genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.172.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58995399--58995485	42	2.1	42	100	0	174	26	9	22	41	1.84
59017534--59017974	232	1.9	232	94	0	783	22	29	24	23	1.99
59022385--59022530	29	5.0	29	90	0	202	26	12	32	28	1.92
59034822--59034846	13	1.9	13	100	0	50	32	0	16	52	1.44
59035365--59035421	28	2.0	29	82	3	71	47	3	21	28	1.67
59035962--59036092	47	2.8	47	88	0	190	23	16	26	33	1.95
59048550--59048682	45	3.0	45	77	5	112	33	25	17	24	1.96
59048810--59048851	14	2.9	14	85	3	57	42	14	2	40	1.58
59050115--59050228	23	4.8	24	76	12	94	27	20	15	36	1.93
59050115--59050286	22	7.3	23	71	15	113	25	20	18	36	1.94
59050150--59050276	45	2.8	45	81	8	132	22	18	19	38	1.93
59051829--59052074	92	2.7	93	88	2	363	31	20	22	25	1.98
59053406--59053452	22	2.1	22	100	0	94	42	17	4	36	1.68
59056627--59056722	41	2.3	43	82	8	117	33	23	16	26	1.96
59058011--59058184	92	1.9	92	90	0	276	35	17	22	24	1.95
59067763--59068031	46	5.7	48	76	10	218	23	30	19	26	1.98
59067763--59067983	47	4.7	46	77	8	171	23	30	19	26	1.98
59067857--59068028	94	1.8	92	85	7	240	23	31	19	25	1.98
59070883--59070911	14	2.1	14	100	0	58	20	31	20	27	1.98
59075406--59075630	47	4.8	48	77	7	205	23	32	17	26	1.97
59075406--59075671	47	5.7	47	75	11	192	23	31	18	26	1.97
59091305--59091341	14	2.4	16	82	13	51	75	8	0	16	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59091716--59091788	20	3.7	19	77	14	76	64	0	5	30	1.16
59091822--59091894	28	2.7	26	83	10	76	61	1	4	32	1.23
59095208--59095288	40	2.0	40	97	0	153	49	9	2	38	1.49
59100555--59100614	29	2.1	29	100	0	120	38	21	23	16	1.93
59102467--59102661	49	3.9	49	85	2	264	29	18	23	28	1.98
59102469--59102667	100	2.0	100	92	2	328	28	19	23	28	1.98
59110990--59111159	40	4.3	40	86	5	229	28	28	19	23	1.98
59110981--59111159	79	2.3	80	83	4	229	28	27	19	24	1.98
59113887--59113925	11	3.5	11	89	6	53	56	23	0	20	1.42
59113894--59113962	9	7.4	9	79	9	68	53	21	1	23	1.54
59115334--59115415	41	2.0	41	97	0	155	42	21	2	32	1.66
59118158--59118195	20	1.9	20	89	10	60	42	7	10	39	1.69
59121295--59121355	30	2.0	30	87	0	86	39	4	22	32	1.76
59124334--59124587	47	5.4	47	92	0	400	32	9	30	28	1.88
59124706--59124784	37	2.1	37	86	4	106	26	18	29	25	1.98
59132847--59132888	14	3.1	13	89	3	57	69	2	9	19	1.28
59136611--59136683	37	2.0	37	94	0	128	20	21	20	36	1.95
59140945--59141002	25	2.3	25	80	11	66	24	24	20	31	1.98
59141373--59141468	48	2.0	48	95	4	176	34	7	12	45	1.70
59145034--59145059	9	2.9	9	100	0	52	34	11	34	19	1.88
59145142--59145228	28	3.1	29	83	3	124	29	14	27	27	1.96
59145145--59145239	28	3.4	28	80	8	104	28	14	30	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59153142--59153444	47	6.6	46	71	14	193	24	28	18	28	1.98
59158300--59158377	40	2.0	40	86	0	111	30	21	12	34	1.91
59162050--59162091	21	2.0	21	90	0	66	26	16	26	30	1.97
59184753--59185021	27	10.0	27	85	4	330	41	20	15	23	1.89
59191561--59191736	46	3.8	46	78	12	207	21	21	28	28	1.99
59191558--59191728	93	1.8	93	94	0	306	21	22	28	27	1.99
59198659--59198755	51	1.9	50	93	2	167	40	8	19	31	1.81
59198890--59199046	79	2.0	79	97	0	296	31	6	19	42	1.76
59205743--59205788	24	1.9	24	95	0	83	23	39	4	32	1.75
59213736--59213785	24	2.0	26	84	7	68	50	8	14	28	1.70
59215118--59215285	27	6.2	27	83	1	135	29	12	19	38	1.88
59215158--59215683	27	19.7	27	78	5	496	30	10	19	39	1.85
59215158--59215684	80	6.6	78	78	9	413	30	10	19	39	1.85
59216000--59216060	28	2.2	28	90	0	95	26	36	18	19	1.94
59219210--59219597	47	8.3	47	92	0	632	27	29	8	33	1.87
59224062--59224219	49	3.2	49	94	2	275	31	6	30	31	1.84
59224337--59224415	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
59228633--59228680	21	2.4	19	80	12	60	43	10	4	41	1.58
59228639--59228680	21	2.0	21	95	0	75	47	11	4	35	1.61
59235258--59235288	11	2.8	11	100	0	62	9	6	19	64	1.45
59237569--59237611	21	2.1	21	83	12	54	32	2	20	44	1.65
59240434--59240486	22	2.4	22	78	12	63	35	18	28	16	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59243618--59243670	27	2.0	27	82	14	65	30	32	13	24	1.93
59243618--59243733	60	1.9	60	81	6	137	31	27	18	21	1.97
59243679--59243731	27	2.0	27	85	7	72	32	26	24	16	1.97
59244138--59244190	27	2.0	27	84	0	70	32	11	16	39	1.85
59247929--59248079	28	5.4	28	91	1	214	26	11	27	33	1.92
59255896--59256072	28	6.4	28	92	1	268	27	11	27	33	1.92
59259713--59259860	48	3.2	48	69	18	125	27	15	31	25	1.96
59259878--59260009	47	2.8	48	84	5	169	24	18	31	25	1.97
59271323--59271365	19	2.1	19	87	12	59	37	0	27	34	1.57
59273237--59273284	20	2.4	20	92	0	78	12	29	39	18	1.88
59273813--59273858	23	2.0	23	95	4	85	39	15	13	32	1.85
59274379--59274422	15	2.6	16	82	17	54	47	9	0	43	1.35
59283758--59283877	44	2.8	41	81	9	152	29	25	21	24	1.99
59289116--59289252	24	5.7	24	83	0	157	34	29	13	22	1.92
59289116--59289252	72	1.9	72	87	0	202	34	29	13	22	1.92
59290473--59290560	44	2.0	43	93	2	149	9	27	0	62	1.25
59290539--59290574	15	2.5	14	86	8	54	22	8	0	69	1.15
59291868--59291930	31	2.0	31	87	6	92	25	22	15	36	1.94
59292140--59292223	25	3.4	26	79	8	68	23	20	23	32	1.98
59292153--59292222	25	2.8	24	82	6	86	24	21	27	27	1.99
59292281--59292337	9	5.9	9	76	15	60	36	21	7	35	1.80
59292273--59292339	20	3.3	20	100	0	134	34	19	10	35	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59292273--59292328	11	5.5	11	75	16	66	33	19	10	35	1.87
59292391--59292450	25	2.4	25	97	0	111	30	21	18	30	1.97
59299977--59300039	31	2.0	31	84	6	83	23	22	15	38	1.93
59300249--59300331	25	3.4	24	86	8	105	25	22	22	28	1.99
59300390--59300446	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
59300382--59300448	20	3.3	20	95	0	125	32	19	11	35	1.88
59300382--59300452	11	7.0	11	74	18	73	33	19	11	35	1.88
59308228--59308362	24	5.6	24	78	0	117	35	27	11	25	1.91
59308228--59308362	72	1.9	72	84	0	180	35	27	11	25	1.91
59309606--59309641	15	2.5	14	86	8	54	25	8	0	66	1.19
59312747--59312783	16	2.3	16	95	0	65	21	16	5	56	1.59
59313113--59313158	21	2.2	21	88	0	65	26	30	32	10	1.90
59314861--59315044	40	4.6	40	84	6	239	25	23	26	24	2.00
59314861--59315044	80	2.3	80	88	3	264	25	23	26	24	2.00
59317548--59317745	48	4.1	48	78	3	202	24	27	19	28	1.99
59317559--59317738	95	1.9	97	88	2	274	25	27	18	28	1.98
59319747--59319875	50	2.5	51	88	5	190	34	16	22	26	1.95
59319851--59319998	31	4.8	31	84	5	201	29	18	27	25	1.98
59319851--59319998	61	2.4	62	85	5	201	29	18	27	25	1.98
59319997--59320032	7	5.1	7	100	0	72	44	13	27	13	1.82
59320036--59320201	47	3.7	47	80	7	157	28	15	25	30	1.95
59320131--59320244	42	2.7	42	87	2	158	30	14	25	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59324785--59324840	28	2.0	28	96	0	103	42	23	7	26	1.79
59328732--59328756	13	1.9	13	100	0	50	4	32	40	24	1.73
59329762--59329880	54	2.2	52	89	2	175	22	25	17	34	1.96
59329783--59329898	54	2.2	53	87	4	162	24	25	13	36	1.92
59331826--59331899	38	2.0	38	82	12	91	56	0	6	36	1.26
59333871--59334139	119	2.3	119	95	0	475	30	19	16	33	1.94
59342597--59342772	46	3.8	45	80	11	178	31	28	19	21	1.97
59342605--59342775	93	1.8	93	88	0	261	30	28	19	21	1.98
59345092--59345127	15	2.5	14	86	8	54	22	8	0	69	1.15
59346421--59346483	31	2.0	31	87	6	92	25	22	15	36	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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