genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.23.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7620604--7620779	46	3.8	46	78	14	191	21	19	28	30	1.97
7620600--7620770	93	1.8	93	91	2	281	21	19	29	29	1.98
7628189--7628328	43	3.3	43	82	9	162	28	25	20	26	1.99
7628200--7628321	42	2.9	43	83	11	153	29	25	20	24	1.99
7629303--7629449	29	5.1	29	76	6	104	26	29	14	29	1.95
7630294--7630348	26	2.1	26	100	0	110	61	3	20	14	1.47
7634549--7634632	44	1.9	44	87	0	123	40	21	11	26	1.88
7640599--7640658	22	2.6	22	80	15	68	36	6	3	53	1.44
7647668--7647850	79	2.3	81	84	7	232	24	22	27	25	2.00
7647669--7647852	40	4.6	40	83	9	216	23	22	28	25	2.00
7647721--7647885	79	2.1	79	84	6	210	25	21	27	25	1.99
7655778--7655962	40	4.7	40	83	7	209	24	22	27	25	2.00
7655778--7655960	79	2.3	81	83	7	223	24	22	27	25	2.00
7655831--7655995	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	25	1.99
7659797--7659834	19	2.0	19	85	10	51	68	0	10	21	1.19
7665191--7665263	24	3.0	24	80	6	76	23	26	15	35	1.94
7686970--7687161	96	2.0	96	98	0	375	38	6	25	29	1.81
7687216--7687289	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
7689405--7689518	40	2.8	40	78	6	104	22	16	27	33	1.96
7696830--7696935	38	2.8	38	76	15	110	39	16	12	32	1.85
7697600--7697647	21	2.3	21	85	7	62	43	6	20	29	1.76
7697860--7697892	16	2.0	17	88	5	50	72	0	21	6	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7702976--7703037	30	2.1	30	100	0	124	38	20	9	30	1.85
7705404--7705446	20	2.1	21	87	12	63	60	6	0	32	1.23
7710983--7711019	19	1.9	19	100	0	74	29	32	10	27	1.90
7720969--7721005	19	1.9	19	94	0	65	37	24	8	29	1.84
7723266--7723444	96	1.9	96	86	2	261	23	30	20	26	1.98
7723266--7723453	48	3.9	48	82	5	209	24	30	19	26	1.98
7735030--7735084	26	2.1	26	86	0	74	41	12	16	29	1.85
7737520--7737698	87	2.0	88	95	1	324	38	11	24	26	1.88
7739945--7740232	27	10.7	27	85	1	371	39	20	7	31	1.81
7739945--7740293	27	12.9	27	79	6	332	38	20	8	32	1.83
7740331--7740544	27	7.9	27	83	3	243	35	18	21	24	1.95
7740323--7740518	82	2.4	82	86	0	277	37	17	19	25	1.94
7740333--7740530	109	1.8	109	90	2	317	36	19	20	24	1.95
7740323--7740547	54	4.1	54	83	3	283	36	17	20	25	1.94
7740792--7740843	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
7740773--7740912	69	2.1	67	84	2	181	20	27	21	30	1.98
7741058--7741968	6	148.3	6	77	13	885	16	18	16	48	1.81
7741065--7741947	43	20.7	43	97	1	1627	16	18	15	48	1.81
7745403--7745446	20	2.2	20	91	0	70	36	31	2	29	1.70
7751182--7751268	38	2.2	40	81	4	106	33	32	19	14	1.92
7751484--7751537	18	3.3	18	66	28	57	24	50	7	18	1.72
7751474--7751572	30	3.3	30	95	0	180	26	50	6	17	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7752051--7752182	23	5.6	25	71	16	84	35	6	3	54	1.42
7752118--7752260	25	5.7	25	72	15	80	31	7	4	55	1.49
7752145--7752252	27	4.0	28	70	15	86	29	6	4	59	1.43
7755341--7755514	47	3.7	46	86	4	208	32	9	31	27	1.88
7755341--7755514	92	1.9	93	83	4	226	32	9	31	27	1.88
7755383--7755472	45	2.1	42	82	11	105	30	10	33	26	1.89
7755633--7755711	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
7768387--7768431	14	3.3	14	87	6	74	13	8	6	71	1.31
7768387--7768431	13	3.4	13	90	3	72	13	8	6	71	1.31
7768319--7768682	100	3.8	98	81	9	398	26	15	18	38	1.91
7768599--7769209	73	8.3	75	85	3	785	30	16	19	33	1.94
7768599--7769209	148	4.1	147	87	2	775	30	16	19	33	1.94
7769281--7769313	14	2.4	14	94	0	57	18	12	6	63	1.48
7769115--7769658	181	3.0	177	78	9	530	28	17	17	37	1.92
7769224--7769622	90	4.4	88	80	9	387	30	17	17	35	1.93
7770340--7770468	30	4.3	30	93	0	213	25	48	6	19	1.72
7770380--7770433	18	3.3	18	66	28	57	22	48	7	22	1.75
7771097--7771163	25	2.9	23	78	10	73	29	5	5	58	1.46
7771108--7771179	25	2.8	25	77	10	67	30	5	4	59	1.39
7771226--7771281	25	2.3	24	79	14	62	37	16	3	42	1.65
7772114--7772264	39	3.9	39	93	0	257	27	27	24	19	1.99
7775072--7775153	42	2.0	42	97	0	155	25	9	23	41	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7775079--7775169	42	2.2	42	84	4	112	31	9	19	38	1.85
7794442--7794673	56	4.1	56	100	0	464	22	23	9	44	1.81
7794894--7794924	16	1.9	16	100	0	62	32	12	6	48	1.67
7796333--7796499	46	3.6	46	74	11	162	28	28	19	23	1.98
7796334--7796503	93	1.8	92	91	1	277	28	28	20	22	1.98
7803872--7804042	93	1.8	93	89	0	270	29	28	19	22	1.98
7803867--7804039	46	3.7	46	74	10	163	30	27	19	22	1.98
7820559--7820605	22	2.1	22	88	0	67	10	31	31	25	1.90
7820562--7820611	22	2.2	22	82	7	55	12	36	30	22	1.90
7823725--7823766	18	2.3	18	84	8	50	64	0	4	30	1.14
7824293--7824317	6	4.2	6	100	0	50	36	16	0	48	1.46
7824350--7824385	17	2.1	18	89	5	56	36	8	5	50	1.56
7835472--7835506	17	2.1	17	88	0	52	57	17	17	8	1.64
7848403--7848453	22	2.3	22	96	0	75	49	19	11	19	1.79
7857918--7858035	43	2.8	43	85	3	159	27	25	18	27	1.98
7859631--7859719	40	2.2	40	89	0	142	17	22	24	34	1.96
7860920--7860968	21	2.3	21	92	0	89	28	24	22	24	1.99
7864275--7864311	17	2.2	17	100	0	74	24	32	18	24	1.97
7864556--7864657	51	2.0	51	88	3	152	39	19	21	19	1.93
7864910--7865035	54	2.3	55	86	1	173	28	26	30	15	1.96
7865076--7865100	13	1.9	13	100	0	50	16	36	40	8	1.77
7865356--7865477	61	2.0	61	98	0	235	18	22	4	54	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7873294--7873401	43	2.5	44	77	4	121	28	15	24	31	1.96
7877047--7877112	28	2.4	27	73	12	64	18	18	22	40	1.91
7877578--7877706	68	1.9	68	85	3	179	39	10	14	35	1.80
7888583--7888641	29	2.0	30	93	3	102	52	3	8	35	1.49
7889467--7889510	19	2.2	20	96	4	81	25	11	13	50	1.75
7889594--7889627	14	2.4	14	95	0	59	47	0	2	50	1.16
7890867--7890946	32	2.5	32	79	4	90	52	17	3	26	1.61
7892551--7892581	16	1.9	16	100	0	62	45	6	16	32	1.72
7893727--7893775	23	2.1	23	100	0	98	28	0	8	63	1.23
7895203--7895303	52	1.9	52	89	0	157	40	12	16	29	1.86
7897070--7897188	35	3.4	35	84	2	150	26	12	26	34	1.92
7905116--7905159	18	2.5	18	89	10	65	13	4	20	61	1.50
7907171--7907208	19	2.0	19	94	0	67	42	2	2	52	1.29
7913293--7913348	21	2.6	21	94	2	94	26	19	5	48	1.70
7913506--7913577	25	2.9	25	89	0	99	31	19	30	18	1.95
7916273--7916305	17	1.9	17	88	11	50	0	18	3	78	0.87
7919803--7919853	26	1.9	27	84	4	68	39	11	1	47	1.52
7922683--7922731	22	2.3	21	78	3	53	59	2	0	38	1.09
7926407--7926505	22	4.5	23	71	13	73	61	27	4	7	1.40
7926807--7926845	20	2.0	19	94	0	60	43	25	15	12	1.82
7926902--7926938	18	2.0	19	89	5	58	29	13	29	27	1.94
7930891--7931122	56	4.1	56	98	0	446	22	21	9	45	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7932863--7932922	10	6.1	10	71	11	52	35	1	3	60	1.23
7948166--7948199	15	2.3	15	100	0	68	26	32	5	35	1.81
7962832--7962878	21	2.2	22	92	3	78	21	38	19	21	1.94
7971963--7972009	20	2.4	19	76	13	51	29	8	0	61	1.25
7982930--7982954	10	2.5	10	100	0	50	68	0	0	32	0.90
7983169--7983212	23	1.9	23	85	0	61	54	0	0	45	0.99
7987334--7987382	21	2.3	21	89	0	71	26	24	24	24	2.00
7991840--7991869	7	4.3	7	91	0	51	43	0	40	16	1.48
7997900--7997929	14	2.1	14	93	0	51	30	23	16	30	1.96
7998666--7998730	15	4.1	16	72	14	55	46	0	3	50	1.17

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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