genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.18.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5723626--5723681	27	2.1	27	100	0	112	44	14	23	17	1.85
5727205--5727230	13	2.0	13	100	0	52	7	15	38	38	1.76
5729712--5729766	20	2.8	20	86	2	76	34	27	14	23	1.94
5734076--5734139	20	3.2	20	93	2	103	26	29	17	26	1.97
5736605--5736647	3	14.3	3	95	0	77	65	0	2	32	1.06
5754126--5754178	25	2.1	26	92	3	90	69	7	5	16	1.31
5758609--5758655	24	2.0	24	86	0	67	34	2	40	23	1.67
5760072--5760149	27	2.9	28	81	14	108	16	24	20	38	1.93
5766446--5766492	24	2.0	24	86	0	67	34	2	40	23	1.67
5767911--5768023	27	4.2	27	81	11	124	15	23	23	37	1.93
5767911--5768023	54	2.1	54	85	3	147	15	23	23	37	1.93
5770636--5770892	27	9.6	27	72	11	120	40	22	8	28	1.84
5770661--5770892	80	2.9	80	85	4	297	40	22	9	27	1.84
5770661--5770975	107	2.9	106	77	7	262	40	21	9	28	1.85
5770904--5770956	27	2.0	27	92	0	88	37	13	15	33	1.86
5771399--5771461	22	2.9	22	76	9	65	19	26	22	31	1.97
5776485--5776651	67	2.5	66	81	7	169	31	16	29	22	1.96
5785560--5785590	11	2.8	11	95	0	53	32	25	6	35	1.82
5791381--5791686	46	6.7	46	88	3	354	40	14	23	21	1.89
5791392--5791686	92	3.2	92	90	0	430	40	14	24	21	1.90
5797584--5797808	40	5.6	40	85	0	288	37	24	16	22	1.93
5797584--5797805	120	1.9	120	89	1	347	37	24	15	22	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5799116--5799215	40	2.6	38	84	6	121	50	9	2	39	1.46
5807802--5807857	19	3.0	18	79	7	58	73	3	16	7	1.20
5809547--5810031	40	12.1	40	82	5	579	22	20	27	29	1.98
5809535--5810022	80	6.1	80	95	1	831	22	20	27	29	1.98
5816071--5816128	23	2.3	26	80	17	86	18	15	17	48	1.82
5816078--5816136	23	2.6	23	94	0	100	18	16	18	45	1.85
5819762--5819819	29	2.0	29	100	0	116	34	6	27	31	1.83
5835557--5835630	26	2.8	26	87	0	94	37	21	18	21	1.94
5835639--5835770	40	3.3	40	90	0	219	37	23	23	15	1.92
5835629--5835777	60	2.5	60	88	1	208	38	21	21	18	1.93
5835639--5835770	20	6.6	20	87	0	192	37	23	23	15	1.92
5839628--5839720	34	2.7	34	80	3	107	25	22	21	30	1.99
5840143--5840273	27	4.9	27	79	3	156	19	18	21	41	1.91
5840143--5840273	54	2.4	54	90	0	199	19	18	21	41	1.91
5840251--5840379	27	4.7	27	79	2	116	34	11	17	35	1.87
5840251--5840379	54	2.4	55	81	3	145	34	11	17	35	1.87
5840483--5840523	18	2.3	18	83	8	57	24	41	24	9	1.85
5845446--5845617	43	4.0	43	72	15	124	33	25	17	23	1.96
5845446--5845567	43	2.8	44	79	9	128	33	26	16	23	1.96
5849632--5849671	13	2.8	14	85	14	55	27	2	0	70	1.01
5855697--5855822	27	4.6	27	81	6	139	26	17	28	27	1.98
5856954--5857068	58	2.0	59	98	1	223	46	16	13	23	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5859328--5859414	44	2.0	44	95	0	156	27	20	28	22	1.99
5860343--5860453	52	2.1	53	95	3	199	24	11	27	36	1.90
5862649--5862826	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
5862650--5862805	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
5862646--5862826	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
5868006--5868044	20	2.0	20	94	0	69	30	5	7	56	1.49
5870426--5870482	11	5.5	10	76	15	62	78	0	17	3	0.88
5870426--5870482	5	11.0	5	81	10	62	78	0	17	3	0.88
5870419--5870475	25	2.2	27	85	14	77	78	1	15	3	0.96
5870551--5870575	12	2.1	12	100	0	50	76	0	16	8	1.02
5870542--5870595	18	3.0	18	80	0	63	66	1	18	12	1.33
5875165--5875221	11	5.5	10	76	15	62	78	0	17	3	0.88
5875165--5875221	5	11.0	5	81	10	62	78	0	17	3	0.88
5875158--5875214	25	2.2	27	85	14	77	78	1	15	3	0.96
5875290--5875314	12	2.1	12	100	0	50	76	0	16	8	1.02
5875281--5875334	18	3.0	18	80	0	63	66	1	18	12	1.33
5875290--5875371	30	2.7	30	75	0	83	63	1	23	12	1.35
5885486--5885524	20	2.0	20	89	0	60	38	12	28	20	1.89
5886182--5886274	38	2.4	38	92	1	150	26	7	15	50	1.70
5887932--5888001	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
5887932--5888029	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
5894206--5894289	6	13.7	6	75	14	73	48	13	19	19	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5894193--5894280	25	3.6	25	84	4	99	47	13	20	18	1.82
5894206--5894311	31	3.4	31	71	17	103	48	13	19	18	1.81
5894235--5894311	37	2.1	37	87	0	109	48	14	19	18	1.82
5894206--5894339	62	2.2	62	91	2	216	48	13	18	19	1.81
5894446--5894547	27	3.8	26	83	5	114	38	21	20	19	1.94
5895115--5895201	27	3.2	27	86	0	102	27	20	16	35	1.94
5895186--5895289	27	3.9	27	70	5	93	31	7	23	37	1.83
5900723--5900785	32	2.0	31	96	0	108	26	28	19	23	1.97
5902661--5902832	67	2.6	66	81	7	170	31	16	29	22	1.96
5902685--5902868	67	2.8	64	78	8	203	28	16	30	23	1.96
5916310--5916413	23	4.5	24	74	16	69	25	23	16	35	1.95
5916275--5916397	23	5.2	23	75	12	99	25	23	17	33	1.97
5916334--5916409	23	3.4	21	82	14	82	25	25	18	31	1.97
5923894--5923955	32	1.9	32	90	0	97	35	16	12	35	1.87
5924330--5924405	38	2.0	39	89	2	118	32	11	10	44	1.75
5924724--5924811	28	3.1	28	85	6	108	27	37	12	22	1.90
5957739--5957770	10	3.2	10	100	0	64	43	9	0	46	1.35
5974866--5974996	42	3.0	43	80	3	156	25	16	22	35	1.95
5981058--5981209	42	3.6	42	82	3	180	31	17	23	26	1.97
5989370--5989412	21	2.0	21	86	0	59	13	16	11	58	1.64
5990795--5990972	48	3.7	48	89	0	248	19	16	26	37	1.93
6003511--6003628	40	2.9	39	92	2	182	31	29	16	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6017603--6017694	46	2.0	46	97	0	175	38	21	14	26	1.91
6017728--6018596	49	17.7	49	98	0	1605	30	29	16	23	1.96
6019250--6019309	30	2.0	30	83	6	77	30	25	8	36	1.85
6021355--6021393	15	2.5	15	87	4	51	53	15	15	15	1.73
6021728--6021829	51	2.0	51	100	0	204	27	27	1	43	1.66
6021736--6021816	24	3.2	24	64	16	65	27	24	2	45	1.66
6023080--6023157	39	2.0	39	100	0	156	38	17	12	30	1.88
6024201--6024451	51	5.0	50	84	3	310	30	26	18	25	1.98
6024212--6024450	100	2.4	100	93	0	397	30	25	18	25	1.98
6026073--6026103	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
6026070--6026109	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
6026295--6026548	55	4.8	54	77	12	226	21	25	16	36	1.94
6028035--6028098	30	2.1	30	94	5	112	37	15	3	43	1.63
6029192--6029237	20	2.3	20	88	0	65	21	6	10	60	1.52
6029200--6029243	20	2.2	20	91	0	70	20	4	9	65	1.38
6032597--6032627	15	2.1	15	93	0	53	19	0	25	54	1.44
6036538--6036637	40	2.5	40	81	9	109	25	26	23	26	2.00
6044748--6044847	40	2.5	40	81	9	109	26	26	23	25	2.00
6062650--6063486	52	16.1	52	99	0	1638	31	5	20	42	1.76
6063541--6063758	45	5.0	42	76	7	152	23	16	26	32	1.96
6063544--6063668	45	2.8	45	87	0	169	23	16	25	34	1.95
6065689--6065836	43	3.5	42	72	11	122	28	24	19	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6072912--6073059	43	3.5	42	72	11	122	29	24	19	27	1.99
6090627--6090693	33	2.0	33	97	0	125	22	22	17	37	1.94
6094963--6095006	22	2.0	22	100	0	88	31	13	27	27	1.94
6095588--6095690	29	3.6	29	85	5	129	24	16	33	26	1.96
6109661--6109781	29	4.2	29	91	2	172	23	16	34	24	1.95
6112341--6112386	17	2.8	16	80	6	56	21	6	34	36	1.80
6114017--6114063	20	2.2	22	88	7	71	46	10	0	42	1.38
6119750--6119807	28	2.1	28	86	0	80	29	13	32	24	1.94
6121823--6121864	21	2.0	20	82	13	50	7	28	4	59	1.44
6129521--6129599	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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