genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.97.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32849922--32850021	49	2.0	49	92	0	164	33	18	20	29	1.96
32851486--32851665	47	3.9	46	71	14	145	21	31	20	27	1.97
32856942--32857002	30	2.0	30	93	0	104	37	9	14	37	1.80
32857893--32858045	43	3.6	43	77	10	163	24	18	24	32	1.97
32862594--32863123	47	11.3	47	94	0	853	27	29	9	33	1.88
32867002--32867035	6	5.7	6	89	0	50	38	0	58	2	1.13
32869652--32869746	40	2.4	40	90	0	154	27	21	16	34	1.95
32890602--32890653	25	2.1	25	92	0	86	40	9	11	38	1.74
32894259--32894415	43	3.7	41	81	12	167	23	19	28	28	1.98
32895411--32895477	27	2.5	26	83	4	80	38	17	20	22	1.93
32895443--32895524	28	3.0	28	87	7	107	34	18	24	23	1.96
32895629--32895689	26	2.3	26	88	0	86	26	8	27	37	1.85
32895629--32895702	26	2.8	26	83	0	67	28	6	24	40	1.80
32900333--32900406	23	3.2	22	80	3	85	28	37	17	16	1.91
32903654--32903708	27	2.1	27	83	10	69	34	21	23	20	1.97
32913209--32913317	42	2.6	43	76	5	123	25	20	24	29	1.99
32913170--32913326	43	3.7	43	73	9	133	25	19	25	29	1.99
32917388--32917436	16	3.1	16	79	2	55	48	0	4	46	1.20
32920927--32920957	10	3.0	10	95	4	53	58	0	19	22	1.40
32922672--32922812	57	2.4	57	78	10	153	34	21	14	30	1.93
32926192--32926534	40	8.6	40	82	4	291	25	20	27	25	1.99
32926232--32926569	159	2.1	159	96	0	624	25	20	27	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32926206--32926569	119	3.1	118	79	7	387	25	20	27	25	1.99
32947544--32947601	22	2.6	22	80	0	62	39	24	20	15	1.91
32950760--32950791	15	2.1	15	100	0	64	56	6	0	37	1.25
32954962--32955067	43	2.5	43	83	6	133	29	24	17	28	1.98
32966785--32966813	14	2.0	15	93	6	51	68	6	13	10	1.37
32968073--32968115	21	2.1	21	86	4	61	23	2	23	51	1.60
32983365--32983459	40	2.4	40	92	3	156	20	27	33	18	1.96
32984916--32985201	64	4.4	64	81	6	245	24	28	15	31	1.95
32991093--32991218	46	2.7	46	91	0	198	22	19	26	30	1.98
32997136--32997230	43	2.2	43	92	0	154	22	34	27	15	1.94
33006227--33006473	82	3.0	82	99	0	485	39	23	4	32	1.76
33006746--33006833	44	2.0	44	81	2	104	44	27	6	21	1.77
33021110--33021197	44	2.0	44	81	2	104	44	27	5	22	1.75
33021753--33021872	44	2.8	43	80	6	127	29	26	18	25	1.98
33028922--33028970	23	2.1	23	82	14	57	20	0	48	30	1.50
33031980--33032004	11	2.3	11	100	0	50	32	0	20	48	1.50
33032190--33032472	138	2.1	138	93	0	485	37	10	18	32	1.86
33033325--33033408	44	1.9	44	87	0	123	19	15	29	35	1.92
33052027--33052078	26	2.0	25	85	3	68	65	3	3	26	1.27
33060311--33060346	6	6.5	6	81	18	51	66	0	0	33	0.92
33060311--33060362	27	1.9	27	88	7	79	61	0	0	38	0.96
33060333--33060372	21	1.9	21	89	0	62	52	0	0	47	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33072105--33072152	9	5.2	9	82	5	60	45	0	4	50	1.21
33072341--33072371	13	2.4	13	94	0	53	83	3	12	0	0.75
33074661--33074699	15	2.4	16	87	8	53	35	0	0	64	0.94
33078828--33078871	17	2.5	18	82	14	56	9	29	0	61	1.27
33092336--33092395	30	2.0	30	87	6	86	53	11	13	21	1.71
33097952--33098207	72	3.6	72	98	0	494	42	23	6	27	1.79
33098208--33098245	3	12.7	3	100	0	76	68	0	0	31	0.90
33099895--33099923	8	3.6	8	100	0	58	37	0	0	62	0.96
33102896--33103046	53	2.8	53	89	4	214	25	16	27	29	1.97
33110417--33110567	53	2.8	53	89	4	214	25	16	27	29	1.97
33119022--33119076	27	2.0	27	100	0	110	43	12	10	32	1.78
33119687--33119719	16	2.1	16	94	0	57	18	30	24	27	1.98
33122580--33122761	73	2.5	73	99	0	355	41	24	6	28	1.80
33122766--33122803	3	12.7	3	100	0	76	68	0	0	31	0.90
33127209--33127237	3	9.7	3	100	0	58	68	0	0	31	0.89
33127021--33127202	74	2.5	74	99	0	355	42	22	6	28	1.78
33134612--33134643	9	3.6	9	100	0	64	71	0	28	0	0.86
33137294--33137322	2	14.5	2	100	0	58	0	48	0	51	1.00
33146668--33146721	16	3.4	16	78	19	60	61	0	3	35	1.14
33147235--33147356	55	2.3	53	78	8	131	36	9	7	46	1.65
33148647--33148702	28	2.0	28	82	3	67	28	7	12	51	1.65
33151271--33151446	46	3.8	46	77	12	198	20	17	29	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33151638--33152099	231	2.0	231	97	0	879	29	15	19	35	1.92
33154594--33154673	15	5.4	15	77	7	83	10	18	13	57	1.64
33154585--33154672	30	3.0	30	80	11	92	10	18	15	55	1.68
33157063--33157225	46	3.5	46	77	14	190	20	19	30	29	1.97
33164553--33164648	34	2.9	32	77	10	95	28	25	21	25	1.99
33164897--33165092	65	3.0	65	97	0	365	41	18	13	25	1.88
33164940--33165045	35	3.2	35	65	26	102	41	18	12	27	1.86
33165100--33165172	27	2.7	27	75	8	67	30	13	16	39	1.87
33170052--33170126	36	2.1	36	97	0	141	16	41	24	18	1.90
33171797--33171992	65	3.0	65	99	0	383	41	17	15	25	1.88
33175958--33176000	17	2.4	18	80	3	52	18	13	16	51	1.77
33183773--33183798	10	2.6	10	100	0	52	42	15	7	34	1.75
33189436--33189506	36	2.0	36	88	0	106	28	25	11	35	1.90
33193933--33194030	41	2.4	41	86	5	135	23	23	24	28	2.00
33195412--33195463	18	2.9	18	91	5	79	38	1	9	50	1.46
33200942--33200981	3	13.3	3	83	0	53	32	5	2	60	1.32
33201133--33201160	12	2.3	12	100	0	56	0	7	0	92	0.37
33205557--33205585	13	2.2	13	100	0	58	31	0	13	55	1.39
33207423--33207807	40	9.6	40	81	8	369	25	23	25	24	2.00
33207475--33207840	79	4.6	79	81	7	289	26	22	26	24	2.00
33213965--33214196	116	2.0	116	99	0	455	29	15	23	31	1.96
33215683--33215866	40	4.6	42	81	13	194	26	22	26	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33215683--33215866	79	2.3	81	81	11	213	26	22	26	25	2.00
33215735--33215889	79	2.0	79	81	10	183	27	21	26	25	1.99
33217694--33217758	30	2.2	30	91	0	103	16	21	30	30	1.96
33219006--33219040	13	2.7	13	100	0	70	20	0	25	54	1.45
33232078--33232161	29	2.9	29	77	10	91	25	13	20	41	1.88
33232087--33232376	29	10.1	29	76	8	211	23	16	22	37	1.94
33238343--33238380	18	2.1	18	90	0	58	68	0	5	26	1.11
33239341--33239373	17	1.9	17	93	0	57	63	0	3	33	1.10
33244842--33244900	30	1.9	30	89	3	91	25	13	15	45	1.82
33248627--33248663	18	2.1	18	100	0	74	10	27	27	35	1.90
33249797--33249838	21	2.0	21	86	9	59	21	9	21	47	1.79
33254831--33254935	54	1.9	54	81	14	128	18	22	28	30	1.97
33257925--33258273	51	6.8	50	98	2	619	33	8	27	31	1.86
33258447--33258525	37	2.1	37	88	0	113	24	17	31	26	1.97
33262089--33262256	46	3.6	46	76	13	182	22	21	27	28	1.99
33262086--33262255	93	1.8	93	90	0	277	22	21	27	28	1.99
33264565--33264610	24	1.9	24	86	0	65	26	15	30	28	1.96
33269708--33269778	36	2.0	36	94	0	124	42	15	21	21	1.89
33280778--33280971	98	2.0	98	100	0	388	27	15	17	40	1.89
33288618--33288981	46	7.8	46	73	13	307	22	19	27	29	1.98
33288630--33288974	93	3.7	93	95	0	609	22	19	28	29	1.98
33288664--33288927	47	5.7	47	73	14	242	23	19	27	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33301447--33301481	17	2.1	17	94	0	61	8	34	34	22	1.85
33305499--33305543	21	2.1	21	84	8	56	33	6	4	55	1.46
33306195--33306253	23	2.6	23	83	0	73	35	5	5	54	1.45
33308340--33308429	24	3.7	24	76	2	81	27	16	27	27	1.97
33316313--33316382	20	3.3	20	73	18	63	5	18	1	74	1.09
33317307--33317344	12	3.2	12	88	0	58	13	5	7	73	1.22
33319022--33319118	30	3.2	30	71	8	90	27	15	28	27	1.96
33323938--33323970	14	2.4	14	94	0	57	48	18	0	33	1.48
33326805--33326853	24	2.0	24	100	0	98	20	24	8	46	1.77
33329293--33329550	136	1.9	136	81	1	311	30	27	22	19	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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