genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.49.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16254706--16254889	100	1.8	100	94	0	323	25	18	26	29	1.98
16260955--16261115	38	4.2	38	86	1	223	19	20	26	33	1.97
16260937--16261115	76	2.3	78	84	2	227	21	20	25	31	1.98
16269072--16269131	27	2.2	26	80	8	66	40	21	10	28	1.85
16269110--16269196	27	3.2	27	88	0	129	28	22	6	41	1.80
16269232--16269330	27	3.7	27	80	4	128	40	22	8	29	1.82
16269204--16269333	54	2.4	54	78	7	131	40	20	10	28	1.86
16269232--16269344	27	4.2	27	77	6	122	41	20	7	30	1.81
16269166--16269344	81	2.2	79	78	8	200	37	21	10	30	1.86
16269252--16269412	54	2.9	54	81	8	182	40	18	8	32	1.81
16269285--16269414	27	4.7	27	77	11	113	42	18	7	31	1.78
16269435--16269536	27	3.8	27	69	10	73	38	19	19	22	1.94
16270346--16270410	25	2.6	25	87	0	85	30	23	20	26	1.98
16270371--16270442	25	2.9	24	83	4	72	30	20	20	27	1.98
16270635--16270705	31	2.3	30	85	4	106	32	12	25	29	1.93
16270646--16270717	31	2.4	31	92	2	119	30	13	25	30	1.94
16272250--16272385	38	3.5	38	80	9	141	20	20	25	33	1.97
16276928--16276957	15	2.0	15	100	0	60	46	13	6	33	1.69
16289446--16289481	17	2.1	17	100	0	72	50	16	5	27	1.68
16303493--16303553	20	3.0	20	72	11	61	16	24	16	42	1.88
16303966--16304042	21	3.7	21	89	0	109	16	33	32	16	1.92
16305224--16305276	21	2.5	22	76	11	56	32	18	7	41	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16308371--16308415	18	2.5	18	96	0	81	13	42	33	11	1.79
16322141--16322178	15	2.4	16	86	4	51	31	7	0	60	1.25
16325003--16325082	37	2.2	37	90	0	133	18	12	25	43	1.85
16327670--16327732	21	3.0	21	80	0	72	28	11	33	26	1.91
16333913--16334035	49	2.6	47	78	12	126	26	30	17	26	1.97
16334009--16334138	48	2.6	51	83	9	164	23	30	17	28	1.97
16333909--16334320	46	8.7	47	74	13	248	25	29	17	27	1.97
16333911--16334320	94	4.3	96	76	13	313	25	29	17	27	1.97
16335446--16335500	25	2.2	25	93	0	92	25	14	23	36	1.93
16335457--16335516	25	2.4	25	88	0	84	25	11	23	40	1.88
16341989--16342030	16	2.6	16	88	0	66	2	30	54	11	1.49
16342172--16342222	26	2.0	26	84	3	68	64	3	0	31	1.11
16342184--16342232	26	2.0	24	88	8	71	63	6	0	30	1.19
16342203--16342261	21	2.8	21	78	12	59	69	8	0	22	1.15
16342307--16342339	15	2.1	16	88	11	50	69	0	0	30	0.88
16345111--16345157	6	7.7	6	85	4	58	48	17	19	14	1.81
16346191--16346249	31	2.0	29	87	12	84	55	6	0	37	1.26
16352710--16352746	18	2.1	18	89	0	56	27	8	18	45	1.77
16352914--16352938	11	2.3	11	100	0	50	44	8	0	48	1.32
16354424--16354469	10	4.5	10	81	5	56	41	21	23	13	1.88
16356803--16356996	102	1.9	102	94	0	343	26	20	15	37	1.93
16366241--16366282	16	2.4	18	80	15	52	33	0	9	57	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16366274--16366316	10	4.3	10	75	0	50	30	6	2	60	1.35
16369947--16370011	6	10.3	6	78	17	62	20	1	0	78	0.83
16369939--16370004	5	13.4	5	83	15	68	18	1	0	80	0.79
16369939--16370001	32	1.9	33	87	9	94	17	1	0	80	0.78
16369937--16370011	27	2.9	25	84	15	84	20	1	0	78	0.82
16369941--16370015	32	2.4	31	79	16	84	20	1	0	78	0.82
16371605--16371666	27	2.3	26	78	8	70	37	0	11	51	1.38
16371662--16371708	10	4.8	10	81	2	60	31	6	2	59	1.34
16373531--16373578	17	2.9	17	81	3	62	20	20	12	45	1.83
16377507--16377553	6	7.7	6	85	4	58	48	17	19	14	1.81
16378587--16378645	31	2.0	29	87	12	84	55	6	0	37	1.26
16385106--16385142	18	2.1	18	89	0	56	27	8	18	45	1.77
16385310--16385334	11	2.3	11	100	0	50	44	8	0	48	1.32
16386820--16386865	10	4.5	10	81	5	56	41	21	23	13	1.88
16387658--16387709	18	2.7	19	79	11	61	48	0	0	51	1.00
16388786--16388823	19	2.1	18	90	5	58	36	0	5	57	1.21
16391072--16391184	43	2.6	43	80	5	122	30	26	18	23	1.98
16394974--16395032	31	1.9	31	92	0	100	42	8	11	37	1.72
16398124--16398191	33	2.1	33	100	0	136	41	14	13	30	1.84
16398664--16398712	25	1.9	26	84	12	66	28	4	10	57	1.50
16402450--16402479	12	2.5	12	94	0	51	76	13	3	6	1.11
16402745--16403293	208	2.6	207	83	6	700	60	14	1	24	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16403199--16403362	73	2.2	74	84	8	192	64	14	0	21	1.28
16403226--16403368	73	1.9	73	90	2	223	65	13	0	20	1.26
16403295--16403482	100	1.9	102	84	8	251	63	12	0	23	1.33
16404902--16405224	46	6.8	49	73	14	234	28	18	29	23	1.98
16405047--16405224	99	1.8	94	83	10	234	26	17	30	24	1.97
16410053--16410085	14	2.4	14	94	0	57	42	0	6	51	1.26
16409974--16410194	62	3.5	62	88	3	300	47	8	5	38	1.56
16413109--16413141	10	3.3	10	95	0	57	63	3	0	33	1.10
16413741--16413785	4	11.2	4	100	0	90	0	24	0	75	0.80
16424151--16424300	74	2.0	73	87	1	210	32	12	9	46	1.74
16424360--16424549	87	2.2	87	82	1	229	32	12	11	44	1.78
16424417--16424592	87	2.0	87	83	4	221	36	10	12	40	1.78
16424225--16424946	292	2.5	291	88	2	1049	31	13	11	43	1.79
16424648--16424863	87	2.5	87	85	5	276	31	14	10	43	1.80
16437852--16437893	10	4.2	10	81	9	50	14	7	2	76	1.10
16437857--16437894	19	2.0	19	94	0	67	13	5	2	78	1.02
16439477--16439505	15	1.9	15	100	0	58	0	6	6	86	0.72
16441825--16441856	6	5.3	6	100	0	64	15	31	34	18	1.93
16442707--16442764	30	1.9	30	89	6	91	41	0	37	20	1.53
16450869--16450896	11	2.5	11	100	0	56	28	0	28	42	1.56
16456817--16456858	20	2.1	20	90	0	66	21	11	16	50	1.77
16465084--16465177	40	2.4	39	78	7	93	38	35	12	13	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16467292--16467358	31	2.2	31	86	5	91	61	14	5	17	1.53
16472248--16472285	11	3.5	11	79	13	51	39	0	0	60	0.97
16475780--16475875	40	2.4	40	82	8	115	33	13	23	29	1.93
16480836--16481013	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
16480837--16480992	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
16480833--16481013	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
16494220--16495872	827	2.0	825	82	6	2031	30	18	20	30	1.96
16505323--16505413	45	2.0	45	95	0	164	37	7	23	31	1.83
16509896--16509925	12	2.5	12	94	0	51	13	13	46	26	1.80
16510898--16510947	20	2.3	23	83	16	63	22	8	4	66	1.35
16517536--16517686	40	3.8	40	79	7	139	28	28	18	24	1.98
16517583--16517693	39	2.8	39	84	2	141	29	27	17	25	1.97
16518451--16518570	59	2.0	59	100	0	240	36	26	5	31	1.78
16518954--16519220	85	3.1	85	100	0	534	25	27	8	38	1.84
16521827--16521942	56	2.1	56	98	0	223	45	9	22	22	1.81
16523068--16523332	40	6.7	40	86	4	331	24	20	27	26	1.99
16528859--16529007	40	3.8	40	81	4	142	26	28	19	25	1.99
16528880--16529062	79	2.3	79	81	7	201	26	27	21	24	2.00
16528878--16529062	40	4.7	40	80	8	164	26	27	21	24	1.99
16533030--16533062	17	1.9	17	88	11	50	72	6	6	15	1.24
16541937--16541980	16	2.6	16	79	10	52	70	2	11	15	1.26
16553790--16553870	41	2.0	41	80	9	94	33	27	17	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16557687--16557736	21	2.4	21	86	0	73	38	6	18	38	1.75
16557727--16557766	21	2.0	21	85	5	55	27	5	22	45	1.73
16559850--16559958	29	3.8	29	78	4	132	21	33	22	22	1.97
16566176--16566353	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
16566197--16566352	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
16587150--16587204	28	1.9	29	82	10	69	34	0	7	58	1.26
16587659--16587755	7	13.4	7	73	6	50	24	1	42	31	1.62
16587651--16587720	29	2.4	29	83	4	79	24	1	38	35	1.64
16587669--16587750	29	2.8	29	86	1	101	24	1	37	36	1.64
16589585--16589759	89	2.0	89	100	0	350	22	27	27	22	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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