genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.183.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62624365--62624464	29	3.5	29	81	1	112	30	14	25	31	1.94
62625490--62625528	20	1.9	20	84	5	51	28	0	15	56	1.40
62629314--62629428	29	4.0	29	81	6	128	27	14	28	28	1.95
62630438--62630477	20	1.9	20	85	10	53	27	0	15	57	1.38
62639568--62639632	29	2.2	30	88	2	96	35	23	13	27	1.93
62646578--62646612	18	1.9	18	88	0	52	37	11	31	20	1.88
62648277--62648350	19	3.9	19	68	21	57	20	16	5	58	1.57
62665087--62665173	25	3.5	24	79	6	75	27	22	19	29	1.98
62666479--62666548	25	2.8	25	87	6	97	22	25	25	25	2.00
62666480--62666575	25	3.9	23	83	8	75	26	22	23	27	2.00
62666696--62666787	42	2.2	42	98	0	175	31	15	20	32	1.94
62666811--62666889	31	2.5	31	97	0	149	27	17	26	27	1.98
62668038--62668111	27	2.8	27	83	2	87	35	21	25	17	1.95
62693762--62693859	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
62693790--62693872	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
62693762--62693873	28	4.0	27	83	6	98	28	12	25	33	1.92
62701554--62701622	27	2.5	28	95	2	122	26	13	28	31	1.93
62701554--62701636	27	3.0	27	87	5	94	28	12	25	33	1.92
62705083--62705396	47	6.7	47	75	11	207	28	20	28	22	1.98
62705137--62705397	94	2.8	92	78	13	284	28	20	29	21	1.98
62713096--62713138	18	2.4	18	77	14	52	46	6	9	37	1.63
62713590--62713851	28	9.4	28	93	1	384	26	12	27	32	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62713615--62713851	83	2.8	84	94	1	397	26	13	27	32	1.93
62716373--62716418	22	2.0	24	83	12	60	60	2	28	8	1.38
62726917--62726950	17	1.9	18	88	5	52	14	32	32	20	1.93
62731685--62731965	50	5.6	50	77	5	208	30	26	17	25	1.97
62731687--62731923	50	4.7	50	81	3	278	29	26	18	25	1.98
62731670--62731968	151	2.0	150	86	3	413	30	25	17	26	1.97
62734901--62734960	15	4.0	15	84	0	75	55	13	18	13	1.70
62736553--62736657	53	2.0	53	84	0	138	18	24	20	37	1.94
62736676--62736779	54	1.9	54	94	0	181	19	22	21	37	1.94
62744666--62744788	48	2.6	48	92	0	201	24	19	29	26	1.98
62746683--62746717	13	2.7	13	95	0	61	25	17	48	8	1.75
62750460--62750500	20	2.0	20	90	0	64	29	31	26	12	1.92
62753273--62753357	42	2.0	42	95	0	152	12	5	35	45	1.67
62756841--62756882	17	2.6	16	85	7	50	71	11	0	16	1.14
62757271--62757340	35	2.0	35	100	0	140	40	25	8	25	1.84
62760066--62760292	40	5.7	40	83	0	256	37	17	29	16	1.92
62760138--62760292	20	7.8	19	70	8	94	34	19	30	14	1.92
62770288--62770355	29	2.3	29	82	5	84	27	29	13	29	1.94
62770177--62770504	174	1.9	174	97	0	620	31	24	14	30	1.94
62770457--62770535	29	2.7	30	82	13	110	30	30	13	25	1.94
62776798--62776842	24	1.9	23	95	0	72	48	24	2	24	1.62
62776788--62776844	24	2.5	21	76	17	60	45	26	3	24	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62777753--62777856	42	2.5	42	93	0	172	28	25	16	29	1.97
62784400--62784479	29	2.8	28	79	7	90	27	28	20	23	1.99
62784376--62784471	28	3.4	29	76	9	99	27	32	18	21	1.97
62784394--62784562	58	2.9	57	86	2	230	30	27	17	24	1.97
62784373--62784538	28	5.8	29	67	13	76	28	28	18	24	1.98
62784716--62784892	43	4.1	43	97	0	327	31	34	23	10	1.89
62786977--62787662	343	2.0	343	97	0	1309	38	18	7	36	1.79
62792690--62792758	27	2.6	27	90	0	102	20	23	20	36	1.95
62792934--62793028	33	2.9	33	84	7	106	24	24	22	29	1.99
62793577--62793608	7	4.6	7	100	0	64	43	28	0	28	1.55
62801316--62801587	135	2.0	135	100	0	544	39	7	16	36	1.77
62808862--62808964	37	2.8	37	89	0	161	27	32	17	23	1.97
62826207--62826341	49	2.8	47	80	9	130	27	16	29	26	1.97
62826206--62826291	24	3.5	24	76	3	82	26	16	27	29	1.97
62833033--62833168	49	2.8	48	82	8	134	26	16	30	26	1.97
62833032--62833121	24	3.7	24	76	2	81	25	16	28	28	1.97
62833055--62833144	24	3.7	23	74	12	83	28	18	27	24	1.98
62838897--62839275	126	3.0	126	81	2	465	29	15	15	38	1.89
62839365--62839449	35	2.5	35	83	7	104	44	12	0	42	1.43
62839534--62839581	24	2.0	24	83	0	60	54	25	2	18	1.55
62845188--62845250	22	2.8	21	76	9	54	74	1	19	4	1.08
62845197--62845237	22	1.9	21	90	5	64	78	0	19	2	0.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62845197--62845245	12	4.2	12	77	17	50	75	0	20	4	0.96
62852159--62852262	53	2.0	53	94	0	181	26	19	17	36	1.94
62860035--62860060	4	6.5	4	100	0	52	23	0	0	76	0.78
62860088--62860146	31	1.9	31	96	0	109	13	5	38	42	1.66
62861093--62861182	29	3.1	28	87	7	128	28	13	27	30	1.94
62862656--62862840	79	2.3	82	84	7	238	25	27	22	24	2.00
62862637--62862840	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	25	2.00
62870604--62870771	40	4.2	40	83	4	106	25	27	23	23	2.00
62870627--62870771	40	3.6	40	85	4	193	23	26	24	25	2.00
62882745--62883330	292	2.0	292	98	0	1145	37	21	11	28	1.89
62883270--62883368	42	2.3	42	81	5	119	33	23	17	26	1.96
62883251--62883415	43	3.8	43	74	9	122	33	25	18	23	1.97
62894298--62895614	658	2.0	658	100	0	2634	39	19	12	28	1.88
62896384--62896453	25	2.8	25	91	0	104	25	21	25	27	1.99
62896656--62896878	27	8.3	27	90	0	311	25	20	19	34	1.96
62896655--62896905	81	3.1	81	83	2	317	25	19	19	35	1.95
62896660--62896905	54	4.6	54	85	2	309	25	19	19	35	1.95
62896833--62896989	81	1.9	81	83	7	203	27	9	21	41	1.84
62896863--62896988	54	2.3	54	90	2	191	26	7	22	43	1.79
62896863--62896989	27	4.7	27	83	3	157	26	7	22	43	1.79
62896990--62897243	27	9.4	27	86	0	310	41	8	21	28	1.83
62898018--62898096	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62898215--62898493	47	5.9	47	95	0	486	28	30	8	31	1.87
62917543--62917729	79	2.3	79	81	5	216	26	21	27	25	1.99
62917557--62917729	40	4.3	40	87	3	215	25	21	27	25	1.99
62917511--62917727	40	5.4	39	80	9	204	26	20	26	25	1.99
62917585--62917762	79	2.2	80	80	3	191	25	21	28	24	1.99
62921201--62921246	23	2.0	23	91	0	74	39	21	4	34	1.73
62921333--62921371	20	1.9	21	89	5	62	64	0	7	28	1.21
62922327--62922365	16	2.4	16	91	0	60	15	23	28	33	1.95
62922346--62922422	38	2.0	38	87	5	111	20	18	23	37	1.94
62922402--62922444	22	2.0	22	95	0	77	27	9	23	39	1.85
62922320--62922478	60	2.7	59	84	7	202	20	16	24	38	1.93
62925268--62925420	28	5.5	28	85	3	184	25	13	30	30	1.94
62925268--62925420	55	2.8	56	85	3	184	25	13	30	30	1.94
62935007--62935174	43	4.0	42	73	13	155	31	27	16	25	1.96
62935007--62935165	84	1.9	84	83	5	205	30	27	16	25	1.97
62936024--62936068	21	2.1	21	87	0	63	35	35	15	13	1.87
62936722--62936749	10	2.8	10	100	0	56	32	39	10	17	1.84
62937083--62937185	41	2.5	41	76	6	100	33	24	17	25	1.96
62942213--62942395	46	4.0	46	94	0	294	21	23	14	40	1.90
62950940--62951141	55	3.8	52	76	11	162	35	17	25	22	1.95
62951210--62951256	23	2.0	24	87	4	69	46	10	21	21	1.81
62959645--62959718	29	2.6	29	86	4	96	27	16	31	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62964478--62964655	27	6.6	27	85	3	214	30	28	14	26	1.95
62964499--62964654	82	1.9	81	89	3	242	30	28	14	26	1.95
62971118--62971319	55	3.8	53	78	8	198	37	15	24	21	1.93
62971511--62971541	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
62971540--62971579	19	2.1	19	95	0	71	52	0	17	30	1.45
62981788--62981898	55	2.0	55	100	0	222	18	25	29	27	1.98
62990036--62990101	32	2.1	32	97	0	123	22	22	6	48	1.72
62998069--62998179	29	3.9	29	87	1	152	26	18	28	26	1.98
62998065--62998188	29	4.3	29	81	9	128	25	17	28	28	1.98
63009290--63009380	34	2.6	34	82	3	110	30	25	21	21	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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