genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1408228--1408254	6	4.5	6	100	0	54	85	0	0	14	0.61
1408310--1408350	18	2.3	18	82	0	55	29	4	17	48	1.67
1408274--1408341	27	2.5	27	79	9	75	29	7	19	44	1.77
1412307--1412457	28	5.4	28	91	1	214	33	28	12	25	1.92
1416655--1416706	27	2.0	26	88	3	77	32	19	26	21	1.97
1424045--1424108	33	2.0	32	84	3	83	37	20	21	20	1.94
1424124--1424175	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
1429621--1429663	19	2.3	19	100	0	86	44	4	16	34	1.68
1430343--1430388	11	4.5	11	78	13	53	32	19	13	34	1.90
1433907--1434021	40	2.9	39	82	1	140	36	16	26	20	1.93
1438415--1438544	50	2.6	49	88	1	179	30	28	16	23	1.97
1439514--1439546	11	3.0	11	100	0	66	63	0	0	36	0.95
1440227--1440280	15	3.7	15	75	20	51	59	18	14	7	1.58
1443281--1443476	50	3.9	49	79	3	212	29	26	17	26	1.98
1443337--1443418	26	3.2	26	64	19	73	34	28	12	25	1.92
1443294--1443477	101	1.8	99	85	2	260	29	26	17	26	1.97
1448527--1448565	20	2.0	20	85	5	53	58	5	7	28	1.47
1448840--1448880	19	2.2	18	91	4	64	56	4	2	36	1.34
1449252--1449316	21	2.9	22	81	9	78	58	3	0	38	1.14
1449373--1449414	15	2.6	16	77	11	50	64	2	9	23	1.35
1451051--1451345	86	3.4	85	80	7	258	37	19	14	28	1.92
1451280--1451441	75	2.2	75	92	5	274	32	20	16	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1451352--1451618	89	3.0	86	82	9	315	37	19	15	27	1.92
1451557--1451783	73	3.1	73	89	4	327	33	21	18	26	1.97
1452671--1453074	27	15.0	27	83	6	471	27	23	9	39	1.85
1452672--1453074	81	5.0	82	85	3	530	27	23	9	39	1.85
1453084--1453278	27	7.2	27	84	2	248	36	17	18	26	1.94
1453084--1453279	54	3.6	54	86	2	277	36	18	18	26	1.94
1453478--1453560	27	3.1	26	84	5	85	20	21	20	37	1.95
1453648--1453706	22	2.7	22	81	0	64	20	25	22	32	1.98
1453871--1453944	27	2.8	27	85	6	89	17	24	21	36	1.95
1454062--1454163	6	16.8	6	76	17	95	18	17	14	49	1.80
1454062--1454163	30	3.4	30	89	6	152	18	17	14	49	1.80
1462964--1463330	43	8.5	43	84	2	466	31	23	18	27	1.97
1462971--1463331	87	4.2	87	96	1	647	32	23	18	26	1.97
1464211--1464248	19	2.1	18	85	9	51	52	0	7	39	1.31
1464367--1464468	41	2.5	41	86	0	141	30	22	23	23	1.99
1464370--1464482	41	2.8	40	83	4	136	31	23	22	22	1.98
1464455--1464685	41	5.6	41	93	0	390	22	21	31	25	1.98
1464990--1465038	18	2.8	18	84	9	66	44	4	2	48	1.33
1465461--1465492	15	2.1	15	94	0	55	59	0	9	31	1.29
1465464--1465531	24	2.8	23	78	10	73	55	0	4	39	1.20
1476557--1476634	31	2.5	31	76	2	75	17	3	17	60	1.51
1476709--1476926	43	5.1	43	89	5	327	23	33	17	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1476714--1476926	83	2.5	85	90	5	342	23	32	17	25	1.97
1478695--1478723	8	3.6	8	100	0	58	0	13	24	62	1.32
1483929--1484019	40	2.3	40	98	0	173	28	28	17	25	1.98
1490642--1491229	294	2.0	294	98	0	1149	33	21	9	35	1.86
1491808--1492031	40	5.6	40	86	3	317	26	26	21	25	2.00
1499938--1500164	40	5.7	40	86	3	325	26	25	21	25	2.00
1499903--1500158	80	3.2	80	87	4	333	26	26	21	26	1.99
1502919--1503176	40	6.5	40	90	2	360	23	24	27	24	2.00
1505439--1505826	27	14.4	27	80	3	352	37	20	11	30	1.87
1505751--1505871	27	4.5	27	79	6	102	37	19	16	26	1.93
1506328--1506352	11	2.3	11	100	0	50	28	0	20	52	1.47
1513511--1513575	33	2.0	33	100	0	130	29	12	24	33	1.92
1519169--1519287	28	4.3	28	86	1	159	21	15	34	29	1.93
1521027--1521122	29	3.4	28	82	4	111	30	28	14	27	1.95
1526925--1526963	20	1.9	21	84	5	53	33	10	23	33	1.88
1527466--1527567	28	3.6	28	90	0	159	23	14	35	26	1.94
1527466--1527585	28	4.2	28	87	3	98	25	15	34	25	1.94
1529772--1529920	74	2.0	75	96	1	273	40	19	7	32	1.79
1537835--1537943	43	2.5	43	83	4	130	28	16	24	30	1.97
1539823--1539928	48	2.2	48	93	0	176	33	27	5	33	1.80
1554116--1554174	30	2.0	30	86	0	82	32	11	25	30	1.92
1554515--1554688	47	3.7	46	78	12	169	28	20	29	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1554510--1554687	94	1.9	94	86	0	257	28	19	30	21	1.98
1566225--1566587	178	2.0	178	94	0	627	32	17	19	31	1.95
1570072--1570262	27	7.1	27	85	1	222	30	23	7	38	1.83
1570075--1570233	81	2.0	81	89	0	246	31	20	8	39	1.82
1570273--1570422	27	5.6	27	81	7	92	41	19	10	28	1.85
1570268--1570423	54	2.9	54	83	3	181	39	19	11	29	1.87
1570301--1570424	27	4.6	26	86	6	158	41	21	8	28	1.83
1570301--1570440	27	5.2	26	80	5	136	41	20	8	29	1.82
1570301--1570450	81	1.9	81	83	5	196	42	20	8	28	1.82
1570301--1570452	54	2.8	53	82	4	171	41	21	8	28	1.82
1570407--1570514	27	3.9	27	72	11	76	41	16	8	33	1.78
1571707--1571790	31	2.7	31	90	1	134	28	16	26	28	1.97
1574065--1574243	27	6.6	27	90	1	252	30	24	7	37	1.84
1574254--1574374	53	2.3	54	82	7	140	42	18	10	28	1.84
1574282--1574379	27	3.7	26	86	6	133	41	20	8	29	1.81
1574414--1574469	27	2.1	26	84	15	71	39	10	12	37	1.78
1575397--1575466	25	2.8	24	82	4	77	25	27	22	24	2.00
1575614--1575747	42	3.2	42	95	0	241	32	14	19	34	1.91
1575770--1575883	31	3.7	31	94	3	196	28	17	26	27	1.98
1575770--1575883	61	1.9	60	94	1	201	28	17	26	27	1.98
1576752--1576978	49	4.6	49	83	3	292	29	26	18	25	1.98
1576796--1576880	28	3.3	27	66	25	74	29	29	17	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1576752--1576976	101	2.3	98	85	2	288	29	27	18	24	1.98
1578777--1578803	12	2.2	12	100	0	54	51	7	0	40	1.30
1579248--1579345	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
1579276--1579358	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
1586624--1586953	50	6.5	50	81	2	365	24	19	26	30	1.98
1586666--1586903	101	2.4	101	100	0	476	23	21	26	28	1.99
1586671--1586961	151	1.9	152	87	2	424	24	21	25	28	1.99
1592031--1592206	46	3.8	45	76	12	178	21	20	28	29	1.98
1592028--1592199	93	1.8	93	91	0	281	21	20	29	28	1.98
1597363--1597447	27	3.2	27	85	5	84	32	21	22	23	1.98
1605142--1605252	27	4.1	27	86	5	127	37	20	20	20	1.94
1611049--1611150	27	3.8	27	73	7	73	21	19	20	38	1.94
1617541--1617653	56	2.0	56	94	1	201	31	15	20	32	1.93
1622283--1622334	23	2.2	23	93	3	86	9	26	9	53	1.64
1623562--1623703	27	5.3	27	88	2	180	22	21	19	35	1.96
1628841--1629100	27	9.6	27	86	0	331	39	21	8	30	1.83
1628841--1629101	54	4.8	54	88	1	380	39	21	8	31	1.83
1628841--1629161	81	4.0	81	79	5	292	38	20	9	31	1.84
1628841--1629155	27	11.6	28	79	8	190	39	21	8	30	1.84
1628841--1629172	54	6.1	54	83	3	364	39	21	9	30	1.84
1629137--1629197	27	2.3	27	82	0	77	37	19	8	34	1.82
1629193--1629468	27	10.3	27	89	0	401	34	19	21	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1629895--1629959	22	3.0	22	77	8	69	20	21	23	35	1.96
1630685--1630718	18	1.9	17	88	5	50	52	11	11	23	1.70
1630706--1630822	6	19.3	6	72	11	96	48	14	17	19	1.81
1630727--1630819	24	3.8	24	85	4	116	47	15	18	19	1.83
1630754--1630822	30	2.3	30	94	0	120	49	14	14	21	1.79
1630940--1631019	26	3.0	26	83	3	88	37	22	22	17	1.94
1631163--1631221	22	2.7	22	81	0	64	33	20	25	20	1.97
1631329--1631411	27	3.1	26	87	5	112	34	21	24	19	1.96
1631638--1631877	27	8.9	27	83	3	270	25	21	17	35	1.95
1631889--1632331	27	16.4	27	82	0	517	40	10	20	27	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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