genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.164.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56123713--56123792	15	5.4	15	77	7	83	58	13	16	11	1.62
56123724--56123801	15	5.2	15	75	9	70	56	15	15	12	1.68
56135457--56135632	46	3.8	46	76	12	198	20	20	28	30	1.98
56135454--56135625	93	1.8	93	93	0	299	20	20	29	29	1.98
56139572--56139924	40	8.8	40	82	0	391	18	27	16	37	1.92
56139608--56139673	20	3.3	20	66	8	53	19	31	18	30	1.96
56139631--56139693	20	3.2	20	71	8	65	15	30	19	34	1.93
56146690--56146815	29	4.4	29	81	1	119	28	30	13	26	1.94
56147038--56147075	16	2.4	16	95	0	67	5	15	23	55	1.61
56166125--56167082	46	20.8	46	96	1	1753	30	28	19	21	1.98
56171313--56171670	93	3.8	93	97	0	662	28	28	20	22	1.99
56171305--56171666	46	7.8	46	78	12	391	28	27	20	22	1.99
56178072--56178132	30	2.0	30	87	0	86	29	26	6	37	1.81
56180201--56180225	5	5.0	5	100	0	50	40	20	20	20	1.92
56183104--56183246	40	3.6	40	72	13	116	27	24	19	28	1.99
56187657--56187705	23	2.1	24	81	7	57	71	18	4	6	1.23
56190369--56190444	38	2.0	38	94	0	134	34	13	21	31	1.91
56190806--56190940	40	3.4	40	84	6	139	25	24	25	24	2.00
56197599--56197674	38	2.0	38	97	0	143	32	13	22	31	1.92
56198027--56198171	40	3.6	40	85	4	193	25	24	26	23	2.00
56203829--56203890	31	2.0	31	90	0	97	41	17	32	8	1.79
56211734--56212301	44	12.9	44	84	0	724	29	13	30	27	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56215906--56215970	25	2.6	25	97	0	121	27	12	20	40	1.88
56228462--56228600	40	3.5	40	93	1	235	22	25	28	24	2.00
56237795--56237838	19	2.2	20	84	4	54	34	25	18	22	1.96
56240997--56241066	34	2.1	34	94	0	122	27	12	30	30	1.93
56244917--56244956	18	2.3	18	91	4	64	12	25	45	17	1.83
56260836--56260896	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
56261905--56261988	29	2.8	30	81	13	102	28	25	19	27	1.98
56262143--56262188	24	1.9	24	82	8	58	30	23	19	26	1.98
56262350--56262398	25	2.0	25	83	0	62	24	16	24	34	1.95
56265206--56265381	46	3.8	46	71	18	139	31	28	18	21	1.97
56265214--56265383	93	1.8	93	88	2	261	31	28	18	21	1.97
56285152--56285213	26	2.3	27	80	8	72	32	27	12	27	1.93
56290812--56290916	48	2.2	48	94	3	187	33	4	29	32	1.78
56291055--56291157	37	2.8	37	90	0	170	24	21	31	23	1.99
56292429--56293420	80	12.4	80	97	0	1797	21	20	29	28	1.98
56292429--56293420	40	24.8	40	90	0	1498	21	20	29	28	1.98
56293632--56293740	57	1.9	57	88	1	164	23	19	28	28	1.98
56294990--56295160	40	4.3	40	90	3	247	23	20	27	28	1.99
56294937--56295160	80	2.8	80	84	8	253	24	20	27	27	1.99
56308784--56308826	22	2.0	21	82	13	52	30	20	4	44	1.72
56314112--56314162	24	2.1	24	100	0	102	39	0	7	52	1.30
56321992--56322106	29	4.0	28	76	8	115	28	28	15	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56325465--56325499	17	2.0	17	88	5	52	65	11	0	22	1.24
56326504--56326580	29	2.7	29	89	0	109	28	27	19	24	1.99
56326817--56326848	8	4.0	8	91	0	55	9	25	25	40	1.85
56329517--56329587	33	2.2	33	84	0	88	25	8	23	42	1.82
56329531--56329594	33	1.9	33	96	0	119	21	10	20	46	1.81
56345633--56345862	49	4.6	49	84	4	291	29	27	17	24	1.98
56345633--56345862	100	2.3	98	85	4	309	29	27	17	24	1.98
56346508--56346567	30	2.0	30	83	6	77	30	25	8	36	1.85
56363749--56363822	29	2.6	29	82	4	87	27	14	31	27	1.95
56368955--56369122	40	4.2	40	84	3	223	26	28	22	23	1.99
56385238--56385489	127	2.0	127	88	3	373	31	19	25	23	1.98
56397340--56397451	41	2.7	43	79	8	122	30	18	21	29	1.97
56401642--56401952	46	6.6	49	74	13	178	25	30	16	27	1.97
56401642--56401767	48	2.6	47	81	8	146	24	32	17	25	1.97
56401736--56401952	46	4.7	46	78	8	201	25	29	17	27	1.97
56401786--56401955	94	1.8	92	82	7	218	26	28	16	28	1.97
56411611--56411741	66	2.0	66	98	0	253	25	23	19	30	1.98
56416168--56416291	28	4.4	28	75	13	128	24	29	15	30	1.95
56416225--56416307	29	2.9	29	85	7	116	27	31	13	27	1.94
56416532--56416562	16	1.9	16	93	0	53	12	25	19	41	1.87
56417905--56417936	16	2.0	16	100	0	64	6	0	37	56	1.25
56418745--56418924	89	2.0	88	91	1	288	43	15	14	26	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56429068--56429285	99	2.2	97	82	5	269	44	9	11	33	1.73
56431886--56431923	15	2.6	14	84	15	51	57	5	0	36	1.21
56433283--56433368	28	3.0	28	89	3	136	27	29	15	27	1.96
56443221--56443690	68	7.2	66	77	12	443	23	27	17	31	1.97
56443221--56443666	63	6.8	63	77	12	438	23	28	17	30	1.97
56443324--56443734	68	6.3	67	76	14	380	24	27	16	31	1.97
56443348--56443697	131	2.7	131	100	0	700	24	27	16	31	1.96
56452565--56452646	41	2.0	41	87	0	119	37	15	21	24	1.93
56454136--56454206	34	2.1	34	97	0	133	33	22	8	35	1.84
56460755--56460806	27	1.9	27	100	0	104	46	3	3	46	1.39
56472842--56472932	27	3.5	27	82	4	98	39	20	18	20	1.93
56473014--56473073	27	2.2	27	91	5	95	16	16	20	46	1.84
56474861--56474888	8	3.5	8	100	0	56	28	28	0	42	1.56
56475695--56475737	12	3.5	12	82	14	52	23	9	9	58	1.58
56476729--56476761	17	1.9	17	100	0	66	39	24	24	12	1.89
56477676--56477715	21	2.0	21	90	5	64	30	0	25	45	1.54
56480137--56480360	40	5.6	40	82	5	256	24	27	23	25	2.00
56488112--56488165	22	2.5	21	78	3	63	12	29	35	22	1.91
56490136--56490312	27	6.6	27	82	2	176	42	18	15	24	1.88
56490318--56490562	27	9.0	27	81	0	265	18	17	21	41	1.90
56490331--56490557	82	2.8	81	85	0	292	18	17	22	42	1.89
56492815--56492942	48	2.7	46	81	9	141	33	28	18	18	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56496561--56496590	14	2.1	15	93	6	53	63	13	10	13	1.52
56502958--56503018	30	2.0	30	83	0	77	24	36	24	14	1.93
56506358--56506445	43	2.0	44	88	2	133	28	12	23	35	1.91
56508914--56509328	137	3.0	137	87	2	620	45	5	6	41	1.55
56509312--56509450	74	1.9	75	87	4	210	31	14	9	44	1.77
56511524--56511573	24	2.1	24	92	0	82	32	4	42	22	1.72
56512965--56513073	27	4.0	26	80	8	119	16	22	22	38	1.93
56518684--56518757	24	3.1	24	90	0	112	32	5	40	21	1.76
56520188--56520292	27	3.9	26	82	7	120	17	22	21	38	1.93
56520188--56520299	54	2.1	54	84	3	145	16	22	22	38	1.93
56521505--56521577	34	2.1	34	82	0	83	30	20	24	24	1.99
56529438--56529468	6	5.3	6	92	7	55	29	0	0	70	0.87
56529438--56529468	11	2.7	12	95	5	55	29	0	0	70	0.87
56532129--56532168	22	1.9	20	85	10	53	37	7	7	47	1.60
56553977--56554197	40	5.6	40	79	5	243	27	24	22	25	2.00
56562245--56562465	40	5.6	40	83	4	270	27	26	21	24	2.00
56566431--56566576	43	3.4	43	77	10	138	34	23	15	26	1.94
56579927--56580111	40	4.6	40	78	7	196	24	23	28	23	2.00
56579929--56580111	80	2.3	81	83	4	219	24	24	28	22	2.00
56583077--56583282	27	7.6	27	88	0	277	39	20	8	30	1.83
56583070--56583389	54	5.9	54	80	1	291	37	21	9	30	1.85
56583077--56583337	27	9.7	27	81	6	226	39	21	9	29	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56583319--56583389	27	2.6	26	76	8	79	38	23	7	30	1.82
56583375--56583623	27	9.3	27	84	0	320	34	20	20	24	1.96
56584052--56584114	22	2.8	23	76	7	67	22	23	23	30	1.99
56584272--56584346	27	2.8	27	87	2	98	20	24	20	36	1.95
56584511--56584632	6	19.8	6	74	17	99	18	17	16	48	1.82
56584482--56584623	31	4.5	31	92	0	212	19	16	14	50	1.79
56585751--56585786	15	2.4	15	95	0	63	16	8	38	36	1.79
56586560--56586628	34	2.0	34	94	0	120	26	15	10	47	1.77
56586631--56586971	27	12.6	27	82	1	378	39	19	9	31	1.84
56586924--56587022	27	3.7	27	71	5	83	38	21	9	31	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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