genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.176.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60301836--60301865	15	2.1	15	93	6	53	86	0	0	13	0.57
60306087--60306376	146	2.0	146	88	5	435	25	12	26	35	1.91
60312968--60313036	12	5.6	12	80	13	77	81	2	8	7	0.97
60312978--60313036	19	3.2	18	81	15	75	83	1	8	6	0.89
60314625--60314658	3	11.3	3	100	0	68	67	0	0	32	0.91
60317630--60317814	40	4.7	40	82	6	171	26	27	21	24	1.99
60317658--60317810	79	1.9	80	85	6	213	26	27	20	25	1.99
60325777--60325959	79	2.3	80	83	7	221	25	27	22	24	2.00
60325756--60325959	40	5.1	40	81	8	229	25	27	22	24	1.99
60334696--60334757	13	4.6	13	75	15	63	29	1	9	59	1.38
60334701--60334757	29	2.0	29	92	0	96	28	1	8	61	1.36
60345194--60345483	146	2.0	146	88	5	435	25	12	26	35	1.91
60352075--60352143	12	5.6	12	80	13	77	81	2	8	7	0.97
60352085--60352143	19	3.2	18	81	15	75	83	1	8	6	0.89
60353732--60353765	3	11.3	3	100	0	68	67	0	0	32	0.91
60356737--60356921	40	4.7	40	82	6	171	26	27	21	24	1.99
60356765--60356917	79	1.9	80	85	6	213	26	27	20	25	1.99
60357707--60357939	116	2.0	116	96	0	430	35	15	18	30	1.92
60360031--60360317	149	1.9	149	93	0	493	31	10	16	42	1.81
60371208--60371265	30	2.0	29	96	0	98	41	10	29	17	1.82
60377685--60378023	59	5.8	59	85	3	438	44	5	4	45	1.45
60377685--60378023	117	2.9	117	91	2	524	44	5	4	45	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60377685--60378061	176	2.2	173	84	4	485	44	5	4	45	1.49
60383827--60383960	66	2.0	65	85	5	180	42	20	25	11	1.85
60384235--60384341	43	2.5	43	82	0	115	36	20	17	25	1.94
60384758--60384831	24	3.0	25	76	7	71	45	0	9	44	1.36
60384910--60384957	20	2.4	20	75	0	51	41	8	18	31	1.80
60385127--60385184	21	2.6	21	76	15	55	31	1	12	55	1.47
60389991--60390108	45	2.6	45	86	0	155	44	18	19	17	1.88
60391537--60391708	40	4.3	40	88	2	204	26	27	20	25	1.99
60391539--60391761	40	5.6	39	82	5	198	26	26	21	26	1.99
60391693--60391770	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
60396820--60396885	20	3.3	20	77	8	80	13	33	16	36	1.88
60398556--60398721	40	4.2	40	82	8	144	27	27	19	24	1.99
60398591--60398776	80	2.3	80	83	9	220	28	27	20	23	1.99
60398593--60398721	40	3.2	40	88	2	197	28	27	19	24	1.98
60398596--60398776	40	4.5	40	81	7	154	27	27	20	23	1.99
60406557--60406899	40	8.6	40	90	2	451	27	28	20	24	1.99
60428008--60428843	26	32.2	26	100	0	1672	30	7	26	34	1.85
60433641--60433686	21	2.0	23	84	12	60	58	2	30	8	1.40
60436330--60436486	43	3.7	43	79	6	149	26	15	24	32	1.96
60436330--60436488	86	1.9	85	82	6	205	26	15	25	32	1.96
60437197--60437230	13	2.8	12	82	8	50	14	0	38	47	1.45
60451547--60451620	29	2.6	29	86	4	96	25	31	16	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60453878--60453914	6	5.8	6	87	12	56	81	5	0	13	0.86
60453881--60453914	13	2.6	13	100	0	68	79	5	0	14	0.91
60472379--60473369	40	24.8	40	98	0	1865	22	27	20	29	1.98
60478029--60478545	257	2.0	256	99	0	1016	32	18	18	30	1.95
60479956--60480070	46	2.5	44	84	6	133	26	14	29	28	1.95
60487204--60487417	46	4.6	45	74	15	170	26	18	30	24	1.98
60488508--60488548	22	1.9	22	95	5	75	9	41	29	19	1.83
60492221--60492313	37	2.5	37	84	3	107	41	21	13	22	1.88
60494027--60494398	49	7.8	49	88	6	566	27	28	8	34	1.86
60494027--60494400	96	3.9	96	91	3	576	27	28	8	34	1.87
60494027--60494398	145	2.6	144	90	4	574	27	28	8	34	1.86
60497954--60498082	40	3.2	40	87	3	181	27	27	21	23	1.99
60498103--60498267	83	2.0	83	97	0	312	36	23	9	30	1.86
60502712--60502875	83	2.0	83	91	0	265	25	26	15	32	1.96
60512521--60512561	20	2.0	21	85	4	57	60	7	2	29	1.36
60513338--60513377	20	2.0	20	85	9	55	30	2	2	65	1.19
60518087--60518147	19	3.3	19	78	15	65	54	1	3	40	1.27
60527819--60527915	51	1.9	50	95	0	167	34	12	18	34	1.88
60558612--60558661	25	1.9	26	88	8	75	24	8	4	64	1.38
60558636--60558718	19	4.6	18	71	24	59	28	6	1	63	1.25
60558623--60558699	33	2.3	33	77	14	95	27	3	2	66	1.22
60558673--60558724	23	2.3	21	81	18	61	28	5	0	65	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60559091--60559169	23	3.3	22	67	23	61	30	12	16	40	1.86
60559077--60559174	49	2.0	49	97	0	187	31	10	19	38	1.85
60559083--60559161	26	3.2	26	63	23	69	30	10	20	39	1.85
60560267--60560334	31	2.2	32	82	10	88	50	20	8	20	1.75
60560369--60560409	21	2.0	21	90	0	64	24	19	29	26	1.98
60560490--60560661	92	1.8	95	82	5	224	43	9	18	28	1.81
60562148--60562195	23	2.1	23	100	0	96	43	12	16	27	1.84
60563674--60563722	23	2.2	21	85	7	62	26	0	2	71	0.97
60568610--60568985	106	3.5	106	99	0	734	32	18	16	32	1.93
60568568--60568985	212	2.0	205	93	5	723	32	18	16	32	1.93
60571976--60572021	21	2.2	21	84	7	58	45	2	2	50	1.26
60571989--60572033	21	2.1	21	88	8	65	40	2	0	57	1.11
60573582--60573658	39	2.0	39	84	5	102	35	18	7	38	1.79
60573584--60573660	13	5.9	13	75	6	66	35	19	7	37	1.81
60576400--60576445	23	2.0	23	95	0	83	39	6	13	41	1.70
60577005--60577067	30	2.1	30	93	0	108	44	9	6	39	1.62
60577010--60577062	15	3.5	15	72	10	54	43	9	7	39	1.65
60577254--60577311	28	2.1	28	83	6	73	37	18	0	43	1.51
60579547--60579644	42	2.3	42	82	5	126	29	16	20	33	1.94
60579547--60579664	43	2.8	42	79	2	128	27	16	22	33	1.95
60586022--60586175	43	3.6	43	71	19	124	26	17	24	31	1.97
60588409--60588538	47	2.7	45	78	15	129	32	3	2	62	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60588504--60588544	17	2.5	17	88	7	59	24	0	0	75	0.80
60588411--60588546	9	14.6	9	68	16	73	31	2	2	63	1.21
60594556--60594595	19	2.1	19	100	0	80	40	10	15	35	1.80
60597106--60597134	8	3.6	8	100	0	58	37	0	0	62	0.96
60597157--60597193	5	7.4	5	100	0	74	40	0	0	59	0.97
60597968--60598024	15	3.9	15	90	2	89	38	0	10	50	1.37
60598402--60598461	21	2.8	21	87	5	75	13	26	28	31	1.94
60598391--60598473	21	3.9	21	77	3	67	14	22	26	36	1.93
60603672--60603699	13	2.2	13	100	0	56	32	14	14	39	1.86
60609334--60609387	27	2.0	27	82	7	65	29	18	18	33	1.95
60609460--60609541	27	3.1	27	77	11	89	24	21	17	36	1.94
60609555--60609613	26	2.3	26	87	0	82	11	20	22	45	1.83
60609565--60609614	26	1.9	26	95	0	91	14	20	24	42	1.88
60613218--60613324	43	2.5	43	87	3	171	21	27	22	28	1.99
60618797--60619034	56	4.2	56	90	1	352	28	13	23	35	1.92
60620081--60620113	13	2.4	14	90	5	50	24	0	12	63	1.28
60626512--60626593	30	2.6	30	78	5	92	30	12	21	35	1.90
60628212--60628379	43	4.0	41	78	9	160	28	13	23	34	1.93
60635628--60635821	96	2.0	96	95	0	352	31	20	22	26	1.98
60643553--60643665	40	2.8	40	91	0	190	22	22	28	27	1.99
60645875--60645921	23	2.0	23	95	0	85	36	10	17	36	1.84
60647070--60647107	18	2.2	18	95	4	69	34	31	0	34	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60648062--60648145	44	1.9	44	92	0	141	34	29	17	17	1.94
60660596--60660748	51	3.0	51	94	0	261	33	26	9	29	1.89
60661987--60662022	16	2.2	16	90	9	56	33	0	25	41	1.55
60667866--60667918	21	2.5	21	78	0	61	26	5	35	32	1.80
60678899--60678949	24	2.1	24	85	7	68	31	9	27	31	1.89
60687135--60687185	24	2.1	24	85	7	68	31	9	27	31	1.89
60690669--60690792	62	2.0	62	95	0	221	33	16	26	23	1.95
60692169--60692207	20	2.0	20	84	0	51	38	5	2	53	1.37
60698407--60698431	7	3.6	7	100	0	50	0	28	0	72	0.86
60699258--60699354	27	3.6	27	75	8	90	38	18	19	23	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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