genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.39.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13195307--13195429	63	2.0	63	91	0	201	29	30	16	23	1.96
13196643--13196768	46	2.9	44	82	9	159	23	30	22	23	1.99
13197581--13197678	47	2.1	47	92	0	160	44	13	13	28	1.81
13202437--13202470	18	1.9	18	88	5	52	11	20	47	20	1.81
13213196--13213446	53	4.7	53	91	2	353	33	19	22	24	1.97
13213196--13213446	27	9.4	27	87	2	355	33	19	22	24	1.97
13213195--13213446	80	3.1	81	87	2	357	33	19	22	24	1.97
13213770--13213824	28	2.0	28	81	0	65	29	25	18	27	1.98
13213803--13213868	33	2.0	34	84	3	89	27	24	24	24	2.00
13217630--13217821	40	4.8	40	80	6	194	24	26	22	26	2.00
13217604--13217821	79	2.7	79	80	8	221	24	26	22	27	2.00
13224544--13224659	58	2.0	58	94	0	205	21	30	17	31	1.96
13225745--13225844	39	2.5	40	90	1	148	28	30	20	22	1.98
13225783--13225905	61	2.0	60	88	1	183	26	30	20	21	1.98
13225745--13225944	100	2.0	100	95	0	355	27	29	20	23	1.98
13225844--13226027	40	4.6	39	81	4	181	26	27	21	25	1.99
13228993--13229035	12	3.6	12	81	9	52	74	0	25	0	0.82
13228997--13229030	17	1.9	18	94	5	61	70	0	29	0	0.87
13230072--13230115	6	7.2	6	84	5	61	18	20	15	45	1.85
13232199--13232382	39	4.7	39	88	3	237	29	29	21	19	1.97
13232455--13232519	28	2.3	28	86	7	96	30	26	9	33	1.88
13232455--13232536	28	2.9	28	77	10	87	30	26	10	31	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13238155--13238198	22	2.0	23	90	4	72	50	0	0	50	1.00
13238144--13238206	20	3.2	20	77	11	67	50	0	1	47	1.10
13238162--13238206	17	2.8	17	80	6	58	53	0	0	46	1.00
13239340--13239396	29	1.9	30	92	3	98	21	19	15	43	1.87
13239384--13239440	22	2.6	22	83	8	80	14	24	19	42	1.88
13241399--13241461	16	3.9	16	85	0	72	39	4	25	30	1.76
13241390--13241460	32	2.2	32	77	5	81	40	7	23	28	1.81
13241447--13241535	43	2.0	45	86	6	128	32	6	25	34	1.82
13245124--13245279	72	2.2	73	89	1	233	50	4	30	14	1.62
13248650--13248772	55	2.2	55	84	5	160	31	36	17	13	1.89
13249863--13249898	18	2.0	18	88	0	54	47	30	0	22	1.52
13250976--13251002	14	1.9	14	100	0	54	44	11	0	44	1.39
13254650--13254729	29	2.7	30	80	9	83	23	22	22	31	1.99
13254943--13254992	23	2.1	23	85	10	66	28	20	18	34	1.95
13255038--13255098	21	2.9	21	77	0	68	34	16	14	34	1.89
13255038--13255098	10	5.9	10	71	7	50	34	16	14	34	1.89
13255138--13255185	25	1.9	25	86	0	69	27	14	22	35	1.93
13274104--13274213	18	6.1	18	75	4	105	35	14	13	36	1.86
13274108--13274213	54	2.0	54	84	0	140	34	14	14	36	1.86
13276048--13276166	47	2.5	47	93	0	193	35	15	25	24	1.94
13276154--13276341	55	3.5	54	80	6	186	37	17	23	21	1.93
13276153--13276352	53	3.7	54	79	7	199	37	17	23	22	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13276154--13276363	108	1.9	109	82	1	262	39	15	23	21	1.91
13278639--13278689	24	2.1	24	82	7	59	25	9	7	56	1.58
13283714--13283944	68	3.5	64	75	11	189	31	14	29	25	1.95
13287051--13287940	40	22.3	40	97	0	1633	26	27	22	23	1.99
13287925--13288002	40	1.9	41	84	5	104	28	28	20	23	1.99
13289773--13289975	100	2.0	100	92	0	334	26	26	21	26	1.99
13290999--13291185	93	2.0	93	94	0	329	28	29	17	24	1.97
13291288--13291498	105	2.0	105	95	0	377	28	23	21	25	1.99
13293941--13294096	78	2.0	78	88	0	231	28	18	20	32	1.96
13295032--13295313	40	7.3	39	78	9	249	26	26	21	24	1.99
13295132--13295355	72	3.0	72	74	13	209	27	25	20	26	1.99
13295092--13295314	112	2.0	112	84	5	290	26	26	21	25	2.00
13295204--13295366	40	4.1	40	84	4	177	26	26	21	25	1.99
13295056--13295355	152	2.0	151	96	0	555	27	26	20	25	1.99
13295298--13295375	40	1.9	41	84	5	104	28	28	20	23	1.99
13302542--13302729	81	2.3	81	89	0	286	29	24	7	38	1.82
13302550--13302729	27	6.7	27	89	1	245	29	25	6	38	1.81
13302765--13302915	27	5.6	27	80	8	157	42	21	8	27	1.82
13302765--13302913	81	1.8	81	87	5	221	42	20	8	28	1.81
13302765--13302916	54	2.8	55	79	7	179	42	21	8	28	1.82
13302927--13302978	27	1.9	27	88	7	79	40	13	11	34	1.81
13303033--13303096	27	2.4	27	78	5	67	35	17	23	23	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13303906--13303975	25	2.8	24	89	4	95	24	25	24	25	2.00
13303906--13304002	25	4.0	23	84	8	86	26	23	23	25	2.00
13304123--13304256	42	3.2	42	96	0	250	32	14	20	32	1.93
13304280--13304425	31	4.7	31	93	0	249	29	16	25	28	1.97
13308132--13308178	23	2.0	23	100	0	94	34	12	17	36	1.87
13313212--13313256	24	1.9	23	82	13	56	53	17	2	26	1.56
13319382--13319431	26	1.9	26	84	8	66	30	8	20	42	1.80
13323071--13323229	43	3.7	43	84	9	191	24	16	25	32	1.96
13323071--13323228	85	1.8	85	86	6	230	24	17	25	32	1.96
13324689--13324806	55	2.1	55	78	9	134	22	26	30	21	1.98
13330319--13330381	27	2.3	27	94	0	108	22	41	22	14	1.89
13335129--13335156	12	2.3	12	100	0	56	10	50	17	21	1.77
13338107--13338145	12	3.2	12	88	0	60	20	46	0	33	1.51
13338764--13338874	47	2.4	47	85	0	141	31	27	14	27	1.95
13340751--13340907	43	3.7	43	76	7	122	34	24	15	26	1.95
13346368--13346476	37	2.9	37	90	0	173	27	29	19	23	1.98
13346623--13348786	48	45.0	48	96	1	3710	30	27	7	34	1.83
13349989--13350173	40	4.6	39	79	6	185	24	21	28	24	1.99
13349990--13350196	79	2.6	78	77	12	183	26	21	28	24	1.99
13357319--13357879	49	11.6	49	94	1	945	30	29	7	32	1.85
13362506--13362690	40	4.7	40	80	7	191	24	23	27	24	2.00
13362559--13362723	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13364033--13365461	48	29.7	48	95	2	2500	31	26	6	36	1.81
13369483--13369649	46	3.6	46	73	16	146	22	19	28	29	1.98
13369477--13369647	93	1.8	93	87	0	252	21	19	28	29	1.98
13369876--13369913	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
13370968--13371110	42	3.3	43	78	6	148	33	23	15	27	1.95
13374099--13374288	56	3.4	56	93	0	308	33	25	14	26	1.94
13374113--13374201	27	3.2	27	63	27	69	37	25	12	24	1.91
13374234--13374418	43	4.3	43	80	0	217	31	24	15	28	1.95
13377748--13377816	34	2.0	34	94	0	120	24	18	24	31	1.98
13383817--13383898	41	2.0	41	90	0	128	35	15	19	29	1.93
13384707--13384779	21	3.5	21	92	0	110	21	27	26	24	2.00
13387025--13387178	28	5.5	28	94	1	247	27	12	27	33	1.92
13387415--13387512	28	3.5	28	95	1	171	26	12	28	32	1.92
13387415--13387525	28	4.0	27	90	3	134	28	11	26	33	1.91
13387081--13387741	334	2.0	334	99	0	1313	28	11	25	34	1.91
13395324--13395449	55	2.2	56	88	2	182	26	12	28	32	1.93
13395324--13395449	28	4.5	28	90	2	182	26	12	28	32	1.93
13395352--13395462	28	4.0	27	90	3	116	28	11	26	33	1.91
13406006--13406048	13	3.5	13	75	18	56	32	37	25	4	1.77
13406006--13406050	23	2.0	23	100	0	90	31	40	24	4	1.75
13408111--13408220	50	2.2	50	83	3	132	29	28	14	28	1.95
13408222--13408358	52	2.7	52	84	5	174	34	27	13	24	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13409508--13409548	20	2.0	20	100	0	82	43	19	0	36	1.51
13409698--13409812	47	2.4	47	80	4	113	39	20	18	22	1.93
13409673--13409822	24	6.2	24	73	7	110	36	19	20	24	1.95
13410299--13410374	37	2.1	37	92	0	125	21	22	14	42	1.89
13416287--13416790	85	5.9	85	99	0	983	29	26	16	27	1.96
13416711--13416839	48	2.7	48	86	1	188	30	25	15	28	1.96
13416626--13416871	133	1.9	131	87	4	359	30	26	15	28	1.96
13418570--13418613	22	2.0	22	100	0	88	27	36	9	27	1.87
13418839--13418939	51	2.0	50	92	0	157	31	21	13	31	1.92
13419663--13419704	15	2.8	15	85	0	57	52	14	19	14	1.75

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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