genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.235.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81272498--81272653	68	2.3	68	90	0	240	50	12	17	19	1.78
81272617--81272665	25	2.0	25	91	0	80	48	14	16	20	1.80
81272812--81272870	31	1.9	30	86	3	82	35	18	22	23	1.96
81273182--81273478	27	11.0	27	87	0	405	24	21	20	34	1.97
81273640--81273897	54	4.8	54	88	1	356	41	7	20	30	1.80
81273672--81273897	27	8.4	27	89	0	335	40	7	21	30	1.80
81273902--81274001	26	3.8	26	75	16	80	29	11	18	42	1.84
81273883--81274052	79	2.2	76	86	6	225	31	9	19	40	1.83
81273490--81274052	27	21.1	27	77	9	226	35	8	20	34	1.84
81274218--81274252	17	2.0	18	94	5	63	17	34	28	20	1.95
81274222--81274264	19	2.4	17	84	7	50	13	39	25	20	1.90
81280761--81280792	17	1.9	16	93	6	55	34	12	21	31	1.91
81282004--81282062	10	5.8	10	78	4	64	18	27	15	38	1.91
81282208--81282245	20	1.9	21	84	10	53	34	0	7	57	1.28
81285880--81286142	40	6.6	40	87	3	309	26	28	20	23	1.99
81295198--81295465	40	6.7	40	96	0	473	22	28	20	29	1.98
81305439--81305655	40	5.5	40	91	3	316	24	23	27	24	2.00
81305435--81305655	119	1.9	119	87	5	331	25	22	27	24	2.00
81313858--81314035	64	2.8	65	83	5	184	24	28	14	33	1.94
81320747--81320776	15	1.9	16	93	6	53	43	6	13	36	1.70
81321611--81321876	48	5.5	48	87	3	383	28	27	18	25	1.98
81324689--81324731	19	2.3	19	100	0	86	27	4	16	51	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81335677--81335759	41	2.0	41	100	0	166	33	26	12	27	1.92
81339746--81339891	50	2.9	50	89	2	213	30	7	19	43	1.78
81347437--81347649	50	4.3	50	78	8	195	30	6	20	43	1.77
81347523--81347649	50	2.6	50	92	1	211	32	4	19	43	1.72
81352277--81352321	20	2.3	20	82	14	58	42	0	11	46	1.39
81353340--81353370	16	1.9	16	93	0	53	41	9	0	48	1.36
81366002--81366065	27	2.4	26	84	7	83	40	23	6	29	1.79
81366046--81366371	81	4.0	81	85	4	424	28	21	8	41	1.83
81366046--81366371	27	12.1	27	84	2	352	28	21	8	41	1.83
81366843--81366968	6	20.3	6	69	18	71	19	16	15	48	1.81
81366866--81366959	37	2.5	37	84	0	116	20	18	14	46	1.83
81367604--81367784	91	2.0	91	93	0	308	28	13	20	37	1.91
81369103--81369168	26	2.5	27	82	2	80	42	21	7	28	1.80
81369128--81369188	26	2.3	28	83	8	74	40	22	6	29	1.79
81369170--81369522	27	13.1	27	87	1	422	28	22	9	40	1.85
81369852--81369911	27	2.3	27	85	2	77	21	23	20	35	1.96
81370059--81370127	6	11.3	6	73	14	61	17	17	17	47	1.83
81374604--81374672	6	11.3	6	73	14	61	17	17	17	47	1.83
81376503--81376609	43	2.5	42	83	7	119	30	24	19	25	1.98
81382945--81382983	20	2.0	20	84	0	51	51	17	17	12	1.76
81387959--81388033	35	2.1	35	95	0	132	44	21	20	14	1.87
81387965--81388025	19	3.4	19	66	13	56	40	18	22	18	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81394510--81394771	39	6.7	40	87	7	337	25	22	27	24	2.00
81422601--81423131	264	2.0	264	100	0	1062	23	24	16	35	1.95
81432030--81432104	28	2.7	28	83	8	107	21	16	34	28	1.94
81435539--81435596	30	1.9	30	92	0	98	32	13	25	27	1.94
81435941--81436298	93	3.8	93	75	11	329	27	19	29	23	1.98
81436124--81436244	47	2.7	44	82	6	136	27	19	29	23	1.98
81440688--81441002	46	6.7	47	73	12	179	21	28	20	28	1.99
81440834--81441005	94	1.8	91	84	9	231	21	27	21	29	1.99
81440690--81441002	140	2.2	141	81	8	341	22	28	21	28	1.99
81445912--81445955	18	2.4	18	92	0	70	15	25	38	20	1.92
81450983--81451133	27	5.6	27	82	8	155	28	29	16	25	1.97
81450983--81451133	55	2.8	54	84	6	173	28	29	16	25	1.97
81458902--81459079	27	6.6	27	82	7	173	28	28	15	26	1.96
81466590--81466724	40	3.3	40	84	7	182	22	21	28	27	1.99
81466594--81466708	43	2.7	43	88	4	164	21	21	30	26	1.99
81468982--81469103	61	2.0	61	98	0	235	38	21	9	31	1.84
81472145--81472286	71	2.0	71	100	0	284	35	15	16	32	1.91
81477829--81477948	64	1.9	64	84	3	161	32	17	25	25	1.97
81479943--81480261	47	6.7	49	71	11	236	26	19	30	23	1.98
81491997--81492181	79	2.3	82	82	7	220	24	28	22	24	2.00
81491997--81492181	40	4.7	40	82	6	216	24	28	22	24	2.00
81495349--81496292	480	2.0	480	92	1	1588	29	25	18	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81496454--81496508	25	2.2	26	96	3	103	43	16	5	34	1.71
81497096--81497159	30	2.2	30	88	8	96	35	23	15	25	1.94
81500847--81500878	4	8.0	4	100	0	64	25	0	0	75	0.81
81501986--81502082	30	3.2	30	77	2	106	28	26	15	28	1.96
81503033--81503064	10	3.2	10	95	0	55	25	3	0	71	1.00
81506334--81506430	30	3.2	31	73	5	101	27	28	15	27	1.96
81509290--81509327	14	2.7	14	88	11	60	68	5	7	18	1.34
81511737--81511788	23	2.3	22	75	21	54	9	23	1	65	1.32
81518373--81518550	27	6.6	27	82	3	196	26	15	27	29	1.96
81518374--81518524	82	1.9	81	88	4	232	27	16	27	29	1.97
81526864--81527021	80	2.0	81	98	1	309	48	16	12	23	1.79
81535463--81535521	31	1.9	31	82	0	73	45	22	6	25	1.76
81536543--81536601	29	2.1	28	93	3	100	8	20	16	52	1.69
81540702--81540754	11	4.7	11	75	13	54	75	0	22	1	0.90
81540710--81540753	6	7.2	6	80	14	54	77	0	20	2	0.88
81540699--81540743	17	2.5	17	89	7	63	75	0	24	0	0.80
81540699--81540754	24	2.3	24	82	17	71	75	0	23	1	0.90
81542882--81542925	11	4.0	11	84	0	61	47	11	9	31	1.71
81542879--81542924	22	2.1	22	91	0	74	47	8	10	32	1.69
81543022--81543340	90	3.5	90	98	0	602	29	7	17	46	1.75
81545261--81545478	63	3.2	67	81	10	230	43	15	11	30	1.82
81545333--81545443	31	3.5	30	68	23	84	42	16	11	29	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81545603--81545709	41	2.6	41	85	2	126	31	24	18	25	1.98
81546197--81546230	8	4.2	8	84	0	50	50	11	0	38	1.39
81549034--81549073	20	2.0	20	100	0	80	35	0	0	65	0.93
81550823--81551054	50	4.7	50	83	1	261	21	28	22	27	1.99
81557183--81557350	85	2.0	85	89	6	261	36	25	20	17	1.94
81558331--81558430	50	2.0	50	84	3	130	43	24	7	26	1.79
81563084--81563108	5	5.0	5	100	0	50	40	0	60	0	0.97
81563530--81563596	29	2.3	29	73	0	71	50	5	2	40	1.42
81563889--81563942	27	1.9	29	88	7	85	61	11	0	27	1.30
81563889--81563950	27	2.3	26	83	13	72	59	11	0	29	1.32
81563913--81563955	18	2.3	18	80	4	50	58	11	0	30	1.34
81564180--81564524	169	2.0	169	98	0	672	25	16	19	38	1.92
81566193--81566236	21	2.1	21	83	8	54	25	9	2	63	1.35
81566466--81566496	7	4.4	7	95	0	53	29	12	9	48	1.73
81566550--81566605	27	2.1	27	96	0	103	35	12	17	33	1.88
81567421--81567483	23	2.6	24	71	19	58	30	1	4	63	1.24
81568799--81568897	48	2.1	48	100	0	198	38	6	2	53	1.37
81568902--81568972	21	3.2	21	71	11	61	35	2	5	56	1.38
81568990--81569034	22	2.1	21	84	8	56	42	2	4	51	1.34
81575070--81575104	15	2.3	15	85	0	52	62	11	0	25	1.28
81575402--81575438	11	3.5	11	85	14	51	75	0	2	21	0.92
81575543--81575582	19	2.1	19	95	0	71	57	5	2	35	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81579630--81579694	20	3.1	21	72	12	62	58	3	1	36	1.23
81582470--81582543	27	2.8	27	79	2	87	28	16	12	43	1.83
81594106--81594140	16	2.1	17	89	5	54	62	5	0	31	1.18
81598508--81598565	30	1.9	30	82	6	73	32	12	1	53	1.48
81599087--81599119	15	2.2	15	94	0	57	15	6	9	69	1.34
81603870--81603913	18	2.6	17	86	10	63	45	2	11	40	1.53
81605079--81605125	23	2.0	24	87	4	69	2	17	53	27	1.55
81615509--81615716	48	4.3	48	95	0	371	37	5	26	30	1.80
81615857--81615959	37	2.8	37	89	0	161	24	20	31	24	1.98
81616899--81616923	9	2.8	9	100	0	50	24	0	24	52	1.48

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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