genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.67.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22132603--22132778	46	3.8	46	79	12	198	30	28	19	21	1.97
22140191--22140361	93	1.8	93	93	2	299	28	29	20	21	1.98
22140183--22140358	46	3.8	47	79	12	211	29	28	19	21	1.98
22141739--22141769	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
22146881--22147140	130	2.0	130	96	0	484	31	12	21	35	1.90
22147713--22147746	17	2.0	17	94	0	59	52	26	5	14	1.64
22149013--22149267	55	4.8	54	80	9	278	36	17	25	21	1.95
22149020--22149220	108	1.8	110	90	4	327	34	17	25	22	1.96
22149459--22149489	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
22153779--22153825	20	2.3	20	92	7	78	36	10	19	34	1.86
22153873--22153980	25	4.4	24	86	5	128	26	22	23	27	1.99
22153873--22153993	49	2.4	50	84	9	158	25	23	23	28	2.00
22154189--22154252	31	2.1	31	85	5	85	39	12	20	28	1.89
22155078--22155130	20	2.7	20	91	2	81	33	1	7	56	1.38
22159142--22159601	115	4.0	115	97	0	857	31	16	24	27	1.97
22178428--22178630	56	3.6	56	91	1	327	32	23	15	29	1.95
22178429--22178630	111	1.8	112	92	1	343	32	22	15	29	1.95
22178621--22178801	43	4.2	43	73	9	163	29	25	17	27	1.97
22178772--22178831	30	2.0	30	90	0	93	25	26	20	28	1.99
22178729--22178947	73	3.0	73	98	0	420	26	26	18	28	1.98
22178845--22178904	30	2.0	30	90	0	93	25	26	20	28	1.99
22178875--22178972	43	2.3	43	90	0	160	28	27	17	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22185364--22185476	27	4.2	27	82	0	136	28	24	7	38	1.83
22185364--22185476	54	2.1	54	88	0	163	28	24	7	38	1.83
22185376--22185493	27	4.4	28	78	12	122	32	22	8	36	1.85
22185364--22185493	54	2.4	54	83	2	136	30	23	8	36	1.85
22185470--22185658	27	7.1	27	78	5	170	41	20	9	29	1.83
22185482--22185739	53	4.8	53	76	7	214	40	17	10	31	1.83
22185482--22185745	80	3.3	79	75	5	242	40	18	9	31	1.83
22185669--22185724	27	2.1	26	87	9	78	39	12	10	37	1.78
22185765--22185838	27	2.7	27	76	12	71	37	20	20	21	1.94
22185778--22185842	27	2.4	27	82	5	78	35	18	24	21	1.96
22186463--22186511	25	2.0	25	95	0	89	26	20	16	36	1.93
22186540--22186616	20	4.0	20	83	8	97	38	7	18	35	1.79
22186542--22186616	9	7.6	10	69	16	50	40	8	17	34	1.79
22186665--22186787	26	4.8	26	84	1	160	28	21	22	27	1.99
22186665--22186787	52	2.4	51	89	2	185	28	21	22	27	1.99
22186932--22187023	42	2.2	42	94	0	157	28	11	20	39	1.88
22191489--22191550	31	2.0	31	96	0	115	46	9	14	29	1.76
22197511--22197613	27	3.8	27	86	0	116	31	21	7	39	1.81
22197511--22197613	54	1.9	54	84	4	136	31	21	7	39	1.81
22197592--22197813	54	4.1	52	75	10	171	40	20	8	31	1.82
22197601--22197819	27	8.1	27	74	10	126	39	19	9	32	1.83
22197592--22197813	110	2.1	108	81	6	254	40	20	8	31	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22197872--22197964	27	3.4	27	88	2	116	35	19	24	20	1.96
22198767--22198915	52	2.9	52	91	2	248	26	23	22	27	2.00
22198767--22198915	26	5.8	26	89	0	221	26	23	22	27	2.00
22199060--22199151	42	2.2	42	88	0	130	31	14	20	33	1.92
22201413--22201524	27	4.2	26	85	5	143	38	23	22	16	1.93
22201413--22201524	54	2.1	53	88	1	170	38	23	22	16	1.93
22202892--22202992	24	4.2	24	93	0	166	20	41	3	33	1.71
22209205--22209468	40	6.6	40	86	3	370	25	24	26	24	2.00
22209205--22209468	80	3.3	80	93	2	415	25	24	26	24	2.00
22219687--22219797	27	4.2	26	82	5	132	38	22	23	15	1.92
22221196--22221272	24	3.2	24	90	0	118	22	41	3	32	1.72
22225555--22225673	48	2.6	46	81	7	138	26	27	18	26	1.98
22225609--22225689	42	1.9	42	82	0	99	28	25	16	29	1.96
22225557--22225732	90	2.0	89	82	4	219	28	26	17	27	1.97
22229959--22230218	43	6.0	43	82	3	290	27	15	26	30	1.96
22237784--22237817	14	2.4	14	90	5	50	26	0	14	58	1.36
22239318--22239577	43	6.0	43	87	3	371	26	15	27	30	1.95
22239318--22239574	129	2.0	129	90	3	410	26	14	28	30	1.95
22240621--22240880	43	6.0	43	87	3	371	26	15	27	30	1.95
22240621--22240877	129	2.0	129	90	3	410	26	14	28	30	1.95
22241850--22241886	17	2.2	17	100	0	74	40	0	21	37	1.54
22250305--22250356	26	2.0	26	100	0	104	46	7	7	38	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22250739--22250789	25	2.0	25	96	0	93	27	19	13	39	1.90
22251513--22251662	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
22251537--22251720	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
22259878--22259903	6	4.3	6	100	0	52	69	0	0	30	0.89
22259921--22259955	6	5.7	6	86	6	52	82	2	0	14	0.77
22263842--22264023	28	6.5	28	95	1	303	33	26	12	27	1.92
22264474--22264503	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
22278822--22278899	5	14.2	5	78	18	68	16	3	1	78	0.97
22278825--22278899	6	12.3	6	79	8	80	16	4	1	78	0.96
22281858--22281890	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
22284246--22284379	71	1.9	71	100	0	268	20	20	2	55	1.56
22285156--22285218	26	2.4	26	81	7	74	34	26	11	26	1.90
22285554--22285694	60	2.4	59	82	11	155	28	20	24	26	1.99
22290451--22290490	20	2.0	20	100	0	80	25	10	35	30	1.88
22319034--22319132	45	2.2	45	83	3	119	30	27	22	20	1.98
22322607--22322646	21	2.0	21	85	5	55	20	30	37	12	1.89
22323706--22323974	47	5.6	48	73	13	209	25	29	18	26	1.98
22323706--22324019	47	6.6	48	73	11	202	25	29	17	27	1.97
22323706--22324022	92	3.3	95	76	9	267	25	29	17	27	1.98
22330292--22331123	109	7.6	109	99	0	1603	27	15	27	29	1.96
22330292--22331123	27	30.6	27	82	5	625	27	15	27	29	1.96
22340029--22340159	45	3.0	44	87	7	178	23	29	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22340523--22340691	86	2.0	86	92	2	286	33	21	21	23	1.98
22346634--22346697	27	2.4	26	75	17	67	21	25	21	31	1.98
22349579--22349608	14	2.1	14	100	0	60	50	6	0	43	1.28
22354089--22354161	35	2.1	35	94	0	128	17	27	8	46	1.76
22361801--22361996	43	4.6	42	72	6	144	30	17	23	29	1.97
22366909--22366947	17	2.3	17	86	0	51	20	25	30	23	1.98
22368911--22368993	29	2.9	29	75	0	85	39	18	16	25	1.91
22373692--22373895	53	3.8	53	77	3	201	38	18	22	20	1.94
22379950--22380441	253	1.9	252	85	3	677	36	9	20	33	1.86
22383405--22383462	28	2.1	28	93	0	98	29	6	20	43	1.78
22383906--22384113	53	3.9	53	77	3	209	37	17	24	21	1.94
22385683--22385761	40	2.0	39	100	0	149	10	27	17	43	1.81
22391140--22391182	18	2.4	18	88	0	59	18	27	9	44	1.80
22391601--22391770	49	3.5	49	94	0	295	42	3	7	45	1.49
22394044--22394072	14	2.1	14	100	0	58	13	13	51	20	1.75
22394968--22395379	125	3.3	125	90	2	623	30	20	17	31	1.96
22399272--22399343	31	2.3	32	86	9	96	51	11	11	26	1.71
22402590--22402670	35	2.3	35	82	2	92	22	17	30	29	1.96
22403691--22403798	35	3.2	35	60	19	84	35	26	12	25	1.91
22403678--22403811	66	2.0	66	98	0	259	38	27	11	22	1.88
22404316--22404374	29	2.0	29	100	0	118	44	10	6	38	1.65
22412186--22412248	33	1.9	33	96	0	117	42	17	26	12	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22414654--22414710	28	2.0	28	100	0	114	24	24	17	33	1.96
22415278--22415363	44	2.0	43	93	2	145	26	24	18	30	1.98
22417770--22417831	23	2.7	23	79	0	70	20	29	16	33	1.94
22425929--22425982	19	2.8	20	88	5	58	16	37	25	20	1.93
22425936--22425982	19	2.5	19	96	0	85	17	38	25	19	1.92
22430911--22430940	14	2.1	14	93	0	51	50	6	16	26	1.70
22432400--22432449	2	25.0	2	95	0	91	0	2	50	48	1.12
22433986--22434028	22	2.0	22	90	0	68	9	18	27	44	1.80
22434100--22434391	43	6.8	42	86	3	352	29	31	17	21	1.96
22434100--22434391	86	3.4	86	87	0	397	29	31	17	21	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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