70	93	0	234	11	22	32	32	1.91
76033673--76033783	43	2.6	43	92	0	186	12	24	31	31	1.92
76033749--76033811	27	2.3	27	88	0	99	9	23	31	34	1.87
76033716--76033850	70	1.9	70	93	0	234	11	22	32	32	1.91
76033786--76033896	43	2.6	43	92	0	186	12	24	31	31	1.92
76033862--76033924	27	2.3	27	88	0	99	9	23	31	34	1.87
76032985--76033932	113	8.4	113	99	0	1878	12	24	31	31	1.92
76037077--76037154	29	2.7	28	84	11	104	25	14	30	29	1.94
76037107--76037434	174	1.9	174	96	0	602	29	14	24	30	1.95
76038925--76039230	55	5.6	54	85	6	413	22	24	16	35	1.95
76038925--76039222	109	2.7	108	94	2	517	22	24	17	35	1.95
76039209--76039330	47	2.6	47	94	0	217	26	24	13	35	1.93
76039351--76039452	45	2.2	45	82	6	116	22	25	19	32	1.97
76040091--76040147	29	1.9	30	89	3	89	26	26	12	35	1.92
76041679--76041720	22	2.0	22	90	4	68	9	40	28	21	1.84
76043450--76043542	45	2.1	45	93	0	159	54	13	7	23	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76047537--76047604	29	2.3	29	82	5	84	27	29	13	29	1.94
76047711--76047778	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
76047880--76047958	29	2.7	30	78	13	101	29	29	15	26	1.96
76047426--76047926	174	2.9	174	98	0	957	31	24	14	29	1.94
76053413--76053462	26	1.9	26	91	0	82	36	20	20	24	1.95
76062774--76062951	27	6.6	27	83	3	196	30	27	15	26	1.96
76067302--76067352	12	4.1	12	73	26	52	50	0	1	47	1.12
76067718--76067758	21	2.0	21	85	0	55	48	7	2	41	1.44
76072750--76072853	42	2.5	42	79	7	104	29	25	17	26	1.97
76081766--76081799	17	1.9	18	94	5	61	11	23	44	20	1.84
76088520--76088619	43	2.3	43	82	3	121	29	19	28	24	1.98
76088537--76088810	43	6.4	43	78	9	188	21	17	27	32	1.96
76088554--76088762	86	2.4	85	81	6	235	22	16	31	29	1.96
76088736--76088827	43	2.2	43	90	3	143	25	26	19	29	1.99
76091705--76091740	18	1.9	19	88	5	56	47	16	16	19	1.83
76093640--76093693	21	2.6	21	93	0	90	42	33	0	24	1.55
76093897--76093969	29	2.5	29	86	4	94	36	45	0	17	1.49
76093887--76093947	22	2.8	21	75	9	59	37	45	1	14	1.55
76094719--76094926	114	1.8	114	81	6	260	25	24	19	30	1.98
76097544--76097576	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
76102936--76103019	6	13.7	6	79	9	53	13	8	0	78	0.96
76102936--76102965	11	2.7	11	94	0	51	20	0	0	80	0.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76102967--76103000	12	2.8	12	100	0	68	0	14	0	85	0.60
76107736--76107767	13	2.4	14	85	15	50	46	6	18	28	1.73
76108834--76109066	48	4.9	48	77	14	232	27	20	25	26	1.99
76108871--76109059	93	2.1	90	85	5	254	27	20	25	25	1.99
76111206--76111437	40	5.8	40	86	5	312	25	27	22	24	2.00
76118297--76118549	40	6.4	40	87	5	338	24	28	22	25	2.00
76120529--76120561	16	2.0	17	88	5	50	45	9	9	36	1.68
76123032--76123090	25	2.3	25	85	8	75	32	13	10	44	1.77
76125832--76125946	46	2.5	44	83	4	131	30	20	26	21	1.98
76127157--76127196	21	2.0	21	85	5	55	15	40	25	20	1.90
76138401--76138486	10	8.4	10	73	8	75	33	3	2	60	1.26
76138401--76138485	31	2.8	30	77	13	93	34	3	2	60	1.27
76146449--76146504	26	2.2	26	100	0	112	35	26	7	30	1.83
76147945--76147992	15	3.1	15	76	5	51	58	0	2	39	1.10
76149467--76149507	17	2.3	18	87	4	57	43	7	2	46	1.44
76152418--76152561	71	2.0	72	80	9	161	55	9	5	29	1.55
76153073--76153105	17	1.9	17	93	0	57	57	0	6	36	1.23
76153101--76153148	24	2.1	22	85	14	62	64	2	4	29	1.23
76155161--76155352	45	4.3	45	75	11	187	35	28	11	24	1.90
76155174--76155337	89	1.8	89	84	2	222	35	27	13	23	1.92
76162136--76162314	96	1.9	96	85	2	252	35	16	13	33	1.89
76173228--76173268	21	2.0	21	81	18	50	31	19	26	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76184852--76184996	42	3.4	42	78	8	141	28	23	17	30	1.97
76187778--76187854	20	3.8	20	74	6	66	18	20	20	40	1.92
76188004--76188049	19	2.4	20	78	10	51	30	2	15	52	1.55
76195153--76195253	52	1.9	53	93	2	177	47	3	1	46	1.32
76195233--76195263	16	1.9	16	93	0	53	51	0	0	48	1.00
76211857--76211906	24	2.1	24	88	7	75	18	24	32	26	1.97
76218812--76218875	17	3.9	17	71	17	55	40	3	1	54	1.25
76220286--76220472	41	4.6	40	77	6	180	34	22	14	28	1.93
76227710--76227808	41	2.4	41	84	0	135	34	21	14	30	1.93
76227951--76228112	81	2.0	81	92	0	270	40	16	9	33	1.81
76230323--76230545	47	4.8	48	78	7	219	22	30	18	28	1.97
76230323--76230586	47	5.7	46	74	11	193	23	29	18	28	1.98
76230321--76230545	93	2.4	94	81	9	264	22	30	18	28	1.97
76236538--76236573	17	2.1	17	94	0	63	30	19	19	30	1.96
76238017--76238138	47	2.6	47	82	8	135	23	29	18	27	1.98
76239968--76239994	13	2.1	13	100	0	54	14	37	33	14	1.88
76240343--76240375	13	2.5	13	100	0	66	42	33	6	18	1.75
76241998--76242040	14	2.8	16	79	13	54	60	9	0	30	1.28
76252119--76252195	32	2.4	32	89	4	111	28	22	11	37	1.89
76252119--76252210	32	2.8	33	85	3	89	29	23	10	35	1.89
76256395--76256611	39	5.6	39	90	1	303	21	22	28	28	1.99
76270491--76270653	42	3.8	43	70	12	129	25	17	25	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76271206--76271259	24	2.2	24	96	0	99	29	0	25	44	1.54
76285004--76285045	12	3.5	12	86	0	57	30	38	21	9	1.85
76294051--76294269	46	4.7	46	81	9	266	20	18	30	30	1.97
76294045--76294215	93	1.8	93	93	0	297	21	19	29	30	1.97
76301674--76301892	46	4.7	46	83	7	264	21	19	29	29	1.97
76301668--76301838	93	1.8	93	94	0	306	21	20	28	29	1.98
76307648--76307677	15	1.9	16	93	6	53	33	0	13	53	1.40
76308623--76308682	30	2.0	30	90	0	93	30	30	15	25	1.95
76310639--76310669	16	2.0	15	93	6	53	51	9	6	32	1.60
76312105--76312253	56	2.7	56	84	0	199	35	6	11	46	1.64

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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