genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.75.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24925886--24926090	50	4.1	50	77	6	191	30	10	18	40	1.84
24925886--24926090	100	2.0	100	84	1	268	30	10	18	40	1.84
24943449--24943631	40	4.6	40	90	1	242	25	22	28	23	1.99
24943449--24943631	80	2.3	80	89	1	269	25	22	28	23	1.99
24943451--24943658	80	2.6	80	83	3	267	24	22	28	25	1.99
24945173--24945585	50	8.3	50	93	1	659	31	12	17	37	1.88
24945126--24945585	100	4.6	100	92	1	663	31	12	18	38	1.88
24954226--24954386	42	3.8	42	77	8	164	33	14	22	28	1.94
24954226--24954387	85	1.9	84	86	3	227	33	14	23	28	1.94
24954235--24954409	85	2.1	84	80	5	192	30	15	24	29	1.96
24959361--24959579	48	4.6	48	80	4	219	24	27	21	26	1.99
24959394--24959570	96	1.8	96	87	2	266	23	28	21	26	1.99
24959394--24959580	48	3.9	48	86	1	241	24	28	20	26	1.99
24959635--24960076	219	2.0	219	98	0	857	33	19	11	35	1.88
24967323--24967589	48	5.6	48	77	5	254	22	28	18	29	1.97
24967287--24967557	96	2.8	96	84	3	339	22	27	19	30	1.98
24967328--24967606	144	1.9	144	85	2	382	23	29	17	29	1.97
24967323--24967589	96	2.8	95	81	5	322	22	28	18	29	1.97
24969695--24969770	32	2.3	34	86	11	120	11	42	7	38	1.71
24969705--24969765	32	1.9	32	100	0	122	13	44	9	32	1.76
24973471--24973515	23	2.0	23	90	0	72	53	0	6	40	1.27
24974950--24974979	14	2.1	14	100	0	60	46	6	6	40	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24977073--24977113	19	2.2	19	100	0	82	43	12	9	34	1.75
24978797--24978840	14	3.0	14	80	6	52	45	6	0	47	1.29
24986822--24986935	58	2.0	57	87	5	167	23	8	17	50	1.74
24990849--24991033	67	2.8	67	97	1	345	18	23	6	51	1.69
24993298--24993330	16	2.1	16	100	0	66	30	0	18	51	1.46
24993476--24993536	25	2.4	25	83	5	70	27	18	22	31	1.97
24998531--24998709	80	2.2	80	80	8	188	25	21	26	26	1.99
24998531--24998676	40	3.6	41	83	9	185	23	21	27	26	1.99
25005454--25005515	30	2.1	30	96	0	115	37	11	22	29	1.89
25005497--25005574	39	2.0	40	84	2	104	34	15	26	23	1.94
25009314--25009342	15	1.9	15	100	0	58	41	6	17	34	1.76
25011785--25011871	42	2.1	42	95	0	156	31	10	29	28	1.90
25011951--25012946	40	24.9	40	98	0	1769	24	20	27	27	1.99
25012993--25013118	57	2.2	57	80	9	150	21	19	30	27	1.98
25016987--25017037	18	2.8	19	79	8	70	37	19	21	21	1.95
25017271--25017326	23	2.4	23	80	14	62	42	21	12	23	1.86
25017409--25017476	27	2.5	27	86	9	93	20	17	17	44	1.87
25017468--25017545	27	2.9	27	88	0	120	37	16	16	29	1.91
25018336--25018387	12	4.3	12	77	0	50	21	50	0	28	1.49
25018336--25018387	24	2.2	24	82	6	61	21	50	0	28	1.49
25025337--25025598	47	5.6	47	75	15	283	29	29	19	22	1.98
25025384--25025644	46	5.6	46	75	15	277	29	29	19	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25025332--25025645	93	3.4	93	100	0	628	29	28	19	22	1.98
25025334--25025655	47	7.0	43	71	19	215	29	28	19	22	1.98
25029179--25029403	81	2.8	81	81	6	244	26	19	18	35	1.95
25029179--25029403	27	8.4	27	81	5	215	26	19	18	35	1.95
25029397--25029471	27	2.8	27	78	15	91	28	14	20	37	1.92
25048084--25048142	29	2.0	29	100	0	118	35	20	6	37	1.79
25051969--25052036	24	2.8	25	79	4	84	27	17	22	32	1.96
25054223--25054255	16	2.1	16	100	0	66	57	0	0	42	0.98
25055493--25055704	12	17.0	13	68	22	93	60	1	2	34	1.20
25055559--25055610	20	2.7	20	81	3	61	65	1	5	26	1.26
25055547--25055703	28	5.6	28	71	21	82	63	1	2	31	1.18
25055539--25055751	81	2.6	80	76	15	181	60	1	3	34	1.23
25055739--25055786	14	3.4	14	74	5	51	60	2	2	35	1.20
25057274--25057420	45	3.3	45	70	14	149	26	25	15	31	1.96
25057236--25057420	90	2.1	90	89	2	282	27	26	15	30	1.96
25057008--25057834	414	2.0	414	97	0	1573	28	22	15	34	1.94
25057650--25058191	45	12.1	45	68	15	298	26	26	15	31	1.96
25057650--25058153	90	5.6	90	92	0	767	26	26	15	31	1.96
25063203--25063293	45	2.0	44	93	2	155	14	34	16	34	1.89
25070168--25070206	20	2.0	20	89	0	60	66	2	2	28	1.18
25070160--25070232	28	2.5	28	81	14	78	61	1	4	32	1.23
25070208--25070294	20	4.1	21	70	21	65	62	2	3	32	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25070238--25070277	12	3.2	12	89	6	62	67	2	0	30	1.04
25070309--25070353	20	2.2	20	80	7	56	51	0	4	44	1.21
25070355--25070411	29	2.0	29	89	0	87	61	1	3	33	1.23
25070572--25070629	30	1.9	30	89	0	89	60	6	12	20	1.54
25079058--25079091	9	3.9	9	96	3	61	11	44	23	20	1.84
25080477--25080620	66	2.2	65	81	3	155	20	27	26	25	1.99
25082970--25082995	13	2.0	13	100	0	52	15	30	30	23	1.95
25083804--25083951	80	1.9	80	85	5	210	35	16	29	19	1.93
25083804--25083976	80	2.1	81	83	5	208	33	16	28	20	1.95
25083784--25084006	40	5.6	38	75	9	167	34	15	28	21	1.94
25088739--25088800	29	2.1	29	96	0	115	29	27	11	32	1.91
25094547--25094664	27	4.4	27	83	10	134	26	22	16	35	1.94
25102923--25103110	40	4.7	39	78	10	191	34	15	27	21	1.94
25104091--25104115	13	1.9	13	100	0	50	48	12	0	40	1.40
25107686--25107746	25	2.5	26	81	10	74	37	19	11	31	1.87
25112098--25112138	21	2.0	21	95	0	73	36	26	14	21	1.93
25125862--25125903	15	2.9	15	86	13	61	73	0	9	16	1.08
25127387--25127491	48	2.2	48	92	0	174	32	17	9	40	1.81
25131351--25131574	40	5.6	40	88	3	315	24	22	26	26	2.00
25131355--25131574	83	2.7	80	88	4	300	24	23	26	25	2.00
25134782--25134829	23	2.1	23	84	3	62	45	6	0	47	1.27
25137553--25137599	14	3.4	14	76	5	60	61	6	4	27	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25137546--25137602	27	2.1	27	100	0	114	59	7	3	29	1.40
25139515--25139567	25	2.1	25	96	0	97	26	11	15	47	1.79
25144762--25144799	20	1.9	20	88	0	58	44	18	5	31	1.72
25147103--25147161	31	1.9	30	83	10	75	45	6	22	25	1.76
25147432--25147456	11	2.3	11	100	0	50	28	0	0	72	0.86
25153428--25153500	33	2.2	33	90	0	110	23	12	21	42	1.87
25154314--25154389	26	3.0	24	77	21	75	50	0	1	48	1.09
25154338--25154386	11	4.1	11	78	17	53	51	0	2	46	1.12
25154313--25154393	11	6.7	11	72	26	51	49	0	1	49	1.08
25154313--25154393	25	3.3	24	80	11	85	49	0	1	49	1.08
25154439--25154507	25	2.7	25	77	11	68	49	4	2	43	1.37
25160919--25160993	29	2.6	28	85	10	98	26	13	29	30	1.94
25160946--25161868	174	5.3	174	98	0	1740	29	13	25	31	1.94
25164102--25164269	57	2.9	58	91	2	268	28	27	19	24	1.98
25164170--25164266	29	3.4	29	73	8	108	30	24	19	24	1.98
25164435--25164523	43	2.1	43	93	0	151	33	32	23	10	1.88
25164489--25164550	27	2.3	27	94	0	106	37	35	20	6	1.79
25164446--25164593	70	2.1	70	93	0	251	34	33	22	10	1.88
25164516--25164671	43	3.6	43	89	0	240	32	32	23	12	1.91
25164423--25164626	113	1.8	113	90	0	327	33	32	21	12	1.90
25169880--25169927	25	1.9	25	91	0	78	35	25	14	25	1.94
25169970--25170010	20	2.0	20	95	0	73	34	9	21	34	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25170060--25170230	24	7.2	24	91	2	256	30	22	19	26	1.98
25170059--25170230	71	2.4	71	88	3	256	31	22	19	26	1.98
25170059--25170228	47	3.6	47	91	1	268	31	22	19	26	1.98
25170443--25170506	31	2.1	31	87	0	92	35	14	23	26	1.93
25171914--25172052	70	2.0	70	95	0	251	43	13	4	38	1.64
25180746--25180851	42	2.5	42	84	0	140	30	12	25	32	1.92
25186645--25186724	38	2.1	38	88	0	115	21	22	27	28	1.99
25186717--25186871	43	3.6	43	91	0	238	13	25	30	30	1.94
25187201--25187308	45	2.5	42	83	8	119	22	23	27	26	1.99
25190379--25190596	79	2.7	79	80	8	221	25	27	21	25	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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