genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.61.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   

This is table  61  of  290  ( 34714 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20107453--20107552	7	14.9	7	75	16	70	12	51	2	35	1.51
20107453--20107552	13	7.5	13	76	17	80	12	51	2	35	1.51
20107501--20107552	6	8.2	6	93	4	68	13	46	1	38	1.54
20109478--20109512	16	2.2	16	89	0	52	62	2	0	34	1.10
20120433--20120650	108	2.0	108	98	0	418	22	19	18	39	1.92
20121477--20121505	7	4.3	7	91	8	51	65	0	0	34	0.93
20121477--20121502	13	2.0	13	100	0	52	69	0	0	30	0.89
20121501--20121525	13	1.9	13	100	0	50	56	0	8	36	1.29
20122726--20122901	46	3.8	46	82	12	218	26	19	31	22	1.98
20124759--20124935	53	3.3	53	81	9	214	32	16	22	28	1.96
20134123--20134500	206	1.8	206	97	0	711	38	11	7	42	1.69
20134369--20134628	129	2.0	129	96	0	475	34	8	9	48	1.65
20136848--20136960	39	2.9	39	93	0	181	24	28	30	16	1.97
20136926--20137136	54	3.9	54	86	0	242	25	24	29	20	1.99
20141759--20141897	56	2.6	54	83	3	181	33	21	19	25	1.97
20143914--20143956	17	2.6	17	85	3	61	25	4	4	65	1.32
20144178--20144240	21	3.0	21	71	17	58	30	3	6	60	1.37
20146415--20146533	55	2.1	57	83	6	154	23	31	23	21	1.99
20147298--20147515	49	4.6	47	79	5	190	23	27	21	27	1.99
20147298--20147606	47	6.5	47	76	9	236	22	26	21	29	1.99
20147296--20147663	141	2.6	140	78	9	338	21	27	21	29	1.99
20147296--20147660	93	3.9	92	77	9	335	21	27	21	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20148871--20148938	34	2.0	35	82	2	84	44	29	10	16	1.80
20150183--20150235	24	2.2	25	83	6	74	43	0	28	28	1.55
20153768--20153865	23	4.3	23	90	2	162	31	26	21	20	1.98
20153775--20153863	45	2.0	45	95	0	160	31	26	22	19	1.97
20156699--20156736	15	2.4	16	86	8	51	28	5	7	57	1.49
20156820--20156876	28	2.1	28	86	3	80	61	1	0	36	1.07
20164673--20164698	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
20165722--20165764	15	2.9	15	86	3	52	34	0	0	65	0.93
20167009--20167038	15	2.1	15	93	6	53	76	0	3	20	0.92
20168450--20168501	21	2.6	19	70	8	50	36	1	3	57	1.28
20168886--20168914	13	2.2	13	100	0	58	6	13	0	79	0.93
20169045--20169078	6	5.5	6	96	3	59	32	0	0	67	0.91
20171683--20171910	42	5.3	43	87	6	293	31	20	22	25	1.98
20171683--20171954	85	3.2	85	83	4	298	30	20	22	26	1.98
20171791--20171971	42	4.3	43	83	3	143	32	21	19	26	1.97
20172403--20172467	21	3.1	21	86	0	85	4	44	18	32	1.70
20174008--20174148	9	15.7	9	80	5	151	33	1	14	51	1.51
20174014--20174134	27	4.5	27	92	0	170	33	0	14	52	1.47
20174015--20174148	36	3.7	36	88	2	171	33	0	13	52	1.46
20177755--20178104	113	3.1	112	82	4	425	27	22	18	31	1.97
20177755--20178071	114	2.8	113	84	4	388	28	22	18	30	1.97
20177892--20178266	188	2.0	188	90	2	592	27	21	18	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20178279--20179002	114	6.4	114	96	1	1258	23	23	19	33	1.97
20180930--20181105	37	4.8	37	96	0	298	39	13	21	26	1.90
20181068--20181191	46	2.8	46	91	3	200	33	16	22	27	1.96
20188628--20188730	37	2.8	37	92	0	170	37	12	22	27	1.90
20188692--20188815	46	2.8	46	91	3	200	33	16	22	27	1.96
20191499--20191560	24	2.6	24	89	0	88	32	24	4	38	1.76
20193043--20193085	22	2.0	22	85	0	59	9	20	27	41	1.83
20193183--20193516	43	7.8	43	89	5	464	31	27	18	22	1.97
20193623--20193647	6	4.2	6	100	0	50	36	32	0	32	1.58
20193594--20193735	71	2.0	71	100	0	284	43	19	7	29	1.77
20193694--20193718	6	4.2	6	100	0	50	36	32	0	32	1.58
20195487--20195512	11	2.4	11	100	0	52	69	0	15	15	1.20
20196468--20196501	9	3.8	9	96	0	59	41	14	11	32	1.82
20200366--20200485	59	2.1	59	84	6	156	44	28	2	25	1.67
20200482--20200597	14	8.3	14	68	11	58	37	38	0	23	1.55
20200476--20200576	34	2.9	34	89	5	141	36	42	0	20	1.53
20200546--20200614	28	2.4	28	80	7	77	37	40	0	21	1.54
20201008--20201273	41	6.5	42	81	5	199	33	29	17	19	1.95
20200997--20201273	82	3.4	81	83	3	340	31	29	18	20	1.96
20200997--20201273	123	2.3	123	85	5	355	31	29	18	20	1.96
20203818--20203866	22	2.3	22	80	16	59	22	10	10	57	1.62
20207672--20207770	30	3.3	30	65	16	87	20	28	29	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20207670--20207786	60	1.9	61	98	1	227	20	26	25	27	1.99
20209040--20209088	25	2.0	25	87	0	71	34	14	18	32	1.91
20215371--20215631	131	2.0	131	99	0	513	34	17	8	39	1.81
20218578--20218700	25	4.9	25	84	9	135	22	21	24	30	1.99
20218603--20218715	50	2.3	50	83	6	131	23	21	24	30	1.98
20221030--20221273	115	2.1	115	93	0	416	29	18	20	31	1.97
20221634--20221689	7	7.9	7	78	4	58	16	0	41	42	1.48
20221640--20221680	15	2.9	14	85	7	64	19	0	39	41	1.52
20222876--20222966	45	2.0	45	91	0	146	23	31	8	36	1.85
20223445--20223529	37	2.3	37	95	0	152	11	16	18	52	1.73
20224652--20224686	15	2.3	15	100	0	70	48	0	5	45	1.26
20233836--20233922	29	3.0	28	73	15	88	28	10	26	34	1.89
20233811--20233963	57	2.7	57	87	0	216	28	11	26	33	1.91
20233859--20233949	29	3.2	28	73	14	78	30	12	28	28	1.92
20233812--20233990	57	3.1	57	83	4	209	28	10	27	32	1.90
20238420--20238497	42	1.9	41	89	5	122	38	19	12	29	1.89
20240107--20240144	3	12.7	3	100	0	76	68	31	0	0	0.90
20240154--20240193	8	4.7	9	82	17	50	2	17	0	80	0.83
20240154--20240193	18	2.4	16	87	8	53	2	17	0	80	0.83
20240384--20240662	153	1.8	153	91	3	463	42	5	9	43	1.59
20240588--20240631	22	2.0	22	86	4	63	36	9	4	50	1.55
20241385--20241451	34	2.1	33	83	10	86	22	4	5	67	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20241565--20241626	27	2.3	27	94	0	106	35	11	8	45	1.70
20246839--20246878	18	2.3	17	83	8	53	50	0	2	47	1.14
20251135--20251161	14	1.9	14	100	0	54	37	7	11	44	1.68
20253041--20253068	13	2.2	13	100	0	56	53	14	0	32	1.41
20258340--20258382	22	2.0	22	81	9	52	16	25	23	34	1.95
20260179--20260458	68	4.1	68	78	0	290	38	17	21	22	1.93
20262141--20262211	35	2.0	35	86	0	97	30	28	8	32	1.87
20262239--20262282	22	2.0	22	95	0	79	25	22	34	18	1.96
20262240--20262292	22	2.4	21	84	12	70	28	26	28	16	1.97
20267222--20267292	35	2.0	35	86	0	97	29	26	9	33	1.89
20271820--20272169	67	5.3	66	72	10	243	38	18	19	23	1.94
20271915--20272092	68	2.6	68	79	0	187	41	17	17	23	1.91
20274985--20275047	21	3.0	21	75	15	58	28	17	23	30	1.97
20280565--20280606	18	2.4	18	80	4	50	59	0	2	38	1.10
20280695--20280771	14	5.0	15	71	20	52	42	14	9	33	1.77
20280711--20280750	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
20280699--20280765	34	1.9	35	90	3	109	46	13	8	31	1.74
20283449--20283481	16	1.9	18	88	11	52	36	3	0	60	1.12
20283478--20283540	23	3.0	21	80	19	69	44	7	0	47	1.32
20284110--20284150	21	2.0	21	85	0	55	26	0	60	12	1.31
20284206--20284234	15	1.9	15	100	0	58	27	0	65	6	1.18
20293368--20293411	23	1.9	24	90	9	74	29	6	4	59	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20293993--20294102	45	2.5	45	90	1	177	50	18	20	11	1.78
20295774--20295805	15	2.1	15	94	0	55	18	3	3	75	1.08
20303503--20303581	38	2.1	38	95	0	140	30	15	26	27	1.96
20307479--20307772	44	6.9	40	73	15	200	29	21	22	27	1.99
20307486--20307805	44	7.4	44	73	12	145	30	20	21	27	1.98
20307482--20307903	218	2.0	214	81	6	485	30	20	22	26	1.98
20309685--20309724	3	13.3	3	94	0	71	32	2	0	65	1.06
20309964--20309995	15	2.1	15	94	0	55	18	3	3	75	1.08
20313764--20313814	20	2.6	19	82	11	59	60	5	0	33	1.21
20314220--20314278	25	2.3	26	80	11	68	45	3	1	49	1.28

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290