genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.263.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90879813--90879968	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
90887984--90888161	27	6.6	27	83	5	180	29	28	15	26	1.96
90888005--90888160	82	1.9	81	86	3	224	28	28	16	26	1.97
90890877--90890982	43	2.5	43	84	7	137	33	30	15	21	1.94
90891483--90891547	30	2.3	27	76	10	69	32	18	4	44	1.70
90894236--90894340	53	2.0	53	100	0	210	38	13	20	27	1.90
90902882--90902962	43	1.9	41	82	5	99	32	9	27	30	1.89
90913132--90913194	22	3.0	21	65	9	56	20	7	25	46	1.78
90916048--90916092	22	2.0	22	83	8	56	35	17	8	37	1.81
90924577--90924754	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
90924598--90924753	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
90936053--90936097	22	2.0	22	83	8	56	35	17	8	37	1.81
90937204--90937381	54	3.3	54	70	4	178	37	15	23	23	1.93
90937192--90937430	109	2.2	109	100	0	478	38	17	22	22	1.93
90937243--90937484	55	4.5	55	72	4	195	37	18	22	21	1.94
90952445--90952552	35	3.0	35	84	10	146	23	22	22	32	1.98
90952438--90952574	38	3.7	37	83	8	154	23	21	23	32	1.98
90959374--90959463	6	14.8	6	75	15	87	46	14	18	20	1.83
90959379--90959430	19	2.8	18	85	8	61	44	17	21	17	1.87
90959374--90959460	24	3.6	24	93	1	138	45	14	19	19	1.85
90959581--90959660	26	3.0	26	83	3	88	37	23	22	16	1.93
90959879--90959919	20	2.0	20	86	9	57	41	29	12	17	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90959970--90960052	27	3.1	26	82	5	94	34	21	22	20	1.96
90960279--90960491	27	7.9	27	84	0	282	26	19	19	34	1.96
90960279--90960490	81	2.6	81	89	0	325	26	19	19	34	1.95
90960503--90960969	27	17.3	27	80	2	508	40	10	21	27	1.86
90960503--90960969	108	4.3	108	88	0	583	40	10	21	27	1.86
90960974--90961091	27	4.4	27	79	0	119	29	8	22	39	1.83
90961132--90961174	19	2.3	19	100	0	86	18	44	18	18	1.87
90962698--90962739	22	2.0	21	85	4	57	47	0	9	42	1.36
90968632--90968758	43	3.0	43	89	2	184	27	14	23	33	1.94
90969463--90969617	53	2.9	54	80	4	188	20	23	18	37	1.94
90970227--90970284	30	1.9	31	85	3	82	27	20	12	39	1.88
90972290--90972410	48	2.5	48	82	4	154	27	17	28	27	1.98
90977826--90977992	43	4.0	41	75	4	120	29	14	24	31	1.94
90982384--90982482	39	2.5	39	88	0	144	42	22	7	28	1.79
90986513--90986550	19	2.0	20	89	5	60	36	10	21	31	1.87
90988796--90988835	13	3.0	13	80	20	55	32	2	12	52	1.52
90989703--90989768	33	2.0	33	96	0	123	37	9	19	33	1.84
90993000--90993381	43	8.9	43	89	0	593	12	23	32	32	1.92
90993550--90993649	29	3.4	29	74	10	114	25	21	24	30	1.99
90993579--90993733	29	5.4	29	72	11	122	23	18	30	27	1.98
90993548--90993715	58	2.9	58	93	0	284	23	19	27	28	1.98
90995836--90996013	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90995857--90996012	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
90998212--90998236	13	1.9	13	100	0	50	0	48	28	24	1.52
91000990--91001074	44	1.9	44	95	0	152	34	29	16	20	1.94
91001075--91001211	45	3.0	45	87	2	204	32	26	13	28	1.93
91008804--91008884	42	1.9	42	84	0	108	19	35	28	16	1.93
91021368--91021484	61	1.9	61	96	3	218	21	21	28	29	1.98
91021429--91021561	40	3.3	40	86	2	178	24	22	27	26	2.00
91030033--91030080	24	2.0	24	100	0	96	45	8	25	20	1.79
91035224--91035292	26	2.6	27	88	2	104	28	15	14	40	1.87
91035272--91035307	17	2.1	17	100	0	72	19	22	11	47	1.80
91039852--91040021	40	4.3	40	88	0	207	24	21	28	25	1.99
91039799--91040021	80	2.8	79	82	3	241	24	21	28	25	1.99
91039874--91040056	79	2.3	80	82	1	226	25	21	28	24	1.99
91064917--91065232	49	6.6	49	94	2	509	32	6	29	30	1.84
91074018--91074062	18	2.4	19	81	7	56	46	6	4	42	1.50
91074186--91074224	12	2.9	14	77	14	55	23	7	0	69	1.14
91087922--91087964	20	2.2	20	87	8	61	16	4	0	79	0.90
91089753--91089821	30	2.3	31	82	7	79	44	5	18	30	1.73
91090053--91090100	24	2.0	25	91	4	80	41	0	0	58	0.98
91091374--91091444	24	3.0	24	95	0	124	35	1	38	25	1.65
91091374--91091467	48	1.9	48	81	10	111	35	4	37	23	1.75
91095394--91095595	94	2.1	95	88	0	298	28	19	29	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91095394--91095610	47	4.6	47	74	16	164	27	18	29	23	1.98
91101252--91101453	94	2.1	95	88	0	298	28	19	29	22	1.98
91101252--91101468	47	4.6	47	74	16	164	27	18	29	23	1.98
91114043--91114652	174	3.5	174	97	0	1157	30	13	24	31	1.94
91117215--91117255	20	2.0	20	100	0	82	56	0	14	29	1.39
91117421--91117555	66	2.0	70	85	7	188	38	8	8	43	1.67
91117316--91117693	204	1.9	204	91	4	620	40	8	6	44	1.60
91117492--91117737	138	1.8	136	85	5	356	41	8	6	44	1.60
91118432--91118488	27	2.1	27	100	0	114	50	22	3	22	1.64
91121958--91121997	20	2.0	20	100	0	80	30	25	25	20	1.99
91128424--91128741	158	2.0	158	100	0	636	32	14	23	28	1.94
91130132--91130306	46	3.8	45	78	7	190	28	30	20	20	1.98
91130139--91130311	93	1.9	93	93	0	301	27	30	20	20	1.98
91138222--91138306	44	1.9	44	90	4	136	42	12	11	32	1.80
91146922--91146960	18	2.1	19	85	4	53	7	23	2	66	1.30
91146954--91147020	30	2.2	30	83	0	80	11	23	0	64	1.27
91146978--91147029	18	2.9	18	82	0	59	13	19	1	65	1.36
91146996--91147020	12	2.1	12	100	0	50	8	16	0	76	1.02
91149855--91149884	10	3.0	10	100	0	60	10	20	30	40	1.85
91149907--91149938	11	2.9	11	100	0	64	18	9	37	34	1.83
91153119--91153154	18	2.0	18	94	0	63	58	5	0	36	1.22
91154140--91154195	15	3.7	15	75	15	62	62	5	0	32	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91158187--91158226	16	2.5	16	95	0	71	40	0	20	40	1.52
91165409--91165448	14	2.9	14	88	0	53	50	7	32	10	1.64
91171198--91171369	93	1.8	93	94	0	308	29	29	20	21	1.98
91171191--91171366	46	3.8	46	78	12	207	30	28	19	21	1.98
91174763--91174956	54	3.6	54	77	7	205	36	15	24	22	1.94
91174771--91174957	55	3.5	53	78	13	186	35	16	25	22	1.95
91178792--91179224	48	9.1	48	92	3	705	36	6	26	30	1.81
91179371--91179479	37	2.9	37	95	0	191	22	19	31	26	1.98
91182754--91182842	44	2.0	44	95	0	160	41	7	14	35	1.75
91185461--91185663	54	3.8	54	79	7	223	36	17	24	20	1.94
91189531--91189672	53	2.6	54	82	2	169	37	19	23	19	1.94
91193924--91193953	15	2.1	14	93	6	51	50	6	10	33	1.62
91193743--91194073	164	2.0	162	82	5	391	38	21	9	30	1.85
91197171--91197214	23	2.0	22	86	4	61	52	27	4	15	1.63
91213199--91213250	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
91213289--91213348	27	2.3	27	85	2	77	21	23	20	35	1.96
91220735--91220796	31	2.0	32	84	9	83	22	24	17	35	1.95
91232753--91232873	46	2.6	48	88	2	165	30	18	27	23	1.98
91232853--91232978	48	2.6	47	79	14	132	30	20	26	22	1.98
91233880--91233930	22	2.5	20	83	6	57	29	0	11	58	1.33
91238952--91239490	269	2.0	269	100	0	1078	28	14	25	31	1.94
91249043--91249209	46	3.6	45	78	15	189	20	20	29	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91249040--91249209	93	1.8	93	93	2	297	21	21	29	28	1.98
91256619--91256794	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
91256616--91256787	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
91267094--91267243	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
91267118--91267301	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
91271542--91271691	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
91271566--91271749	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
91273595--91273709	28	4.1	29	79	7	121	29	15	27	26	1.96
91281028--91281083	28	2.0	28	92	0	94	23	5	33	37	1.78
91281197--91281247	16	3.2	16	88	0	75	54	23	13	7	1.65

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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