genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.53.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17618227--17618404	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
17618248--17618403	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
17627511--17627804	28	10.5	28	91	1	439	32	27	13	26	1.93
17629702--17629753	26	2.0	26	100	0	104	26	11	26	34	1.91
17638285--17638381	31	3.1	31	90	0	149	50	21	10	17	1.75
17638634--17638691	21	2.8	21	81	0	71	5	44	18	31	1.72
17639097--17639125	13	2.1	14	93	6	51	55	6	0	37	1.27
17644130--17644324	9	21.7	9	71	13	98	36	1	15	46	1.55
17644134--17644324	34	5.9	34	74	15	161	36	1	15	46	1.55
17644182--17644293	30	3.6	30	77	13	136	38	1	14	45	1.55
17644161--17644324	64	2.6	64	95	0	283	36	1	15	46	1.56
17644606--17644730	37	3.2	38	72	18	137	51	2	7	39	1.43
17644601--17644731	43	3.2	43	76	14	175	50	2	6	40	1.42
17644623--17644763	37	3.6	38	78	13	169	52	4	7	36	1.48
17644601--17644763	81	2.0	81	100	0	326	50	3	7	38	1.48
17647259--17647342	40	2.1	41	85	10	113	32	20	21	26	1.98
17648714--17648758	17	2.7	16	79	6	54	26	0	0	73	0.84
17654755--17655636	28	31.5	28	99	0	1730	35	28	10	25	1.90
17657608--17657650	11	3.9	11	75	0	50	62	9	9	18	1.51
17659852--17659909	29	2.0	29	96	0	107	46	5	27	20	1.72
17662315--17662384	21	3.3	21	75	15	63	27	0	22	50	1.50
17662689--17662813	41	3.1	41	77	6	130	26	20	20	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17662731--17662821	40	2.3	39	81	9	112	29	20	18	30	1.97
17663823--17663960	70	2.0	70	83	9	174	20	10	21	48	1.78
17666911--17666975	31	2.1	31	91	0	103	21	15	30	32	1.94
17669271--17669411	40	3.5	40	84	0	183	21	29	16	33	1.95
17681451--17681491	15	2.7	15	92	0	64	29	12	4	53	1.58
17682901--17682930	16	1.9	16	93	6	53	43	6	6	43	1.57
17684925--17684965	15	2.7	16	81	7	50	34	12	2	51	1.52
17687864--17687913	26	1.9	26	87	0	73	40	10	18	32	1.83
17689874--17689899	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
17693861--17693954	30	3.1	30	93	1	152	25	25	6	42	1.78
17693871--17693948	15	5.2	15	70	11	70	25	23	7	43	1.80
17701894--17701934	20	2.0	20	95	0	73	24	14	17	43	1.86
17706286--17706319	17	2.0	17	94	0	59	38	0	29	32	1.58
17707388--17707469	41	2.0	41	92	0	137	28	18	12	41	1.86
17709412--17709589	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
17709433--17709588	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
17717539--17717716	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
17717560--17717715	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
17718200--17718226	12	2.2	12	100	0	54	40	0	7	51	1.30
17723066--17723163	43	2.3	43	90	0	151	29	16	25	28	1.97
17724071--17724395	162	2.0	162	98	0	623	30	4	24	40	1.75
17727199--17727225	13	2.1	13	100	0	54	51	14	0	33	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17747695--17747776	39	2.1	39	93	0	137	20	25	31	21	1.98
17752396--17752518	48	2.6	47	83	2	149	26	26	17	28	1.98
17752807--17752861	17	3.4	17	70	10	60	45	14	10	29	1.79
17753776--17753824	24	2.0	24	100	0	98	42	20	12	24	1.86
17755981--17756925	40	23.6	40	97	1	1718	26	27	20	24	1.99
17765352--17765406	28	2.0	27	89	3	83	32	0	41	25	1.56
17769950--17770019	28	2.5	28	84	9	97	35	11	25	27	1.90
17770429--17770469	21	1.9	22	85	5	57	39	4	24	31	1.76
17772137--17772187	23	2.2	23	96	0	93	39	7	15	37	1.77
17773598--17773798	108	1.8	110	88	4	309	21	24	17	35	1.95
17773598--17773805	55	3.8	53	79	6	213	21	25	16	36	1.94
17781252--17781506	55	4.8	54	81	7	274	21	24	17	36	1.94
17781299--17781499	108	1.8	110	90	4	327	21	25	18	34	1.96
17782968--17783081	43	2.7	43	81	8	133	28	22	21	27	1.99
17801171--17801200	13	2.4	12	94	5	51	50	16	0	33	1.46
17808879--17809111	88	2.6	88	86	0	322	27	19	24	27	1.99
17809137--17809786	87	7.5	87	85	2	806	22	21	20	34	1.97
17809443--17809672	44	5.3	44	62	12	123	23	21	19	34	1.96
17809924--17809969	22	2.0	24	84	16	62	36	8	17	36	1.81
17809866--17810052	64	2.9	64	91	0	302	35	13	17	32	1.90
17816600--17816625	11	2.4	11	100	0	52	69	7	0	23	1.14
17818365--17818422	25	2.3	26	85	11	77	20	13	1	63	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17823771--17823907	46	3.0	45	85	8	186	24	31	9	34	1.88
17823881--17824261	47	8.1	47	90	1	566	25	28	11	34	1.90
17823881--17824261	143	2.7	141	90	3	579	25	28	11	34	1.90
17828343--17828566	40	5.6	40	84	8	294	25	26	23	24	2.00
17828343--17828566	83	2.8	80	86	8	294	25	26	23	24	2.00
17838895--17839158	40	6.7	40	89	5	360	25	27	21	25	1.99
17847127--17847291	87	1.9	87	84	2	224	32	19	18	29	1.96
17847210--17847724	76	6.9	76	79	9	442	31	19	17	31	1.95
17847779--17847961	74	2.5	73	85	3	242	29	26	16	27	1.97
17847606--17848054	233	1.9	236	90	3	719	34	23	16	25	1.96
17849720--17850723	47	21.3	47	98	0	1866	27	31	8	32	1.87
17854413--17854472	30	2.0	30	96	0	111	21	30	18	30	1.97
17857710--17857817	26	4.2	26	86	0	162	33	6	22	37	1.80
17859592--17859655	13	4.9	13	69	7	58	37	23	7	31	1.83
17859592--17859655	26	2.5	26	81	0	92	37	23	7	31	1.83
17866885--17867059	27	6.4	27	84	3	181	30	28	14	26	1.95
17866906--17867059	82	1.9	81	87	4	229	29	27	14	27	1.96
17866885--17867059	54	3.2	54	81	6	201	30	28	14	26	1.95
17875595--17875753	29	5.6	29	75	3	169	16	17	36	28	1.92
17875571--17875808	57	4.1	57	91	2	352	18	16	34	30	1.93
17875571--17875777	28	7.3	28	70	3	153	17	17	34	29	1.93
17880751--17880820	28	2.5	28	90	0	113	34	10	24	31	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17883556--17883627	30	2.5	29	84	8	103	44	9	22	22	1.81
17885604--17885631	14	2.0	14	100	0	56	42	7	14	35	1.73
17889625--17889704	37	2.2	37	83	0	106	28	31	16	23	1.96
17889823--17890327	47	10.7	47	97	0	913	29	30	8	31	1.87
17893681--17893910	40	5.8	40	88	0	352	25	28	21	24	1.99
17914051--17914274	104	2.2	104	92	1	369	31	31	18	17	1.95
17914603--17914667	30	2.2	29	81	8	76	29	27	4	38	1.77
17914610--17914667	30	1.9	30	85	0	80	29	24	5	41	1.76
17920144--17920256	29	3.9	29	89	1	165	24	13	30	30	1.93
17922794--17922941	40	3.7	40	92	0	251	25	25	24	25	2.00
17922792--17922941	80	1.9	80	97	0	282	25	25	24	25	2.00
17926174--17926226	22	2.3	23	87	6	81	49	16	3	30	1.64
17926794--17926900	56	1.9	53	85	7	142	27	32	18	21	1.97
17928405--17928719	46	6.7	49	69	17	160	29	17	28	24	1.97
17931655--17931697	8	5.5	8	88	2	52	58	18	18	4	1.56
17931655--17931698	16	2.8	16	82	0	61	59	18	18	4	1.55
17938013--17938170	43	3.7	43	75	7	151	23	17	27	32	1.96
17951182--17951258	31	2.5	31	84	0	100	20	38	27	12	1.89
17951664--17951697	17	2.0	17	88	11	52	29	11	5	52	1.61
17953071--17953255	40	4.7	40	83	6	216	24	27	22	24	2.00
17953038--17953255	79	2.7	82	79	10	220	24	27	22	26	2.00
17959409--17959483	38	2.0	38	91	0	123	20	29	20	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17965265--17965490	48	4.8	48	77	6	196	28	26	18	26	1.98
17965819--17965848	14	2.2	13	94	5	51	53	13	0	33	1.40
17970772--17970811	20	2.0	20	85	0	53	12	25	32	30	1.92
17971252--17971327	39	1.9	39	94	0	134	38	21	6	34	1.79
17978168--17978263	28	3.4	28	89	0	147	20	13	35	30	1.91
17978580--17978866	27	10.7	27	81	4	312	39	19	10	31	1.85
17978580--17978868	81	3.6	81	85	5	390	39	19	10	31	1.85
17978710--17978906	27	7.3	27	83	6	145	37	17	13	30	1.89
17979964--17979998	18	2.0	18	88	5	54	40	8	20	31	1.82
17997576--17997610	17	2.1	17	100	0	70	17	22	0	60	1.37

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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