genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.231.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79840388--79840442	28	2.0	28	85	0	74	27	25	21	25	2.00
79843874--79843987	27	4.2	27	77	7	115	35	17	19	27	1.94
79843872--79843989	54	2.2	54	85	0	137	37	17	18	26	1.93
79844502--79844565	22	2.9	22	81	9	85	20	25	21	32	1.97
79844567--79844607	20	2.0	20	85	0	55	14	17	31	36	1.90
79844826--79844889	25	2.6	25	89	0	92	18	20	14	46	1.83
79844823--79844910	6	14.3	6	68	17	56	19	18	13	48	1.80
79846497--79846818	109	3.0	109	98	0	608	31	12	6	48	1.67
79849693--79849749	28	2.0	29	82	3	71	45	21	3	29	1.68
79849981--79850027	21	2.2	21	96	0	85	29	12	17	40	1.86
79853479--79853634	43	3.6	42	81	3	159	33	25	16	25	1.95
79864395--79864713	47	6.7	47	95	0	548	27	32	10	29	1.90
79870615--79870841	49	4.7	49	83	4	214	29	18	27	23	1.98
79875915--79875956	21	2.0	21	100	0	84	42	19	4	33	1.72
79877336--79877511	46	3.8	46	81	12	234	30	29	19	20	1.97
79877343--79877515	93	1.9	93	98	0	337	28	30	20	20	1.98
79879894--79879982	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
79879894--79879973	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
79879905--79879982	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
79882845--79883015	93	1.8	93	94	0	306	27	29	21	21	1.98
79882837--79883012	46	3.8	46	81	10	214	28	29	21	21	1.98
79884328--79884455	46	2.7	48	82	8	165	46	10	9	33	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79884425--79884461	20	1.9	19	89	10	58	51	10	5	32	1.60
79885686--79885745	30	2.0	30	86	0	84	18	26	11	43	1.84
79900924--79901018	35	2.7	35	85	0	127	31	20	14	33	1.93
79904928--79904967	22	1.9	20	85	10	53	42	5	10	42	1.60
79910262--79910331	28	2.5	28	85	0	86	31	12	27	28	1.93
79914124--79914181	27	2.1	27	96	0	107	36	12	29	22	1.90
79917297--79917427	23	5.5	24	74	16	96	35	16	18	29	1.93
79917314--79917437	23	5.3	23	74	14	101	33	17	20	27	1.96
79926398--79926570	46	3.7	46	78	13	210	21	21	27	28	1.99
79926395--79926565	93	1.8	93	96	0	315	21	21	28	28	1.99
79928395--79928438	15	2.9	15	82	0	52	54	13	13	18	1.71
79928961--79928985	11	2.3	11	100	0	50	40	24	20	16	1.91
79939254--79939313	22	2.7	23	78	5	59	35	20	20	25	1.96
79941859--79942015	42	3.7	41	76	9	147	26	15	24	33	1.95
79941846--79942013	85	2.0	84	82	3	203	26	14	23	34	1.94
79941859--79942015	43	3.7	43	77	7	151	26	15	24	33	1.95
79947380--79947430	24	2.1	25	85	3	68	21	29	19	29	1.98
79947853--79947898	15	2.9	17	78	12	53	47	0	19	32	1.50
79960586--79960799	40	5.4	40	81	7	181	19	29	15	35	1.92
79960586--79960798	79	2.7	79	82	3	232	19	30	15	35	1.93
79960696--79960761	20	3.3	19	68	8	51	22	34	12	30	1.91
79960654--79960824	40	4.3	39	80	10	116	22	28	14	35	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79962875--79962985	29	3.9	29	76	8	111	27	32	13	27	1.94
79966340--79966570	50	4.9	45	78	10	214	26	29	16	27	1.97
79968375--79968432	24	2.5	23	89	10	91	13	17	5	63	1.47
79968383--79968435	24	2.2	24	100	0	106	11	20	3	64	1.42
79969637--79969755	50	2.3	52	85	5	154	31	18	12	37	1.88
79971574--79971609	16	2.2	16	90	9	56	72	0	0	27	0.85
79971558--79971601	22	2.0	23	86	13	65	70	2	0	27	0.99
79972613--79972677	29	2.2	31	79	17	77	50	1	1	46	1.20
79973276--79973354	37	2.1	38	86	6	108	44	10	0	45	1.37
79981842--79981916	10	7.5	10	77	4	53	62	2	2	32	1.23
79983255--79983331	25	3.1	25	72	10	77	28	27	16	27	1.97
79983265--79983347	25	3.3	25	72	12	73	28	26	19	25	1.98
79988419--79988553	30	4.6	30	83	0	139	27	14	20	38	1.90
79988539--79988628	29	3.1	29	83	3	110	26	18	17	36	1.94
79992077--79992297	27	8.2	27	87	1	309	39	20	8	31	1.83
79992081--79992281	107	1.9	107	90	0	321	39	21	8	30	1.83
79992102--79992324	54	4.1	54	86	3	146	40	20	8	31	1.81
79992077--79992369	81	3.6	81	82	4	243	39	20	8	31	1.83
79992292--79992351	27	2.2	27	90	0	93	43	16	8	31	1.78
79992400--79992649	27	9.3	28	76	14	172	38	16	19	26	1.93
79992409--79992631	54	4.1	54	78	7	213	38	17	18	25	1.92
79992435--79992630	81	2.4	81	83	3	243	38	16	18	26	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79992434--79992648	54	4.0	53	78	6	225	37	16	19	26	1.92
79992894--79992945	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
79993064--79993134	6	11.5	6	74	16	65	18	18	15	47	1.82
79993067--79993131	25	2.6	25	92	0	103	16	20	16	46	1.85
79994505--79994591	23	3.8	23	85	8	115	31	19	24	25	1.98
79997088--79997146	23	2.6	22	82	10	75	44	20	3	32	1.68
80006187--80006264	37	2.1	37	90	0	120	24	30	19	25	1.98
80006383--80006744	49	7.6	47	91	3	544	29	30	7	32	1.85
80006383--80006744	96	3.8	96	90	3	561	29	30	7	32	1.85
80010439--80010489	25	2.0	25	100	0	84	37	19	3	39	1.70
80013004--80013042	14	2.8	14	88	7	53	56	20	0	23	1.42
80014971--80015023	26	2.0	26	96	0	97	30	18	15	35	1.92
80016155--80016210	21	2.7	21	94	0	94	12	35	28	23	1.91
80032219--80032470	68	3.8	65	75	8	217	24	28	15	30	1.96
80032935--80032995	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
80037862--80037905	21	2.0	22	86	4	63	34	6	18	40	1.77
80044350--80044440	45	2.0	45	95	0	164	26	25	13	35	1.92
80045236--80045288	21	2.5	21	81	3	61	16	33	33	15	1.90
80050247--80050322	37	2.1	37	83	14	95	43	23	7	25	1.80
80054122--80054199	41	1.9	41	100	0	156	60	8	6	24	1.50
80069402--80069478	9	8.6	9	81	5	93	45	18	9	27	1.79
80069499--80069539	6	6.5	6	83	10	55	19	0	2	78	0.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80069578--80069613	5	7.2	5	93	0	63	0	2	55	41	1.14
80070686--80070727	21	2.0	21	100	0	84	52	4	23	19	1.65
80074824--80074938	27	4.3	26	87	5	149	36	23	23	16	1.94
80074824--80074938	54	2.1	54	88	3	169	36	23	23	16	1.94
80076434--80076514	26	3.1	26	89	0	117	35	20	4	38	1.75
80082159--80082268	26	4.2	26	95	0	175	36	23	6	33	1.80
80085651--80085781	45	3.0	44	85	4	174	27	29	20	22	1.99
80093680--80093808	45	2.9	44	81	4	152	27	27	21	24	1.99
80098138--80098167	13	2.2	14	94	5	53	26	13	26	33	1.93
80099113--80099218	53	2.0	53	100	0	212	50	11	7	30	1.65
80101746--80101798	24	2.2	24	86	0	70	20	16	16	45	1.86
80102825--80102862	17	2.0	20	85	14	55	31	13	5	50	1.63
80105140--80105197	22	2.7	22	94	2	100	25	8	6	58	1.53
80107368--80107489	56	2.2	57	91	4	203	31	3	22	42	1.70
80115294--80115487	48	4.0	48	85	0	235	26	17	26	29	1.97
80118739--80118849	45	2.5	45	92	0	177	34	24	15	26	1.95
80119948--80119976	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
80123898--80123979	41	2.0	41	95	0	146	28	35	13	23	1.92
80126832--80126874	20	2.3	19	80	11	54	53	4	2	39	1.34
80127277--80127307	9	3.3	9	95	4	53	41	3	0	54	1.16
80136064--80136104	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
80142718--80142780	30	2.1	30	90	0	99	30	19	4	46	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80154539--80154770	56	4.1	56	98	0	446	45	9	21	22	1.81
80161290--80161465	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
80161287--80161458	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
80168873--80169045	46	3.7	46	80	13	219	21	21	28	28	1.98
80168870--80169040	93	1.8	93	96	0	315	21	21	29	28	1.98
80175494--80175535	17	2.4	18	96	4	77	57	4	14	23	1.56
80176895--80176941	25	1.9	24	82	4	58	53	8	4	34	1.51
80179754--80179811	20	2.9	20	74	7	55	13	3	3	79	0.99
80179754--80179821	15	4.9	14	74	15	61	14	2	2	79	0.97
80184575--80184626	19	2.9	18	81	10	63	44	15	17	23	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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