Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   

This is table  44  of  290  ( 34714 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
14823032--14823084
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2.0
23
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20
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22
1.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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0
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20
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2.0
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6
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11
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3.3
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2.0
204
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34
1.84
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
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Entropy
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206
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1.96
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19
16
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1.92
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
14977046--14977147
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51
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0
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0
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1.57
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3.8
46
79
14
209
20
20
29
29
1.98
14997549--14997720
93
1.8
93
95
2
310
20
20
29
28
1.98
15011853--15011888
6
6.3
6
90
9
58
16
0
0
83
0.65
15011853--15011888
11
3.2
11
92
7
63
16
0
0
83
0.65
15014949--15014979
15
2.1
15
93
0
53
32
19
12
35
1.90
15020759--15020812
27
2.0
27
100
0
108
44
7
14
33
1.73
15029576--15029608
9
3.7
9
91
0
57
33
30
0
36
1.58
15032794--15032828
16
2.1
17
89
5
54
54
14
14
17
1.72
15037914--15038096
96
1.9
96
95
0
330
43
20
18
18
1.89
15038471--15038534
32
2.0
32
96
0
119
28
15
7
48
1.73
15039460--15039489
10
2.8
11
90
10
53
16
0
0
83
0.65
15041205--15041254
7
7.6
7
82
13
54
14
0
2
84
0.72
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
15041205--15041253
6
7.7
6
88
6
62
14
0
2
83
0.73
15044210--15044362
67
2.3
67
85
3
191
32
7
19
39
1.81
15044418--15044493
39
1.9
39
86
0
107
23
5
25
46
1.73
15044425--15044514
39
2.3
39
82
0
99
25
4
24
45
1.72
15046751--15046854
51
2.1
50
81
1
118
23
20
29
26
1.98
15047750--15047826
32
2.4
32
82
4
84
23
27
35
14
1.93
15053813--15054030
43
5.1
43
81
4
260
26
16
27
29
1.97
15054309--15054353
23
1.9
24
86
13
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40
0
17
42
1.50
15057579--15057625
25
2.0
24
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8
60
2
27
0
70
0.99
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27
2.1
27
93
0
94
42
7
10
39
1.67
15066596--15066620
12
2.1
12
100
0
50
84
0
0
16
0.63
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20
2.0
19
95
5
69
15
2
0
82
0.79
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29
2.1
30
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3
90
51
4
6
37
1.49
15074013--15074073
24
2.5
23
82
12
70
54
3
13
29
1.55
15074209--15074300
21
4.2
21
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16
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57
3
5
33
1.38
15074239--15074325
45
1.9
44
88
9
131
62
2
2
33
1.21
15074257--15074327
10
6.8
10
72
15
54
63
1
1
33
1.12
15074422--15074722
3
99.7
3
66
20
64
59
3
5
30
1.38
15074526--15074557
17
1.9
16
93
6
55
53
12
0
34
1.39
15074640--15074720
41
2.0
41
87
2
117
65
2
6
25
1.29
15075151--15075191
11
3.9
11
75
12
50
65
0
34
0
0.93
15079593--15079626
3
11.3
3
93
0
59
64
0
2
32
1.08
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
15079728--15079765
11
3.5
11
80
20
53
63
0
7
28
1.23
15079726--15079767
21
2.0
21
100
0
84
61
0
9
28
1.27
15079853--15079975
4
30.8
4
68
9
63
65
3
10
20
1.37
15079853--15079987
53
2.7
47
71
17
110
65
2
10
20
1.36
15086959--15086999
15
2.7
14
85
14
55
24
0
2
73
0.96
15090440--15090481
21
2.0
22
85
4
59
47
11
0
40
1.40
15101054--15101095
17
2.5
16
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11
57
0
26
0
73
0.83
15101979--15102141
6
26.8
6
73
16
131
47
14
17
20
1.82
15101979--15102112
24
5.8
24
81
11
172
47
14
17
20
1.82
15101984--15102110
67
1.9
67
100
0
254
47
14
18
20
1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290