Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   

This is table  62  of  290  ( 34714 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
20318401--20318440
19
2.1
19
90
0
62
32
32
10
25
1.89
20320428--20320462
7
4.9
7
86
6
52
48
40
0
11
1.39
20320428--20320462
15
2.4
15
90
4
54
48
40
0
11
1.39
20320927--20320962
19
1.9
19
88
5
56
47
8
11
33
1.69
20325645--20325696
25
2.0
26
82
10
63
42
13
5
38
1.68
20325812--20325841
15
1.9
16
93
6
53
50
0
6
43
1.28
20325806--20325922
62
1.9
59
86
5
162
52
3
3
40
1.35
20326927--20326992
23
2.9
23
86
0
87
45
22
13
18
1.84
20328675--20328785
25
4.5
25
74
9
68
21
22
21
34
1.97
20329140--20329192
25
2.1
25
100
0
106
32
20
11
35
1.88
20338779--20338817
17
2.4
17
86
4
53
48
2
7
41
1.45
20338903--20338940
16
2.3
17
86
4
51
65
5
2
26
1.27
20340584--20340654
21
3.4
21
80
1
72
38
19
8
33
1.82
20341367--20341449
41
2.0
41
86
4
114
27
32
16
22
1.96
20352497--20352649
43
3.6
42
77
4
155
32
27
18
21
1.96
20360879--20360938
31
2.0
29
84
9
77
75
1
18
5
1.07
20366386--20366440
21
2.6
21
80
11
67
78
0
16
5
0.93
20366524--20366560
14
2.6
15
87
8
51
78
2
8
10
1.06
20368852--20369223
44
8.0
45
68
16
152
32
18
21
27
1.97
20368762--20369268
142
3.6
142
94
0
863
32
17
22
27
1.97
20369363--20369519
50
3.1
50
71
0
152
31
23
22
22
1.98
20369336--20369604
100
2.7
100
84
4
335
34
21
21
22
1.97
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
20370195--20370233
18
2.2
19
86
9
55
79
5
12
2
1.00
20373437--20373476
21
1.9
21
89
0
62
30
5
15
50
1.65
20375111--20375211
40
2.5
40
83
3
132
22
21
20
34
1.97
20375329--20375414
40
2.2
40
85
8
113
50
6
23
19
1.72
20378833--20378897
34
1.9
34
81
12
80
32
0
6
61
1.21
20379216--20379281
33
2.0
33
96
0
123
22
4
21
51
1.66
20382786--20382840
21
2.6
21
97
0
101
32
21
14
30
1.93
20392721--20392763
19
2.2
20
88
8
63
44
9
2
44
1.49
20392834--20393073
120
2.0
120
92
0
399
35
17
8
39
1.80
20394611--20394679
27
2.6
27
90
0
111
30
24
27
17
1.97
20394688--20394882
19
9.3
19
69
24
110
30
0
14
54
1.44
20394792--20394868
27
3.0
27
85
11
117
29
0
15
54
1.42
20394875--20394996
60
2.0
60
88
3
183
31
0
13
54
1.45
20395114--20395150
16
2.4
16
90
4
58
32
2
5
59
1.34
20400245--20400293
18
2.5
19
80
12
55
26
18
10
44
1.81
20401900--20401935
16
2.2
17
95
5
65
63
11
8
16
1.49
20403377--20403416
20
2.0
20
90
4
64
57
5
17
20
1.58
20411811--20411838
13
2.2
13
100
0
56
64
7
0
28
1.20
20420653--20420692
15
2.6
16
80
4
55
35
2
20
42
1.65
20420880--20421022
51
2.8
51
80
2
164
27
16
23
32
1.96
20421194--20421290
51
1.9
51
84
0
131
26
17
23
31
1.97
20420926--20421464
268
2.0
268
99
0
1069
29
10
24
35
1.89
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
20426357--20426381
12
2.1
12
100
0
50
32
16
24
28
1.96
20427696--20427743
18
2.7
18
81
15
64
81
4
4
10
0.97
20427687--20427742
17
3.4
16
81
13
60
76
5
3
14
1.09
20430625--20430691
26
2.6
24
78
17
64
58
1
5
34
1.32
20430667--20430715
17
2.8
17
84
9
64
63
0
4
32
1.13
20430623--20430726
25
4.0
25
75
18
81
59
1
5
32
1.32
20430664--20430717
8
6.5
8
77
8
54
66
0
3
29
1.09
20430664--20430726
17
3.8
16
74
14
56
65
1
4
28
1.22
20430823--20430890
3
22.0
3
77
16
68
63
2
4
29
1.29
20430819--20430892
22
3.2
22
76
16
78
62
2
4
31
1.28
20431428--20431456
5
5.8
5
100
0
58
82
0
0
17
0.66
20433580--20433613
17
2.1
17
94
5
61
64
0
0
35
0.94
20436007--20436047
7
6.0
7
78
16
50
14
14
2
68
1.32
20436007--20436046
13
3.0
13
80
20
55
15
15
2
67
1.34
20436030--20436066
17
2.2
17
90
0
56
13
5
0
81
0.86
20436999--20437049
21
2.4
21
80
0
66
9
3
5
80
1.01
20450672--20450726
25
2.2
25
96
0
101
10
30
10
47
1.73
20453166--20453381
108
2.0
108
95
0
387
22
32
12
33
1.91
20454721--20454781
25
2.5
25
94
2
106
29
8
19
42
1.80
20454989--20455030
22
1.9
22
100
0
84
23
4
14
57
1.56
20457606--20457871
122
2.3
116
85
9
350
42
1
4
51
1.30
20457694--20457757
28
2.4
28
86
5
87
43
0
0
56
0.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
20458017--20458105
46
2.0
46
86
4
128
39
25
4
30
1.76
20458084--20458122
16
2.4
16
80
16
53
20
28
5
46
1.72
20466934--20466973
19
2.0
20
86
13
57
45
7
10
37
1.66
20473933--20474023
39
2.4
39
90
5
141
51
10
9
27
1.68
20475421--20475480
24
2.4
26
83
5
70
30
3
20
46
1.66
20494324--20494426
51
2.0
51
98
0
197
45
16
13
24
1.83
20508607--20508682
38
2.0
38
94
0
134
32
21
14
31
1.93
20515647--20515814
40
4.2
40
83
4
106
25
27
23
23
2.00
20515670--20515814
40
3.6
40
85
4
193
23
26
24
25
2.00
20520587--20520835
50
4.9
50
77
7
200
27
18
28
25
1.98
20521049--20521087
16
2.4
16
86
0
60
66
0
17
15
1.25
20527235--20527426
38
5.1
37
80
6
215
12
17
29
40
1.86
20527235--20527430
75
2.6
76
85
4
254
13
17
28
40
1.87
20531168--20531246
29
2.7
29
82
2
95
29
13
18
37
1.90
20538592--20538758
43
3.9
43
82
3
176
27
26
18
26
1.98
20538698--20538788
42
2.2
42
84
7
114
31
25
16
26
1.96
20539707--20539737
14
2.2
14
94
0
53
48
9
6
35
1.62
20543537--20543579
20
2.0
20
86
8
59
30
9
4
55
1.52
20544317--20544345
14
2.0
15
93
6
51
34
48
0
17
1.47
20545095--20545169
28
2.6
28
76
14
82
49
26
1
22
1.58
20545286--20545406
41
3.0
41
80
0
143
30
25
19
24
1.98
20552298--20552458
81
2.0
81
97
2
306
31
38
7
22
1.82
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
20557831--20558030
100
2.0
100
96
0
364
38
10
17
34
1.83
20558454--20558733
153
1.8
153
95
0
506
40
11
16
31
1.84
20563765--20563841
23
3.4
22
81
13
86
44
3
1
50
1.28
20571148--20571321
45
3.9
45
89
0
240
32
23
16
27
1.96
20571106--20571330
90
2.5
90
81
1
256
33
23
15
28
1.94
20572513--20572577
20
3.2
20
86
0
103
40
23
29
7
1.82
20572521--20572608
20
4.4
20
82
2
88
46
17
26
10
1.79
20572510--20572585
40
1.9
40
94
0
134
42
22
27
7
1.81
20572510--20572608
40
2.5
40
85
3
101
45
19
26
9
1.80
20580644--20580689
19
2.4
19
82
10
58
47
13
2
36
1.54
20581486--20581553
33
2.0
34
83
8
86
11
1
45
41
1.50
20581500--20581564
22
3.0
21
77
8
76
10
1
47
40
1.48
20583535--20583942
68
6.0
68
82
1
469
25
24
15
33
1.95
20583548--20583940
135
2.9
135
84
1
491
25
24
15
33
1.95
20583545--20583960
203
2.0
204
87
3
606
25
24
15
33
1.95
20585060--20585106
22
2.0
24
88
8
71
17
25
21
36
1.94
20590996--20591030
17
2.1
17
88
0
52
48
2
37
11
1.54
20593441--20593602
68
2.4
68
82
6
195
21
22
18
37
1.95
20600141--20600234
41
2.3
41
88
0
143
25
27
17
29
1.97
20619397--20619440
15
2.9
16
86
13
74
34
0
0
65
0.93
20620533--20620557
7
3.6
7
100
0
50
60
0
0
40
0.97
20621179--20621235
28
2.0
28
100
0
114
31
10
21
36
1.87
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
20621181--20621251
28
2.6
27
86
6
74
36
9
19
33
1.85
20624710--20625271
139
4.1
138
91
1
867
44
6
9
39
1.63
20624710--20625271
138
4.1
138
91
1
865
44
6
9
39
1.63
20625247--20625544
75
4.0
75
98
0
560
29
12
9
47
1.73
20626611--20626714
31
3.5
30
81
6
104
17
22
20
40
1.91
20626633--20626725
31
3.0
31
84
7
127
19
23
18
38
1.93
20631009--20631041
17
1.9
18
88
11
52
42
12
0
45
1.41
20635050--20635114
32
2.0
32
100
0
130
38
15
3
43
1.62
20637032--20637074
19
2.3
19
88
8
61
32
9
0
58
1.30
20638654--20638690
16
2.3
16
100
0
74
56
0
18
24
1.41

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290