genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.55.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18328408--18328760	127	2.8	127	83	6	410	31	20	21	25	1.98
18328408--18328761	85	4.2	85	82	6	373	31	20	21	25	1.98
18329117--18329261	78	1.9	78	86	2	211	13	25	17	43	1.86
18337573--18337610	19	2.1	18	85	14	51	44	5	34	15	1.69
18338502--18338560	21	2.6	24	76	15	70	38	25	23	11	1.89
18338681--18338806	24	5.2	24	75	3	119	23	24	34	16	1.95
18338679--18338836	48	3.3	47	78	7	147	25	24	35	15	1.94
18342869--18342910	3	13.7	3	95	5	75	66	0	2	30	1.04
18344592--18344846	44	5.8	43	84	7	243	29	21	19	30	1.97
18344592--18344846	88	2.9	88	86	3	343	29	21	19	30	1.97
18344540--18344846	132	2.3	134	83	7	363	29	20	19	30	1.97
18352951--18352995	19	2.4	19	85	7	56	42	8	22	26	1.83
18356789--18356843	3	18.7	3	92	3	94	65	1	0	32	1.03
18356900--18356945	22	2.0	23	84	12	60	71	2	8	17	1.21
18360006--18360035	2	15.0	2	100	0	60	0	0	50	50	1.00
18364654--18364852	102	2.0	102	89	2	310	36	10	17	36	1.83
18364890--18364919	12	2.5	12	88	0	51	56	0	26	16	1.40
18368715--18368800	45	1.9	45	92	4	147	26	12	23	37	1.91
18379218--18379248	13	2.4	13	94	0	53	9	19	38	32	1.84
18383509--18383557	25	2.0	25	100	0	98	36	16	8	38	1.78
18386064--18386198	44	3.1	44	75	10	107	28	19	18	34	1.95
18386292--18386520	44	5.2	44	82	4	244	27	20	17	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18386307--18386520	89	2.4	89	84	3	261	28	20	16	34	1.94
18387573--18387635	29	2.1	31	85	11	87	39	0	15	44	1.47
18390994--18391045	25	2.0	26	81	3	61	48	3	23	25	1.68
18391099--18391124	13	2.0	13	100	0	52	38	0	23	38	1.55
18391225--18391249	13	1.9	13	100	0	50	44	8	16	32	1.76
18396350--18396489	27	5.2	27	88	2	183	17	24	22	35	1.96
18396350--18396489	54	2.6	55	89	2	203	17	24	22	35	1.96
18396551--18396590	19	2.0	22	85	14	59	17	2	47	32	1.61
18398029--18398071	21	2.0	22	81	4	52	32	9	23	34	1.87
18398650--18398689	21	1.9	21	89	0	62	52	17	12	17	1.74
18402950--18403005	18	3.0	21	70	21	52	46	0	0	53	1.00
18404561--18404610	21	2.4	21	80	6	57	52	20	2	26	1.57
18412302--18412474	94	1.8	94	86	4	251	28	18	28	24	1.98
18412302--18412496	94	2.1	94	84	3	250	29	17	28	24	1.98
18412302--18412655	46	7.5	49	72	11	197	27	18	29	24	1.98
18423988--18424024	17	2.2	18	85	9	51	27	16	13	43	1.85
18449505--18449680	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
18449502--18449673	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
18457081--18457256	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
18457078--18457249	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
18463810--18464530	133	5.4	132	76	5	605	33	15	20	29	1.94
18463809--18464426	311	2.0	310	80	6	705	33	15	21	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18464372--18464530	45	3.6	42	81	14	126	32	13	21	32	1.92
18463810--18464530	44	16.2	43	73	11	381	33	15	20	29	1.94
18465746--18465856	46	2.4	46	82	5	118	27	21	28	21	1.99
18467543--18467600	30	1.9	30	100	0	116	17	20	31	31	1.96
18485167--18485192	10	2.6	10	100	0	52	42	11	26	19	1.85
18486471--18486733	48	5.6	46	70	12	137	24	18	28	28	1.98
18488479--18488521	4	11.0	4	85	5	61	25	2	0	72	0.97
18488574--18488610	15	2.4	15	90	4	56	10	5	0	83	0.79
18490254--18490330	38	2.0	38	82	9	95	57	0	3	38	1.17
18490265--18490443	20	9.2	18	71	20	105	55	1	4	39	1.28
18490265--18490404	59	2.4	59	80	8	153	57	0	4	37	1.24
18490265--18490446	10	18.5	10	69	21	93	54	1	4	39	1.27
18490659--18490757	20	5.2	18	72	16	74	37	3	2	57	1.26
18490659--18490768	9	11.3	9	71	15	69	37	2	1	58	1.23
18490678--18490772	49	1.9	49	81	8	113	37	3	2	56	1.27
18490654--18490768	58	1.9	59	82	8	144	37	2	2	57	1.26
18490665--18490853	9	19.4	9	68	20	60	34	3	2	59	1.25
18490809--18490862	22	2.4	22	78	9	56	35	1	1	61	1.18
18491405--18491478	28	2.6	28	93	6	123	31	9	5	54	1.55
18491613--18491671	29	2.0	29	96	0	109	40	32	6	20	1.78
18505482--18505659	39	4.5	39	91	1	266	30	28	21	19	1.98
18512026--18512195	39	4.3	39	92	2	261	30	30	21	17	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18515065--18515105	22	2.0	20	85	9	55	56	7	0	36	1.27
18515475--18515562	44	2.0	44	90	0	140	37	9	3	50	1.51
18515856--18515943	44	2.0	44	90	0	140	37	9	3	50	1.51
18516772--18516840	36	1.9	36	84	0	93	23	20	20	36	1.95
18517080--18517144	32	2.0	32	100	0	130	44	15	0	40	1.46
18518211--18518341	36	3.7	35	74	9	113	32	12	15	38	1.85
18518198--18518325	54	2.4	54	84	1	150	32	14	15	37	1.87
18518211--18518329	18	6.6	17	78	7	94	32	13	15	37	1.87
18518522--18518546	6	4.2	6	100	0	50	52	16	16	16	1.76
18518463--18518592	57	2.2	58	84	2	172	40	17	21	20	1.92
18519154--18519187	12	2.8	12	83	16	52	52	5	0	41	1.25
18519459--18519483	13	1.9	13	100	0	50	64	4	0	32	1.12
18519440--18519481	16	2.8	16	79	13	54	59	4	0	35	1.19
18522249--18522381	48	2.8	48	82	0	167	29	24	18	27	1.98
18530883--18531053	93	1.8	93	92	0	288	28	29	21	21	1.98
18530875--18531044	46	3.7	45	78	10	200	29	30	20	20	1.97
18540981--18542418	729	2.0	729	96	0	2655	29	14	21	34	1.94
18543005--18543096	20	4.6	20	93	0	139	25	29	31	14	1.94
18545340--18545526	48	3.9	48	86	2	223	29	20	27	22	1.99
18545340--18545526	96	1.9	96	84	3	250	29	20	27	22	1.99
18545351--18545705	48	7.6	48	76	11	213	27	17	27	26	1.98
18545526--18545657	42	3.1	42	83	4	151	24	13	30	31	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18545575--18545742	90	1.9	90	79	2	194	27	17	27	26	1.98
18547516--18547693	46	3.8	45	78	12	157	28	16	30	24	1.97
18556190--18556373	48	3.8	48	83	0	215	26	20	28	25	1.99
18556383--18556580	42	4.6	42	72	9	130	28	17	27	26	1.98
18557854--18557891	19	2.1	19	85	14	53	15	26	42	15	1.87
18563570--18563633	12	5.8	11	78	9	51	67	1	1	29	1.09
18563572--18563631	22	2.7	22	82	5	77	68	1	1	28	1.09
18563572--18563798	20	11.4	20	71	16	134	58	2	1	37	1.21
18563702--18563798	41	2.4	40	83	8	126	58	3	0	38	1.14
18564026--18564063	10	3.9	10	79	6	51	34	0	2	63	1.09
18570403--18570521	9	12.2	10	68	19	65	63	1	1	33	1.15
18570426--18570521	27	3.3	29	81	12	101	64	1	1	33	1.07
18570481--18570520	21	2.0	21	90	5	64	67	2	0	30	1.04
18570599--18570643	21	2.1	22	91	4	74	62	0	8	28	1.25
18571066--18571273	10	21.4	9	64	22	50	35	1	3	59	1.25
18571104--18571141	12	3.1	13	85	11	53	28	2	0	68	1.03
18571120--18571196	31	2.4	32	83	10	88	41	1	5	51	1.32
18571231--18571273	22	2.0	21	86	13	61	32	0	2	65	1.06
18572122--18572179	22	2.6	22	77	0	62	62	12	10	15	1.55
18572122--18572179	11	5.3	11	80	0	53	62	12	10	15	1.55
18572163--18572203	18	2.3	18	91	0	64	65	19	7	7	1.41
18579811--18579878	21	3.2	20	70	15	57	20	17	16	45	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18579819--18579891	21	3.5	21	68	18	62	17	17	17	46	1.84
18587471--18587538	21	3.2	21	68	12	59	14	19	19	47	1.83
18591360--18591407	20	2.3	21	86	13	73	43	0	0	56	0.99
18593499--18593772	40	6.7	40	83	11	313	26	26	21	25	2.00
18593527--18593699	88	2.0	89	96	1	321	27	25	20	26	1.99
18600543--18600601	30	1.9	30	82	3	73	47	3	22	27	1.67
18600814--18600877	29	2.1	31	83	11	80	34	0	4	60	1.17
18600855--18600879	8	3.1	8	100	0	50	24	0	0	76	0.80
18604282--18604339	30	2.0	29	83	10	73	68	6	0	24	1.13
18612320--18612400	23	3.5	23	78	6	83	50	12	18	18	1.77

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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