genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1982569--1982617	19	2.6	19	90	0	71	20	22	10	46	1.80
1984569--1984668	6	16.3	6	78	15	107	18	18	16	48	1.82
1984569--1984668	43	2.3	43	91	3	157	18	18	16	48	1.82
1988515--1988569	16	3.4	16	87	0	83	20	40	16	23	1.91
1991202--1991464	40	6.6	40	87	3	300	26	28	20	24	1.99
1999120--1999297	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
1999141--1999296	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
2001418--2001512	48	2.0	48	91	0	154	35	15	5	43	1.70
2003299--2003338	21	1.9	21	94	0	71	20	25	20	35	1.96
2003174--2003607	216	2.0	216	95	0	789	23	26	14	34	1.94
2004799--2004829	16	1.9	16	93	0	53	41	9	0	48	1.36
2004872--2004911	17	2.3	18	86	4	55	45	12	5	37	1.64
2005068--2005098	15	2.1	15	100	0	62	22	32	6	38	1.80
2008460--2008489	15	2.0	15	93	0	51	23	46	6	23	1.75
2009232--2009271	17	2.3	18	86	4	55	45	12	5	37	1.64
2009428--2009458	15	2.1	15	100	0	62	22	32	6	38	1.80
2013634--2013785	65	2.3	65	100	0	304	42	5	9	42	1.62
2013898--2014279	126	3.0	126	91	1	622	35	18	19	26	1.95
2017707--2017749	18	2.4	18	88	0	59	44	9	25	20	1.81
2019315--2019448	48	2.8	47	84	5	155	52	5	10	32	1.58
2019583--2019646	11	5.9	11	75	3	67	40	1	15	42	1.57
2034097--2034147	26	2.0	26	88	0	75	17	7	29	45	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2039151--2039202	26	2.0	26	96	0	95	38	7	13	40	1.73
2039325--2039353	8	3.6	8	100	0	58	37	24	0	37	1.56
2041404--2041680	39	7.1	39	97	0	518	23	30	24	20	1.99
2047660--2047761	43	2.4	43	80	6	100	34	21	17	26	1.96
2050088--2050187	40	2.4	44	83	8	127	28	16	28	28	1.97
2058079--2059039	39	24.6	39	98	0	1769	18	21	28	31	1.96
2065682--2065796	43	2.7	42	86	8	144	24	14	26	33	1.94
2072380--2072450	16	4.4	16	87	0	97	38	7	25	29	1.82
2072432--2072525	44	2.1	46	88	7	140	31	6	27	34	1.82
2072628--2072796	63	2.8	61	86	8	202	53	2	1	42	1.26
2073502--2073559	25	2.4	25	85	2	91	24	25	13	36	1.92
2077758--2078035	50	5.5	50	83	3	308	29	28	16	24	1.97
2077807--2077988	101	1.8	101	95	0	328	28	26	19	25	1.99
2081827--2081923	27	3.6	27	90	2	140	27	13	28	29	1.94
2090831--2090982	27	5.5	28	92	3	229	26	13	27	31	1.94
2090831--2090982	55	2.8	55	90	4	243	26	13	27	31	1.94
2093057--2093179	61	2.0	61	93	3	212	41	13	21	22	1.89
2093569--2093596	13	2.2	13	100	0	56	35	17	21	25	1.95
2100501--2100578	41	1.9	41	97	0	147	25	32	21	20	1.98
2102382--2102510	46	2.7	48	88	5	174	27	20	28	23	1.99
2102382--2102555	48	3.7	46	82	9	172	27	19	28	24	1.99
2123571--2123677	19	5.8	18	68	22	55	31	0	3	63	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2123571--2123677	18	5.8	17	70	25	51	31	0	3	63	1.18
2123606--2123655	21	2.4	22	84	15	63	42	0	2	56	1.11
2123561--2123700	10	14.8	9	71	18	97	33	0	2	62	1.15
2124361--2124416	22	2.5	22	94	0	103	51	3	3	41	1.36
2125385--2125425	18	2.3	18	87	4	57	29	12	2	56	1.49
2127017--2127045	14	2.1	14	100	0	58	41	13	20	24	1.89
2134261--2134409	40	3.7	40	96	0	262	32	20	25	21	1.97
2142890--2143116	40	5.7	40	92	1	330	26	18	28	26	1.98
2145434--2145492	25	2.4	25	83	8	68	52	23	11	11	1.71
2146053--2146144	25	3.7	25	98	0	166	25	21	23	29	1.99
2151068--2151204	40	3.4	40	81	0	112	33	23	16	26	1.96
2156346--2156387	18	2.3	18	88	8	59	71	16	0	11	1.14
2156982--2157058	35	2.2	34	86	6	109	38	15	16	28	1.90
2162151--2162350	53	3.8	53	79	7	187	23	24	14	39	1.91
2164074--2164588	257	2.0	257	96	0	958	31	22	14	31	1.94
2170035--2170269	55	4.4	54	79	10	245	23	24	16	35	1.94
2170061--2170261	108	1.8	110	85	4	282	24	24	16	33	1.96
2171502--2171528	14	1.9	14	100	0	54	37	22	18	22	1.95
2175791--2175944	42	3.6	42	83	3	184	28	24	16	30	1.96
2177841--2177884	22	2.0	22	82	8	54	38	13	18	29	1.89
2181217--2181261	20	2.2	21	84	4	56	17	20	33	28	1.95
2186945--2186989	23	2.0	23	86	0	63	26	15	26	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2187852--2187913	30	2.1	30	96	0	115	35	0	20	43	1.53
2187934--2188018	44	1.9	44	81	13	104	9	2	49	38	1.48
2187932--2188017	22	3.9	22	73	13	70	9	2	50	38	1.48
2195176--2195270	35	2.7	35	78	0	109	41	17	15	25	1.89
2206846--2206923	38	2.1	38	100	0	156	26	12	30	29	1.93
2208169--2208199	16	1.9	16	93	0	53	54	0	6	38	1.26
2209820--2209867	22	2.2	20	76	16	51	25	4	2	68	1.18
2209830--2209868	11	3.6	11	89	3	62	23	0	2	74	0.94
2211511--2211550	20	2.0	20	95	0	71	47	5	0	47	1.24
2232834--2232918	42	2.0	42	95	0	152	22	29	24	23	1.99
2234203--2234324	42	2.9	42	82	0	163	31	25	11	31	1.91
2234205--2234344	42	3.3	41	75	9	124	30	25	12	31	1.92
2236012--2236053	3	14.0	3	100	0	84	66	0	0	33	0.92
2237323--2237371	25	2.0	25	83	0	62	38	0	16	44	1.48
2239180--2239883	352	2.0	352	94	0	1246	29	12	21	36	1.90
2247741--2247890	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
2247765--2247948	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
2257382--2257674	48	5.9	48	76	12	270	22	28	20	28	1.99
2257382--2257608	96	2.3	97	90	1	348	22	28	20	27	1.99
2257552--2257664	56	2.0	56	92	0	190	22	27	20	30	1.98
2266089--2266199	26	4.2	26	93	2	150	37	23	3	35	1.72
2269986--2270122	27	5.1	27	84	7	156	34	24	22	18	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2271746--2271856	53	2.1	52	88	1	159	36	24	4	35	1.76
2271746--2271856	26	4.2	26	90	2	159	36	24	4	35	1.76
2274364--2274466	47	2.2	47	96	3	190	33	20	23	23	1.97
2275513--2275736	40	5.7	40	84	7	255	25	22	27	25	2.00
2275513--2275736	79	2.8	80	83	8	269	25	22	27	25	2.00
2275581--2275769	79	2.4	79	83	6	215	26	21	26	24	1.99
2281585--2282258	40	16.6	40	91	3	1026	29	18	27	24	1.98
2284327--2284448	27	4.5	27	82	2	129	39	14	10	35	1.81
2284327--2284441	54	2.1	54	83	3	142	37	14	11	36	1.82
2284408--2284465	27	2.1	27	90	6	91	43	10	12	34	1.76
2284483--2284542	26	2.3	26	97	0	111	28	13	26	31	1.94
2288181--2288206	13	2.0	13	100	0	52	23	23	30	23	1.99
2288513--2288585	32	2.2	33	86	13	98	42	0	28	28	1.56
2291190--2291260	34	2.1	34	97	0	133	33	15	12	38	1.85
2291912--2291952	19	2.2	19	95	0	73	26	31	24	17	1.97
2291912--2291957	19	2.6	17	80	12	56	26	30	28	15	1.96
2293882--2293993	43	2.6	44	80	8	124	27	16	22	33	1.96
2297061--2298211	47	24.2	47	98	1	2167	29	27	8	33	1.86
2299383--2299699	27	11.5	27	78	7	271	38	17	10	33	1.84
2299382--2299673	80	3.5	81	77	9	248	37	18	10	33	1.85
2299508--2299628	61	2.0	62	88	4	183	36	19	9	34	1.84
2299483--2299648	88	1.9	89	87	3	246	37	20	9	32	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2299430--2299699	142	1.9	142	83	3	346	38	18	9	33	1.83
2299659--2299716	27	2.1	27	90	6	91	43	10	12	34	1.76
2299734--2299793	26	2.3	26	97	0	111	28	13	26	31	1.94
2303432--2303457	13	2.0	13	100	0	52	23	23	30	23	1.99
2303764--2303836	32	2.2	33	86	13	98	42	0	28	28	1.56
2306441--2306511	34	2.1	34	97	0	133	33	15	12	38	1.85
2307163--2307203	19	2.2	19	95	0	73	26	31	24	17	1.97
2307163--2307208	19	2.6	17	80	12	56	26	30	28	15	1.96
2309133--2309244	43	2.6	44	80	8	124	27	16	22	33	1.96
2309710--2309770	13	4.7	13	97	0	113	8	44	24	22	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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