genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.192.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65792831--65793106	138	2.0	137	80	6	308	19	21	28	30	1.97
65801938--65802009	36	2.0	36	97	0	135	19	12	36	31	1.89
65812338--65813311	487	2.0	487	99	0	1930	29	12	26	31	1.93
65813994--65814042	14	3.5	15	72	13	50	6	28	0	65	1.16
65814664--65814712	14	3.5	15	72	13	50	6	28	0	65	1.16
65813930--65815271	670	2.0	670	100	0	2684	26	23	14	34	1.94
65828393--65828496	38	2.7	38	83	0	118	23	20	25	30	1.98
65828489--65828684	43	4.6	43	96	0	356	10	25	32	31	1.90
65838711--65838972	39	6.7	40	87	7	337	25	22	27	24	2.00
65840817--65840920	42	2.5	42	93	0	172	29	16	25	28	1.97
65840817--65840942	42	3.0	42	88	5	159	30	15	24	29	1.96
65841829--65841885	24	2.5	21	76	17	60	24	3	26	45	1.69
65848139--65848216	29	2.7	28	84	11	104	25	14	30	29	1.94
65848169--65848496	174	1.9	174	96	0	611	29	14	24	31	1.94
65851292--65851375	42	2.0	42	97	0	159	39	33	4	22	1.75
65857787--65857841	24	2.3	24	87	0	83	50	21	1	25	1.58
65858847--65858907	31	2.0	31	90	0	95	26	18	18	37	1.93
65863553--65863578	12	2.2	12	100	0	52	30	23	0	46	1.53
65866354--65866443	47	1.9	47	100	0	180	24	22	24	28	1.99
65867251--65867368	28	4.3	27	76	6	112	21	23	18	36	1.95
65875166--65875254	28	3.2	28	80	3	110	17	23	20	38	1.93
65882835--65882860	13	2.0	13	100	0	52	23	15	38	23	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65884581--65884629	23	2.3	21	86	10	64	22	18	22	36	1.95
65884666--65884709	21	2.0	22	91	4	72	9	0	52	38	1.33
65885050--65885086	18	2.1	18	90	10	58	21	2	18	56	1.54
65886095--65886127	16	1.9	18	88	11	52	51	18	12	18	1.76
65886609--65886715	40	2.7	40	77	1	106	25	28	18	28	1.98
65894228--65894348	43	2.9	43	88	2	192	23	28	20	28	1.99
65895479--65895590	55	2.1	54	85	8	147	35	21	22	20	1.96
65895479--65895590	28	4.1	28	83	7	142	35	21	22	20	1.96
65897823--65897852	12	2.5	12	94	0	51	73	3	0	23	0.98
65899824--65899934	28	4.1	28	82	3	129	36	20	21	20	1.95
65899824--65899939	55	2.1	55	85	4	155	37	19	21	20	1.94
65902178--65902207	12	2.5	12	94	0	51	73	3	0	23	0.98
65904681--65904729	21	2.3	21	92	0	80	30	10	36	22	1.87
65915422--65915493	36	2.0	36	97	0	135	30	15	25	29	1.96
65918281--65918477	27	7.3	27	84	5	238	28	23	8	39	1.83
65918281--65918477	81	2.4	81	89	4	292	28	23	8	39	1.83
65918476--65918635	27	5.9	27	82	5	171	38	20	11	29	1.87
65918509--65918657	81	1.8	81	88	0	226	42	20	8	29	1.80
65918509--65918635	27	4.7	27	89	0	191	40	22	8	29	1.83
65918509--65918657	27	5.5	28	85	4	112	42	20	8	29	1.80
65918509--65918657	54	2.8	54	81	2	183	42	20	8	29	1.80
65918637--65918722	27	3.1	27	79	17	88	44	12	6	36	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65929000--65929055	27	2.1	27	87	9	80	39	12	10	37	1.78
65929100--65929151	27	1.9	27	84	7	70	38	23	21	17	1.93
65930611--65930752	71	2.0	71	98	0	275	38	9	23	28	1.86
65931389--65931639	27	9.2	27	74	11	111	40	18	8	32	1.81
65931404--65931640	54	4.4	54	76	6	192	41	18	8	32	1.79
65931402--65931552	81	1.9	81	88	2	232	43	16	8	31	1.78
65931485--65931614	56	2.4	55	83	5	147	45	17	5	31	1.71
65931663--65931714	27	1.9	27	84	7	70	38	23	21	17	1.93
65938730--65938783	21	2.5	23	76	14	60	37	18	7	37	1.79
65946020--65946240	49	4.6	49	76	9	215	24	28	20	26	1.99
65946836--65946886	20	2.7	18	82	14	59	37	21	0	41	1.54
65951488--65951533	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
65951495--65951539	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
65954175--65954235	30	2.0	30	87	0	86	31	22	6	39	1.80
65959897--65960000	54	1.9	54	100	0	208	34	14	18	32	1.91
65971953--65972214	39	6.7	40	87	7	337	25	22	27	24	2.00
65973760--65973798	18	2.2	19	86	9	55	15	25	38	20	1.92
65991078--65991130	26	2.0	26	89	7	81	32	22	13	32	1.92
66005365--66005433	32	2.2	31	80	12	79	49	8	1	40	1.43
66008310--66008346	16	2.3	16	100	0	74	37	21	10	29	1.88
66012593--66012628	17	2.1	18	89	5	56	50	5	5	38	1.49
66031245--66031547	40	7.6	40	90	2	405	24	20	27	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66033021--66033332	46	6.7	44	77	10	243	22	29	19	29	1.98
66033025--66033381	187	1.9	187	88	0	534	22	29	18	29	1.97
66038938--66039031	41	2.3	42	79	7	102	31	17	27	23	1.96
66042945--66043094	40	3.8	40	90	0	203	26	19	27	27	1.99
66042945--66043120	40	4.4	40	84	2	196	26	21	26	25	1.99
66052059--66052242	79	2.3	81	82	11	222	25	27	22	25	2.00
66052059--66052242	40	4.6	41	83	12	199	25	27	22	25	2.00
66052620--66052644	13	1.9	13	100	0	50	0	8	4	88	0.64
66053806--66053908	28	3.7	28	88	0	143	28	33	14	24	1.94
66053968--66054001	18	1.9	18	88	5	52	17	38	23	20	1.93
66057287--66057719	50	8.6	50	73	10	251	31	25	16	26	1.97
66057481--66057561	26	3.2	26	66	25	73	32	27	13	27	1.94
66057279--66057715	151	2.9	150	85	5	546	31	25	17	25	1.97
66057487--66057668	101	1.8	101	88	0	283	30	25	17	26	1.97
66063464--66063558	49	1.9	49	84	0	127	35	26	13	24	1.93
66075522--66075613	24	3.9	24	79	2	114	33	26	15	25	1.95
66076109--66076275	83	2.0	83	92	0	280	31	14	19	34	1.92
66077297--66077383	42	2.0	43	86	2	122	40	16	11	32	1.84
66083035--66083125	42	2.2	42	84	7	114	27	26	19	26	1.99
66083109--66083200	48	1.9	48	88	0	139	32	25	14	28	1.94
66086934--66087103	91	1.9	91	87	0	250	30	27	19	22	1.98
66086932--66087119	46	4.1	45	71	19	120	30	27	19	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66093688--66093728	19	2.2	19	95	0	73	53	19	4	21	1.63
66097878--66097962	24	3.6	23	76	4	89	35	28	12	23	1.92
66102684--66102811	42	3.1	42	79	14	133	32	25	17	25	1.97
66102831--66102913	37	2.2	37	84	0	103	25	21	20	32	1.98
66107820--66107968	42	3.6	41	85	7	196	24	15	26	33	1.95
66111360--66111405	20	2.3	20	82	14	60	28	28	17	26	1.98
66113811--66113927	62	1.9	59	87	5	171	41	2	4	52	1.35
66114862--66114894	16	2.1	16	88	11	50	30	6	0	63	1.18
66122651--66122840	40	4.8	40	88	0	263	23	28	21	26	1.99
66122825--66122864	20	2.0	20	100	0	80	30	25	15	30	1.95
66122787--66122904	60	2.0	60	94	0	209	26	27	16	28	1.97
66122845--66122935	40	2.3	40	96	0	164	25	28	18	27	1.98
66122747--66122935	100	1.9	100	94	0	333	25	28	19	26	1.98
66125174--66125278	35	3.0	35	67	15	81	23	21	21	32	1.98
66142136--66142171	17	2.1	17	100	0	72	50	11	16	22	1.77
66155326--66155364	7	5.6	7	96	0	69	17	0	41	41	1.50
66155465--66155531	34	1.9	35	90	3	109	43	0	14	41	1.46
66155633--66156130	126	4.0	125	88	1	694	39	16	16	27	1.90
66155633--66156130	251	2.0	251	87	1	721	39	16	16	27	1.90
66155633--66156132	125	4.0	126	87	2	659	39	17	16	27	1.90
66159516--66159585	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
66159516--66159613	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66162631--66162661	16	1.9	16	100	0	62	38	0	22	38	1.54
66162876--66162922	21	2.2	22	84	3	60	46	0	4	48	1.21
66162867--66162930	31	2.1	30	82	8	76	48	0	3	48	1.17
66162978--66163062	41	2.1	39	80	10	91	14	31	2	51	1.54
66165407--66165850	227	2.0	227	100	0	888	25	18	25	29	1.98
66169454--66169572	29	4.2	29	81	6	145	28	13	30	27	1.94
66169458--66169570	58	2.0	57	87	5	165	28	14	30	26	1.95
66175424--66175498	39	1.9	39	81	5	89	21	21	28	29	1.98
66186590--66186621	5	6.6	5	92	7	57	18	0	0	81	0.70
66186590--66186620	14	2.2	14	100	0	62	19	0	0	80	0.71

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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