genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.46.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15392968--15393140	93	1.9	93	92	0	292	19	20	31	28	1.97
15398426--15398883	158	2.9	155	83	5	562	37	16	13	32	1.87
15398958--15399162	84	2.5	82	93	3	356	26	5	16	51	1.67
15410724--15410766	18	2.6	16	82	13	59	46	0	0	53	1.00
15410729--15410771	18	2.4	18	96	0	77	46	0	2	51	1.13
15411289--15411326	20	1.9	20	88	0	58	15	10	18	55	1.68
15412083--15412115	17	1.9	17	100	0	66	12	12	24	51	1.73
15413298--15413335	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
15413564--15413734	46	3.7	48	80	13	196	28	28	21	22	1.99
15413565--15413734	93	1.8	93	93	0	295	28	28	21	22	1.99
15414155--15414214	30	2.0	30	83	0	75	33	25	3	38	1.72
15416449--15416474	13	2.0	13	100	0	52	38	0	15	46	1.46
15418644--15418709	21	3.0	21	73	16	69	30	0	13	56	1.38
15419959--15420028	29	2.5	29	79	11	83	60	0	5	34	1.21
15420104--15420147	19	2.2	20	96	4	81	50	13	11	25	1.75
15420125--15420256	65	2.0	65	94	0	228	42	16	11	29	1.83
15421147--15421208	22	2.8	22	78	9	72	40	1	0	58	1.08
15421911--15422173	100	2.6	105	84	9	339	31	1	15	51	1.50
15422577--15422616	20	2.0	20	100	0	80	40	0	10	50	1.36
15424230--15424300	33	2.2	33	84	5	90	12	45	15	26	1.82
15424509--15424742	75	3.1	74	84	6	274	31	8	6	53	1.56
15427605--15427648	17	2.6	17	92	0	70	61	13	0	25	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15429059--15429099	20	2.0	20	85	4	55	46	2	0	51	1.14
15429472--15429553	29	2.8	29	77	17	87	26	13	6	53	1.63
15429472--15429553	30	2.7	31	78	16	91	26	13	6	53	1.63
15429791--15429856	28	2.3	29	82	5	73	54	3	1	40	1.25
15436870--15436901	16	2.0	16	100	0	64	37	18	12	31	1.88
15439552--15439635	33	2.5	33	77	12	91	65	4	4	25	1.32
15439540--15439635	11	8.7	11	67	8	52	64	4	5	26	1.33
15440067--15440102	12	3.0	12	91	0	54	0	58	0	41	0.98
15440068--15440101	17	2.0	17	88	0	50	0	58	0	41	0.98
15441346--15441379	5	6.6	5	86	6	50	79	2	0	17	0.86
15441346--15441384	20	2.0	20	85	10	53	76	5	2	15	1.06
15446514--15446659	51	2.9	49	83	4	193	28	28	18	25	1.98
15448781--15448819	5	7.6	5	94	5	69	82	0	0	17	0.68
15450534--15450604	31	2.4	30	75	17	76	32	16	4	46	1.67
15452098--15452178	32	2.5	32	80	4	92	28	3	16	51	1.61
15454468--15454506	18	2.1	19	85	4	53	43	15	12	28	1.83
15454948--15454983	17	2.1	18	94	5	65	11	44	33	11	1.75
15458444--15458478	17	2.1	17	94	0	61	17	8	0	74	1.06
15459231--15459272	16	2.6	17	81	11	52	40	0	0	59	0.97
15459310--15459334	11	2.3	11	100	0	50	48	8	16	28	1.74
15459928--15460465	110	5.0	110	78	12	544	27	1	13	58	1.42
15459928--15460449	109	4.8	109	78	12	497	26	1	13	58	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15459676--15460465	104	7.5	104	80	11	742	26	0	13	58	1.41
15460367--15460430	34	1.9	33	84	12	87	34	0	9	56	1.32
15460411--15460474	20	3.2	20	75	18	62	28	0	9	62	1.26
15462188--15462267	39	2.1	39	97	0	151	15	15	37	32	1.88
15467382--15467426	18	2.6	18	92	3	74	13	40	28	17	1.88
15475817--15475855	17	2.2	18	86	4	53	15	43	30	10	1.80
15477047--15477124	39	2.0	39	94	0	138	25	25	12	35	1.92
15490685--15491214	27	19.6	27	83	2	643	35	16	21	26	1.95
15492076--15492114	19	2.1	19	85	0	51	71	7	5	15	1.26
15492553--15492640	28	3.1	29	79	10	94	35	21	22	20	1.96
15494636--15494712	27	2.9	27	84	0	100	18	23	19	38	1.93
15494834--15494925	25	3.7	25	83	0	121	19	21	14	44	1.86
15494884--15494937	6	8.8	6	76	11	56	18	20	11	50	1.77
15497058--15497167	54	2.0	54	98	0	211	36	22	10	30	1.89
15497773--15497924	55	2.8	55	87	3	207	30	28	13	26	1.94
15497773--15497924	27	5.6	27	92	1	205	30	28	13	26	1.94
15497772--15497924	83	1.9	83	84	1	209	30	29	13	26	1.94
15499782--15500271	27	18.1	27	86	1	597	36	18	20	24	1.95
15499782--15500271	81	6.0	81	90	0	721	36	18	20	24	1.95
15500675--15500723	22	2.2	22	85	7	64	24	26	20	28	1.99
15500864--15500959	27	3.7	27	81	12	85	19	23	17	38	1.93
15500881--15500958	27	2.9	27	86	0	102	19	23	19	38	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15501079--15501178	6	16.3	6	71	19	73	20	19	14	47	1.83
15501082--15501146	25	2.6	25	83	9	87	18	21	15	44	1.86
15501079--15501152	25	2.6	31	69	24	79	18	20	14	45	1.85
15504525--15504565	18	2.3	18	86	0	55	0	24	2	73	0.96
15507218--15507474	39	6.5	39	91	1	390	30	28	21	19	1.98
15510477--15510605	45	2.7	50	73	18	146	39	1	13	45	1.52
15510529--15510593	15	4.3	15	70	14	53	43	0	9	47	1.35
15513295--15513349	28	2.0	28	82	10	69	58	9	10	21	1.60
15516850--15516887	19	2.1	18	90	5	58	28	15	18	36	1.92
15522714--15522841	39	3.3	39	96	0	220	25	23	28	22	1.99
15530663--15530792	39	3.3	39	93	0	215	25	23	28	23	1.99
15533861--15534036	46	3.8	46	80	12	225	21	21	28	28	1.98
15533858--15534028	93	1.8	93	96	0	315	21	21	29	28	1.98
15547717--15547818	46	2.2	46	85	0	132	28	24	12	34	1.92
15547731--15547831	46	2.2	46	89	0	148	24	26	12	35	1.92
15552770--15552867	33	2.9	33	81	1	115	18	24	15	41	1.89
15554058--15554156	37	2.7	37	78	6	110	39	15	15	30	1.88
15554135--15554224	37	2.4	37	83	3	110	37	15	14	32	1.88
15556504--15556710	27	7.6	27	93	3	207	30	28	14	26	1.95
15556504--15556710	55	3.8	55	96	0	360	30	28	14	26	1.95
15559005--15559039	12	2.9	12	100	0	70	25	42	8	22	1.82
15566090--15566279	95	2.0	95	96	0	353	37	16	10	35	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15566616--15566894	50	5.6	49	78	3	279	30	27	17	25	1.97
15566608--15566894	150	1.9	150	91	0	475	30	27	17	24	1.97
15569809--15569842	15	2.3	15	90	5	52	47	23	11	17	1.81
15572495--15572572	22	3.3	22	67	25	59	29	33	14	23	1.93
15572466--15572601	50	2.7	50	97	0	263	29	30	15	24	1.95
15573032--15573113	26	3.2	26	96	0	146	31	7	24	36	1.83
15574736--15574810	26	2.8	26	83	4	87	37	21	10	30	1.87
15574914--15574991	27	2.9	27	92	1	122	19	25	21	33	1.97
15576212--15576271	30	2.0	30	87	6	86	28	26	8	36	1.85
15581206--15581320	29	4.0	28	78	8	115	28	29	15	26	1.96
15581535--15581581	16	2.9	16	80	0	58	10	25	17	46	1.79
15581534--15581587	16	3.5	15	78	12	56	9	22	20	48	1.78
15581536--15581582	24	2.0	24	91	0	76	10	25	17	46	1.79
15584623--15584671	22	2.2	20	77	19	53	48	26	4	20	1.67
15592767--15592973	44	4.6	44	69	13	141	31	20	20	28	1.97
15592759--15593008	138	1.8	138	89	1	394	32	20	18	28	1.97
15592754--15593067	138	2.3	138	81	5	341	32	19	19	28	1.96
15592853--15593202	188	1.9	189	86	0	504	32	18	18	30	1.95
15596129--15596262	46	2.9	46	80	3	153	28	18	29	23	1.98
15596322--15596444	49	2.5	49	88	4	167	29	22	25	22	1.99
15600056--15600287	56	4.1	56	98	0	446	45	9	21	22	1.81
15603077--15603112	18	2.0	18	94	0	63	41	5	22	30	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15605913--15606128	94	2.3	94	77	4	213	31	18	26	24	1.97
15611786--15611841	26	2.2	26	100	0	112	30	7	26	35	1.83
15612733--15612762	8	3.8	8	90	0	51	43	26	26	3	1.70
15613153--15613257	27	3.9	26	85	7	122	19	23	21	35	1.96
15615927--15615959	15	2.1	16	88	5	50	42	0	0	57	0.98
15624048--15624154	27	4.0	26	83	7	115	18	25	21	34	1.96
15624049--15624160	54	2.1	54	91	3	181	17	24	22	35	1.95
15641879--15641920	14	2.9	14	83	16	59	23	0	2	73	0.94
15645908--15645936	11	2.6	11	100	0	58	41	13	10	34	1.79
15659033--15659239	90	2.3	91	79	15	232	45	15	7	31	1.73

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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