genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.234.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80946210--80946246	18	2.1	18	94	0	65	45	8	5	40	1.56
80947908--80947932	13	1.9	13	100	0	50	20	32	0	48	1.50
80954062--80954088	1	27.0	1	100	0	54	100	0	0	0	0.00
80956180--80956223	6	7.3	6	100	0	88	50	34	0	15	1.45
80966814--80967081	47	5.7	45	74	15	170	22	28	20	28	1.99
80966814--80967081	94	2.8	93	82	9	312	22	28	20	28	1.99
80971555--80971810	46	5.5	48	78	12	207	26	17	30	25	1.97
80973202--80973556	99	3.7	95	75	10	311	24	29	18	28	1.98
80973405--80973561	47	3.4	47	88	2	174	26	29	14	29	1.95
80973202--80973565	49	7.7	47	81	6	294	24	29	17	28	1.97
80976109--80976175	31	2.2	31	88	0	98	25	34	11	28	1.91
80979150--80979191	22	1.9	22	85	9	59	26	26	35	11	1.91
80985253--80985556	46	6.6	46	97	0	545	18	23	30	27	1.98
80992260--80992432	46	3.7	46	80	13	219	21	21	28	28	1.98
80992257--80992427	93	1.8	93	96	0	315	21	21	29	28	1.98
80994150--80994183	16	2.1	16	88	5	50	76	11	11	0	1.02
80996467--80996501	18	1.9	18	88	0	52	42	0	8	48	1.33
81001670--81001979	46	6.6	48	77	11	236	27	18	29	23	1.98
81009428--81009469	21	2.0	20	86	4	57	35	0	16	47	1.47
81013803--81013971	43	4.0	43	71	9	130	33	24	15	26	1.95
81015191--81015509	83	3.8	83	99	0	629	36	22	10	31	1.87
81026315--81026498	67	2.8	64	78	7	201	29	16	29	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81046966--81047006	20	2.2	19	86	8	57	31	9	19	39	1.84
81047049--81047118	25	2.8	25	91	0	104	27	24	22	25	2.00
81047330--81047409	31	2.6	31	90	7	135	30	18	27	23	1.98
81049031--81049102	24	3.0	24	91	0	117	22	27	29	20	1.99
81050406--81050470	32	2.0	32	96	0	121	30	21	6	41	1.77
81050409--81050481	32	2.4	29	84	8	94	27	23	4	45	1.71
81052504--81052551	15	3.3	15	73	5	53	29	0	27	43	1.55
81052498--81052541	14	3.1	14	74	6	52	27	0	34	38	1.57
81052498--81052557	29	2.1	29	93	0	102	28	0	30	41	1.56
81053958--81054002	14	3.3	14	84	6	65	48	13	0	37	1.42
81054014--81054083	22	3.3	22	64	28	60	38	15	11	34	1.84
81053985--81054090	42	2.5	42	96	1	194	40	15	11	33	1.82
81054956--81055015	29	2.1	29	93	0	102	41	30	0	28	1.56
81054962--81055009	15	3.3	15	73	5	53	43	27	0	29	1.55
81055859--81056047	50	3.5	56	86	7	275	25	13	26	33	1.94
81063232--81063292	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
81067497--81067542	21	2.2	21	92	0	74	10	4	15	69	1.32
81079269--81079530	39	6.7	40	88	7	337	24	27	22	25	2.00
81085599--81085725	60	2.1	60	78	5	132	28	19	25	25	1.99
81088740--81089002	40	6.6	40	88	3	325	24	20	27	26	1.99
81088779--81089037	80	3.3	80	85	3	256	25	20	27	25	1.99
81090846--81090892	19	2.3	20	82	10	60	36	0	14	48	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81091243--81091727	50	9.6	50	74	5	386	25	16	25	31	1.97
81091244--81091745	101	5.0	101	77	5	433	25	17	25	31	1.97
81091242--81091945	151	4.5	151	82	9	794	26	16	25	31	1.97
81091579--81091895	168	1.9	168	92	1	528	26	17	23	32	1.97
81091769--81091995	50	4.5	50	83	2	269	27	15	24	32	1.95
81091546--81092213	268	2.5	268	88	2	984	26	17	24	31	1.97
81091820--81092003	100	1.8	100	91	2	307	26	15	26	32	1.95
81091815--81092221	218	1.9	217	83	2	530	26	16	25	31	1.97
81092017--81092215	50	4.0	50	80	3	202	25	15	26	32	1.96
81094562--81094634	26	2.8	26	93	0	128	26	26	21	26	2.00
81095308--81095348	14	3.0	14	83	13	50	24	34	9	31	1.88
81097658--81097687	10	3.0	10	100	0	60	30	10	10	50	1.69
81104060--81104119	30	2.0	30	86	0	84	33	25	5	36	1.78
81105486--81105720	106	2.2	106	100	0	470	28	25	18	26	1.98
81123467--81124931	733	2.0	733	99	0	2894	32	20	14	31	1.93
81127049--81127073	12	2.1	12	100	0	50	40	24	20	16	1.91
81130494--81130518	12	2.1	12	100	0	50	40	24	20	16	1.91
81132625--81132708	42	2.0	42	97	0	159	33	19	20	27	1.96
81135724--81135838	36	3.2	35	79	7	97	41	32	9	16	1.81
81138836--81138947	28	4.0	28	76	11	104	26	27	16	28	1.97
81141754--81141779	12	2.2	12	100	0	52	53	15	15	15	1.73
81146453--81146524	24	2.9	24	79	8	83	22	16	22	38	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81146462--81146547	24	3.5	24	83	12	97	20	18	20	39	1.93
81146453--81146547	47	2.0	47	84	14	122	21	17	22	38	1.93
81146487--81146550	23	2.7	23	88	7	85	18	18	21	40	1.91
81147899--81148076	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
81147920--81148075	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
81156089--81156266	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
81156110--81156265	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
81158122--81158173	23	2.3	23	86	0	77	21	25	21	32	1.98
81161722--81161803	42	2.0	42	85	4	112	19	24	37	18	1.94
81187191--81187261	27	2.6	27	84	0	97	21	23	25	29	1.99
81197187--81197239	23	2.2	26	86	10	76	39	3	45	11	1.58
81202480--81202561	28	2.9	28	85	0	110	35	9	24	30	1.88
81202735--81202867	69	1.9	70	90	1	214	33	13	16	36	1.88
81203540--81203604	28	2.3	28	89	0	103	40	9	21	29	1.84
81203704--81204103	39	10.2	39	82	5	385	22	22	27	28	1.99
81203721--81204103	118	3.3	118	86	1	509	22	22	26	28	1.99
81211963--81212009	23	2.0	23	87	0	67	40	19	19	21	1.92
81211978--81212029	24	2.2	23	86	3	68	38	17	23	21	1.93
81214694--81214756	29	2.1	30	82	8	76	47	1	15	34	1.56
81216699--81216739	20	2.1	20	86	4	57	31	12	4	51	1.60
81220005--81220150	43	3.4	43	87	1	206	14	21	32	31	1.93
81220369--81220628	130	2.0	130	97	0	493	33	8	20	38	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81221845--81221948	48	2.2	48	82	6	122	29	22	30	17	1.96
81222188--81222280	47	2.0	47	97	0	177	34	6	23	35	1.81
81224298--81224520	110	2.0	110	97	0	419	37	9	18	34	1.84
81225799--81226103	43	7.1	43	88	2	420	13	21	32	32	1.92
81226433--81226540	45	2.5	42	85	8	128	23	24	26	25	2.00
81229004--81229038	18	2.0	18	94	5	63	17	25	40	17	1.90
81230972--81231055	42	2.0	42	95	4	152	39	14	19	27	1.90
81234420--81234471	24	2.2	24	100	0	104	38	15	38	7	1.76
81243241--81243275	11	3.1	11	91	4	52	57	25	0	17	1.40
81243442--81243555	40	2.8	40	91	1	174	50	13	10	25	1.73
81247189--81247237	8	6.1	8	81	9	55	67	0	2	30	1.02
81257673--81257987	48	6.6	47	81	8	302	23	29	18	28	1.98
81257673--81257997	96	3.4	95	82	4	379	24	29	17	28	1.97
81257673--81257937	142	1.9	142	89	6	419	24	30	17	27	1.97
81263239--81263266	9	3.1	9	100	0	56	10	0	75	14	1.06
81267682--81267915	77	3.1	77	83	9	284	53	9	7	29	1.60
81268110--81268182	33	2.2	32	85	2	101	26	8	49	16	1.73
81270209--81270539	104	3.3	102	73	15	323	54	16	0	28	1.48
81270426--81270483	28	2.0	29	80	9	66	58	20	0	20	1.39
81270347--81270539	91	2.1	95	82	10	238	54	17	1	27	1.49
81270538--81270728	34	5.3	37	65	21	118	56	13	1	28	1.44
81270512--81270749	72	3.3	71	92	3	388	55	14	0	28	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81270562--81270680	41	3.1	41	63	22	114	55	15	0	28	1.46
81270573--81270689	31	3.2	39	63	22	106	56	17	0	25	1.46
81270513--81270791	144	1.9	144	84	6	359	55	15	1	27	1.47
81270761--81270884	60	2.1	60	95	0	221	53	11	0	34	1.43
81271222--81271260	19	2.0	20	90	5	62	23	17	12	46	1.83
81271290--81271328	21	1.9	21	89	5	62	56	0	0	43	0.99
81272477--81272667	6	31.0	6	70	16	115	50	13	17	19	1.78
81272498--81272667	31	5.3	31	77	12	139	50	12	17	19	1.78
81272500--81272646	37	4.1	37	81	10	180	51	12	16	19	1.77
81272477--81272557	43	1.9	42	85	7	110	53	13	16	17	1.74

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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