genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.30.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10195557--10195678	43	2.9	42	78	16	151	27	24	17	30	1.97
10200834--10200910	38	2.0	38	97	0	145	42	12	9	35	1.75
10201834--10201868	16	2.2	16	100	0	70	34	14	31	20	1.92
10202223--10202533	46	6.6	45	70	14	150	28	20	27	22	1.99
10202223--10202434	46	4.5	48	77	5	193	30	19	27	22	1.98
10202262--10202434	94	1.8	94	88	2	267	30	19	28	21	1.98
10202452--10202584	49	2.7	48	86	3	167	28	21	27	21	1.99
10215523--10215736	46	4.6	46	83	4	207	29	19	28	22	1.98
10215951--10216016	22	3.0	22	90	0	105	28	22	30	18	1.97
10224314--10224509	55	3.6	54	78	6	182	19	24	19	35	1.95
10224314--10224520	53	3.8	53	78	4	218	19	24	19	36	1.95
10231815--10232010	53	3.7	52	74	8	162	19	22	19	37	1.94
10237166--10237220	23	2.4	23	93	0	92	12	23	36	27	1.91
10250013--10250076	31	2.1	31	93	0	110	23	23	15	37	1.93
10250270--10250541	25	11.0	24	90	7	395	26	23	20	29	1.99
10250296--10250540	50	4.9	50	96	0	438	26	24	20	28	1.99
10250296--10250541	75	3.3	75	95	0	449	26	23	20	28	1.99
10250591--10250657	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
10250591--10250646	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
10250694--10250741	25	1.9	25	91	0	78	25	14	25	35	1.94
10251900--10251982	27	3.1	27	85	3	114	22	25	20	31	1.98
10252128--10252313	27	6.9	27	79	7	164	31	9	19	39	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10252132--10252311	81	2.2	81	90	1	272	31	9	20	39	1.84
10252135--10252313	54	3.3	53	81	6	182	30	9	19	40	1.83
10252305--10252489	27	6.9	27	84	4	185	37	8	24	29	1.84
10252132--10252354	81	2.8	81	86	0	223	33	8	20	37	1.84
10252306--10252489	54	3.4	54	83	3	217	37	8	24	29	1.84
10252305--10252489	81	2.3	81	82	3	212	37	8	24	29	1.84
10252495--10252584	27	3.3	27	85	3	119	32	11	16	40	1.84
10252478--10252584	54	2.0	54	81	7	128	30	11	19	38	1.87
10252495--10252599	27	3.9	27	78	9	90	34	10	16	39	1.83
10255111--10255153	21	2.0	21	95	0	77	44	9	4	41	1.57
10255881--10255919	13	2.9	14	92	7	55	25	30	35	7	1.84
10255888--10255919	13	2.5	13	100	0	64	21	34	37	6	1.79
10259674--10259718	22	2.0	22	100	0	90	55	13	13	17	1.69
10260604--10260644	22	2.0	20	85	9	55	24	4	14	56	1.58
10261274--10261347	29	2.6	29	91	0	121	18	21	27	32	1.97
10268775--10268980	27	7.7	27	84	5	181	40	18	10	30	1.84
10268775--10269006	81	2.9	80	82	8	229	40	18	11	29	1.85
10268775--10268968	54	3.6	54	86	3	223	40	18	10	30	1.84
10268775--10269012	54	4.4	54	85	3	189	40	18	11	29	1.86
10268797--10269006	27	7.8	27	86	3	185	40	18	11	29	1.86
10281026--10281086	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
10285387--10285447	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10291920--10292174	55	4.8	53	77	8	243	37	16	24	21	1.94
10291927--10292127	108	1.8	110	87	4	300	35	17	24	22	1.95
10294451--10295164	357	2.0	357	95	1	1279	28	19	25	26	1.99
10298897--10298941	23	1.9	24	90	4	74	42	11	24	22	1.86
10299019--10299049	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
10305019--10305077	20	3.0	20	87	0	91	33	11	22	32	1.90
10305135--10305215	24	3.4	23	83	11	92	28	19	20	30	1.97
10312635--10312701	20	3.3	20	91	0	107	32	11	22	32	1.90
10312752--10312824	23	3.1	23	94	3	128	28	20	20	30	1.98
10312751--10312831	24	3.4	24	93	5	137	29	19	22	28	1.98
10313041--10313100	31	1.9	31	86	0	84	35	15	21	28	1.93
10322078--10322104	14	1.9	14	100	0	54	88	3	7	0	0.61
10323182--10323443	39	6.7	40	87	7	337	25	22	27	24	2.00
10325929--10326032	42	2.5	42	93	0	172	29	16	25	28	1.97
10325929--10326054	42	3.0	42	88	5	159	30	15	24	29	1.96
10326941--10326997	24	2.5	21	76	17	60	24	3	26	45	1.69
10333251--10333328	29	2.7	28	84	11	104	25	14	30	29	1.94
10333281--10333608	174	1.9	174	96	0	602	30	14	24	31	1.94
10338834--10338919	40	2.2	40	86	0	118	24	19	29	26	1.99
10341629--10341669	20	2.0	21	90	4	66	12	4	4	78	1.07
10344485--10344530	16	2.8	16	78	15	58	54	0	6	39	1.26
10345197--10345241	20	2.2	20	100	0	90	13	24	28	33	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10345205--10345316	20	5.6	20	73	4	91	19	29	21	29	1.98
10351490--10351568	34	2.4	34	82	6	90	24	26	26	22	2.00
10351948--10352100	27	5.7	26	78	9	94	20	18	20	40	1.92
10351948--10352103	54	2.9	55	80	5	140	21	17	20	40	1.92
10351974--10352113	27	5.2	26	82	6	145	19	19	22	38	1.93
10351974--10352113	54	2.6	53	81	2	163	19	19	22	38	1.93
10355967--10356056	42	2.1	42	91	2	144	24	14	26	34	1.94
10355943--10356056	43	2.7	43	86	1	158	22	16	28	32	1.96
10360865--10360967	37	2.8	37	96	0	188	23	20	32	24	1.98
10365748--10365772	12	2.1	12	100	0	50	24	24	24	28	2.00
10368127--10368190	29	2.2	29	97	0	119	26	40	21	10	1.86
10371296--10371381	40	2.2	40	87	4	120	25	25	24	24	2.00
10374638--10374770	43	3.1	43	66	12	121	25	27	18	29	1.98
10374633--10374792	84	1.9	86	85	5	227	28	25	17	28	1.98
10376619--10376648	15	2.1	15	93	6	53	36	26	6	30	1.82
10383423--10383613	42	4.4	43	75	13	187	30	26	16	26	1.97
10383451--10383611	86	1.9	86	94	0	286	31	25	15	27	1.96
10383453--10383635	86	2.1	85	87	4	260	32	26	14	26	1.95
10393995--10394054	29	2.1	29	96	0	111	31	6	20	41	1.78
10394004--10394066	29	2.2	29	85	5	83	26	9	23	39	1.86
10401764--10401919	27	5.8	26	80	7	134	21	16	20	41	1.90
10401764--10401929	54	3.1	54	83	3	174	21	16	20	42	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10409340--10409391	25	2.1	25	100	0	104	48	32	3	15	1.63
10412081--10412716	320	2.0	319	98	0	1218	36	22	11	30	1.89
10419913--10420102	42	4.4	44	74	8	167	32	24	15	27	1.96
10419938--10420129	86	2.2	86	85	1	278	33	22	13	30	1.92
10419958--10420117	44	3.7	43	73	8	119	30	23	16	30	1.96
10427863--10427903	21	2.0	21	85	9	57	29	2	7	60	1.36
10433778--10433833	22	2.5	22	91	0	94	12	32	32	23	1.92
10434842--10434893	23	2.2	23	83	10	61	21	9	11	57	1.62
10436808--10436883	28	2.7	29	88	6	104	27	22	14	35	1.93
10446176--10457427	47	238.9	47	99	0	21739	31	8	29	29	1.87
10457545--10457680	37	3.7	37	100	0	272	25	19	34	20	1.96
10461431--10461703	48	5.7	48	76	7	160	27	18	28	24	1.98
10466886--10466938	20	2.7	20	93	0	88	18	30	30	20	1.97
10468481--10468561	42	1.9	43	82	2	101	27	24	16	32	1.96
10472387--10472427	20	2.0	20	100	0	82	24	9	9	56	1.62
10473707--10473861	43	3.6	41	76	8	150	26	17	24	31	1.97
10477084--10477370	40	7.2	40	96	2	506	27	26	22	23	2.00
10478747--10478772	13	2.0	13	100	0	52	61	7	0	30	1.24
10487121--10487775	323	2.0	323	99	0	1296	32	22	19	25	1.98
10489338--10489494	43	3.7	42	77	7	156	27	21	21	29	1.98
10498210--10498264	29	1.9	29	85	3	76	14	23	41	20	1.89
10534684--10534797	28	4.1	28	83	6	133	28	16	29	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10534684--10534793	56	2.0	56	85	3	150	27	17	30	24	1.97
10536612--10536768	39	4.0	39	85	5	167	31	28	21	19	1.97
10538667--10538720	27	2.1	26	82	6	65	51	20	9	18	1.73
10550379--10550657	98	2.9	96	81	7	305	28	18	29	23	1.98
10550382--10550643	49	5.4	48	78	11	266	28	18	28	24	1.98
10555211--10555272	32	1.9	32	90	0	97	27	25	24	22	2.00
10558965--10559016	25	2.1	25	96	0	95	13	17	17	51	1.76
10562663--10562930	94	2.9	93	75	11	255	22	31	21	24	1.98
10570227--10570391	42	3.9	42	81	6	190	33	16	23	26	1.96
10570563--10570592	15	1.9	16	93	6	53	33	0	26	40	1.57

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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