genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.42.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14080584--14080748	54	3.0	54	89	6	278	23	21	7	46	1.77
14082298--14082440	71	2.0	71	98	0	277	24	18	18	39	1.92
14094067--14094098	16	1.9	17	93	6	57	81	0	6	12	0.87
14095332--14095625	78	3.8	78	87	2	412	32	17	24	26	1.97
14095332--14095704	78	4.6	78	83	7	394	32	16	24	26	1.96
14095332--14095625	155	1.9	156	85	2	412	32	17	24	26	1.97
14095639--14095743	45	2.3	45	83	0	138	33	12	28	25	1.92
14096109--14096172	18	3.6	17	85	8	83	37	14	14	34	1.86
14096101--14096179	35	2.2	37	84	13	112	37	11	16	34	1.85
14096101--14096172	19	3.9	19	85	10	114	37	12	15	34	1.85
14096133--14096195	23	3.0	22	84	11	71	36	7	17	38	1.79
14096462--14096497	18	2.0	18	89	10	56	30	0	0	69	0.89
14100436--14100487	24	2.2	24	89	0	77	50	9	3	36	1.54
14103299--14103328	11	2.9	10	90	9	51	10	6	13	70	1.34
14103851--14103913	20	3.2	20	90	0	99	17	31	31	19	1.95
14103950--14104101	52	2.9	52	76	8	164	26	17	25	30	1.97
14112106--14112138	17	1.9	17	93	0	57	51	6	3	39	1.42
14121282--14121418	49	3.0	44	78	10	166	38	10	16	35	1.82
14122118--14122158	3	13.7	3	89	0	55	65	0	7	26	1.18
14124307--14124411	27	3.9	27	84	9	126	34	20	24	20	1.96
14129027--14129119	48	1.9	48	91	0	150	32	23	17	26	1.96
14131076--14131426	9	39.7	9	65	17	94	35	3	15	45	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14131080--14131413	16	21.0	16	67	16	133	35	3	14	45	1.63
14131175--14131346	46	3.6	46	85	5	227	35	4	14	45	1.66
14131095--14131413	113	2.9	109	80	8	367	36	3	14	45	1.62
14131294--14131396	30	3.3	30	70	15	100	35	3	15	44	1.65
14131297--14131421	64	2.0	63	90	1	196	36	3	15	45	1.62
14131156--14131371	97	2.2	100	76	12	243	36	3	14	45	1.63
14131384--14131413	15	2.0	15	93	0	51	36	0	16	46	1.47
14134305--14134380	22	3.7	21	76	15	68	40	17	6	35	1.75
14134334--14134412	35	2.2	37	86	13	121	35	16	10	37	1.82
14134355--14134410	17	3.5	15	88	9	60	35	16	10	37	1.83
14134341--14134412	19	3.9	19	89	10	123	36	15	11	37	1.83
14135076--14135105	14	2.2	13	94	5	51	36	13	0	50	1.42
14138039--14138091	21	2.6	21	90	3	81	41	33	1	22	1.65
14138004--14138071	28	2.4	29	82	7	77	41	29	1	27	1.65
14138144--14138489	100	3.4	100	68	19	304	43	27	2	26	1.66
14137981--14138467	202	2.4	201	91	3	780	43	27	2	26	1.67
14138486--14138563	14	5.4	15	83	6	72	38	43	1	16	1.56
14138500--14138569	7	9.7	7	80	11	70	40	44	0	15	1.47
14138486--14138600	29	4.0	29	75	10	94	39	40	1	18	1.61
14139581--14139609	12	2.4	12	100	0	58	48	31	13	6	1.69
14141134--14141163	5	5.8	5	96	4	51	16	0	0	83	0.65
14145579--14145606	5	5.6	5	100	0	56	35	0	0	64	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14148598--14148723	61	2.1	58	89	4	189	41	3	3	50	1.39
14148598--14148743	61	2.4	59	86	7	172	41	3	4	50	1.40
14151839--14151930	6	15.3	6	96	0	166	81	0	2	16	0.79
14153077--14153162	31	2.8	31	87	1	138	26	25	16	31	1.96
14153367--14153425	25	2.4	24	81	13	66	28	22	18	30	1.97
14153379--14153450	25	2.9	24	82	13	83	25	22	22	30	1.99
14153497--14153543	20	2.3	20	100	0	94	34	19	10	36	1.86
14159191--14159987	31	25.7	31	99	0	1578	22	25	16	35	1.95
14160194--14160252	25	2.4	24	81	13	66	27	23	18	30	1.98
14160200--14160276	24	3.1	24	85	9	93	24	22	20	32	1.98
14160323--14160387	20	3.2	20	93	0	103	33	20	7	38	1.81
14160331--14160395	9	6.8	9	76	13	58	36	20	6	36	1.77
14163805--14163838	16	2.1	17	88	5	52	47	14	20	17	1.83
14172679--14172712	16	2.1	17	88	5	52	47	14	20	17	1.83
14195139--14195205	12	5.5	11	82	8	62	82	2	5	8	0.94
14195241--14195279	12	3.5	11	86	13	53	69	2	10	17	1.28
14195351--14195426	29	2.6	29	78	12	77	71	3	2	22	1.16
14195335--14195404	7	10.1	7	70	25	51	72	2	1	22	1.05
14195348--14195427	41	2.0	40	82	7	99	71	3	2	22	1.14
14195338--14195432	30	3.2	28	75	20	79	72	4	2	21	1.12
14195986--14196052	30	2.2	30	89	0	107	14	26	32	25	1.95
14196886--14196922	17	2.2	17	100	0	74	56	10	5	27	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14200501--14200546	20	2.2	21	85	11	60	52	6	0	41	1.27
14216490--14217146	326	2.0	326	97	0	1251	34	15	22	26	1.95
14222645--14222685	20	2.0	20	100	0	82	43	14	12	29	1.82
14225017--14225052	19	1.9	18	88	5	54	52	0	0	47	1.00
14228445--14228568	61	2.0	61	84	3	160	29	16	16	36	1.92
14234300--14234352	17	2.9	18	88	8	81	39	16	7	35	1.78
14234286--14234311	5	5.2	5	100	0	52	38	23	0	38	1.55
14234268--14234361	19	5.2	19	81	15	110	37	17	7	38	1.77
14234755--14234919	87	1.9	86	81	7	199	27	22	17	32	1.96
14234989--14235734	205	3.7	205	94	1	1279	28	21	18	31	1.97
14239316--14239422	26	4.2	26	91	2	180	35	24	7	32	1.83
14239316--14239422	51	2.1	52	94	1	189	35	24	7	32	1.83
14245616--14245644	14	2.1	14	100	0	58	27	13	6	51	1.66
14249807--14249875	21	3.3	21	87	2	95	11	24	8	55	1.64
14252235--14252328	18	5.4	18	92	3	131	28	9	25	36	1.87
14257147--14257211	30	2.2	30	94	0	112	23	1	15	60	1.44
14257326--14257363	12	3.2	12	92	3	60	63	0	0	36	0.95
14262067--14262154	29	3.2	29	78	14	105	48	40	0	10	1.37
14265310--14265605	43	6.9	43	88	1	450	11	23	32	32	1.90
14265774--14265932	29	5.5	28	71	10	124	22	20	28	28	1.98
14265803--14265957	29	5.4	28	70	9	89	21	18	31	27	1.97
14265771--14265939	58	2.9	58	95	0	295	22	19	29	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14274692--14274724	17	2.0	17	88	5	50	27	12	9	51	1.69
14277511--14277551	4	10.5	4	84	5	57	24	4	0	70	1.06
14277507--14277551	16	3.0	15	87	9	65	24	4	0	71	1.05
14288734--14288808	28	2.6	29	87	2	98	28	13	25	33	1.93
14290196--14290367	40	4.3	40	88	2	222	25	27	21	25	1.99
14290198--14290420	40	5.6	39	83	5	216	25	27	21	25	1.99
14290196--14290420	80	2.8	79	80	7	240	25	27	21	25	1.99
14290352--14290429	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
14293563--14293593	15	2.1	15	93	0	53	25	6	9	58	1.54
14302688--14302745	25	2.3	25	81	0	71	37	20	22	18	1.94
14303721--14303783	30	2.1	30	82	11	76	30	15	0	53	1.42
14310564--14310588	13	1.9	13	100	0	50	24	4	24	48	1.68
14322487--14322517	15	2.1	15	100	0	62	38	6	32	22	1.80
14322675--14322713	18	2.3	17	86	8	53	38	5	12	43	1.65
14323455--14323484	15	2.0	15	93	0	51	23	6	46	23	1.75
14326846--14326876	15	2.1	15	100	0	62	38	6	32	22	1.80
14327034--14327072	18	2.3	17	86	8	53	38	5	12	43	1.65
14329894--14329945	20	2.6	20	78	0	59	46	13	7	32	1.72
14330108--14330149	22	2.0	22	86	9	61	38	9	7	45	1.64
14333503--14333544	21	2.1	21	86	8	61	50	0	26	23	1.50
14336041--14336095	20	2.7	21	83	5	69	45	14	9	30	1.76
14343599--14343632	15	2.1	16	89	10	52	8	23	0	67	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14348011--14348054	7	6.1	7	78	5	52	18	2	38	40	1.63
14349785--14350144	47	7.7	46	73	13	263	21	28	21	28	1.98
14349784--14350147	94	3.9	93	78	10	377	21	28	21	28	1.99
14349785--14350147	141	2.6	140	76	10	357	21	28	21	28	1.99
14350488--14350545	30	1.9	30	89	0	89	25	25	13	34	1.93
14358433--14358518	43	2.0	43	90	0	136	29	29	16	25	1.97
14369252--14369347	48	2.0	48	100	0	192	27	31	12	29	1.93
14374018--14374257	46	5.1	46	79	11	229	23	30	18	27	1.98
14374080--14374251	94	1.8	92	86	7	249	23	29	19	27	1.98
14375611--14375664	10	5.7	10	80	12	69	59	0	1	38	1.08

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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